概述
段祺瑞先是在國務院秘書長人選問題上，黎元洪和段祺瑞發生了爭執，最後由徐世昌出面了結。一波未平一波又起，在要不要參加第一次世界大戰對德國宣戰這個問題上，雙方鬥爭更趨激烈。
為了達到主戰的目的，段祺瑞將其手下的十幾個督軍叫到北京，組成“督軍團”，對黎元洪施加壓力，但未獲成功；後來段祺瑞又叫人寫了對德宣戰書要總統蓋印，黎元洪為了平息風波，勉強在檔案上蓋了章。即使這樣，段祺瑞仍不滿足，在國會開會討論時，又大肆干涉，終於觸動了眾怒。
恰在這時，段祺瑞私自向日本借款一事被揭露。1917年5月21日，黎元洪瞅準時機在這時下令撤銷了他的總理職務，段祺瑞憤然離京去津，並且指根據臨時約法，總統無權撤銷總理職務，不承認黎的免職令。因一方為總統府，一方為國務院，所以它們間的爭鬥被稱為“府院之爭”。
之後黎元洪請督軍團團長張勛於6月14日入京調解。張勛入京後，擁立宣統復辟。事件為段祺瑞所鎮壓，黎元洪於事後辭去總統職，總統改由馮國璋擔任。府院之爭告一段落。
形成原因
府院之爭原總統府段祺瑞明白他們的心思，於是就明確告訴他們，宣戰無須出兵，中國派遣勞工去歐洲即可。
各省督軍一聽，心上的石頭落了地，於是紛紛表示服從總理的意志。
4月25日，督軍會議在京召開。
各省督軍和代表一致贊成段內閣外交政策，並在寫有“贊成總理外交政策”的紙上籤了名，給黎元洪施壓。
5月1日，內閣舉行會議，督軍團居然要求參加。
有人說軍人干政，傅良佐卻辯解道：“軍人也是國民的一員，對國事發表意見，怎能說是干政？大總統這么害怕軍人
府院之爭的意見，難道是心中有鬼不成？”參加內閣會議的閣員可憐只有3人：海軍總長程璧光、司法總長張耀曾、農商總長谷鍾秀，軍人倒有一大班，於是，宣戰案順利通過。
段祺瑞便想趁熱打鐵，利用督軍團使國會和總統屈服。
黎元洪這裡順利通過了，但國會卻出了問題，本來國會通過宣戰案問題並不大，湯化龍、梁啓超早就在議員中活動支持段祺瑞，但國會傅良佐卻幫了倒忙。
5月8日，段祺瑞到國會解釋對德政策並接受質詢，他矢口否認中國參戰背後有著中日幕後交易，聲稱宣戰是本著正義的需要。
當兩院即將討論宣戰案的時候，各地人民團體紛紛來電支持宣戰，北京城中也有一些“自發”的民眾的代表強烈要求對德宣戰，段祺瑞聞之十分滿意。
一些外地人民團體的電報實際上都是傅良佐派人從北京電報局發出的。
5月10日下午，成群的“自發公民”包圍了眾院大樓，他們或搖旗吶喊，或散發“請願書”，有的甚至闖進議長辦公室，要求湯化龍允許公民代表列席討論。
“公民團”的行徑引起了眾議員的義憤，大家集體罷會，以示抗議，並準備離開會場，於是一場騷亂發生了。
傅良佐急於求成，結果弄巧成拙，反而使段祺瑞的宣戰案中途告吹，內閣總長紛紛辭職，只剩下一個光桿總理了。
段祺瑞決定堅持下去，他一面醞釀新的閣員，一面授意滯京的部分督軍和代表們，繼續對國會施壓，企圖重開議會通過宣戰案。
然而，一個毀滅性的新聞給段祺瑞致命的打擊，英文《京報》披露中日秘密簽訂了一億元的軍事借款。
段祺瑞在國會所作關於中日之間絕無秘密外交的證詞完全是一個謊言！令人意外的是，一向軟弱可欺的黎元洪突然挺直了腰桿，下令免去了段祺瑞國務總理和陸軍總長的職務。
5月23日，張國淦聽說黎元洪要免段，剛想開口勸說，站在旁邊的金水炎沖了過去，拔出手槍對準張國淦：“不許開口！開口我就打死你！”段祺瑞氣得鼻子又歪了。
