1895年日軍進台北的想像圖日本將台灣之經營視做殖民成就的宣傳品，這點與殖民韓國、二戰占領的香港、以及日本控制的滿州國、汪精衛的南京中華民國政府、日本占領的越南、馬來西亞、新加坡、印尼的治理方針極不相同。日本領台後期已經開始著手將台灣日化，希望減少與日本本土的差異。但日本在所有其他殖民、占領區，則主要實行資源取得以支持戰爭之政策，對當地住民采高壓政策，並未著手進行日本化。
政治
台灣總督府博物館綜合上述架構，遭清朝割讓後的台灣日治時期歷史，較理想的分割應該是始政時期（1895年-1915年）、同化時期（1915年-1936年）與皇民化時期（1936年-1945年）。
馬關條約
日本下關的“春帆樓”：甲午戰爭戰後和談處。台灣割讓予日本的記載為馬關條約第二條之內：第二、割讓台灣全島及其附屬諸島嶼；第三、割讓澎湖列島，即英國格林威治東經一百一十九度至一百二十度，及北緯二十三度至二十四度間的各島嶼。另外，第五條亦有如下之文字：日清兩國政府於本約批准交換後，立即各自派遣一名以上之委員赴台灣省，實施該省之讓渡事務，但需於本約批准交換後二個月內，完成上述之讓渡。因為此條約，台灣被迫進入了日本統治時期，成為日本殖民地。而該和談經過亦史稱台灣割讓或乙未割台。另外，雖然清廷因為戰爭失利才割讓台灣，但日本謀取台灣的武力攻占方式，卻令部分學者稱之為占據。[9]
此外，在馬關條約中規定，台灣島上的居民有兩年的過渡期可以自由選擇國籍。在兩年內未離開台灣者，則自動取得日本籍。當時選擇離開的人只占全島居民的1%左右，原因可能有以下數個：
不肯放棄辛苦建立的基業：雖說台灣是移民社會，但歷經了兩百多年的經營，許多人已經定居於此。
日人在當時並未強行禁止台灣人民的傳統風俗，因此民眾並未感受到必須立刻遷出的壓力。
資訊傳播之問題：雖說有如此之公告，但考量到當時的通訊條件，有許多民眾可能並不了解此項命令之意義。
始政時期
日治時期的第一段時期，自1895年5月的乙未戰爭起，一直到1915年的西來庵事件為止。在此約二十年內，以台灣總督府與日軍為主的日方統治，遭遇台民頑強的抵抗。除犧牲慘重外，也遭致國際上的嘲笑，因此曾經在1897年的國會中，出現“是否要將台灣以一億元賣給法國”的言論，稱為“台灣賣卻論”。在這個情況下，著重鎮壓的日本對於台灣總督的人選，都以授階中將或上將的武官來擔任。
後藤新平事實上，日本占領台灣之初就存在著殖民地統治策略的兩條路線之爭。第一條路線就是後藤新平所代表的此特別統治主義。同時也醉心於德國式科學殖民主義的後藤新平認為，從生物學的觀點，同化殖民地人民既不可能也不可行，因此主張效法英國殖民統治方式，將台灣等新附領土視為真正的殖民地，亦即分離於內地之外的帝國屬地，不適用內地法律，必須以獨立特殊方式統治。他認為應當要先對台灣的舊有風俗進行調查，再針對問題提出因應政策。這個原則被稱為“生物學原則”，同時也確立了以漸進同化為主的統治方針。
相對於特別統治主義的殖民地路線，則是由原敬所代表的“內地延長主義”。受到法國殖民思想影響的原敬，相信人種文化與地域相近的台灣和朝鮮是有可能同化於日本的，因此主張將新附領土視為“雖與內地有稍許不同，但仍為內地之一部”，直接適用本國法律。
從1896年到1918年，擔任民政長官的後藤新平所持的特別統治主義主導了台灣的政策。在這段時間內，台灣總督於“六三法”的授權下，享有所謂“特別律令權”，集行政、立法與軍事大權於一身。[13]而握有絕對權力的台灣總督，除了有效壓制武裝抗日運動之外，對於台灣的社會治安也有一定助益。
