鬣蜥亞目
低冠蜥
冠蜥美洲鬣蜥科
美洲鬣蜥科又稱鬣鱗蜥科，是爬行動物中的大科，約有54屬550~880種，主要分布於新大陸從加拿大西南部到美洲最南端，也有少數分布於舊大陸的馬達加斯加島和西太平洋的斐濟、湯加等島嶼。美洲鬣蜥科的成員十分龐雜，可分成多達8個亞科，而這最近這8個亞科也常被升級為8個不同的科。
海鬣蜥美洲鬣蜥亞科有10屬36~38種，分布於美國南部島巴拉圭之間的美洲大陸，加勒比海諸島和加拉帕哥斯群島，並有一個屬分布於斐濟、湯加等西太平洋島嶼，其中包括一些美洲體型最大和最著名的蜥蜴。綠鬣蜥身長可達2米，是西半球最長的蜥蜴，常被當作寵物飼養。海鬣蜥分布於加拉帕哥斯群島，是現存唯一半海生性的蜥蜴，善於游泳，在海中進食。分布於斐濟和湯加的低冠蜥屬成員分布區與其美洲的同類相隔不下9000公里，它們如何到達這裡很難解釋
2.安樂蜥亞科 安樂蜥亞科是美洲鬣蜥科最大的亞科，多達11屬和250~392種，主要分布於中南美洲和加勒比海諸島，少數可到達美國東南部。安樂蜥體型比較小，多為樹棲，善於變換身體的顏色，相當於美洲的變色龍。
3.盔蜥亞科
盔蜥亞科有3屬9種，分布於墨西哥到厄瓜多，體型較大，大者可接近1米，是行動敏捷的樹棲蜥蜴，也擅長游泳，並可以在水面上用後肢奔跑一段距離。
太陽角蜥角蜥亞科有8屬40~124種，包括角蜥、強棱蜥、猶他蜥等，分布於加拿大南部到巴拿馬一帶，主要為陸棲，有些種類可以生活於荒漠中。其中角蜥屬成員在遇到危險時眼睛可以噴出血來嚇唬敵人。角蜥屬體型短粗，與大多數蜥蜴截然不同，也與同亞科其它成員不同。
5.項圈蜥亞科
項圈蜥亞科有2屬5~10種，分布於北美洲西南部從美國俄勒岡州到墨西哥北部一帶，主要生存於荒漠等荒涼地區，行動敏捷。
黑斑嵴尾蜥嵴尾蜥亞科有13屬120~292種，分布於中南美洲、加勒比海諸島和加拉帕哥斯群島，生活於從雨林到荒漠的多種生態環境中，多在陸地生活，少數為樹棲或在岩石上活動。嵴尾蜥多體型很小，動作靈活。
7.櫛尾蜥亞科
櫛尾蜥亞科約有3屬10種，分布於巴拿馬到秘魯一帶，為生活於濕潤或乾旱森林中的陸棲蜥蜴，體型較小或較大，尾上有棘刺作為防禦武器。
8.盾尾蜥亞科
盾尾蜥亞科有2屬7種，生活在馬達加斯加島及附近的葛摩群島，與美洲鬣蜥科其它成員相距甚遠。在與馬達加斯加島鄰近的非洲大陸只有鬣蜥科成員而沒有美洲鬣蜥科成員，而馬達加斯加島則只有美洲鬣蜥科成員而沒有鬣蜥科成員。盾尾蜥生活於乾旱到半濕潤地區，陸棲或樹棲。
傘蜥鬣蜥科有40~53屬300~377種，分布遍及舊大陸的大多數溫暖地區，只是不出現在馬達加斯加島等一些島嶼上，而在亞洲南部和大洋洲最豐富，非洲和歐洲則較少。鬣蜥科有不少和美洲鬣蜥科相對應的成員，也有一些非常獨特的類型。分布於亞洲南部和大洋洲的長鬣蜥與美洲鬣蜥亞科的成員非常相似。分布於印度尼西亞東部和菲律賓的兩種海蜥與冠蜥亞科的成員頗有些相似。還有不少種小型的鬣蜥善於變換山體的顏色，頗似安樂蜥。鬣蜥科最獨特的類型可以在亞洲南部和大洋洲找到。亞洲的飛蜥屬體側有肋骨撐起的皮膜，可以在空中滑翔。澳洲的傘蜥頭上有大的皮褶，遇到危險時撐開以威嚇敵人。澳洲荒漠地區的魔蜥身上布滿棘刺，以螞蟻為食。