他的鼻子惟有盛怒的時候才會歪，這種情況少得很，而像這次鼻子居然向左邊歪了二指多則更是少之又少，不但是空前，或許也是絕後的了。
歷史背景
府院之爭張作霖府1917年美國參加對德作戰，要求中國與之採取一致行動對德宣戰，並答應借給軍費，黎元洪表示同意。而日本支持段祺瑞參戰，答應借巨款給段祺瑞，以擴充其勢力。因日本支持段祺瑞，中國若參戰必有利於日本，美國遂指使黎元洪夥同國會反對參戰。段祺瑞召集親信召開督軍會議，決定參戰，並要挾黎元洪和國會同意參戰案，但未能得逞，於是要求黎元洪下令解散國會。黎元洪利用人們反段要求，在國會的支持和美國公使"允為後盾"的情況下，下令免去段祺瑞國務總理職務。段祺瑞被罷職後，離京赴津，以天津為基地，組織脫離北京政府的各省督軍在天津成立"軍務總參謀處"，揚言另組臨時政府，段黎矛盾白熱化。黎元洪在段祺瑞的壓力下內外交困，只好同意張勛入京“調停國事”，後演為張勛率辮子軍入京復辟。
第二次府院之爭
府院之爭總統府1917年8月，段派傅良佐為湖南督軍，調北洋第八、第二十兩師入湖南，拉開了南北戰爭（護法戰爭）的序幕。11月，正當湖南戰事擴大時，直系北洋軍第八師師長王汝賢、第二十師師長范國璋突然發出通電，主張停戰議和。緊接著直系長江三督和直隸督軍曹錕聯名發表通電，回響停戰。段提出辭職。馮於11月25日下令準免，先以外交總長汪大燮代理國務過理，後又請出王士珍署理國務總理兼陸軍總長。
12月2日，段策動北方十督：曹錕、張懷芝、張作霖、倪嗣沖、閻錫山、陳樹藩、趙倜、楊善德、盧永祥、張敬堯等在天津舉行督軍團會議。12月6日，聯名電請馮國璋明令討伐西南。馮只得表示讓步。又任命段為參戰督辦，段芝貴為陸軍總長，以消解皖系的不滿。此時，西南軍閥陸榮廷提出恢復國會，停止湘粵進兵和擁護馮國璋繼任總統，作為取消兩廣獨立的條件。馮發出停戰布告，責成南北兩軍停止敵對行動。
12月31日，北方十督曹錕等發表通電，堅決反對恢復舊國會，主張以皖系控制的臨時參議會代行國會職權，選舉正式大總統，企圖“合法倒馮”。馮聲稱要親自出征討伐西南，率拱衛軍一旅，乘專車沿津浦路南下，想回到直系大本營南京。不料車到蚌埠，被皖系安徽督軍倪嗣沖攔截，迫使馮回京。同時，奉軍入關“兵諫”。皖奉聯合，馮不得已，請出段再次出任國務總理。
1918年9月4日，安福國會選舉徐世昌為新任大總統。馮國璋、段祺瑞同時下野。
深遠影響
袁世凱當時，一直在努力調解府院之爭的張國淦力勸段祺瑞迎黎元洪復位，他說：“相對而言，和黎元洪共事其實比較容易，因為他手中無兵，而且剛經受過挫折，會吸取教訓；而馮國璋既有兵權，又是新官上任，遇事必然逞強好勝，因此更難對付。”張國淦的分析入情入理，完全是出於對段祺瑞的一片愛護之忱。如果段祺瑞能夠接受，學古人將相和，也許可以開創一個雙贏的新局面，可惜他對黎元洪罷免自己耿耿於懷，終於因私而廢公，挾憤而忘義，拒絕了這個建議。
所謂“府院之爭“，“府”即總統府，“院”指國務院，“府院之爭”即總統和總理之爭。北洋時期的府院之爭有兩次，一次是黎元洪總統和段祺瑞總理之爭，另一次是馮國璋總統與段祺瑞總理之爭，兩次的當事人都有段祺瑞。可見段的性格缺陷是府院之爭的一大動因。