偏向國民黨者認為，在日本最初20年統治下，台灣曾有40萬人被殺害。
同化時期
大正民主時代1910年代中期，日本本國的政治生態也有了改變。在此一時期初，日本國內正處於由藩閥政府與官僚政治轉換到政黨政治和議會政治的所謂大正民主時期。1919年，田健治郎被派任為殖民地台灣的首任文官總督，他在赴任前，與日本首相原敬談妥，以同化政策為統治的基本方針，並於同年10月正式向府內官員發表。他表示，同化政策的精神是內地延長主義，也就是將台灣視為日本內地的延長，目的在於使台灣民眾成為完全之日本臣民，效忠日本朝廷，加以教化善導，以涵養其對國家之義務觀念。
之後廿年，總督府歷任總督延續此政策。在具體措施上實施地方自治、創設總督府評議會、公布日台共學制度及共婚法、撤廢笞刑、獎勵日語等，對於促進同化、減少差別的工作頗有作為，也改變了過去後藤新平的“以無方針為方針”，“只管鐵路、預防針與自來水”的內政方向與統治政策，[16]故此時期可稱之為與始政時期施政方式完全南轅北轍的同化政策時期。
皇民化運動時期
台灣神社。翻攝自日治時期官葉，右方還有台灣總督府家徽式的郵戳皇民化運動系分成二階段進行。第一階段是1936年底到1940年的“國民精神總動員”，重點在於“確立對時局的認識，強化國民意識”。第二階段是1941年到1945年的“皇民奉公運動時期”，主旨在徹底落實日本皇民思想，強調挺身實踐，驅使台灣人為日本帝國盡忠。
台灣總督府為推動皇民化運動，開始強烈要求台灣人說國語（日語）、穿和服、住日式房子、放棄台灣民間信仰和祖先牌位、改信日本神道教。此外，殖民政府也在1940年公布改姓名辦法，推動廢漢姓改日本姓名的運動。太平洋戰爭爆發後，由於戰爭規模不斷擴大，所需兵員越來越多，日本當局也在1942年開始在台灣實施陸軍特別志願兵制度、1943年實施海軍特別志願兵制度、並於1945年全面實施徵兵制。[19]
慰安婦此外，二次大戰時，日本人在台灣徵集許多慰安婦，也就是日軍的隨軍妓女。由於慰安婦是在遭到脅迫、欺騙或是不可抗力的情況下被徵召，並有一些慰安婦于軍營中遭虐待，因此造成受害者肉體及心靈上的嚴重創傷。至今，這個事件仍被民眾視為踐踏女性權利及尊嚴的行為。在現今的台灣社會，有基金會專門研究慰安婦的歷史（例如：婦女救援基金會），並且協助至今仍存活的慰安婦對日本提出賠償的要求。
行政架構
30年代，畫家筆下的總督府沿革：台灣總督府成立初，設民政、陸軍、海軍三局。民政局下置內務、殖產、財務、學務四部。（在乙未戰爭期間，曾短暫命高島鞆之助為副總督一職，他也是50年日治時期唯一的副總督。）1896年，陸海軍兩局合併為軍務。民政局則在原本組織下增設總務、法務、通信共七局。經歷1898年、1901年、1919年三次修訂總督府官制後，就成形不再變更。而不管怎樣變動，約略來說，若不包含地區性的行政組織，日治時期台灣總督府的主要行政組織分為中央行政與所轄官署兩大類型的部門。
以1945年來作說明，台灣地方的中央行政方面：總督之下有其左右手，在1919年之前，稱為民政長官（或稱民政局長官），1919年之後稱為總務長官。另外，總督府編制尚有總督官房與五局二部及所轄的官署機關。
總督：不管1896年發布的六三法及後來1906年三一法或1921年法三號，日本帝國所屬台灣皆采委任立法制度，總督府為當然中央機關。而一般政策形成過程，通常是由總督府內的技術官僚制定法律政策後即授權台灣總督以總督府令命其中央機關、所轄官署或地方政府執行政策。但有部分情況，總督仍須與日本內地的國會協商並取得其同意，如專賣制度的推行等事務。
