進程概括
儒、佛、道三教合一印度佛教傳入中國，大約是在後漢初期，但直到魏晉南北朝，才得以在中華大地滲透普及。這期間，相距了數百年。為什麼會有這種情況出現呢？
《弘明集·道安傳》里說，印度佛教傳入中國後，經過了四百餘年才開始真正被中國人接受，這是因為中國自古以來的哲學思想深入人心以及當時華夏在文化上極為自信，華夷觀念根深蒂固。
佛教雖在漢代已傳入中國，但東漢、曹魏、蜀漢、東吳及西晉等政權明令禁止漢人出家為僧，那時的佛教還是胡人的宗教。但是也有少量漢人不顧禁令出家為僧。後趙建武元年，經佛圖澄勸化，後趙正式允許漢人出家，從此佛教於五胡十六國時期及日後的北朝逐步在中原普及，甚至影響南朝。
經過五胡亂華後，中原基本已經佛化，南有梁武帝下詔合道事佛，就連被譽為“山中宰相”的道教著名人物陶弘景躲在深山修煉，也要在道館兩旁各修青壇和佛塔一座，以表兩教雙修，死後更是要用佛教的袈裟入殮，陪葬器物。
三教這是說佛經不但涵攝儒書、道典的優點，而且還遠較二家更為殊勝。正是居於此，魏晉南北朝的崇佛者又稱釋迦牟尼為“眾聖之王，四生之首”、為“大聖”。這種獨崇佛教、貶抑儒、道的態度在梁武帝身上達到頂峰。他在《敕舍道事佛》一文中，竟然將中國傳統的儒、道二教都斥為邪教，並號召臣下反偽就真，舍邪歸正:
老子、周公、孔子等，雖是如來弟子，而為化既邪，止是世間之善，不能隔凡成聖。公卿、百官、侯王、宗室，宜反偽就真，舍邪歸正。
雖然佛教很早就傳入，然只在少數信奉者範圍內流傳。這樣前後經歷了約五百餘年的時間。在各種因緣的配合下，漸次坐大，各類佛學思潮不斷湧現。迨至隋唐時代，已進入實質性的綜合創新時期，佛教佛學，一併繁榮。不獨在所有外來宗教中首屈一指，而且與本土的儒、道二教相比，亦處於明顯的優勢地位，乃有問鼎思想以至政治地位的資本：
一是在思想界，主張將儒、道二教排列在自己後面。如智頡(538—597)《維摩詰經玄疏》引《造立天地經》云：寶應聲聞菩薩示號伏羲，以上皇之道來化此國。又引《清淨法行經》說：摩訶迦葉應生震旦，示名老子，設無為之教，外以治國；修神仙之術，內以治身……光淨童子，名日仲尼，為赴機緣，亦游此土，文行誡信，定《禮》刪《詩》，垂裕後昆，種種諸教。
智顎引用這兩部偽經，貶低孔子、老子，甚至連創作八卦的伏羲也不放過，意在顯示佛教在思想領域的實力，反客為主的意圖是極為明顯的。再像三論宗的吉藏(549～623)在其所著《三論玄義》里的判釋，也認為儒、道二教皆為“外道”，還比不上佛教的“聲聞乘”。至於唐代撰寫《廣弘明集》的道宣(596～667)在其《歸正篇》的序言中，更是宣稱：若夫天無二日，國無二王，唯佛稱為大聖，光有萬億天下。故夸門學日盈，無國不仰其風；教義聿修，有識皆參其席。彼孔老者，名位同俗，不異常人，祖述先王，自無教訓，何得比佛以相抗乎?……是以知天上天下，惟佛為尊。
這種昂揚的自信源於佛教徒文化自信心處於絕對的主導地位。佛教也非常重視人才素質的培養與提高，重視培養大量人才的結果就是湧現大量的人才，之後是各大宗派的相繼崛起，隋代的天台宗、唐初的三論宗、法相宗、則天武后時的華嚴宗、開元年間的密教、唐末的禪宗等，人才輩出，大部頭的佛學專著也不斷問世。
雖然，此一時期僧尼的人數並不很多，終唐一世，大抵徘徊在全國總人口的1%左右，但因為多數僧尼的文化素養奇高，其影響力卻非同小可，連唐太宗也不敢漠視，儘管他基本上不信佛教，但也不得不承認佛教潛在勢力的雄厚，如在貞觀11年(637)的一則詔書中說：
佛教之興，基於西域。爰自東漢，方被中國。……暨乎近世，崇信滋深。……始波涌於閭里，終風靡於朝廷。遂使殊俗之典，郁為眾妙之光，諸夏之教，翻居一乘之後，流遁忘反，於滋累代。
