簡介
中國科學院水生生物研究所中國科學院水生生物研究所是中國唯一專門從事內陸水體生物學綜合研究的科研機構。其戰略定位和發展目標是針對日趨惡化的水生態環境，開展水生態環境保護和水生生物資源可持續利用研究，為維護和改善內陸水體的生態環境、保護淡水資源、發展淡水漁業提供理論依據和技術支撐。同時瞄準國家需求，結合科學發展目標，堅持基礎性、前瞻性、戰略性原則，全面增強研究所的科技創新能力，爭取在5－10年內把水生生物研究所建設成為按照現代科研機構管理模式高效運行的、開放的、具有國際水平的國家級水生生物學知識創新中心。同時通過人員的不斷更新，進一步凝聚科技精英，形成代表國家最高水平的、在國際上有重要地位的科學家群體，成為水生生物學領域高級科技創新人才培養基地。
創辦
中國科學院水生生物研究所中國科學院水生生物研究所的前身是1930年1月在南京成立的中央研究院自然歷史博物館，1934年改名為中央研究院動植物研究所。抗日戰爭爆發後，先後遷至湖南南嶽、廣西陽朔、四川北碚。1944年分為動物、植物兩個研究所。抗戰勝利後，動物所由北碚遷至上海。新中國成立後，中國科學院將前中央研究院動物研究所的主體、部分植物所的研究人員及北平研究院的部分研究人員合併，於1950年組成中國科學院水生生物研究所，所址設在上海，1954年遷至武漢。水生所先後擁有8位中國科學院院士。全所現有研究人員135人，其中有中國科學院院士5人，973首席科學家1人，國家傑出青年基金獲得者7人，中國科學院百人計畫引進人才？人，國家級有突出貢獻的中青年科學家？人，高級研究人員83人；在學研究生、博士後以及高訪學者250餘人。
近年來，水生所在淡水生態學研究方向，在湖泊藍藻水華控制、藍藻的生物學以及藻毒素、湖泊漁業放養模式與結構調整、魚類生物能量學與營養學、淡水生態系統研究等方面都取得了突出的研究成績，發展了我國的淡水生態學理論並付諸湖泊漁業實踐；在生物多樣性與資源保護方向，在珍稀瀕危動物（如白鱀豚、中華鱘）的保護生物學、重要生物類群的分類與進化、生物地理學以及一些生物資源的開發利用等方面取得了令國內外同行矚目的成績；在漁業生物技術方向，在魚類遺傳育種、藻類功能基因組以及魚類病害方面做出了國內領先、國際上有重要影響的成績。在水環境工程方向，在利用濕地生態系統進行污水處理、二噁英的檢測與遷移、水體與底泥的污染物交換等方面取得了豐碩成果，為水環境保護做出了重要貢獻。
國際交流 水生所與國外的學術交流十分頻繁。80年代以來，先後派出科技人員257人到16個國家和2個地區進修、考察和訪問。接待了來自近40個國家的專家543人次進行學術交流和國際合作研究。這幾年，我所的國際學術交流活動顯著增多，每年通過各種渠道派出的訪問、進修學者和參加國際會議的科研人員達40－50人次以上，每年國外科學家來所訪問者達70人左右。先後舉辦等大型國際學術研討會。
水生所擁有亞洲最大的淡水魚類博物館（館藏標本40餘萬號，1800餘種，近300個模式種），一個中國最大的淡水藻種庫以及藻類、淡水無脊椎動物、魚類寄生蟲標本室和現代化的白鱀豚館，一個圖書情報與信息中心（館藏26萬餘冊，期刊2千多種和完善的網路信息系統），中國生物多樣性內陸水體分部和中國生態系統網路水體分中心也掛靠在水生所，形成了合理的科學研究與技術支持相結合的完整體系，具有很強的科學創新的物質基礎。
研究機構
水生所目前擁有四個研究中心即水生生物多樣性與資源保護研究中心、淡水生態研究中心、漁業生物技術研究中心、水環境工程研究中心，一個國家重點實驗室（淡水生態與生物技術國家重點實驗室），一個開放台站（東湖湖泊生態系統開放試驗站），一個國家工程中心（國家淡水漁業工程技術研究中心武漢中心）。