但是，府院之爭的淵藪卻決不止如此之淺，而是有其歷史背景的。中國實行了幾千年的帝制，民主共和是新鮮的舶來品，因此民國肇立之初，需要借鑑西方的政治和行政制度。而西方的共和體制大體可以分為兩種：一種是美國式的總統制，另一種是法國式的內閣制。於是，有關總統制還是內閣制的爭論，在政客們爭權奪利的心理作用下，一時甚囂塵上。即便以袁世凱的神武雄健，欲加強總統的權力，也一度面臨著宋教仁政黨內閣計畫的挑戰。孫中山讓位給袁世凱時，革命黨人同時修改了《臨時約法》，將政治體制從總統制更改為內閣制，用以約束袁世凱。宋教仁更在此基礎上，重組國民黨，要成立政黨內閣，從而在實際行動上邁進了一大步。袁世凱及其北洋派不願放棄權力，乃卑鄙地暗殺了宋教仁，激起了國民黨“二次革命”，然後再藉此驅逐了國會中占大多數的國民黨員。總統制與內閣制的理論之爭，最終引發了流血和戰爭，使民國成為一個亂世。
在社會運動中，理應有一個“理論先行”的過程，此即孫中山所謂的“知難行易”。中國的民主革命自維新運動失敗後開始成為社會運動的主流，不出十餘年就推翻了帝制，建立了民國。在這十餘年中，革命者更多的是按照西方民主共和的藍圖來憧憬新政權的，至於將民主共和的理論與中國的實際情況相結合的工作，實在還做的很少。於是，進入民國後，就出現了一個“理論後行”的局面，這實際上是一個“補課”的過程。不惟總統制和內閣制發生了激烈論爭，到後來竟連“共和制”和“帝制”、“世襲制”和“非承繼制”等原本不成問題的問題，也被重新翻上檯面。參加這些辯論的往往不是政客本身，而是聲名卓著的學者，中國的比如楊度、梁啓超，洋人比如古德諾、有賀長雄，不一而足。
府院之爭1916年6月袁世凱臨死前，對徐世昌、段祺瑞執手嗚咽道：“按照《約法》，由宋卿（黎元洪）繼任總統，你們要好好輔佐他。”可能是有感於此，當在川作戰的張敬堯等將領致電錶示願推舉段祺瑞為總統時，被他斷然拒絕。此事被外人知曉後，舉國一片讚嘆之聲。當時，袁世凱戕害約法，解散國會，民國已遭到嚴重破壞，如今有一個寬仁謹厚的黎元洪擔任國家元首，有一個正直不阿的段祺瑞主持內閣，又有國民黨和進步黨共處國會，憲政實現已依依在望，全國上下對此表示了一致的樂觀。
但是，段素來剛愎自用，又自恃為北洋勛宿，從內心深處對黎元洪抱輕視態度，和黎絕少交往；黎元洪則外柔而內剛，雖不足威懾別人，卻自有不屈的意志。因此府院之間不可能有親密的關係。再者，段祺瑞並不是一個非常勤奮的總理，大小事務多委之於秘書長徐樹錚，而徐偏生是個恃才傲物的人物，他奔走於府院之間，處處越俎代庖，以前就為袁世凱所厭惡，現在更為黎元洪所不喜。有一次，徐樹錚拿著一份委任狀請黎元洪蓋總統印，黎問起其人的履歷，徐竟然回答道：“現在實行內閣制，總統您何必多問！我很忙，您還是快點蓋印吧！”黎十分憤怒，對左右說：“我本來不要做什麼總統，你看他們眼中哪裡有我！”而段祺瑞對徐卻每每縱容，有一次徐以辭職要挾黎元洪，段祺瑞竟為他說情，說他“為人耿介，不屑妄語”云云，甚至於說“凡徐所為，本人願負其責。”黎元洪等聽了，都覺寒心。因此，最初的府院之爭，與徐樹錚有很大關係。
