歷史沿革
1998年，衛生部設10個職能司（局、廳）： 辦公廳、人事司、規劃財務司、衛生法制與監督司、基層衛生與婦幼保健司、醫政司、疾病控制司（中國愛國衛生運動委員會辦公室）、科技教育司、國際合作司、保健局，設機關黨委，負責部機關及在京直屬單位的黨群工作。2003年，經中央機構編制委員會辦公室批准，衛生部內設司局進行調整，設辦公廳、人事司、規劃財務司、衛生政策法規司、衛生應急辦公室（突發公共衛生事件應急指揮中心）、農村衛生管理司、衛生執法監督司、基層衛生與婦幼保健司、醫政司、疾病控制司(中國愛國衛生運動委員會辦公室)、科技教育司、國際合作司、保健局等13個職能司（局、廳、辦）和機關黨委。
2006年，經中央機構編制委員會辦公室、人事部批准，衛生部有關內設機構進行了調整，疾病控制司（中國愛國衛生運動委員會辦公室）更名為疾病預防控制局（中國愛國衛生運動委員會辦公室），衛生執法監督司更名為衛生監督局，基層衛生與婦幼保健司更名為婦幼保健與社區衛生司。
組建國家衛生和計畫生育委員會 機構職責
主要職責
中華人民共和國衛生部 根據以農村為重點、預防為主、中西醫並重、依靠科技與教育、動員全社會參與、為人民健康服務、為社會主義現代化建設服務的新時期衛生工作方針，衛生部的主要職責是：
（一）研究擬定衛生工作的法律、法規和方針政策，研究提出衛生事業發展規劃和戰略目標，制訂技術規範和衛生標準並監督實施。
（三）研究制訂農村衛生、婦幼衛生工作規劃和政策措施，指導初級衛生保健規劃和母嬰保健專項技術的實施。
（四）貫徹預防為主方針，開展全民健康教育。制訂對人群健康危害嚴重疾病的防治規劃；組織對重大疾病的綜合防治；發布檢疫傳染病和監測傳染病名錄。
（五）研究指導醫療機構改革，制訂醫務人員執業標準、醫療質量標準和服務規範性並監督實施。
（六）依法監督管理血站、單採血漿站的采供血及臨床用血質量。
（七）研究擬定國家重點醫學科技、教育發展規劃，組織國家重點醫藥衛生科研攻關，指導醫學科技成果的普及套用工作；管理直屬單位。
（八）監督管理傳染病防治和食品、職業、環境、放射、學校工作，組織制訂食品、化妝品質量管理規範並負責認證工作。
（九）制訂國家衛生人才發展規劃和衛生人員職業道德規範，擬定衛生機構編制標準、衛生技術人員資格認定標準並組織實施。
（十）組織指導醫學衛生方面的政府與民間的多邊、雙邊合作交流的衛生援外工作，組織參與國際組織倡導的重大衛生活動。組織協調中國與 世界衛生組織及其他國際組織在醫學衛生領域的交流與合作。
（十一）貫徹中西醫並重的方針，推進中醫藥的繼承與創新，實現中醫藥現代化。
（十二）承擔中國 愛國衛生運動委員會的日常工作。
（十三）負責中央保健委員會確定的保健對象的醫療保健工作，按照規定管理中央各部門有關幹部的醫療工作。
（十四）組織調度中國的衛生技術力量，協助地方人民政府和有關部門，對重大突發疫情、病情實施緊急處置，防止和控制疫情、疫病的發生、蔓延。
（十五）承辦國務院交辦的其他事項。
其他事項
（一）管理國家食品藥品監督管理局和國家中醫藥管理局。
（二）食品安全監管的職責分工。衛生部牽頭建立食品安全綜合協調機制，負責食品安全綜合監督。農業部負責農產品生產環節的監管。國家質量監督檢驗檢疫總局負責食品生產加工環節和進出口食品安全的監管。國家工商行政管理總局負責食品流通環節的監管。國家食品藥品監督管理局負責餐飲業、食堂等消費環節食品安全監管。衛生部承擔食品安全綜合協調、組織查處食品安全重大事故的責任。各部門要密切協同，形成合力，共同做好食品安全監管工作。
（三）食品生產、流通、消費環節許可工作監督管理的職責分工。衛生部負責提出食品生產、流通環節的衛生規範和條件，納入食品生產、流通許可的條件。國家食品藥品監督管理局負責餐飲業、食堂等消費環節食品衛生許可的監督管理。國家質量監督檢驗檢疫總局負責食品生產環節許可的監督管理。國家工商行政管理總局負責食品流通環節許可的監督管理。不再發放食品生產、流通環節的衛生許可證。
