概述
中國科學院新疆分院分院機關現設有綜合辦公室、科技合作處、組織人事處三個職能處室。直屬單位有生活後勤中心、科學儀器廠、子女學校、幼稚園。
工作方向
新疆分院初創時期，中國科學院就將新疆分院定位為主要為新疆的經濟、社會、科技發展服務。40餘年來，新疆分院系統結合新疆的資源、環境、生態情況，結合國民經濟發展規劃和新疆的產業發展戰略重點，結合國防軍工和航天任務的需求，結合中科院對大科學的部署，建立和發展了有特色的專業結構和科研方向。主要的研究方向有：綠洲生態系統研究和綠洲農業；荒漠環境的演變和荒漠化治理；乾旱區生物資源的研究和利用；區域發展、城市規劃和可持續發展研究；生物化學和生物工程與基因轉移技術，以及建立在這些技術上的動植物資源的深度開發；以資源高效轉化為目標的精細化工；石油化工和天然氣輕組分的利用；固體輻射物理和半導體材料與器件的輻射損傷研究；計算機控制與計算機信息系統的研究和開發；VLBI長基線干涉系統測地研究，天體物理與脈衝星研究工作，空間人造目標觀測和太陽觀測。
工作成就
分院系統現有在職職工953人，科技人員671人，其中高級科技人員208人；鑑定科技成果1000餘項，獲得國家、中國科學院、自治區和其他部委獎近300項，還有2項獲聯合國UNEP荒漠化治理業績獎；現有博士學位點1個，碩士點14個，聯合培養博士50餘人，培養碩士300餘人；出版專著200餘本，公開發表論文4000餘篇；和30多個國家建立了科技交流關係，承擔了40多個國際合作課題；130餘人進入高科技企業，科技企業為新疆高新技術產業發展做出了重要貢獻。
分院系統儀器設備價值5000餘萬元，地區共用大型儀器設備8台。
投入西部大開發
近年來，以江澤民總書記為核心的黨中央做出了加快我國西部地區開發的重大戰略決策，為西部地區的發展創造了前所未有的機遇；中國科學院啟動知識創新工程；2002年又提出新時期的辦院方針。根據中科院的要求，新疆分院系統已經完成學科整合和專業凝練進入知識創新工程。結合新疆經濟發展的需求，新疆分院系統將在以下幾個方面重點開展工作：
――利用現代化手段進行乾旱區的資源、環境生態綜合數據平台的建設，並把它作為西部開發的基礎性工作。
――西部乾旱區生態環境演變趨勢和預測，綠洲形成和綠洲生態結構及其穩定性，退化生態系統的重建和生態安全系統的設計。
――乾旱區水系統循環過程數據收集、動態監測和合理利用設計，並在此基礎上建立以水資源合理利用和節水技術結合為技術主體的流域生態農業區、荒漠生態農業區示範基地。
――以石油為主體的能源資源開發中的強化開採技術及相關的油田化學產品的研究和產業化。
――石油天然氣化工新技術和新產品，BTX凝析油中試和產業化。
――乾旱區生物資源的有效成分的研究，提取方法研究，深加工和產業化技術。
――創新的生物化學製品，耐旱、耐鹽鹼的生物資源的功能基因的研究，及這些優勢基因向農作物的轉移和新品種選育。
――以高分子化學方法，進行新疆優勢農副產品的二次三次加工，例如糖酯系列化表面活性劑的開發和套用。
――太陽能和太陽能次生能源的利用及儲存，以及相應的新材料研究。
――電子信息技術和新材料在傳統產業和新產業中的套用計算機網路信息系統及INTERNET在國民經濟中的套用。
――建立高層次人才培養的基地，培養生態科學、環境科學信息科學和生物化學方面的人才。
――組織科普宣傳專家組，建設高水平的科普基地。
――以多種形式加大院地合作的廣度和力度。包括科技項目合作、科技成果產業化和科技副職的選派。
通過以上工作的實施，新疆分院系統將為新疆的國民經濟發展，特別是農業、能源、新興產業的發展做出基礎性、創新性、前瞻性的貢獻。
