LOGO歷史
1995年8月28日，拉脫維亞政府與北歐航空簽署了合資協定，正式成立波羅的海航空。同年10月1日，波羅的海航空首架薩博340飛機抵達里加，並在當天首航成功。
1996年1月，波羅的海航空首架AvroRJ70飛機交付使用。同年7月，該公司加入北歐航空的常旅客計畫EuroBonus。1997年4月，貨運部門成立。1998年11月，首架福克50飛機交付使用。1999年1月，公司進行改制，由有限責任公司改為聯合股份制公司，並在9月份起實施“歐洲航空運行標準”。當年6月，波羅的海航空的薩博340飛機全部退役，並由福克50飛機接替。新世紀到來之時，公司啟用新式制服，並與北歐航空以及GlobeGround合資在里加國際機場設立現代化的“波羅的海貨運中心”。2001年10月30日，北歐航空購進SwedfundInternationalAB和IØDanishInvestmentFundforCentralandEasternEurope所持有的股份，由此，波羅的海航空新的股東構成為：拉脫維亞政府52.6%，北歐航空47.2%，Transaero0.2%。當年，波羅的海航空實現公司成立6年以來首次贏利。
2003年，首架波音737-500飛機加盟波羅的海航空。2004年6月，波羅的海航空將維爾紐斯國際機場設為新的樞紐，首批開通5條新航線，因此成為波羅的海國家裡首家利用歐盟航空市場開放政策的航空公司。同年10月，波羅的海航空啟用公司新標誌，使用至今。2005年，首次實現全年旅客運輸量突破100萬人次。2006年12月，波羅的海航空引進首架波音737-300飛機。2007年7月份起，波羅的海航空在波羅的海國家航空業界率先推出網上辦理登機手續的服務，使用這項服務的客戶在短短三個月後就達到1萬人次。同年，首次實現全年旅客運輸量突破200萬人次。
2008年，兩架波音757-200ER長途客機和三架波音737-300加盟波羅的海航空機隊。2008年3月10日，波羅的海航空宣布將在未來三年內擴大機隊規模，引進機型為龐巴迪Q400NextGen，2009年11月起交貨，以取代現有的福克50。這將成為公司歷史上最大規模的一次機隊擴充。
2008年秋天，波羅的海航空與其長期競爭對手立陶宛航空（FlyLAL）之間的衝突進一步升級。9月30日，《波羅的海商報》引述拉脫維亞通訊社的訊息稱，波羅的海航空將退出立陶宛市場。事情的起因是瀕臨破產的立陶宛航空向維爾紐斯地區法院指控波羅的海航空與里加國際機場違反競爭法，並造成立陶宛航空4千萬拉特的經濟損失。法院裁決立陶宛航空勝訴，並將扣留波羅的海航空與里加國際機場相應價值的財產。報導稱，拉脫維亞交通部長AinārsŠlesers對立陶宛方面的做法感到憤怒，他在接受採訪時說，立陶宛航空採取這樣的方式來挽救自己的破產，而一旦立陶宛航空破產、波羅的海航空退出立陶宛市場，最終的受害者卻是立陶宛居民。他還指出，波羅的海航空與里加國際機場在立陶宛並沒有財產。AinārsŠlesers強調，拉脫維亞從未對立陶宛駐拉企業做出任何不恰當的行為，立方的這項決定是不公平的。拉脫維亞外交部新聞發言人IvarsLasis在接受電話採訪時說，拉方對維爾紐斯地區法院的裁決表示關注，並向立陶宛駐拉使館發出照會，要求立方給予解釋。但第二天的報導稱，波羅的海航空總裁BertoltFlick否認了退出立陶宛市場的訊息，但表明將重新評估在立陶宛的業務。他還在新聞發布會上指出，根據歐盟法律，一國無權查封分布在另一國的財產。10月2日的報導稱，立陶宛航空總裁GediminasZiemelis聲明維爾紐斯國際機場將取代里加國際機場成為波羅的海國家的航空樞紐，立陶宛航空不鼓勵立陶宛公民使用里加國際機場。
2009年初，北歐航空將其持有的47.2%的波羅的海航空股份以1400萬拉特的價格出售，買方為波羅的海航空管理層。但雙方的商業合作仍將繼續。同年11月1日起，波羅的海航空啟用自己的常旅客計畫BalticMiles，同時調整與eurobonus的合作關係。從當天起，波羅的海航空僅在斯德哥爾摩、奧斯陸、哥本哈根航線上與eurobonus繼續合作。
目的地
波羅的海航空的現有航線通達下列31個國家的54個城市（不包括由其他航空公司執行的代碼共享航班）。
| 國家 | 城市 | 機場 | 機場代碼 | 備註 |
| 亞美尼亞 | 葉里溫 | 茲瓦爾特諾茨國際機場 | EVN | |
| 奧地利 | 維也納 | 維也納國際機場 | VIE | |
| 亞塞拜然 | 巴庫 | 蓋達爾·阿利耶夫國際機場 | GYD | |
| 白俄羅斯 | 明斯克 | 明斯克國際機場 | MSQ | |
| 比利時 | 布魯塞爾 | 布魯塞爾機場 | BRU | |
| 丹麥 | 比隆 | 比隆機場 | BLL | |
| 哥本哈根 | 哥本哈根凱斯楚普機場 | CPH | ||
| 埃及 | 古爾代蓋 | 古爾代蓋國際機場 | HRG | |
| 沙姆沙伊赫 | 沙姆沙伊赫國際機場 | SSH | 季節性 | |