研究成果
建所72年來，水生所始終十分重視基礎理論的探索、基礎資料的積累。為適應國民經濟發展的需要，從50年代相繼在長江中下游以及全國範圍開展湖泊調查；60年代起，先後以武漢東湖等典型湖泊為基地，持續進行了40年的湖泊生態學和漁業生態學研究，80年代以來，面對我國淡水資源日益緊缺的現狀和大水面漁業出現的問題，我們又提出大水面漁業必須以保護水質為前提，把湖泊生態環境最佳化作為大水面漁業的主要研究內容和首要的追求目標等。在80年代揭示出銀鯽天然雌核發育和異精效應現象；在世界上首次培育出轉基因魚，完成國內第一例克隆脊柱動物，世界上唯一人工飼養的水生哺乳動物白暨豚已健康生活21年之久；培育出的養殖魚類新品種異育銀鯽、全雌鯉、高體形異育銀鯽等在全國近30個省市區推廣；藻類在外層空間環境的適應與功能研究項目曾5次成功搭載我國返地式衛星遨遊太空；污水處理技術已在我國南方很多地區得到推廣套用。在淡水生態、水生生物多樣性與資源保護、漁業生物技術和水環境工程研共取得科研成果近600項，其中有160多項榮獲國家、省部級等獎勵。編著出版了《中國鯉科魚類志》、《中國鞘藻目專志》、《中國淡水魚類養殖學》、《東湖生態學研究》等專著78部，發表科學論文近2000篇。
人才培養
中國科學院水生生物研究所是我國首批具有博士、碩士學位授予權的單位，並有研究員任職資格和博士生導師審定權；有權授予在職人員碩士學位，經報批可授予在職人員博士學位。設有生物學博士後流動站。現設有水生生物學、遺傳學專業、環境科學三個博士點和水生生物學、遺傳學、環境科學、動物學四個碩士點。從1978年我國恢復研究生招生制度，水生所已招收培養研究生518名，其中博士生204名，碩士生314名，為我國現代化建設培養了一批品學兼優的高級人才。
掛靠部門
中國動物學會
海洋湖沼學會魚類學分會
中國動物學會原生動物學分會
中國水產學會魚病研究會
中國環境科學學會環境生物學專業委員會
湖北省動物學會
武漢市動物學會
交流合作
研究所對外合作與交流活動頻繁。近10年來，先後派出科技人員近600人次到近30個國家和地區進行合作研究、進修或短期訪問，同時接待了來自近40個國家的專家2000多人次進行學術交流、合作或進修。研究所作為核心成員加入大的國際合作研究計畫，如美國的“TreeofLife”研究計畫，還發起和引領多邊國際合作，如淡水豚類聯合調查項目、主辦國際人工濕地培訓班等。
研究所設有生物學博士後流動站，有水生生物學、遺傳學、環境科學和海洋生物學專業4個博士學位點，有動物學、水生生物學、遺傳學和環境科學和環境工程學等5個碩士學位點。具有招收、培養港、澳、台和國外研究生資格。現有在學研究生、博士後以及高訪學者480餘人。
發展歷程
中國科學院水生生物研究所（以下簡稱水生所）是從事內陸水體生命過程、生態環境保護與生物資源利用研究的綜合性學術研究機構。
水生所科學研究的總目標是根據國家需求，針對水生態環境不斷惡化和水質性缺水日趨嚴重的這一我國和世界性重大問題，發展淡水生態學、水生生物多樣性與資源保護、漁業生物技術和水環境工程研究，並通過這些研究在基礎、套用基礎與套用三個研究層次上的有機結合，為我國的水生態環境保護、漁業模式最佳化和水生生物資源可持續利用做出基礎性、戰略性和前瞻性貢獻，攀登水生態環境保護和水生生物資源可持續利用研究的科學高峰，將水生所建成具有高學術地位和獨特作用的、代表國家最高水平和國際著名的研究機構。
