生平
黃元御雍正二年（1724），甫近弱冠之齡的黃元御考中邑庠生。雍正十二年（1734），黃元御三十歲，因用功過勤，突患眼疾，左目紅澀，白睛如血，不得已延醫就診。而庸醫誤用大黃、黃連等寒泄之劑，致脾陽大虧，數年之內，屢犯中虛，左目完全失明。科舉時代，五官不正，不準入仕，遭此劫難，黃元御的仕進之路被徹底斷送。在哀痛之餘，他發憤立志：“生不為名相濟世，亦當為名醫濟人”，走上了棄儒從醫的道路。
黃元御憑著深厚的文化功底，苦讀歷代中醫典籍，數年奮鬥，浸浸有成，開始懸壺濟世。在行醫過程中他又不斷總結經驗，醫術精進，醫名大盛，時人將之與諸城名醫臧枚吉並稱“南臧北黃”。
黃元御從醫伊始，是從研讀張仲景的《傷寒論》入手的，然後逐及《金匱玉函要略》，黃帝、岐伯《內經》，扁鵲《難經》等中醫根本典籍。他奉仲景等四人為“醫門四聖”。他認為“四聖”之外，歷代名醫持論多有偏失，以至誤診死人，其根本原因是因為”四聖“之書錯簡零亂，兼之歷代傳注謬誤所致。因此發願致畢生精力，對“四聖”之書，從源到流，重加考訂，還其本來面目，以憑後世遵循。
乾隆二年（1737），黃元御開始醞釀《傷寒懸解》一書的編著，並著手撰寫《素靈微蘊》，乾隆五年（1740）九月完稿，四卷二十六篇，在該書中黃元御首次提出了“培植中氣，扶陽抑陰”的診病理論。對於中氣他給予了形象的比喻：“精如果中之仁，氣如果中之生意，仁得土氣，生意為芽，芽生而仁腐，故精不能生，所以生人者，精中之氣也。”有本於此，在施治中他始終貫徹了重視脾土、扶陽抑陰、厚培中氣的施治原則，這是他對祖國醫學理論的進一步發展。
乾隆十三年（1748），黃元御游幕至清江陽邱，陽邱風景秀美，黃元御亦心清氣廓。期間，他南遊會稽山，拜謁禹陵，自謂：“身登會稽，親探禹穴，目睹越國江山……乃有著作斐然之志。”同年四月，他開始撰著《傷寒懸解》，七月三日草成，計十五卷。八月下旬又撰成《金匱懸解》二十二卷，時年四十四歲。
乾隆十四年春（1749），黃元御初草《四聖懸樞》一書，辨析瘟疫痘疹之義。二月作《四聖心源》，解內外百病原始要終，僅草創大略篇目，因事輟筆。乾隆十五年（1750）四月，黃元御北游至京，適乾隆帝有疾，眾太醫萎思無策，經舉薦，黃元御入宮視疾，藥到病除，以精湛的醫術得到了乾隆帝的特別青睞，親書 “妙悟岐黃”以為褒賞，並恩賜御醫。從此，黃元御開始了供職太醫院的生涯。
乾隆十六年（1751）二月，乾隆帝首次南巡，黃元御伴駕至杭州，期間著方調藥皆有神效，深得乾隆帝及內外臣工讚譽。四月間，黃元御乘閒便道至清江舊寓，繼續編寫《四聖心源》一書，“十得其九，厥功未竟”。“六月刪改《四聖懸樞》，謄清定稿。八月十五日開舟北上，回到京城。直至乾隆十七年（1752）十月，黃元御寫畢《天人解》一章，經過四年時間，《四聖心源》終於脫稿。在《天人解》中，他極力闡發《內經》：“善言天者，必有驗於人”的觀點，高度重視陰陽五行學說的運用，並善與四時相聯繫，從陰陽變化、五行生剋、臟腑生成、氣血原本以及精神化生等方面闡述氣化自然的妙義，影響巨大。
事君幾年中，黃元御並不得意，這種心情在《四聖心源·序》中說得非常明白：“顧自己巳以至壬申，歷年多矣，元草未就，則天既長與以窮愁之境，而不頻假以蕭閒之日，帝眷之隆，何可恃也？良時非多，勖之而已。”繁庶之務使他沒更多的時間完成著述，黃元御為荒廢了這許多寶貴時光而深自惋惜。此後的日子裡，他更是惜時如金，全身心地投入到著述中去。