傑克孫避役避役科有4~6屬85~158種，主要分布於非洲特別是馬達加斯加島，少數分布於亞洲和歐洲南部。避役即變色龍，可以說是最獨特的蜥蜴，除了善於變換身體的顏色外，還有能分別看不同方向的眼睛，長長的有粘性的舌頭。避役科成員多數為樹棲，有能纏繞的尾巴，腳趾也可以對握，可以牢牢地抓在樹上。有些種類的避役頭上還有角或其他突起物，比如東非的傑克孫避役頭上有三隻角，讓人聯想起史前的三角龍。
壁虎亞目
霸王嶺瞼虎壁虎科
壁虎科有不下90屬900~1000種，是蜥蜴中的第二大科，遍及世界各地，包括一些島嶼和高山。壁虎科身體扁平，尾可自行截斷再生，多在夜間活動。壁虎主要為森林中的樹棲蜥蜴，腳有粘附能力，但在沙漠等其它環境中種類也不少，也有一些成員在白天活動。壁虎科的成員比較複雜，可以分成幾個亞科，也有人將壁虎科拆成2~3個不同的科。壁虎科中比較原始的成員具有可以活動的眼瞼，而其它壁虎乃至同亞目的鱗腳蜥的眼瞼均不能活動，它們常被單獨劃分成瞼虎科，有大約5屬22種，又可分成瞼虎和貓眼虎兩大類。瞼虎分布於非洲、亞洲和中北美洲，其攀附能力要弱於多數壁虎，更傾向於在地面活動。在大洋洲有約14屬110種壁虎有時被單列為澳虎科。
多趾虎鱗腳蜥科
澳蛇蜥夜蜥蜴科
夜蜥蜴科有3屬18~26種，分布於美洲中部從美國西南部到巴拿馬之間，也見於古巴。夜蜥蜴科身體扁平，沒有活動的眼瞼，多夜間活動，略似壁虎，但於壁虎的關係尚不明朗，也有人將其置於石龍子亞目。
尼科巴雙足蜥雙足蜥科有2屬11~16種，是分布於東南亞的穴居蜥蜴，目前對其所知甚少，分類地位不定。雙足蜥科成員僅雄性有短的後肢，眼退化，體小似蚯蚓，從外表上看易與盲蛇、無足的石龍子或小型蛇蜥混淆。有人將其置於石龍子亞目，也有人將其列為一獨立的亞目。
石龍子亞目
石龍子亞目是蜥蜴中的最大一類，包括將近半數的蜥蜴，多有典型的蜥蜴體型，但也有些四肢退化，很多成員尾可自行截斷再生。
犰狳環尾蜥非洲蜥蜴科是分布於非洲的小科，身上有厚重的鱗甲，有人將其分成環尾蜥科C和板蜥科兩個不同的科。環尾蜥科4屬52種，分布於非洲大陸，身上的鱗甲不僅厚重，還常呈棘刺狀，具有很好的能力，其中最著名的是生活於非洲西南部沙漠中的犰狳環尾蜥，可以象犰狳或穿山甲那樣將身體團成球狀來保護自己，在團成球狀時，用嘴咬住自己的尾尖。板蜥科6屬32種，其中4屬分布於非洲大陸，2屬分布於馬達加斯加島，身上的鱗甲不呈棘刺狀。
蜥蜴科
胎生蜥蜴
雙領蜥美洲蜥蜴科是蜥蜴科在新大陸對應的成員，有人將其進一步劃分為美洲蜥蜴科和裸眼蜥科兩個科。美洲蜥蜴科有9屬100~186種，在南北美洲均有分布，按體型大小可以分成大小兩個類群，大型的成員如南美洲的閃光蜥和雙領蜥體長可超過1米，閃光蜥習性近似鱷魚，為半水棲性，身上也有似鱷魚的裝甲，雙領蜥習性似巨蜥，彌補了巨蜥在西半球的空缺。美洲蜥蜴科的小型成員中最著名的是健肢蜥或稱鞭尾蜥，這是美洲蜥蜴科分布最北的成員也是唯一分布於美國境內的成員，其尾部細長，行動敏捷。裸眼蜥科有30屬130~186種，分布於墨西哥以南的美洲各地，其中以南美洲熱帶地區最為豐富。裸眼蜥科成員均體型很小，多為典型的典型的蜥蜴體型，如下木裸眼蜥，體型似常見的石龍子。也有些種類的裸眼蜥四肢有不同程度的退化，與其它四肢退化的蜥蜴不同，裸眼蜥科成員後肢退化比前肢退化更為顯著，並有僅有前肢的種類。