在近80年的發展歷程中，原生動物學家王家楫院士、魚類學家伍獻文院士、藻類學家饒欽止篳路藍縷，開基奠業；淡水生態學家劉建康院士、藻類學家黎尚豪院士、魚病學家倪達書著書立說，再寫華章；陳宜瑜院士、沈韞芬院士、曹文宣院士、朱作言院士、趙進東院士及眾多中青年學者發展傳統學科，開創新興領域。如今，水生所已成為以水生生物為對象的生命科學、環境科學和生物技術等多學科的綜合性研究機構，為水生生物學特別是中國內陸水體生物學的發展奠定了基礎，並在國際學術界享有盛譽。
機構沿革
水生所的前身是成立於1930年的中央研究院自然歷史博物館，主任錢天鶴，館址南京。1934年7月1日自然歷史博物館改名為動植物研究所，王家楫任所長。抗日戰爭爆發後，動植物研究所於1937年9月由南京開始遷往長沙，後到南嶽，又遷到廣西陽朔，1939年初到達四川重慶北碚。1944年5月，中央研究院評議會作出決定，動植物研究所分建為動物研究所和植物研究所。王家楫任動物研究所所長。抗日戰爭勝利後，動物研究所由北碚遷至上海。
中國科學院成立後，於1950年將原中央研究院動物所的主體、植物研究所的部分研究人員以及北平研究院動物研究所的部分研究人員合併組建為水生生物研究所，所址上海。1950年5月19日，中央人民政府政務院周恩來總理簽署了任命王家楫、伍獻文為中國科學院水生生物研究所所長、副所長的通知書。6月20日，竺可楨副院長在中國科學院第一次擴大院務會議上宣布首批15個研究機構成立，其中水生所研究有關水生生物的基本學理，以配合水生動植物生產的需要。主要任務包括水生生物資源調查，水生生物與環境的關係，養殖與育種實驗。下設太湖淡水生物研究室，室址江蘇無錫蠡園，主任伍獻文；青島海洋生物研究室，室址山東青島，主任童第周。1951年2月增設廈門海洋生物研究室，主任沈嘉瑞，1953年1月撤銷。農業部水產總局根據我國漁業和水產養殖業發展狀況，與中國科學院會商，建議水生所從上海遷至湖北武漢。1952年11月1日，中國科學院第42次院長會議同意水生所及太湖淡水生物研究室遷武漢。1954年1月，青島海洋生物研究室獨立，更名為中國科學院海洋生物研究室。1954年9月水生所及太湖淡水生物研究室遷往湖北武漢，成為我國以淡水生態學為主的水生生物學研究中心。1970年下放湖北省，改稱湖北省水生生物研究所。1978年回歸中國科學院直屬建制，恢復現名。歷任所長是王家楫、伍獻文、劉建康、潘金培、陳宜瑜、朱作言、桂建芳，現任所長趙進東。
研究所現有六個研究中心，即水生生物多樣性與資源保護研究中心、淡水生態研究中心、漁業生物技術研究中心、水環境工程研究中心、水環境與人類健康研究中心、藻類生物學及套用研究中心；擁有淡水生態與生物技術國家重點實驗室、國家淡水漁業工程技術研究中心武漢中心、國家開放台站東湖湖泊生態系統開放試驗站、中國科學院水生生物多樣性與保護重點實驗室。建有亞洲最大的淡水魚類博物館，中國最大的淡水藻種庫以及藻類、淡水無脊椎動物、魚類寄生蟲標本室和現代化的白鱀豚館，主辦《水生生物學報》。
中國生物多樣性內陸水體分部和中國生態系統網路水體分中心掛靠在水生所。中國動物學會／中國海洋湖沼學會魚類學分會，中國動物學會原生動物學分會，中國水產學會魚病專業委員會，中國環境科學學會環境生物學分會，湖北省海洋湖沼學會，湖北省動物學會，武漢市動物學會，武漢白鱀豚保護基金會掛靠在水生所。
百廢待興，科學躍進（1950－1966）