第七任台灣總督：明石元二郎在前期武官總督方面，共有樺山資紀、桂太郎、乃木希典、兒玉源太郎、佐久間左馬太、安東貞美與明石元二郎。在1919年之前的這幾位總督中，在日本近現代史中，以乃木與兒玉最負盛名，他們倆都是被視為日俄戰爭日方戰勝的關鍵。另外，安東貞美與明石元二郎在施政上，則較符合台灣人的利益。這裡面，卒於任內明石元二郎還在生前留囑，將墓地設定於台灣。
文官總督時代則大約與大正民主時代重疊，且都是日本黨派派系所推選赴任。1919年－1937年間，共有田健治郎、內田嘉吉、伊澤多喜男、上山滿之進、川村竹治、石冢英藏、太田政弘、南弘及中川健藏擔任其職務。該階段總督，因為身分為文官，且均為內閣所屬黨派推派，一般來說，施政重點不以鎮壓台民反日運動為主，於內政與經建上的進展與前段武官總督時期相比起來，也較有建樹。
1937年中日戰爭爆發，日本軍國主義抬頭，台灣總督重新由軍方擔任，此間共有小林躋造、長谷川清與安藤利吉。此時期因逢二戰期間，總督多以整軍備戰為主，而最後一位的安藤總督不但為台灣總督府的末任總督，在戰後也因被視為戰犯，1946年於上海監獄自殺。
其他官署與地方行政區劃
1916年落成的台南州廳除了中央行政機構之外，攸關民生內政的的地方行政區劃，在台灣日治時期共有十次變化。日治初期的1895年，台灣簡單劃分為台北，台灣，台南三縣與澎湖廳。歷經數次變革後，一直到最後1920年公告實施的台北州、新竹州、台中州、台南州、高雄州、台東廳、花蓮港廳五州二廳的地方行政區劃劃分後，方為定型。1926年，澎湖廳再由高雄州分出，區劃小幅度變更為五州三廳。而這最後一次的區劃，其持續的時間最長，也在相當程度上影響了戰後國民政府於台灣的行政區劃。另外，隨著1920年的州郡新地名規劃與命名，部分台灣古地名，也隨之更動。例打狗→高雄（今高雄市）、錫口→松山（今松山區）、枋橋→板橋（今板橋市）、阿公店→岡山（今岡山鎮）、媽宮→馬公（今馬公市）、加走灣→長濱（今長濱鄉）等，且多數保留迄今。
社會控制
三段警備制：指總督府在統治初期，採取的一種警備制度。總督府依治安情況，將全島劃分為危險、不穩、平靜三種區塊。危險區塊派遣軍隊駐守，不穩區塊由憲兵守備，平靜區塊由警察負責。但是此制度並未對日治時期初期的武裝游擊抗日發揮太大效果，總督府隨即改採鎮撫兼施的策略，而憲兵主要職務改為討伐“土匪”（指抗日民眾）。
保甲制度保正及甲長也必須要協助日本當局維持秩序、宣傳政策、檢查環境衛生等內政。在此基礎之上，日本人又成立了壯丁團，用來協助警察或防治天災。
警察制度：日人治台以後，為協助統治政策的實施，在台灣建立了嚴密的警察制度。在當時的台灣，警察的職責很廣，除了維持治安等警察原有的職務外，還包括了衛生及協助施政等工作。警察詳細的工作內容大體包括了：
執行法律與維護公共秩序。例如監視公共集會、審理小刑案、取締吸食鴉片、管理當鋪等。
協助地方政府處理一般行政事務。例如協助宣傳禁令、收稅、管理戶籍、普查戶口等。
管理原住民部落。
台灣人當時習慣稱警察為“大人”，也會拿警察來嚇唬不乖的兒童，這是由於當時警察的執掌完全涵蓋了一般民眾的生活，並且動輒干預人民的日常生活，引而造成人民心中的恐懼。當時，台灣一個警察平均管理547人，但同期亦為日本殖民地的朝鮮半島，一個警察卻需要管理919人。雖然嚴苛的警察制度對社會治安大有幫助，但是過於嚴苛的干涉使人民私下稱警察為“狗”或“四腳仔”以暗諷警察。