石龍子科
東部藍舌石龍子蛇蜥亞目
北蠕蜥
脆蛇蛇蜥科有10~13屬90~110多種，可以分成4個不同的亞科，兩個亞科的成員四肢健全，另外兩個則沒有四肢而外形似蛇或蚯蚓。四肢健全的兩個亞科為側褶蜥亞科和肢蛇蜥亞科，均限於新大陸。側褶蜥亞科有近40種，分布於加拿大西南部到美洲熱帶地區，其中在墨西哥和瓜地馬拉種類最多。側褶蜥為樹棲或陸棲，樹棲的成員有可以纏繞的尾。肢蛇蜥亞科有3屬37種，其中很多種類生活於加勒比海諸島，其它美洲熱帶地區也能見到。肢蛇蜥亞科成員多體型似石龍子，四肢細小，其中南美洲的缺肢蜥只有不發達的後肢，外貌與蛇蜥亞科的成員有些類似。蛇蜥亞科是所有無足蜥蜴中最著名的，分布廣泛，除了北美洲外，在歐亞大陸和非洲北部也能見到，是本科唯一可見於舊大陸的代表。蛇蜥亞科成員外形與蛇非常相似，但是有可以活動的眼瞼，有耳洞，尾部可以自行截斷。蛇蜥亞科中擁有本科體型最大的成員，其中棕脆蛇身長可達1.4米。另一個無足的亞科是蠕蜥亞科，僅以分布於美洲加利福尼亞州的北蠕蜥為代表。蠕蜥身體很小，穴居似蚯蚓，有活動的眼瞼但沒有耳洞。蠕蜥亞科常被升級為獨立的科。
異蜥異蜥科
異蜥科包括北美洲的3~6種異蜥和中國的鱷蜥，近來奪趨向於將二者分列異蜥科和鱷蜥科，它們均為中等體型，身上有似鱷的鱗甲，卵胎生。異蜥分布於墨西哥到瓜地馬拉一帶，適應多種生存環境，鱷蜥僅產於中國廣西部分地區，半水棲性。
鈍尾毒蜥毒蜥科包括北美洲的兩種毒蜥，即美國西南部到墨西哥西北部的鈍尾毒蜥和分布於墨西哥到瓜地馬拉太平洋沿岸的珠毒蜥，它們是現存僅有的有毒蜥蜴，與毒蛇不同，毒蜥的毒牙不是在上頜而是在下頜。珠毒蜥體長可達1米，生活於熱帶落葉林或灌叢地帶，鈍尾毒蜥體型幾乎要小一半，生活於荒漠和乾草原。毒蜥都是行動緩慢的肉食動物，主要食洞穴中的幼鼠，也食鳥蛋等其它多種食物。
擬毒蜥婆羅蜥科又稱擬毒蜥科，僅以婆羅州的婆羅蜥或稱擬毒蜥為代表。婆羅蜥科介於毒蜥科和巨蜥科之間，而外表則略似異蜥科成員。婆羅蜥沒有耳洞，半穴居性，生活於婆羅州沙撈越的河岸森林中，目前人們對其所之甚少。
科莫多巨蜥巨蜥科有1屬34~56種，主要分布於大洋洲，夜間於非洲和亞洲熱帶地區。巨蜥科包括現存體型最大的蜥蜴，其中最著名的是分布於印度尼西亞小巽他群島部分島嶼的科莫多巨蜥，身長可超過3米，重達165公斤，紐幾內亞島的黃點巨蜥有長達5米的不可靠紀錄，但可靠紀錄不到3米，黃點巨蜥身材遠比科莫多巨蜥消瘦，同樣身長重量要輕很多。巨蜥科也有些小型種類，如澳洲的短尾巨蜥頭體長僅12厘米。巨蜥都食動物性食物，其中最大的科莫多巨蜥可以捕食大型的哺乳動物，小型的種類則以昆蟲為主食，其它很多巨蜥食性廣泛，包括腐肉、鳥蛋和各種能捕到的小動物。