徐樹錚的囂張跋扈，使府秘書長張國淦憤而辭職。黎元洪為對抗徐樹錚，乃聘請一樣霸氣縱橫的丁佛言為府秘書長。丁佛言與黃遠生、劉少少並稱“報界三傑”，筆鋒銳利，又素喜打抱不平，如今乃利用報紙為黎元洪張目。徐樹錚則以牙還牙，創辦《公言報》與之抗衡。於是府院之爭，竟然成為報端的花邊新聞，搞得天下皆知。而黎段二人也日漸身陷其中不能自拔，後來竟至事事必反，為爭而爭。以對德宣戰一事為例，最初是黎元洪主張與德國絕交，段祺瑞則深信德國必勝的，到後來在張國淦的遊說下，段祺瑞又變成了一個極端的反德派，極力主張對德宣戰，黎元洪為了與段祺瑞相反，硬生生地轉變為親德派，竭力反對宣戰。到了1917年5月，在府院之爭的影響下，國會仍然在是否參戰的問題上猶疑不定，段祺瑞乃組織軍隊和“各界人士”包圍國會，並脅迫、毆打議員，企圖強行通過對德宣戰案。國會忍無可忍，乃呈請黎元洪免去段祺瑞的總理職務。5月23日，黎元洪簽署了罷免令。段祺瑞下野後避居天津，堅持認為在責任內閣制中，總統的命令非經總理副署不能發生效力，即便任免總理也是如此，因此並不承認自己已經下野。他在天津厲兵秣馬，等待時機，徐樹錚則為他策劃了徐州會議，直接推動了張勛復辟，再由段祺瑞“黃雀在後”。於是，才一個多月功夫，段祺瑞便暗渡陳倉，“三造共和”，贏得了第一次府院之爭的勝利。
第二次府院之爭是指馮國璋和段祺瑞之爭。張勛復辟中，黎元洪流亡使館區，馮國璋副總統在南京代行總統職權，與段祺瑞遙相呼應，通電討逆，保障了共和政體的持續。隨後，段祺瑞拒絕迎回黎元洪，乃致電馮國璋北上就任總統。他的電文是簡單幹脆的四個字：“四哥快來！”馮國璋一看之下，不禁心中一熱，即令備車出發。不過，在北上之前，他以總統名義令最親信的將領李純接替自己的江蘇督軍，以坐鎮自己的大後方。
馮國璋在就任總統之初，和段祺瑞的心思是一樣的。他們都出身北洋，在小站時就朝夕相處，在洪憲帝制和張勛復辟中都站在一條戰線上，可說親如手足，因此他們相信決不會再有新的府院之爭了。為此，馮國璋還曾將段祺瑞、王士珍請到府中大話家常，執手溫言：“我們三人不要分什麼總統、總理、總長，我們是一體的，一定能把事情做好！”
府院之爭而第二次府院之爭的要害，其實在於施政理念。段祺瑞秉持的是袁世凱的政治立場，以西南為叛逆，要以武力統一全國，由此可見他對袁世凱的反對是有限的；而馮國璋的立場與黎元洪類似，與西南暗通訊息，要以和平方式統一南北，由此可見他對袁世凱的反對是較為堅決的。由於西南方面一直對黎元洪持支持和同情態度，對段祺瑞解散國會、廢除約法的行為從失望而至於憤恨，段祺瑞的武力統一政策也就貫徹得尤為堅決。而西南方面的實力派如陸榮廷等頻頻示好於馮國璋，馮因此認為西南可以和平爭取，而惟有南北統一，他的總統才更有含金量，而戰爭則會破壞這一切。
軍事民主制
黎元洪武昌起義後不久，南北之間形成一個僵局：南方革命軍攻占南京，則北洋軍收復漢口，在軍事上務必維持均勢；革命軍進攻力愈強，則朝廷壓力愈大，而袁世凱愈喜，在政治上呈現一邊倒的趨勢。袁世凱之所以要剷除欲在北方起事的吳祿貞，正是生怕其破壞這一均勢。袁世凱用的是借力打力、借刀殺人之計，他的天下打得太過輕鬆了！也許正因如此，後來也就不甚珍惜。
當時奉命征剿武昌革命軍的北洋軍，乘火車抵達孝感前線後開始盤桓不進，總指揮官蔭昌莫如之何。朝廷聞訊大驚，攝政王明白，湖北到北京不過兩三日的車程，如果北洋軍反撲京城，則是亡國之禍。於是，10月27日，攝政王遜退，袁世凱復出，總攬軍政大權，且直接赴湖北督戰，不曾入京叩謝。果然，北洋軍突然聲威大振，一日之內收復漢口。前軍主帥馮國璋戰到酣處，把政治因素渾然忘卻，一意要直搗武昌，創立曾國藩那樣的赫赫功勳。袁世凱十分不滿，乃臨陣換將，以段祺瑞替換馮國璋為第一軍總統，並署理湖廣總督，主持前線軍事。