（四）職業衛生監管的職責分工。衛生部負責起草職業衛生法律法規草案，擬訂職業衛生標準，規範職業病的預防、保健、檢查和救治，負責職業衛生技術服務機構資質認定和職業衛生評價及化學品毒性鑑定工作。國家安全生產監督管理總局、國家煤礦安全監察局負責作業場所職業衛生的監督檢查工作，負責職業衛生安全許可證的頒發管理，組織查處職業危害事故和有關違法違規行為。衛生部、國家安全生產監督管理總局、國家煤礦安全監察局按照職責分工，建立完善協調機制，加強配合，共同做好相關工作。
（五）由衛生部會同國家食品藥品監督管理局適時推進食品安全監管隊伍整合。
（六）所屬事業單位的設定、職責和編制事項另行規定。
機構設定
部內機構
（一）辦公廳。負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作以及安全保密、政務公開、來信來訪、衛生統計、新聞發布等工作。
（二）人事司。
擬訂中國衛生人才發展規劃和政策並指導實施；承擔機關和直屬單位的人事管理工作；會同有關方面擬訂各類衛生專業技術人員資格標準並組織實施；組織指導衛生管理幹部崗位培訓工作。
（三）規劃財務司。
擬訂衛生事業中長期發展規劃，推動區域衛生規劃工作；統籌規劃與協調中國衛生資源配置，管理大型醫用裝備的配置；提出醫療服務價格、藥品價格、基本醫療保險費用結算等政策的建議；組織擬訂國家衛生裝備管理辦法和標準；擬訂藥品和醫療器械採購相關規範。
（四）政策法規司。
起草衛生法律法規草案，組織擬訂衛生政策和標準；起草部門規章；承擔機關有關規範性檔案的合法性審核工作；承擔有關行政複議和行政應訴工作。
（五）衛生應急辦公室（突發公共衛生事件應急指揮中心）。
擬訂衛生應急和緊急醫學救援規劃、制度、預案和措施；指導突發公共衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動；指導地方對突發公共衛生事件和其他突發事件實施預防控制和緊急醫學救援；組織實施對突發急性傳染病防控和應急措施；對重大災害、恐怖、中毒事件及核事故、輻射事故等組織實施緊急醫學救援；發布突發公共衛生事件應急處置信息。
（六）疾病預防控制局（全國愛國衛生運動委員會辦公室）。擬訂中國重大疾病防治規劃、國家免疫規劃和嚴重危害人民健康的公共衛生問題的干預措施並組織實施，完善重大疾病防控體系，防止和控制疾病的發生和疫情的蔓延；承擔發布法定報告傳染病疫情信息工作；承辦中國愛國衛生運動委員會、國務院防治愛滋病工作委員會的具體工作。
（七）農村衛生管理司。
承擔綜合管理農村基本衛生保健和新型農村合作醫療工作，擬訂有關政策、規劃並組織實施；指導中國農村衛生服務體系建設和鄉村醫生相關管理工作；監督指導農村衛生政策的落實。
（八）婦幼保健與社區衛生司。
擬訂婦幼衛生、社區衛生、健康教育的政策、規劃、規範並組織實施；擬訂婦幼衛生技術標準；對婦幼保健實施監督管理，牽頭組織預防和減少出生缺陷與先天殘疾工作。
（九）醫政司。
擬訂醫療機構、醫療技術套用、醫療質量和服務、采供血機構管理等有關政策、規範、標準，並組織指導實施；擬訂醫務人員執業標準和服務規範；指導醫院藥事、臨床重點專科建設、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等有關工作；參與藥品、醫療器械臨床試驗管理。
（十）醫療服務監管司。
承擔醫療機構醫療服務的監管工作，建立醫療機構醫療質量評價和監督體系，組織開展醫療質量、安全、服務、財務監督和評價等工作；建立健全以公益性為核心的公立醫院監督制度，承擔推進公立醫院管理體制改革工作。
（十一）食品安全綜合協調與衛生監督局。
組織擬訂食品安全標準；承擔組織查處食品安全重大事故的工作；組織開展食品安全監測、風險評估和預警工作；擬訂食品安全檢驗機構資質認定的條件和檢驗規範；承擔重大食品安全信息發布工作；指導規範衛生行政執法工作；按照職責分工，負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理；負責公共場所、飲用水等的衛生監督管理；負責傳染病防治監督；整頓和規範醫療服務市場，組織查處違法行為；督辦重大醫療衛生違法案件。
