牛乳頭瘤病毒，簡寫為BPV。
牛乳頭瘤病毒DNA全長7945bp，為閉環超螺旋結構，在宿主細胞中可以和組蛋白結合形成核小體。以牛乳頭瘤病毒DNA中單一的HpaⅠ酶切位點第一鹼基G為１號位,按5'→3'的方向給鹼基編號定位。DNA序列分析表明,所有的開放式閱讀框架（ORF）都存在於一條DNA鏈上，基因之間有相互重疊。整個BPV基因組分為編碼區和非編碼區（NCR），編碼區又按其編碼蛋白質的功能不同，分為早期轉錄功能區（E區）和晚期轉錄功能區（L區）。
1.非編碼區（NCR）非編碼區又稱上游調控區（URR）或長控制區（LCR），位於晚期基因L1終止密碼子與早期基因E6第一個起始密碼子之間，長度在不同的乳頭瘤病毒中不一樣，在牛乳頭瘤病毒中長約1.0kb。在NCR轉錄的啟動子序列，可以啟動早期基因的轉錄和表達，另外，在該區還有增強子序列，可以被早期基因產物E2蛋白激活，進一步促進早期基因AAC的表達，目前已搞清了BPVNCR區增強子的序列，該序列為TTGGCGGNNG和ATCGGTGCACCGAT迴文結構。從NCR的結構特點上可以看出其主要功能是調節BPV基因的表達。
2.早期轉錄功能區（或稱早期基因區，E區）牛乳頭瘤病毒的E區含有八個開放讀框（ORF），分別為E6、E7、E8、E1、E2、E3、E4、E5，其中E6、E7、E1基因有部份重疊，E8完全在E1中，E3、E4全部包含在E2中，E5與E2部份重疊。E2ORF編碼的蛋白產物可以與NCR的增強子結合，而提高或降低早期基因的表達水平。另外，E2ORF與E1ORF協同可以維持乳頭瘤病毒DNA的游離狀而不整合到宿主細胞染色體上去。E6和E7ORFs編碼的蛋白質可能是致癌蛋白。E6和E7蛋白可以引起宿主向惡性轉化成為腫瘤細胞。關於E6、E7蛋白引起細胞轉化的機制，目前尚不清楚，但有兩種解釋。[1]在E6、E7蛋白的胺基酸序列中發現有Cys-x-x-Cys重複序列，目前認為該結構是細胞核心酸結合蛋白所具備的特異性結構，因而認為E6、E7蛋白是DNA結合蛋白，可以調節基因的活性，進一步影響宿主細胞的增殖和分化，使該過程失去控制而形成腫瘤；最近，在正常細胞中發現有兩種蛋白質分子量分別為53KD和106KD分別稱為p53和p106蛋白質。這兩種蛋白質缺失或失活往往引起細胞的惡性化。研究發現，乳頭瘤病毒的E7和E6蛋白分別可以和p53和p106蛋白質結合而使其失活，這也可能是E6和E7蛋白質導致細胞惡性化的一種機制。
3.晚期轉錄功能區（晚期基因區、L區）：L區ORFs有兩個，即L1和L2ORF，編碼乳頭瘤病毒的外殼蛋白，其中L1蛋白是主要外殼蛋白，L2蛋白是次要外殼蛋白。