1950年6月，中國科學院第一次擴大院務會議在北京召開，會前曾要求各研究單位開會討論，收集意見。水生所討論結果為：研究方針——研究水生生物之基本學理，以配合水生動植物生產上之需要。具體任務——1、水生生物之調查與研究；2、水性環境之調查與研究；3、養殖育種之試驗；4、水生生物材料之供給。
郭沫若院長在第一次擴大院務會議的總結報告中說：“我們的研究是要理論與實際配合的，是要為工業、農業、國防建設服務的。在這個前提下確定了自然科學和社會科學各個研究所的中心任務”。具體到水生所的中心任務，郭沫若院長明確為：“準備調查研究水生生物及其生活環境，以期達到水產增產的目的。在青島設立海洋生物研究室，在太湖設立淡水生物研究室，進行魚類及其他生物的研究，並且與食品工業部門配合。”
50年代初期，水生所在研究室下分設魚類組、浮遊動物組、浮游植物組、魚類寄生蟲組、形態組、化學組。我國近代生物學的主要奠基人秉志在水生所任研究員（1950－1955年）並主持形態組的研究工作。
1950年，伍獻文主持開展了江蘇五里湖魚類資源調查工作。1952年，饒欽止在《科學通報》發表《介紹一個消滅“湖靛”的有效方法》，為治理藻類水華的首次報導。1950年起，在江蘇、浙江和廣東省的重要養魚地區進行魚病調查；1953年，倪達書主持在浙江省吳興縣菱湖鎮建立了中國第一個魚病工作站，提出了用生石灰清塘消毒，混合堆肥飼養魚苗，漂白粉在食台周圍掛簍和硫酸銅掛袋等一系列簡便易行、效果顯著的防治魚病方法並以短訓班、講習班等形式培訓全國各地的魚病科技工作者。
發展國民經濟的第一個五年計畫制定後，湖泊放養成為發展淡水漁業的主要措施之一。1953年，成立水生所湖泊調查隊，饒欽止和黎尚豪分任總隊長和總隊副，除水生所科研人員26人外，還有湖北、湖南、江西、河南四省的水產幹部及上海水產學院學生41人，在長江中下游以及淮河流域開展湖泊調查，為湖泊放養奠定了科學基礎；1956年出版《湖泊調查基本知識》，是我國第一本湖泊調查的綜合性參考書。
1955－1957年在長江中游開展“梁子湖魚類生態調查”，劉建康負責，發表15篇論文，涉及魚類個體生態學、魚類分類學、水環境、水化學研究。1956年起，開展青藏高原魚類生物學研究。
1959年起，伍獻文組織編寫《中國鯉科魚類志》，1964年出版上卷。伍獻文等編著《中國經濟動物志·淡水魚類》，1963年出版。
1958年開展“長江魚類生態調查”工作，劉建康負責，分別在長江上游的重慶木洞、中游的湖北宜昌、下游的上海崇明設立工作點。1960年參加了長江流域規劃辦公室為三峽水利樞紐建設而組織的家魚產卵場調查大協作，取得了關於產漂流性卵魚類的胚胎髮育和魚苗資源的資料，證明了長江中草魚、青魚、鰱、鱅四大家魚天然產卵場的分布除了宜昌外，在中下游也有不同大小規模的產卵場分布，為葛洲壩水利樞紐不建過魚設施提供了科學依據。1961－1964年在江西湖口設站進行了連續4年的長江中游經濟魚類的生物學和漁業資源調查工作。
1959年，在國家科學技術委員會水產組和水產部聯合召開的全國水產科學技術與教育會議上，水生所提出有關單位協作總結我國淡水養魚經驗的倡議得到回響，決定由水生所主持編寫工作，於1961年出版《中國淡水魚類養殖學》。王家楫1960年出版《中國淡水輪蟲志》。
1961年，適應學科發展和國民經濟發展需要，組建魚類學、魚病學、淡水生態學、藻類學4個研究室。
1955年，王家楫、伍獻文選聘為中國科學院學部委員（院士）。
1956年起，水生所開始招收研究生，至1965年共培養水生生物學專業研究生20人。1958年，水生所創立武漢水產大學，王家楫任校長，90名學生由各水產大省的水產技術人員和應屆高中畢業生組成，學制3年，為湖北、廣西、廣東、江蘇、山東等省培養了一批水產專業幹部，部分畢業生留水生所工作。