此種說法決不是一般的虛擬之詞，而是有事實基礎的。以隋代為例，“寺有三千九百八十五所，度僧尼二十三萬六千二百人，譯經八十二部。”這些數據雖有誇大之嫌，但隋朝二帝的興佛功行已不難想見。同時，佛教義學的研究也相當繁榮。隋末唐初的戰爭使寺院和僧人均有所損，但佛教的根基並未動搖，唐太宗的感嘆不是空穴來風。至於間裡民眾的虔誠信仰，更是佛教流風不墮的社會基礎。唐玄宗《禁僧徒斂財詔》也有如此描述：流俗深迷至理，盡軀命以求緣，竭資材而作福，未來之勝因莫效，見在之家業已空，事等系風，猶無所悔。
至於“風靡於朝廷”的見證，也同樣可以在唐代的佛教的故實中找到，比如唐高祖時，太史令傅奕數次上書請除去佛教，當其疏交付群臣詳議時，大臣多袒護佛教，支持傅奕的，不過太僕卿張道源一人。連太子李建成、李元吉都為佛教說情，可見佛教在朝廷中的影響程度。
這是佛教問鼎政治地位的又一資本。由此，我們不難發現唐初佛教方面一次又一次地對朝廷“道先佛後”的政策提出異議，從而引發佛、道兩教之間政治上的“排座次”之爭。雖屢遭失敗，卻也說明佛教既然已從原先依附於儒、道二教的陰影中走出，轉變為與道教的矛盾，其勢力又如日中天，自然不甘心於在三教中叨陪末座。
與此同時，佛教還處處主張與道教劃清界線，此與魏晉時期高僧多以老莊詮釋佛教，比如僧肇著論，即盛引老莊的情形，真有霄壤之別。
佛、道二教的門戶之見，雖初起於道安時代，如名士習鑿齒《又與謝安書稱釋道安》中說：“統以大無，不肯稍《齊物》等智，在方中馳騁也。”意指道安(312--385)視道家不過是“方中馳騁”而已，沒有佛家的境界高遠。但當時並未出現相互詆毀的現象，彼此之間的關係還是比較友善的，相互取資，亦復不少。隋唐以降，隨著佛教勢力的不斷壯大，其進擊性日趨強烈。因此，急於與道教分河飲水，為坐上三教領袖地位而掃除障礙。所以能在佛學領域裡開出一片新天地來。而道教則沒有儒家和佛教中的保持本教醇正的思潮。所以道教思想中，有不少其他的思想，而逐漸失去其本身之正。正是如此道教常被二教鄙視、奚落，以至於讓當時的世人產生了看佛書，以後可以不用再看道教經書的思想。
對魏晉南北朝時期儒、釋、道三教論爭幾大主題進行逐一梳理。我們看到在這一時期以佛教東傳為契機，中、印兩大古老文明第一次在文化思想層面上相遇並展開激烈的交鋒。由於印度文明以宗教出世主義為導向的文化對中國以現世主義為中心的倫理本位文化具有一定程度的互補性，因此中國人在初次遭遇這種異質文化衝擊時的確感到心靈的巨大震撼。這無疑是中國文化遭遇的首次挑戰。然而值得注意的是，中華文明在應對印度文明主動挑戰的過程中，對佛教採取的開放、接納、改造的系列姿態，使得印度佛教為適應中國社會的特殊土壤而做出適度的修改，從而最終造就了極富思想創造性的中國佛教。公元十二世紀之後，佛教在印度由於種種原因而絕跡，中國反而代之而起成為宣播佛教的主要中心之一。就中國文化來看，佛教及其所承載的印度思想的傳入，大大拓展了中國文化的精神視域，為中國人提供了來世、輪迴、地獄等抽象能力，彌補了中國文化現世主義導向過於強烈的俗世主義弊端。
從世界文明的大視野看，作為世界兩大古老文明的中、印文明在歷史上的衝突、交鋒及其所採取的解決途徑，為當今全球化時代解決各文明之間的衝突提供了借鑑意義。
佛教為了求得自己的生存和發展，不能不向當時占有支配地位的儒家靠攏，並在哲學思想上依附於“老”“莊”和玄學。三國時期，大批印度和西域僧人來華，從事譯經、傳教的工作，這為以後佛教在魏晉南北朝的廣泛傳播起了重要的推動作用。在南北朝時，由於佛教受到帝王的信仰和重視，印度佛教經過改造以後適應中國社會的需要，逐漸在民間紮下根來，並取得重要的發展，至隋唐時代達到了鼎盛，形成了許多具有民族特點的中國佛教的宗派和學派，並傳播到了我國鄰近的國家。