（十二）藥物政策與基本藥物制度司。承擔建立國家基本藥物制度並組織實施的工作，組織擬訂藥品法典和國家基本藥物目錄；組織擬訂國家藥物政策；擬訂國家基本藥物的採購、配送、使用的政策措施，會同有關方面提出國家基本藥物目錄內藥品生產的鼓勵扶持政策，提出國家基本藥物價格政策的建議。
（十三）科技教育司。
擬訂醫藥衛生科技發展規劃；組織實施國家重點醫藥科研攻關項目；指導醫療衛生方面的技術推廣和科學普及工作；組織研究醫學衛生技術標準；承擔醫藥衛生實驗室生物安全的監督管理工作；組織指導衛生專業技術崗位培訓工作；承擔組織開展繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作。
（十四）國際合作司（港澳台辦公室）。
承擔組織指導衛生方面的政府與民間的多雙邊合作交流和衛生援外有關工作；組織協調中國與世界衛生組織及其他國際組織在醫學衛生領域的交流與合作；承擔與港澳台的衛生合作工作。
（十五）保健局。
擬訂並組織實施中央保健工作方針政策與規劃；承擔中央保健對象和在京中央國家機關及有關單位醫療照顧對象的醫療保健工作；承擔國家重要會議與重大活動的醫療衛生保障工作；負責重要外賓的醫療安排。
機關黨委負責機關和在京直屬單位的黨群工作。
離退休幹部局負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。
直屬機構
| 直屬單位全稱 | 簡稱 |
| 中國醫學科學院（北京協和醫學院） | 醫學科學院 |
| 中國疾病預防控制中心 | 疾控中心 |
| 衛生部衛生監督中心 | 衛生監督中心 |
| 中國健康教育中心（衛生部新聞宣傳中心） | 健教中心（新聞中心） |
| 衛生部統計信息中心 | 統計信息中心 |
| 衛生部幹部培訓中心（衛生部黨校） | 幹部培訓中心（黨校） |
| 衛生部衛生髮展研究中心 | 衛生髮展研究中心 |
| 衛生部項目資金監管服務中心 | 項目監管中心 |
| 衛生部北京醫院 | 北京醫院 |
| 中國醫學科學院北京協和醫院 | 協和醫院 |
| 中日友好醫院 | 中日醫院 |
| 衛生部機關服務中心 | 機關服務中心 |
| 國家醫學考試中心 | 醫學考試中心 |
| 健康報社 | 健康報社 |
| 人民衛生出版社 | 衛生出版社 |
| 衛生部醫院管理研究所 | 醫院研究所 |
| 衛生部國際交流與合作中心 | 國際交流中心 |
| 衛生部人才交流服務中心 | 人才服務中心 |
| 衛生部醫藥科技發展研究中心 | 科技發展中心 |
| 中華醫學會 | 醫學會 |
| 中華預防醫學會 | 預防醫學會 |
人員編制
衛生部機關行政編制為387名（含兩委人員編制6名、援派機動編制2名、離退休幹部工作人員編制23名）。其中：部長1名、副部長4名，司局級領導職數63名（含國家衛生監察專員8名、機關黨委專職副書記1名、離退休幹部局領導職數2名）。
規章
《新資源食品衛生管理辦法》 1990年7月28日——2007年7月2日止
《轉基因食品衛生管理辦法》 2002年4月8日——2007年7月2日止
《新資源食品管理辦法》 2007年7月2日——
歷任部長
衛生部首任部長李德全 1.李德全（1949年10月—1954年9月，中央人民政府衛生部部長；1954年9月—1965年1月，中華人民共和國衛生部部長）
2.錢信忠（1965年1月—1973年7月）
3.劉湘屏（1973年7月—1976年10月）
4.江一真（1977年11月—1979年4月）
5.錢信忠（1979年4月—1982年5月）
6.崔月犁（1982年5月—1987年3月）
7.陳敏章（1987年3月—1998年3月）
8.張文康（1998年3月—2003年4月）
9.吳儀（2003年4月—2005年4月）
10.高強（2005年4月—2007年6月）
11.陳竺（2007年6月至今）
領導幹部
部長 陳竺黨組書記張茅
副部長 黃潔夫
副部長 王國強
副部長馬曉偉
副部長陳嘯宏
紀檢組長 李熙
副部長 劉謙
副部長尹力
副部長 徐科