這個時期國際合作與交流主要有：王家楫1960年代表中國赴越南規劃設立中央水產研究所；伍獻文、饒欽止1956年赴芬蘭赫爾辛基出席國際湖沼會議；1957年與蘇聯合作開展黑龍江魚類資源調查；王家楫、伍獻文1962年代表中國赴蘇聯列寧格勒出席太平洋西部漁業委員會；以及選派青年科研人員赴蘇聯留學等。
十年曲折，艱難前行（1966－1976）
1966年，“文化大革命”爆發，水生所的科學研究工作受到極大衝擊。1969年，進駐水生所的工宣隊軍宣隊負責人憑空捏造罪名，製造冤案，將所領導、科研人員等108人打成國民黨軍統、中統特務，關押起來，進行批鬥。
1971年，一批科研人員被下放到湖北省南漳縣勞動，實際是歧視知識分子、片面強調體力勞動。
眾多科研人員儘管受到不公正待遇，但依然心繫國家，心繫科學事業。1971年，被錯誤關押的科研人員從“牛棚”里解放出來。伍獻文提出的第一個要求就是：“請允許我拿起筆，我要將《中國鯉科魚類志》寫完。”劉建康接受了去武漢鋼鐵公司解決工業冷卻水管道被淡水殼菜堵塞問題的任務，並開始組織東湖漁業增產和穩產高產試驗。
1973年，出版《中國淡水魚類養殖學》（第二版），同年還出版《湖北省魚病病原區系圖志》，1976年出版《長江魚類》。
我國歷史上的稻田養魚主要是利用稻田水體飼養少量食用魚。1972年，倪達書帶著稻田養魚的新構想，到武漢市東西湖養殖場農業隊進行為期三年的試驗研究，每畝養魚稻田增產稻穀8%－43.7%，實現了稻田養魚，以魚促稻增產的構想。
針對我國農田普遍氮肥不足的狀況，黎尚豪提出在稻田放養固氮藍藻為晚稻補充肥料的構想，通過從稻田選育優良藻種、切實可行的生理調控和大量培養技術的研究和反覆實踐，終於在晚稻田放養固氮藍藻獲得成功，達到使晚稻田增肥、提高產量的目的，提高稻產量可達15%。
隨著大規模淡水魚類人工養殖的興起，對養殖品種的迫切需求促使水生所於1972年新設立魚類遺傳育種學研究室。通過引種馴化，取得了團頭魴人工養殖和細鱗斜頜鯝養殖等成果。
1972年第一次國際環保大會和1973年第一屆全國環境保護會議的召開，促使水生所於1973年新設立水污染生物學研究室。開展了湖北鴨兒湖地區農藥污染調查研究、北京官廳水庫水源保護研究、金沙江至長江口污染調查等工作，開始氧化塘工程方案的研究。
撥亂反正，科學春天（1976－1998）
1976年“文化大革命”結束，科學研究逐步走上正軌。水生所的科研發展在這段時期從4個學科領域分述。系統進化與資源生物學研究
水生所從20世紀30年代起，就開始建立魚類、水生無脊椎動物、藻類3個標本館。經過幾代科學工作者的努力，如今魚類標本館已收藏了30餘萬號標本，近1000種中國淡水魚類，其中模式標本230餘種，還有600餘種國外魚類標本，成為亞洲最大的魚類標本館。水生無脊椎動物標本館收藏了原生動物、線蟲、輪蟲、環節動物、軟體動物、節肢動物等1萬餘號，其中模式標本近100種。藻類標本館收藏了我國各種不同生態環境不同時期的淡水藻類標本3萬餘號，成為我國最大的淡水藻類標本館。50年代起，又陸續建立了魚病病原體、寄生蟲標本館、淡水鯨類標本館、淡水藻種庫和中國水生生物及內陸水體資料庫。