其實袁世凱剛復出時，對馮國璋並無偏見，因此，他最初只是把段祺瑞從江北提督調任第二軍總統，折往山西鎮壓黨人起義。但一個月後，袁世凱便無法容忍馮國璋的遲鈍，乃以段祺瑞代之，駐湖北前線與革命軍對壘。馮國璋曾縱容第一軍在漢口縱火燒屋，破壞嚴重，民憤極大。袁世凱以段代馮，不僅支開了馮，也保護了馮，且可給馮總結自省的時間，為日後收服禁衛軍埋下了伏筆；而將段從革命軍的另一個主攻方向江蘇調開，坐鎮革命軍已被嚴重削弱的湖北，這樣就既保護了段，又給段以機會。一進一退之間，形勢即大有改觀，袁世凱用人的高明之處即在於此。
不久前，袁世凱避禍林田的時候，馮國璋和段祺瑞都與他聯繫密切，一樣的幕後密語，段祺瑞卻顯然更得要領。果然，他一到漢口，即下令停戰，大談和平。之後，又秘密派親信廖宇春到上海與革命黨代表顧忠琛、俞仲達談判並達成協定，約定若確定共和政體，則先推翻清室者為大總統。這正是袁世凱朝思暮想而口不能言者，幸有“政治覺悟”如此之高的段祺瑞，日後才得以心想事成呵！
次年元月26日，段祺瑞領銜薑桂題、張勛、何宗蓮、段芝貴、倪嗣沖、王占元、曹錕、陳光遠、吳鼎元、李純、潘矩楹、孟恩遠、馬金敘、謝寶勝、靳雲鵬、吳光新、曾毓雋、陶雲鶴、徐樹錚、蔣廷梓、朱泮藻、王金鏡、鮑貴卿、盧永祥、陳文運、李厚基、何豐林、張樹元、馬繼增、周符麟、蕭廣傳、聶汝清、張錫元、張士鈺、袁乃寬、王汝賢、洪自成、高文貴、劉金標、趙倜、仇俊愷、周德啟、劉洪順、柴得貴、施從濱、蕭安國等47名高級將領，發出致內閣代奏電，原文如下：
“內閣軍咨陸軍並各王大臣鈞鑒：為痛陳利害，懇請立定共和政體，以鞏皇位而奠大局，謹請代奏事。竊維停戰以來，議和兩月，傳聞官廷俯鑒輿情，已定議立改共和政體，其皇室尊榮及滿、蒙、回、藏生計許可權各條件，曰大清皇帝永傳不廢；曰優定大清皇帝歲俸，不得少於四百萬兩；曰籌定八旗生計，蠲除滿、蒙、回、藏一切限制；曰滿、蒙、回、藏，與漢人一律平等；曰王公世爵，概仍其舊；曰保護一切私產，民軍代表伍廷芳承認，列於正式公文，交萬國平和會立案云云。電馳報紙，海宇聞風，率土臣民，罔不額手稱慶，以為事機至順，皇位從此永保，結果之良，軼越古今，真國家無疆之休也。想望懿旨，不遑朝夜，乃聞為輔國公載澤、恭親王溥偉等一二親貴所尼，事遂中沮，政體仍待國會公決，祺瑞自應力修戰備，靜候新政之成。惟念事變以來，累次懿旨，莫不軫念民依，惟國利民福是求，惟塗炭生靈是懼；既頒十九信條，誓之太廟，又允召集國會，政體付之公決；又見民為國本，宮廷洞鑒，具征民視民聽之所在，決不難降心相從。茲既一再停戰，民軍仍堅持不下，恐決難待國會之集，姑無論牽延數月，有兵潰民亂、盜賊蜂起之憂，寰宇糜爛，必無完土。瓜分慘禍，迫在目前。即此停戰兩月間，民軍籌餉增兵，布滿各境，我軍皆無後援，力太單弱，加以兼顧數路，勢益孤危。彼則到處勾結土匪，勒捐助餉，四出煽擾，散布誘惑。且於山東之煙臺，安徽之潁、壽境界，江北之徐州以南，河南之光山、商城、固始，湖北之宜城、襄、樊、棗陽等處，均已分兵前逼。而我皆困守一隅，寸籌莫展，彼進一步，則我之東皖、豫即不自保。