鎮壓抗日活動的法令：為了鎮壓頑強的武裝反抗勢力，總督輔制定了許多法令來抵制這些活動。其中《匪徒刑罰令》是指後藤新平上任後所制定的一項法令，此法令強化了警察及憲兵的權力，並且將所謂“土匪”、“匪徒”（指抗日民眾）的刑責加重。在後藤上任並嚴格推行此法令的頭五年，被依此法令處死刑的民眾高達三萬兩千人，超過台灣人口的百分之一。
此外，總督府還制定《匪徒招降策》，以達誘使抗日民眾歸順的目的。此法令規定，對於欲投降的“匪徒”（指抗日民眾），舉行“歸順儀式”，免除其刑責並提供創業基金（稱為“更生基金”）。但總督府有時也會利用招降儀式的場合射殺抗日分子。
武裝抗日運動
在達半世紀的日本統治當中，武裝抗日的政治運動，大抵上發生在日本領台的前20年。這20年的武裝抗日運動，根據一般學者的研究，大致上可以分成三個階段，第一期是台灣民主國抗拒日軍接收的乙未戰爭；第二期是緊接著台灣民主國之後的前期抗日游擊戰，幾乎每年都有武裝抗日行動，而最末一期自1907年的北埔事件起，到1915年的西來庵事件為止2。之後，台灣反日運動轉為維護漢文化的非武力形式，不過期間仍發生轟動全世界的霧社事件。
台灣民主國國旗台灣民主國：清廷將台灣割讓給日本的決定，在台灣住民中引起了軒然大波。1895年5月25日，台灣官民宣布成立台灣民主國，推舉巡撫唐景嵩為總統並向各國通告建國宗旨。未料，日軍在5月29日於基隆背後的澳底登入，6月3日攻陷基隆。於是台灣民主國政府的首腦們，包括唐景嵩和丘逢甲，都內渡逃亡至中國大陸。6月下旬，餘眾又在台南擁立大將軍劉永福為民主國第二任總統，民主國雖和日軍發生不少規模不小的血戰。但到10月下旬，劉永福也棄守內渡中國大陸，日軍占領台南，這個存活184天的台灣民主國短命政權，至此完全劃下了句點。
前期抗日游擊戰：台灣民主國宣告崩潰以後，台灣總督樺山資紀於1895年11月8日向日本東京大本營報告“全島悉予平定”，隨即在台灣展開統治。但是，一個多月以後，台灣北部原清朝鄉勇又於12月底開始一連串的抗日事件。而這一期的抗日可以說是第一期台灣民主國抗日運動的延伸。1902年，漢人抗日運動稍歇，直到1907年11月發生北埔事件，武裝抗日才進入第三期。這段5年的停歇時間，一方面是源自兒玉源太郎總督的高壓統治，一方面也因為總督府以民生等政策拉攏台人。在雙重因素
西來庵事件被捕之人頭戴籠盔，由台南刑務所押解至法院送審本期主要的抗日活動多以“克服台灣，效忠清廷”為口號，代表是並稱為“抗日三猛”的簡大獅、林少貓及柯鐵虎。其中柯鐵虎以“奉清國之命，打倒暴虐日本”為口號，與朋友自稱“十七大王”，在雲林一帶盤據。
後期抗日活動：漢人武裝抗日的第三期，自1907年的北埔事件起，到1915年的西來庵事件為止，總共有13起零星武裝抗日事件。但是，除了最後一次的西來庵事件外，規模都很小，還有的事先就被發覺捕獲，因此和過去大規模的起義不同。這些事件中，有11件發生在1911年的辛亥革命之後，並且有4件是受到辛亥革命的刺激而發動的。13起事件中，宣稱要將台灣歸收入中國版圖的有4件，稱王稱帝、要自立台灣王朝的有6件，兩者皆可的1件，不明其目標的則有2件。由此數字可以發現，欲自立台灣政權的比例，超過要將台灣歸還中國的部分，且與前二期中同樣以台灣建國為目標的事件相比，也不再強調對於清朝的忠誠。這個轉變可能和1911年清朝被推翻，台灣人民原本習慣效忠、認同的對象突然消失所致。
