屠殺
張獻忠屠蜀
張獻忠順治二年（1645年）七月，汪兆麟獻策屠蜀。次日，屠城成都，先殺男子，後逼婦女投江，被屠戮者不計其數，《紀事略》中說“不下四五百萬”，實際數不可考。不久，又以“特科”的名義，騙四川的鄉紳、士子、醫卜僧道雜流到成都，後全部屠殺，被殺者萬餘人。
順治三年（1646年）年正月，大殺大西軍中的川籍士兵，除十四歲以下者全部盡殺。該年上半年，派兵分剿成都府屬三十二州縣，定例每殺一人，剁兩手掌、割兩耳及一鼻解驗，準一功，婦女四雙手準一功，小孩六雙準一功。直至五月各地剿殺部隊才全部回成都。《紀事略》說“正月十六日剿殺起，至五月盡回成都，查驗功數，男婦不下千餘萬。”
順治三年春，張獻忠在彭山江口大敗於明軍楊展，敗退成都。五月，明總兵曾英進軍成都，張獻忠遂棄成都，向川北轉移。沈荀蔚在《蜀難敘略》上說，由於受到進剿追擊，張獻忠乃毀成都，“王府數殿不能焚，灌以脂膏，乃就燼。盤龍石柱二，孟蜀時物也，裹紗數十層，浸油三日，一火而柱折。”另有一說說張獻忠在撤軍時，嫌士兵太多於是大戮士兵，並殺盡軍中隨軍婦女，但此說和其他文獻想矛盾，較不可信。
《聖教入川記》說張獻忠“性情暴虐，每日均殺人。大西的官員本有九百人。張獻忠離開成都時還有700人。到他臨死時只有25人”。
清朝時的書籍中，其可信度有些值得懷疑，例如滿清的“七殺碑”傳說。清政府說張獻忠不僅殺人如麻，還在他殺人的地方立了個碑，碑上寫有：‘天生萬物以養人，人無一善以報天， 殺、殺、殺、殺、殺、殺、殺’。但後來在廣漢的一個公共墓地里，出土了張獻忠的“聖諭碑”。碑文上卻是：‘天生萬物與人，人無一物與天；鬼神明明，自思自量’。《續編綏寇紀略》和《明史》說張獻忠在四川殺了六萬萬人，這數字明顯誇大，當時的中國總人口還不到一億（也有歷史學家推測中國的人口在明萬曆年間達到了一億二千萬至兩億），這些事實說明清政府的宣傳存在明顯誇大的成分。
儘管歷史上農民起義有亂殺的現象，但張獻忠屠殺到四川只剩下6萬人是不可想像的，他這樣做無疑是自毀長城。對此，《中國斷代史系列·明史》有如下論述：
“《續編綏寇紀略》所記的張獻忠起義軍在川殺人數，絕不可靠。由此推想，舊史書上述幾起張獻忠起義軍殺戮事件的記載，誇大渲染之處肯定存在。但是，關於上述殺戮事件，有多種 史書加以記載，而且除了細節的差異外，基本情況大體相同，這說明這些事件應是確有其事。...... 狹隘的地域觀念，使他對四川人產生偏見，從而不僅殺了明朝殘餘勢力，也殺了許多一般紳士，更殺了不少勞苦民眾，這便使這類事件在一定程度上帶有了反人民 性。...... 由於張獻忠之在四川大殺戮，具有反人民性的一面，這便使之嚴重脫離民眾。脫離民眾的人是不可能成功的，張獻忠之大殺四川人，成為其後來遭到喪命慘敗的一個 重要原因。”
清軍征蜀
此外，清軍也有亂殺的事實。清軍平定四川2年後，1648年四川復反，清軍又出兵圍剿。“民賊相混，玉石難分。或屠全城，或屠男而留女”，這是1649年清政府屠四川時的命令。後清軍因鎮壓陝西、山西起義，無暇全力顧及四川，而張獻忠餘部孫可望、李定國等撤向雲貴，於是四川本地各地軍閥割據。各軍閥名義上效忠南明永曆政權，互相之間卻征戰不休，後孫可望又回兵平四川征討各軍閥，連年征戰更加加劇了四川的慘況。1652年，陝西等地抗清起義已定，清廷派吳三桂重征四川，吳三桂平四川各軍閥，擊敗南明劉文秀，四川再被清朝征服。