在印度佛教未傳入之前，儒學占有顯著的地位。佛教傳入中國後，為了依附中國傳統的思想文化，為圖調合儒、道的矛盾，不斷地援儒、道入佛，論證三教的一致性。例如，在我國最早編譯的《四十二章經》中就已摻入了很多儒、道思想的內容，該經一方面宣傳小乘佛教的無我、無常和四諦、八正道，但同時也雜有“行道守真”之類的道家思想，以及“以禮從人”等等的儒家道德行為規範。由於“三教一致”、“儒釋一家”的渲染，在社會風氣上也蒙受影響，相傳南北朝的傅翁頭戴“儒冠”，身穿“僧衣”，腳著“道履”，集儒、釋、道於一身，表示“三教一家”。另外，傳說中的“虎溪三笑”（名士陶淵明、僧人釋慧遠、道士陸修靜在廬山的會見）也成為後人的美談。
從歷史中可以看出，儒、釋、道三教在魏晉南北朝時期有過互相靠攏、互相吸收、互相融合的情況；但這種“一致”、“合流”並不能掩飾彼此之間的排斥和鬥爭。三家之間的爭論有時表現得很激烈，震動朝野，甚至發生流血的事件。其犖犖大者有：在南朝宋文帝時的儒家與佛教之間有關因果報應之爭；齊梁之間的神滅、神不滅之爭；宋末齊初之間的道教與佛教之間的夷夏問題之辯；在北朝時由於佛、道鬥爭的原因所引起的北魏太武帝和北周武帝的二次廢佛法難事件，以及北齊文宣帝時展開的佛、道之間的傾軋，導致滅道的舉措和元朝時對道教的毀經滅藏。
隋開皇年間的三教辯論大會；大業時令沙門、道士致敬王者而引發的鬥爭；唐武德年間的儒道聯合反對佛教的鬥爭；貞觀時的釋、道先後之爭；高宗時的多次佛、道大辯論；高宗、武后和中宗時的“老子化胡說”之爭；唐中後期多次舉行的佛、道大辯論；武宗時的滅佛；韓愈等儒者的反佛、道思想等等。
在隋唐時期佛教完成了中國化的過程，湧現大量本土宗門，不少僧人常常把佛教的思想比附儒、道，為此撰寫了不少宣傳中國倫理綱常的佛教經典；在僧侶隊伍中還出現了很多“孝僧”、“儒僧”等等。中國的佛教宗派是在攝取中國傳統思想，特別是儒、道思想的基礎上創立起來的。天台宗把止觀學說與儒家的心性論調和起來，甚至把道教的“借外丹力修內丹”的修煉方法也引進了佛教。華嚴宗五祖宗密不僅認為禪、教一致，還進而認為儒、釋同源。他寫道：“孔、老、釋迦皆是至聖，隨時應物，設教殊途，內外相資，共利群庶，策勤萬行……三教皆可遵行”（《華嚴原人論》）。禪宗是一個典型的儒、釋、道三教結合的派別，它在堅持佛教立場、觀點和方法的同時，將老莊的自然主義哲學、儒家心性學說都融入自己的禪學中去。從菩提達摩的“與道冥符”到神秀的“觀心看淨”，都可以看到老子“靜觀其道”、“靜心致遠”的思想痕跡；從慧能的“能所俱泯”中我們可以看到莊子的“物我兩忘”的哲學思想。
在佛教理論方面，漢傳佛教融匯了中國儒道文化的要素，成功實現了佛教的本土化。東漢時期佛教初傳，為了讓中國人能看懂佛典、理解其中義理，當時的譯經者採取道家、儒家和陰陽家等學說的辭彙與概念，來解釋印度佛教經典中的名詞及思想，此謂格義佛教。格義佛教雖然會造成對佛教教義的曲解，卻是文化傳播的必由之路，對推動佛教在中國的傳播與普及具有重大意義。兩晉時期，一些僧人受玄學學派啟發，力求融會貫通佛學義理，他們只求意達而不拘泥於文字，於是佛教般若學依附玄學而得以興盛。他們既是中國漢傳佛教獨立理解佛法、建構本土佛學體系的初步嘗試，也是漢傳佛教融合儒釋道智慧的深入發展。此後漢傳佛教的各宗派——天台、華嚴、禪宗等一直將中國儒家道家的心性論、倫理觀等融攝到佛法中，有力促進了佛教在中國的發展。華嚴宗宗密進而致力於“五戒”與“五常”的融合、佛道和孝道的融合等，將漢傳佛教融合儒釋道的智慧推到一個高峰。明朝末年，雲棲祩宏、紫柏真可、憨山德清、蕅益智旭“四大高僧”繼續力倡三教融合。充分中國化的漢傳佛教融合了儒道思想後成為中國文化不可或缺的重要組成部分。
胡適認為中國某些時期是“佛教的時代”(theBuddhistAge)或者說是“中國思想和信仰印度化”的時代(theIndianizationofChineseThoughtandBelief)；信仰印度化是中國之大不幸；“印度不費一兵一卒就在文化上輕易征服並統治了中國2000年。"(Hushih,formerAmbassadorofChinatoUSA,“IndiaconqueredanddominatedChinaculturallyfor20centurieswithouteverhavingtosendasinglesolideracrossherborder.”)胡適在一篇題為《印度吾師》的文章中就這樣說：“中國花了一千年才逐漸走出印度對中國的文化征服，並取得某些程度的文化獨立和思想上的文藝復興。”所然有些誇大，但也可以從則面看出某些時期佛教的影響力。
