會員代表大會是最高權力機構；執行局（主席、副主席、前主席、司庫、秘書長以及選舉出來的執行局委員8人）是常設機構。執行局下設7個委員會（命名、會章、資格審查、財務、期刊、出版和會員單位秘書長委員會）、2個特別處（臨床工程、衛生保健技術評估處）、7個工作組（亞太地區活動、歐洲地區活動工作組以及南部非洲、拉丁美洲工作組、開發中國家工作組、轉型期開發中國家工作組、細胞工程工作組等）。會員單位秘書長委員會（Committee of Secretariat of Member Organization）與IFMBE執行局建立聯繫，負責各國會員管理、組織和實施代表大會意見和決議。出版物為《Medic and Biological Engineering and Computing》雙月刊、《IFMBE News》、《Conference Digests》等
與中國關係
該組織每3年與國際醫學物理組織（iomp）聯合舉行一次世界學術大會。會議期間舉行會員代表大會。組織地區性學術活動，如亞太地區、地中海地區和歐洲地區的學術交流。還不定期地舉行專題討論會。每年召開一次執行局會議和成員單位秘書長聯席會議。1985年日本友人Saito教授（IFMBE前主席）介紹中國參加該會，但台灣同時也申請入會。據當時的會章，每個國家只能有一個團體入會。1987年，該組織主席Richten教授（匈牙利人）提議修改會章並獲通過，由此執行局可以批准一個國家有一個以上的團體入會。1987年中國生物醫學工程學會再次申請入會，執行局以書面投票方式通過，接納中國入會。在此之前，國家科委已於1985年10月16日以（85）國科外審字0834號文批准中國參加IFMBE。台港澳參加組織情況：在1988年8月於美國舉行的IFMBE代表大會上，討論了台灣的入會問題，會上通過了台灣以“中國台北生物醫學工程學會（Society of Biomedical Engineering，Taipei，China）”名義的入會申請，中國代表根據會章投了贊成票。香港工程師學會（Hong Kong Institute of Engneering）也是該組織會員。中國學者積極參與學術活動。如1988年在美國聖安東舉行的醫學物理和醫學生物工程世界大會和IFMBE代表大會，中國參加的學者有28人，被錄取論文118篇；1991年在日本京都舉行的醫學物理和醫學生物工程世界大會，中國參加的學者有20人，被錄取論文22篇。IFMBE委託學會舉辦的1991年世界大會西安衛星會議，與會代表達450人，論文420篇。1993年在北京召開了第2屆遠東地區醫學生物工程會議，選舉楊子彬教授為會議主席。1998年，在香港舉辦了IEEE/EMBS（醫學與生物工程學會，是IFMBE的會員單位）的第20次年會，同時在北京召開衛星會議。中國該組織是香港大會的主辦單位之一，兩個會議的與會代表超過千人，其中大陸赴港代表有85人，被錄用論文達127篇。北京衛星會議代表177人，論文140篇。楊子彬教授任該組織執委，該組織曾若干次提供他出席國際會議的註冊費。