雖祺瑞等公貞自勵，死生敢保無他，而餉源告匱，兵氣動搖，大勢所趨，將心不固，一旦決裂，何所恃以為戰？深恐喪師之後，宗社隨傾，彼時皇室尊榮，宗藩生計，必均難求滿志。即擬南北分立，勉強支持，而以人心論，則西北騷動，形既內潰；以地理論，則江海盡失，勢成坐亡。祺瑞等治軍無狀，一死何惜，特捐軀自效，徒殉愚忠，而君國永淪，追悔何及？甚非所以報知遇之恩也。況召集國會之後，所公決者尚不知為何項政體？而默察人心趨向，恐仍不免出於共和之一途，彼時萬難反汗，是徒以數月水火之患，貽害民生，何如預行裁定，示天下以至公？使食毛踐土之倫，歌舞聖明，零涕感激，鹹謂唐虞至治，今古同揆，不亦偉哉！祺瑞受國厚恩，何敢不以大局為念？故敢比較利害，冒死陳言，懇請渙汗大號，明降諭旨，宣示中外，立定共和政體，以現在內閣及國務大臣等，暫時代表政府，擔任條約國債及交涉未完各事項，再行召集國會，組織共和政府，俾中外人民，鹹與維新，以期妥奠群生，速復地方秩序，然後振刷民氣，力圖自強，中國前途，實維幸甚，不勝激切待命之至，謹請代奏！”
中華民國國旗“共和國體，原以致君於堯、舜，拯民於水火，乃因二三王公，迭次阻撓，以至恩旨不頒，萬民受困。現在全局危迫，四面楚歌，潁州則淪陷於革軍，徐州則小勝而大敗，革艦由奉天中立地登岸，日人則許之，登州、黃縣獨立之影響，蔓延於全魯，而且京、津兩地，暗殺之黨林立，稍疏防範，禍變即生。是陷九廟兩宮於危險之地，此皆二三王公之咎也。三年以來，皇族之敗壞大局，罪難發數，事至今日，乃並皇太后皇上欲求一安富尊榮之典，四萬萬人慾求一生活之路，而不見允，祖宗有知，能不恫乎？蓋國體一日不決，則百姓之困兵燹凍餓，死於非命者，日何啻數萬。瑞等不忍宇內有此敗類也，豈敢坐視乘輿之危而不救乎？謹率全軍將士入京，與王公痛陳利害，祖宗神明，實式憑之。揮淚登車，昧死上達。請代奏。”
他威脅“率全軍將士入京”，便是毫不客氣的逼宮了；所謂“敗壞大局，罪難發數”，對皇族也不再有絲毫客氣。他明指“二三王公”，實批“太后皇上”，如此電文，猶勝十萬貔貅，應該是二十世紀最重要的電文之一了。果然，2月12日，隆裕太后再也捱不下去，乃以宣統皇帝名義下詔退位，去安享其400萬兩“歲俸”去了。
《三國演義》中，曹爽胸無大志，想做“富家翁”，結果造成曹氏被司馬氏夷滅的慘劇。如今，隆裕太后婦人之見，甘願領“遣散費”，結果造成清朝政權迅速瓦解的笑劇。兩者的性質是一樣的，然而清室卻能保住身家性命，算是不幸中的萬幸，也正是革命不徹底的表現。實際上，滿清入關之初，就對統治中國很不自信，因此一直留有“退保關外”的後路。清帝退位時的東三省總督趙爾巽，即後來《清史稿》的主編，是個死忠的保皇派，他帳下的張作霖等將領，也是不折不扣的保守派。因此，如果隆裕有慈禧一半的手段，他庶幾可以退出關外，依仗日本和東北地方的力量，維持一個小王國的。當然，這顯然是逆歷史潮流的。清帝沒有退出關外，而是和平交出政權，避免了別生枝節，對中國而言是一件幸事。而段祺瑞在此重要時刻中，立場堅定，終至一錘定音，不僅為袁世凱立下頭功，對民國的建立也可謂功勳卓著，這便是他的“一造共和”。
15日，袁世凱任臨時大總統，以段祺瑞為陸軍總長，從此他在這一職務上連任七屆。陸軍總長的實權，僅在總統、總理之下，因此，段祺瑞一入民國，便成為二人之下、萬人之上的實權派了。事實上，他還在民國二年（1913年），暫代過兩個月的國務總理，而更早些的總統選舉，他與孫中山得票數相同，僅排在袁世凱、黎元洪、伍廷芳之下。