在對大量豐富的館藏標本的整理研究基礎上，《中國鯉科魚類志（上、下）》、《中國鞘藻類目專志》、《中國淡水輪蟲志》、《長江魚類》、《中國魚類系統檢索》、《中國淡水魚類原色圖集（1－3）》、《西藏水生無脊椎動物》等數十部研究專著陸續出版。其中伍獻文等《中國鯉科魚類志（上、下）》系統地記述了分布於中國水域的鯉科魚類113屬、412種，為魚類系統演化、動物地理的研究、掌握和利用淡水魚類資源、引種馴化、雜交育種、淡水魚類的發展提供了寶貴的基礎資料。它不僅是研究中國淡水魚類的必備文獻，也是研究全世界鯉科魚類的重要資料，1982年獲得國家自然科學獎二等獎。饒欽止《中國鞘藻類目專志》詳細描述了中國產的鞘藻屬和毛鞘藻屬的種類共301種、81變種和33變型，其中149種是產於中國的新種。該著作在國際上影響很大，成為我國藻類志編研的範本，1982年獲得國家自然科學獎二等獎。
水生所20多位學者參與了“中國生物志”的編研工作。已出版的有《中國動物志·硬骨魚綱·鯉形目》中卷、下卷；《中國淡水藻志》8個卷冊；《中國動物志·環節動物門·蛭綱》。
伍獻文、陳宜瑜在國內較早使用分支系統學理論對淡水魚類中的重要類群——鯉形目和鯉科進行了深入研究，得到了國際魚類學界矚目的成果。曹文宣、陳宜瑜通過對青藏高原特有的裂腹魚類生物學特點及其與高原環境變化適應性關係的研究，創新性地從裂腹魚類的起源、演化和分布的角度，論證了青藏高原的地質發展歷史。
在生物多樣性研究方面，成立了BRIM內陸水體分中心，開展淡水生物多樣性的保護和研究，參與制訂中國瀕危動物紅皮書，為我國淡水魚類的保護提供了重要依據。在白鱀豚的保護生物學研究中作出了非常有國際影響的工作，白鱀豚是僅生活於我國長江的珍稀水生哺乳動物，也是世界現存鯨類動物中最瀕危的一種。水生所從1978年開始對白鱀豚進行了系統、全面的科學研究，並提出了利用長江故道建立半自然性質的保護區，在白鱀豚活動較多的江段建立自然保護區和在人工飼養條件下飼養和繁殖白鱀豚的三大保護措施。1980年被漁民在長江洞庭湖口捕到的雄性白鱀豚“淇淇”在水生所人工飼養成功，長江江豚也在水生所飼養成功。白鱀豚研究組1985年從魚類學研究室獨立出來，成為水生所直屬研究組，1992年成立白鱀豚研究室。
劉永定主持的藻類在外層空間環境的適應與功能研究項目曾5次成功搭載我國返地式衛星、1次成功搭載神舟飛船遨遊太空；在藻類資源研究中，螺鏇藻及其提取產物已在醫療和保健上廣泛利用；天然色素（螺鏇藻藻藍蛋白、紅球藻的蝦青素）的提取和生產已達到中試生產規模。脂肪酸資源和珍稀水產品的開口餌料的選育、保種和批量生產等已有較好的研究積累，水華藻類和赤潮藻類形成的原因和規律，有害藻類的監測和生物控制以及藻毒素資源的再利用研究得到了國家的肯定。
淡水生態學研究
水生所是國內率先開展淡水生態學研究的科研機構，劉建康主持的以武漢東湖為基地的淡水生態學研究已持續了55年。通過對東湖生態系統進行的各學科、各專業的定位觀測和系統實驗，深入探討了東湖生態系統結構、功能及演變規律，不僅創建和發展了我國的淡水生態學，也是世界上首次對亞熱帶地區淺水湖泊生態系統進行的綜合性和系統性研究，填補了有關濾食性魚類對湖泊生態系統的下行效應方面的研究空白，有關的論文和專著已成為我國水域生態系統和漁業研究的指導性文獻。1989年《世界湖沼資料》評價說，“中國科學院水生生物研究所的科學活動，使東湖成為世界湖沼學家最熟悉的中國湖泊之一”。“東湖生態學研究”1995年獲得國家自然科學獎三等獎。