由於清人記載張獻忠戰死時川人已幾乎被其屠盡，而此後滿人仍然在四川征戰多年方將其平定，由這一矛盾也可以看出實際上張獻忠進行的屠殺很可能規模沒有達到清人所描述的那種地步。
其他災害
天災
清同治十年《儀隴縣誌》載：“儀邑自明季之亂，幾至靡有孑遺，其逃在山谷者，又值饑饉頻仍，人相食，繼以虎災，道無行人，晝常扃戶。”瘟疫
四川虎患
歐陽直的《蜀亂》記四川虎患，“蜀中昇平時從無虎患，自獻賊起營後三四年間，遍地皆虎，或一二十成群，或七八隻同路，逾牆上屋，浮水登船爬樓，此皆古所未聞，人所不信者。”彭遵泗《蜀碧》載：順治初年四川“遭亂既久，城中雜樹蓊鬱成林……多虎豹，形如魑魅饕餮。然穿屋頂逾城樓而下，搜其人必重傷，斃即棄去，不盡食也。白晝入城市，遺民數十家，日報為虎所害，有經數日，而一縣之人俱盡殘者”。
順治七年四川地方官員向朝廷奏稱，順慶府“查報戶口，業已百無二、三矣！方圖培養生聚漸望安康。奈頻年以來，城市鞠為茂草，村疃盡變叢林，虎種滋生，日肆吞 噬。……據順慶府附廓南充縣知縣黃夢卜申稱：原報招徠戶口人丁506名，虎噬228名，病死55名，現存223名。新招人丁74名，虎噬42名，現存32 名。”
沈荀蔚《蜀難敘略》載：順治八年春“川南虎豹大為民害，殆無虛日。乃聞川東下南尤甚。自戊子（順治五年）已然，民數十家聚於高樓，外列大木柵，極其堅厚。而 虎亦入之；或自屋頂穿重樓而下，齧人以盡為度，亦不食。若取水，則悉眾持兵杖多火鼓而出，然亦終有死者。如某州縣民已食盡之報，往往見之。遺民之得免於刀 兵飢謹疫癘者，又盡於虎矣。雖營陣中亦不能免其一、二。”
乾隆《富順縣誌》卷5記載，清初“數年斷絕人煙，虎豹生殖轉盛，晝夜群游城郭村圩之內，不見一人馳逐之。其膽亦張，遇人即攖，甚至突牆排戶，人不能御焉。殘黎之多死於虎”。
道光《綦江縣誌》卷10載綦江“群虎白日出沒，下城樓窺破殘人戶。……行者雖五、七同群，執器械，前後中間必有一失。”
後記
《明會要》卷五十載：萬曆六年（1578年）四川省有“戶二十六萬二千六百九十四，口三百一十萬二千七十三”。到了康熙二十四年（1685年）減至“一萬八千零九十丁”（嘉慶《四川道志》卷十七）康熙七年（1668年）四川巡撫張德地在奏摺說：“查川省現在孑遺，祖籍多系湖廣人氏。訪問鄉老，俱言川中自昔每遭劫難，亦必至有土無人，無奈移外省人民填實地方。”
康熙二十年（1681年） 七月九日，四川巡撫杭愛疏言：“蜀省久為賊踞，百姓逃亡，所存惟兵”。時方家瑛有詩《哀川北》：“七日發閬州，五日達潼川。中江近千里，四顧無人煙，蓬蒿 無道路，老樹長原田。豺狼白晝嗥，猿穴啼樹間……兩川萬百眾，光後膏戈鋌。鋒鏑苦未歇，飢疫頻顛連。青磷照梓益，白骨橫巴綿。遺老哭吞聲，至今五十年”。
康熙二十九年（1690年）頒布《入籍四川例》和《墾荒令》；“凡流寓情願墾荒居住者，將地畝永給為業”，“移民墾荒三、五年內免交賦稅”。清光緒《大邑鄉土志．戶口》載；清初“全資兩湖、江西、兩廣、山陝之人來邑墾荒生聚，麻城人較多，江西、山陝次之，兩廣又次之”。