| 愛沙尼亞 | 塔林 | 塔林倫納特梅里機場 | TLL | |
| 芬蘭 | 赫爾辛基 | 赫爾辛基－萬塔機場 | HEL | |
| 庫奧皮奧 | 庫奧皮奧機場 | KUO | ||
| 奧盧 | 奧盧機場 | OUL | ||
| 坦佩雷 | 坦佩雷－皮爾卡拉機場 | TMP | ||
| 法國 | 尼斯 | 尼斯藍色海岸機場 | NCE | |
| 巴黎 | 巴黎－夏爾·戴高樂機場 | CDG | ||
| 喬治亞 | 提比里西 | 提比里西國際機場 | TBS | |
| 德國 | 柏林 | 柏林－泰格爾機場 | TXL | |
| 杜塞道夫 | 杜塞道夫國際機場 | DUS | ||
| 漢堡 | 漢堡機場 | HAM | ||
| 漢諾瓦 | 漢諾瓦機場 | HAJ | ||
| 慕尼黑 | 慕尼黑機場 | MUC | ||
| 希臘 | 雅典 | 雅典埃萊夫塞里奧斯韋尼澤洛斯國際機場 | ATH | 季節性 |
| 愛爾蘭 | 都柏林 | 都柏林機場 | DUB | |
| 以色列 | 特拉維夫 | 本-古里安國際機場 | TLV | |
| 義大利 | 米蘭 | 米蘭－馬爾彭薩機場 | MXP | |
| 羅馬 | 羅馬－菲烏米奇諾機場 | FCO | ||
| 威尼斯 | 威尼斯馬可·波羅機場 | VCE | ||
| 哈薩克斯坦 | 阿拉木圖 | 阿拉木圖國際機場 | ALA | 季節性 |
| 拉脫維亞 | 利耶帕亞 | 利耶帕亞國際機場 | LPX | 季節性 |
| 里加 | 里加國際機場 | RIX | 樞紐 | |
| 文茨皮爾斯 | 文茨皮爾斯機場 | VNT | 季節性 | |
| 立陶宛 | 維爾紐斯 | 維爾紐斯國際機場 | VNO | 樞紐 |
| 摩爾多瓦基希訥烏 | 基希訥烏國際機場 | KIV | ||
| 荷蘭 | 阿姆斯特丹 | 斯希普霍爾機場 | AMS | |
| 挪威 | 奧勒松 | 奧勒松維格拉機場 | AES | |
| 卑爾根 | 卑爾根弗萊斯蘭機場 | BGO | ||
| 奧斯陸 | 奧斯陸加勒穆恩機場 | OSL | ||
| 斯塔萬格 | 斯塔萬格蘇拉機場 | SVG | ||
| 俄羅斯 | 加里寧格勒 | 赫拉布羅沃機場 | KGD | |
| 莫斯科 | 謝列梅捷沃國際機場 | SVO | ||
| 聖彼得堡 | 普爾科沃機場 | LED | ||
| 索契 | 索契國際機場 | AER | 季節性 | |
| 西班牙 | 巴塞隆納 | 巴塞隆納機場 | BCN | |
| 瑞典 | 哥德堡 | 哥德堡－蘭德維特機場 | GOT | |
| 斯德哥爾摩 | 斯德哥爾摩－阿蘭達機場 | ARN | ||
| 瑞士 | 蘇黎世 | 蘇黎世機場 | ZRH | |
| 土耳其 | 伊斯坦堡 | 伊斯坦堡阿塔圖爾克國際機場 | IST | |
| 烏克蘭 | 基輔 | 鮑里斯波爾國際機場 | KBP | |
| 奧德薩 | 奧德薩國際機場 | ODS | 季節性 | |
| 辛菲羅波爾 | 辛菲羅波爾國際機場 | SIP | 季節性 | |
| 阿聯 | 杜拜 | 杜拜國際機場 | DXB | |
| 英國 | 倫敦 | 倫敦蓋特威克機場 | LGW | |
| 烏茲別克斯坦 | 塔什乾 | 塔什乾國際機場 | TAS |
此外，波羅的海航空計畫於2009年3至6月間相繼開通里加至挪威特羅姆瑟、立陶宛帕蘭加、瑞典林雪平和塔吉克斯坦杜尚別的航班。
波音757-200
波音737-500
福克F-50機隊
現有機隊
截至2008年10月，波羅的海航空機隊擁有以下飛機。波羅的海航空機隊機型總數載客量備註
波音737-3006149YL-BBI、YL-BBJ、YL-BBK、YL-BBL、YL-BBX、YL-BBY
波音737-50010120-126YL-BBA、YL-BBD、YL-BBE、YL-BBF、YL-BBG、YL-BBH、YL-BBM、YL-BBN、YL-BBP、YL-BBQ
波音757-200ER2200YL-BDB、YL-BDC
福克501046-52YL-BAA、YL-BAU、YL-BAW、YL-BAR、LY-BAZ、YL-BAS、YL-BAT、LY-BAO、LY-BAV、TS-JMS
將被龐巴迪Q400替代；TF-JMS濕租自AirIceland。
龐巴迪Q4008（訂購）768架確定訂購，4架可選訂購；2009年11月起交付，替代現有福克50。
退役機隊
波羅的海航空退役機隊機型總數服役期備註薩博34021995年-1999年YL-BAG、YL-BAP
AvroRJ7031996年-2007年YL-BAK、YL-BAL、YL-BAN
AvroRJ8511995年-1996年G-mima
波音737-5001-YL-BBB於2003年至2007年服役。
福克501-SE-LJI於2005年至2006年服役。