鑒於國家大力發展水產業的需要，水生所於20世紀70年代提出大水面漁業的概念，發展了以傳統養殖鯉科魚類（鰱、鱅、草魚、鯉魚等）放養為主的漁業模式，獲得了很高的產量，並成為我國中小型湖泊的主要漁業模式。其中在漁業生態學理論上的重要進展是建立了從餌料生物估算主要放養魚類漁產潛力的理論。80年代中，通過圍欄養殖和在大湖中放流、調整魚類種群結構，提出了生態漁業——即以湖泊生態系統結構功能特點為基礎，結合人工生物操縱，實現環境效益、漁業效益同步發展的技術，應作為今後湖泊漁業管理的主攻方向。90年代以來，將生物操縱理論用於大水面漁業，開展集約化養殖的理論和相關技術研究，推動了我國淡水養殖業從粗放式向技術密集的集約式和效益型方向發展。
劉建康、何碧梧主編的《中國淡水魚類養殖學》第三版1992年出版，被列為農業領域的當代科技重要著作之一。
1980年，倪達書在中國科學院長沙農業現代化研究所桃源試驗站進行“稻田養草魚種及其生態功能的研究”。這項成果提出了稻魚共生理論，闡述了稻田養草魚種的生態功能。通過農漁結合的研究，制定了稻田養魚的技術操作規程，確定了稻魚配套的幾種形式，並進行了農漁結合試點，解決了稻魚矛盾，妥善地將水稻種植業和水產養殖業有機地結合起來。1990年出版《稻田養魚的理論與實踐》專著。
促進水產業健康發展的關鍵措施之一是病害防治。水生所首次發現並分離提純引起草魚出血病的呼腸孤病毒，完成草魚出血病病原的研究和大黃、烏柏葉對粘細菌性血病治療及其藥理研究，研究範圍從寄生蟲魚病發展到細菌性魚病，使近100種魚病大部分在池塘能得到控制。進入20世紀80年代末期，我國水產病害的研究呈現多元化趨勢。最引人注目的大概是對蝦病毒和淡水魚類爆發病的研究。水生所在對蝦病毒性病原的分類鑑定、快速診斷等方面取得了實質性成果；在淡水魚類爆發性傳染病的研究方面，發現了嗜水氣單胞菌、魯克耶爾森菌和弧菌三種病原微生物，並認識了它們的發生規律，為該病的防治打下了堅實的基礎。此外，還開展了鰻鱺疾病的研究，並在中華鱉的病毒病、鱖魚的寄生蟲病、細菌病和病毒病、美國青蛙病毒病等方面取得了國內領先的研究進展。
水生所在開展“葛洲壩水利樞紐工程對長江魚類資源影響評價和救魚措施研究”中，論證了救護中華鱘的可行措施是人工繁殖放流，而為其修建過魚設施很難實現救護目的。國家有關部門據此作出了不建過魚設施的決策，僅基建投資就節約人民幣5300萬元。在中科院重大項目“洪湖水體生物生產力綜合開發及湖泊生態環境最佳化研究”和“長江中下游淺水湖泊生態漁業研究”中，針對湖泊在資源利用和生態環境上存在的問題，通過圍圈飼養草食性魚類、半堤半網式攔養模式養魚、野菰的開發利用以及提高湖泊冬季水位等措施，從而減緩了湖泊的沼澤化進程，緩解了湖泊調蓄與漁業生產以及農業生產與水產生產的矛盾，大幅度提高了魚產量，為我國大型湖泊的綜合開發和生態治理探索出一條有效途徑。
1991年起，李植生等5人5次參加南極科考隊，開展對南極淡水生態系統的考察研究。淡水生態學研究室1972年設立水庫組，後發展為水庫漁業研究室。水生所受水利部錢正英部長委託，於1987年將水庫漁業研究室劃出，成立水利部、中國科學院水庫漁業研究所。淡水生態學研究室地理組1985年劃分到中國科學院地球物理與測量研究所，成為該所國土資源研究室的主體。淡水生態學研究室湖泊組1992年分出，以研究室建製成立東湖生態試驗站。
國際合作與交流
水生所與德國環境與健康研究中心（GSF）生態化學所開展合作，1994年成立中德生態毒理學聯合實驗室，從事環境化學品環境分析，環境行為和生態毒理學研究；1996年獲得德國著名財團大眾汽車（VW）科學基金會78.3萬馬克的資助，建立了我國第一個二惡英類化合物研究專用實驗室，並於2001年成為衛生部首家認定的二惡英檢測實驗室。