他對袁世凱忠誠不貳。1913年2月，宋教仁遇刺，總理趙秉鈞涉案辭職，段祺瑞代理總理，面對眾議院國務委員的質詢，傲然不答，顯示了對國民黨的輕視。不久，國民黨人發起“二次革命”，他也參與了鎮壓。後來，他又以陸軍總長兼署湖廣都督，將黎元洪擠出湖北，為袁世凱除一大患。繼之，他又兼任河南都督，參與鎮壓白朗起義。然而，他雖然參加了許多軍事行動，但他在軍事上並無太大建樹，即便對白朗軍這樣裝備簡單的流民起義，也莫如之何。不過，由於他身居要職，且兼署較多，在北洋軍中的勢力卻得以日益擴大，再加上他剛愎自用的性格，最終遭到了袁世凱的猜忌和不滿。袁世凱另外編練模範軍後，想讓袁克定來負責，徵求他的意見，被他一口拒絕。袁世凱很生氣地說：“那么我自己來兼如何？”他才不好再說什麼。由此可見他們的關係已不似當初那么親密了。
任何獨裁者都要獨掌兵權，袁世凱對段祺瑞的忌憚是可以理解的。不久，袁世凱組建陸軍大元帥統率辦事處，將陸軍總長段祺瑞、海軍總長劉冠雄、海軍司令薩鎮冰、參謀次長陳宦、侍從武官蔭昌和王士珍平列為高級辦事員，輪流值班，而大事決於總統。這樣一來，段祺瑞在軍中的優勢面臨被褫奪的危險。他自知形勢微妙，乃將陸軍部的大小事務交與部秘書長徐樹錚處理，自己則稱病不出，頗似當年袁世凱歸隱林田的樣子。
袁世凱既是過來人，豈不知其用意！隨著袁稱帝的步伐日漸促迫，他們的分歧也越來越大。當籌安會活動猖獗，全國上下紛紛勸進時，段祺瑞表達了完全相反的聲音。他說：“項城帝制自為的跡象，已漸顯露。我當年曾發出採取共和之電，如果又擁項城登基，將何以面對國人？恐怕二十四史中，找不出這樣的人物吧！所以論公，我即使死也不會參與；論私，我從此只有退休，決不多言。”他不願做出爾反爾的小人，不願遺臭於青史，這份氣節猶如鶴立雞群，是十分可貴的。在整個洪憲帝制中，他與黎元洪、馮國璋、徐世昌的態度相仿佛，事後證明，這四個人的成就也是北洋系中最可稱道的。
府院之爭不久袁世凱稱帝，他對袁世凱抱有知遇之恩，做不到象蔡鍔那樣潛出京城高張義幟。但是，他與蔡鍔、陳宦等人都曾暗通訊息，蔡、陳潛出京城前，都曾到段宅拜訪過。因此，他在護國運動中的角色，與馮國璋有相似之處，都屬於不便站到前台的幕後人物。而其既然身在京城，處境自然比馮更為艱難。據說，袁世凱曾收買他的乾兒子羅鳳閣做刺客，但羅下不了手，反向段坦陳其事。而洪憲分封的諸臣中，黎元洪、馮國璋、曹錕等都赫然在目，徐世昌名列“嵩山四友”，卻惟獨沒有段祺瑞，這是他擁名“二造共和”的一大關鍵。
1916年3月21日，洪憲帝製取消。4月22日，段祺瑞復出擔任國務卿，5月8日復稱國務總理。可見，他不是不忠於袁世凱，但先決條件是在共和體制下；袁世凱也不是不倚重段祺瑞，前提條件也是在共和體制下。6月6日，袁世凱逝世，在金匱中預留了嘉禾金簡，上列三個接班人，依次為：黎元洪、徐世昌、段祺瑞，足見他對段祺瑞的重視，至少在馮國璋、王士珍、曹錕等人之上。段祺瑞則不惜對抗民意，為業已身敗名裂的袁世凱主持國葬，並親自執紼扶柩，全了這一段君臣之誼。此即段祺瑞的“二造共和”。