霧社事件時，日軍由馬赫坡高地之塹壕向馬赫坡大岩窟炮擊霧社事件：後期抗日運動中，以發生於台中州能高郡霧社（今南投縣仁愛鄉境內）之霧社事件最為著名。1930年10月27日，在大頭目莫那魯道的率領之下，共六個部落300多位族人發動對日本殖民統治的反抗，殺死在霧社國小舉行運動會的134名日本人。事件發生後，總督府主張對原住民擁有報復及討伐權。於此理念下，總督府遂展開近二個月的軍事討伐，以泰雅族為主，參與反抗行動的三百名原住民兵勇非戰死即自盡，其家人或族人也多上吊或跳崖，史稱霧社事件。該事件不但令總督府多位高級官員下台，也成為台灣日治時期最直接且最激烈的武裝抗日行動。
教育
六氏先生的遭難之碑雖然日本在台灣執行義務教育，後期甚至施行皇民化運動，中國傳統的私塾仍偷偷存在，當時很多漢人父母也讓小孩仍趁著課餘時間到私塾，跟著漢文老師學習四書五經、作詩寫文，要他們不能忘本。
義務教育：1895年7月14日台灣總督府第一任學務部長伊澤修二，執掌台灣教育事務。他在《設定台灣公學校意見》一文中，建議台灣總督府於台灣實施當時日本尚未實施的兒童義務教育。台灣總督府遵循其意見，在同年於台北市芝山岩設定第一所西式教育場所，也是台灣第一所國小（今台北市士林國小），此國小基本上為實驗性的義務教育。隨後，該處所雖發生六氏先生事件，台灣總督府仍於翌年在全台灣創立國語傳習所，設定更多義務國小。1898年，國語傳習所並升格至公學校。
日治時期的義務教育除了公學校等制度外，還有專門為台灣原住民設定，且為理蕃政策重點工作的蕃童教育所與蕃人公學校及專門容納日籍學童的國小校。
殖民當局對於義務教育的規範十分嚴格，絕大多數的漢人子弟僅能於公學校就讀，僅有日本學子與少數社會上層的漢人學童能在師資設備較佳的國小校學習。此外，即使在學校里，族群對立的緊張關係仍時而可見。這種情形持續到1929年，總督府重新修訂了《台灣教育令》，使台灣教育體系與日本內地一體化，並開始採用“內台人共學制”，並停止使用“內地人”、“本島人”等差別性的稱呼，情況才略有改善。
建成國小校遺址台灣籍兒童的教育普及率成長相當緩慢，直到強制義務教育實施後才快速成長。在強制義務教育的實施下，1944年的台灣，國民學校共有944間，學生人數達87萬6000餘人（含女學童），台籍學童就學率為71.17％，日籍則高達九成。遠高於當時世界的平均水平。2006年2月6日日本外相麻生太郎還根據這數據，認為“台灣之所以現在擁有這么高的教育水平，完全是因為日本對台灣實施殖民地統治的功勞。”
台北帝國大學（今台灣大學）的校門治台後期，仍有台灣籍人士如宋進英、徐慶鍾、朱昭陽等，得以不改日本姓氏進入日本最高學府東京帝國大學法律系所就讀，並取得日本高等文官資格。
職業教育：在職業教育方面，總督府最初僅設立“農試驗講習生”，之後又設立糖業講習所及學務部附屬工業講習所等修業半年至二年的職業講習所，用以培養缺乏的初級技術人才。雖然各地陸陸續續設立了普通中學，但總督府為了因應技術勞工的需求，仍繼續偏重職業教育。1922年，總督府公布了第二次《台灣教育令》，將職業學校分為農、工、商三個科別。總督府所設立的學校以二年制的職業補習學校為主，太平洋戰爭爆發後，修業期限改為四年，並且將所有職業學校改為州立，這使得台灣的基層技術人不再匱乏。
相關條目
台灣歷史年表
台灣總督
台灣總督府
台灣軍司令官
台灣日治時期行政區沿革
乙未戰爭
西來庵事件
後藤新平
六三法
霧社事件
台灣鄉土話文論戰
台灣議會設定請願運動
台籍日本兵
台北市舊町名一覽
台灣神社一覽
公學校
蕃人公學校
蕃童教育所
歷史與政治人物
| 歷史時期、名人，政治事件、名人。 |