1986年10月，由國際自然保護聯盟（IUCN）鯨類專家小組主席佩林建議，中國國家環境保護局、中國科學院和國際自然保護聯盟共同主持，水生所主辦了“淡水豚類生物學和物種保護國際學術討論會”。會議結束後，國際自然保護聯盟立即將白鱀豚由“情況不明種”改列入保護級別最高的“瀕危種”。1992年新白鱀豚館建設中日本國際協力事業團（JICA）援助了濾水設備、冷卻設備和消毒設備等。
1992年，由加拿大國際發展研究中心（IDRC）資助，特邀沈韞芬赴韓國，與韓國科學家合作，運用PFU法在韓國漢江監測水污染獲得成功。
1992年，英國阿伯丁大學分子和細胞生物學系與動物學系在世界範圍招聘一名魚類生物技術教學和研究專家，朱作言成功應聘，為阿伯丁大學建立起一座魚類基因工程實驗室。
“國際河流與湖泊環境會議”是亞洲湖沼學研究的主要學術交流會議，由於水生所在湖沼學研究領域取得的卓越成績，於1996年、1998年作為東道主主持召開了第八屆、第九屆國際河流與湖泊環境會議。
“熱帶與亞熱帶區域水質改善、回用與水生態系重建的生物工藝學研究”是歐洲聯盟第四個框架（五年）計畫中與開發中國家科技合作項目，由水生所發起並組織，1997年啟動，已獲得多項研究成果，並在德國、奧地利和中國武漢、深圳等地推廣套用。
知識創新，再攀高峰（1998－）
中國科學院1998年啟動的知識創新工程是國家創新體系建設的一部分。
水生所淡水生態與生物技術國家重點實驗室及7個青年科學家小組共20人先期進入院知識創新工程試點。2001年7月，水生所《全面推進階段創新工程試點工作方案》順利通過院黨組評審表決，成為中科院知識創新工程全面推進階段首批試點單位。
重點學科領域、主要研究方向的調整目標是：圍繞實現健康的水生態環境這一重大國家需求，構建生態學技術和分子生物學技術兩個技術平台，解決水生態環境保護、漁業模式最佳化和水生生物資源可持續利用三個關鍵而又相互關聯的科學問題，重點發展淡水生態學、水生生物多樣性與資源保護、漁業生物技術和水環境工程四個研究方向，為維護和改善內陸水體的生態環境、保護淡水資源、發展淡水漁業提供理論依據和技術支撐。
在淡水生態學領域，主要發展和豐富淡水生態學理論，建立水生植被的恢復技術，揭示湖泊富營養化的生物學機制及其防治對策，為淡水生態系統管理提供理論和方法，並為淡水生態環境保護和水生生物資源可持續利用的國家巨觀決策提供科學依據。在水生生物多樣性與資源保護領域，為評估全球變化對水生生物的影響提供歷史證據，為特有、珍稀和瀕危水生動物的保護提供理論基礎和對策，為實現水生生物資源的利用與保護的協調發展提供理論依據。在漁業生物技術領域，著重研究水生經濟動物遺傳育種和病害控制的發育和遺傳基礎，建立相應的理論和技術，努力發展無公害優質高效漁業模式，並建立與我國經濟發展水平相適應的集約化養殖新工藝。在水環境工程領域，發展水污染的監測技術，建立水環境監測與評估的理論和方法，研究開發污染物的高效實用處理技術和環境生態工程技術，結合計算機及地理信息系統技術，建立污染管理與控制網路系統，為環境污染控制決策提供科學依據。
為實現科技目標，重新整合研究力量，成立四個研究中心：水生生物多樣性與資源保護研究中心、淡水生態研究中心、漁業生物技術研究中心、水環境工程研究中心。之後，2006年成立水環境與人類健康研究中心，2009年成立藻類生物學及套用研究中心。2009年7月，中國科學院水生生物多樣性與保護重點實驗室揭牌。
中科院下屬分院機構
| 中國科學院於1949年11月在北京成立，是國家科學技術方面最高學術機構和全國自然科學與高新技術綜合研究發展中心。一起盤點一下中科院下屬的分院機構。 |