幾個月後，他在國務總理任上，與總統黎元洪發生了激烈的府院之爭。1917年5月23日，矛盾終於不可調和，黎元洪下令免去他的總理職務。他於是退往天津，寄寓在段芝貴的私宅，決心武力倒黎。在朝總統和下野總理依舊劍拔弩張，京津之間局勢緊張。這時，對清朝死忠的辮帥張勛在督軍團的慫恿下，決意以進京調停為名，復辟清朝。黎元洪完全沒有考慮到這一點，他把張勛當做了救星，結果6月14日張勛進京，黎差點被其俘虜，最終依託洋人的力量才得以逃出北京。
張勛復辟是袁世凱稱帝之後的又一政治醜劇。袁世凱之稱帝尚有楊度和古德諾的理論先行，張勛復辟則完全是軍人強姦民意。全國輿論一時大嘩，紛紛要求討逆。黎元洪在離開京城之前，在國家大局的面前，終於放下了府院之爭的面子，重新任命段祺瑞為國務總理，並令他出師討賊。
當初，張勛在徐州幾次召集督軍團會議，段祺瑞曾派曾毓雋告誡張勛道：“如果議及復辟，則必盡力撲滅之，屆時不要說沒有預先告知。”張勛率辮子軍北上路過天津時，曾專門下車拜訪段祺瑞。段祺瑞鄭重地告訴他：“你若復辟，我一定打你！”又說：“保清帝復位的事，即使勉強辦了，就算北方答應，南方也決不會答應，因此至少應該緩辦。”但張勛未加理睬。當然，從客觀上來說，張勛進京可以驅逐黎元洪，這正是段祺瑞求之不得的，因此，說張勛為段祺瑞做了嫁衣裳，也是一點不錯的。
7月1日，張勛擁清帝復位。3日，段祺瑞即在馬廠誓師，正式通電復任國務總理，並以討逆軍總司令名義討伐叛逆，檄文為“筆端帶有魅力“的梁啓超所擬，文末寫道：
“……查該逆張勛，此次倡逆，既類瘋狂，又同兒戲，彼昌言事前與各省各軍均已接洽，試問我同胞僚友，果有曾預逆謀者乎？彼又言已得外交團同意，而使館中人見其中風狂走之態，群來相詰。言財政則國庫無一錢之蓄，而蠻兵獨優其餉，且給現銀。言軍紀則辮兵橫行部門，而國軍與之雜居，日受凌轢。數其閣僚，則老朽頑舊，几榻煙霞，問其主謀，則巧語花言，一群鸚鵡。似此而能濟大事，天下古今，寧有是理？即微義師，亦當自斃，所不忍者，則京國之民，倒懸待解。所可懼者，則友邦疑駭，將起責言。祺瑞用是履及劍及，率先湧進，以為國民除此蟊賊。區區愚忠，當蒙共諒。該逆發難，本乘國民之所猝未及防，都中軍警各界，突然莫審所由來，在勢力無從應付，且當逆焰熏天之際，為保持市面秩序，不能不投鼠忌器，隱忍未討，理亦宜然，本軍伐罪弔民，除逆賊張勛外，一無所問。凡我舊侶，勿用以脅從自疑。其有志切同仇，宜詣本總司令部商受方略，事定後酬庸之典，國有成規。若其有意附逆，敢抗義旗，常刑所懸，亦難曲庇。至於清室遜讓之德，久而彌彰，今茲構釁，禍由張逆，沖帝既未與聞，師保尤明大義，所有皇室優待條件，仍當永勒成憲，世世不渝，以著我國民念舊酬功，全始全終之美。祺瑞一俟大難戡定之後，即當迅解兵柄，復歸田裡，敬候政府重事建設，迅集立法機關，刷新政治現象，則多難興邦，國家其永賴之。謹此布告天下，鹹使聞知。”
府院之爭但是，段祺瑞對“共和”這一原則是十分堅定的。馬廠誓師前，他曾分析過形勢，認為若不迅速出兵並速戰速決，復辟派就有可能控制人心和擴大影響，屆時局面就不可收拾了，畢竟當時中國的保皇觀念還比較流行。他的這一分析是理智而正確的，在這一點上他展現了一個統帥的政治素質。他之所以能始終贊同共和而反對帝制，只怕與其留德的經歷不無關係。德國雖是君主國，但西方民主觀念深入人心，他眼界既開，勢必會受到薰陶。當然，這些脫胎於舊時代的武人，是不能真正理解“共和”的含義的。