乾隆十八年（1753），黃元御四十九歲，春二月，取張仲景著作中的方藥加以箋解疏證，著《長沙藥解》四卷，載藥一百六十一種，方二百四十二首。乾隆十九年（1754）三月又撰成《傷寒說意》十卷。該書以傳經入說，辨論分析，多啟迪後學門徑。同年六月八日，撰成《玉楸藥解》八卷，以補《長沙藥解》之未備，他在該書中首創了用浮萍治療瘟疫的療法。至此，黃元御已完成醫書八部，即後世所稱《黃氏八種》，時年五十歲。因過度勞神，此時的黃元御已是身疲神怠，門人畢武陵請箋注《素問》、《靈樞》，“自唯老矣，謝曰不能”。
乾隆二十年（1756）初春，在門人畢武陵的再次推請下，黃元御著手箋釋《素問》，至十一月書成，計十三卷，定名為《素問懸解》。此書中的“五運六氣，南政北政”之說，大為發前人之未及。乾隆二十一年五月二日，黃元御完成《靈樞懸解》九卷，五月十六日至二十二日，用七日時間撰畢《難經懸解》二卷，此即所謂黃氏醫書三種，合前八種，總計十一種。另尚有《玉楸子堂稿》一書，為黃氏醫案、雜著。
黃元御不但深於醫學，道學、經學造詣亦相當深厚。乾隆二十一年（1757）二月，他在從事醫著之餘還應友人澹明居士之請寫了《道德經解》一書，詮釋其哲理，發揮其奧義。本年六月，又在精研易理十餘年的基礎上完成《周易懸象》一書，闡發陰陽八卦爻辭變化之理。四庫館臣評其《周易懸象》謂“近人說《易》中，獨可謂學有根據。”給予了很高的評價。
乾隆二十二年（1758），黃元御在行醫、著述生活中因過度勞累，身體中虛，漸成重症，抱病回到故里，居於昌邑城南隅書齋，至乾隆二十三年（1759）九月十七日戌時，溘然長逝，時年五十四歲，歸葬新郭祖塋。
黃元御自三十六歲開始從事著述，苦心經營近二十年，著書十四種，他的醫書十一種在其去世後不久，即由四庫全書編修周永年進呈，全數收錄，民間亦有刊本，尤其是在江南等省，凡懸壺行醫者，無不知黃元御，被稱為“醫門大宗”、“一代之大醫”，其史事軼聞廣為傳載。宣統間《山東通志》，民國初年趙爾巽等《清史稿》皆為其立傳，民國十二年（1923）昌邑學商各界捐資為之修整墳園，呈請入祀鄉賢祠。並於懸城西南門外及墓地立碑誌念。黃元御終於象其先祖黃福一樣，名列正史、身登鄉賢，垂範千秋。
成書時間
1748年44歲春暮作《傷寒懸解》成於七月初三，八月末望成《金匱懸解》1749年45歲二月作《四聖心源》大略，初春草《四聖懸樞》
1750年46歲春草《傷寒說意》
1751年47歲六月成《傷寒說意》、《四聖懸樞》
1752年48歲十月成《四聖心源》，十月作《四聖懸樞》序
1753年49歲二月作《長沙藥解》，五月刪定《傷寒》七月筆削《金匱》，八月修改《四聖懸樞》
成於九月十七，潤色《心源》並做序
1754年50歲正月刪定《傷寒說意》，五月成《素靈微蘊》，六月作《玉楸藥解》八月成
1755年51歲二月作《素問懸解》十一月成，
1756年52歲二月作《道德懸解》，二月二十五日作《靈樞懸解》，成於五月二日，五月十六日至
二十二日作《難經懸解》，六月作《周易懸象》
1757年53歲（《玉楸子堂稿》佚，成書時間不詳，當屬晚年著作）
1758年54歲九月卒