《道家道教與中土佛教初期經義發展》、《道家道教影響下的佛教經籍》，中通過對三教講論的具體考察，指出三教歸一之旨，三教融合，這已為學術界公認的事實。明，尤其是晚明，三教合一的思想更成一代思潮蔚為風氣。關於明代三教合一思想的研究，中外學者已有部分的研究成果。日本學者荒木見悟在《明代思想研究》、《明末宗教思想研究》二書中，專以管志道、林兆恩、屠隆三人為個案，考察明末儒、佛、道三教的調和思想。而島田虔次更是通過對晚明士大夫生活與意識的勾勒，以說明三教合一思想對士人生活的部分滲透。柳存仁著有《明儒與道教》、《王陽明與佛道二教》等文，比較系統地釐清了明儒與佛、道二教之關係。而李焯然對明代著名學者焦的三教觀所作的個案分析，無疑更有助於理解晚明三教合一思想的深入人心。
禪和老莊
三教鈴木大拙曾說：“像今天我們所謂的禪，在印度是沒有的。”他認為中國人把禪解作頓悟，是一種創見，也足證中國人不願囫圇吞棗似的吸收印度佛學，他說：“中國人的那種富有實踐精神的想像力，創造了禪，使他們在宗教的情感上得到了最大的滿足。”
禪宗的形成最早是受到大乘佛學的推動，由於大乘佛學的推動使老莊的透徹見解，以禪的方式上獲得了復興和發展。
ThomasMerton曾說：“唐代的禪師才是真正繼承了莊子思想影響的人。”可以說，禪師們最根本的悟力是和老莊的見地一致的，道德經的第一、二兩章便說出了禪的形而上基礎。
至於禪和莊子的關係，鈴木大拙分析得非常清楚，他說：“禪師的最明顯的特質是在於強調內心的自證。這種自證，和莊子的坐忘，心齋和朝徹是如出一轍的。”“坐忘”兩字的原意，可以說是坐於忘，或沉入於忘的境界。這個忘的範圍很廣，包括了忘己和忘物。下面是莊子描寫有關坐忘的故事：有一次，顏回告訴孔子說他的功夫大有進步，已忘了仁義，孔子認為他還不夠深刻。過了幾天，他告訴孔子說他已忘了禮樂，孔子仍然沒有加以讚許。再過了一段時間，他又告訴孔子說他已“坐忘”了。這境界連孔子也有所不知，反問顏回，顏回解釋說：“墮肢體，黜聰明，離形去知，同於大通，此謂坐忘”。
“心齋”見於莊子人間世中孔子和顏回的一段對話，據說顏回有一次要到衛國去遊說，孔子澆了他一盆冷水，認為他還沒有做到純一不亂的境界，如果貿然去諫，非但無益，反而有害，於是顏回便向孔子請教方法，孔子告訴他要“心齋”說：“一若志，無聽之以耳，而聽之以心，無聽之以心，而聽之以氣，聽止於耳，心止於符；氣也者，虛而待物者也，唯道集虛，虛者心齋心。”
“朝徹”是道家修練的一種境界，莊子曾描寫過一段有關朝徹的故事。有一次，有人問女偊，為什麼他年紀那么大了，但容貌還是嫩得像小孩一樣，女偊告訴他這是得了道的功效。那人又問女偊：他是否可以學道呢？女偊坦白的說他不是學道的材料；接著便把自己教學生卜梁倚的經過告訴他說：“以聖人之道，告聖人之才，亦易矣。吾猶守而告之，參日，而後能外天下；已外天下矣，吾又守之七日，而後能外物；已外物矣，吾又守之九日，而後能外生；已外生矣，而後能朝徹；朝徹而後能見獨，見獨而後能無古今，無古今而後能入於不死不生。”
我們不能否認禪師們都是佛家，但他們對於老莊思想的偏愛，卻影響了他們在佛學中選取了那些和老莊相似的旨趣，而作特殊的發展。
佛道融合
貞觀十二年，皇太子在弘文殿召集三教學者，有紀國寺僧慧淨講《法華經》，道士蔡子晃講《道德經》，並就《法華經》“序品第一”問題展開爭議。稍後，又有太子中舍辛請作《齊物論》，從“心存道術”的立場出發，倡道釋齊一玄同之論、論云：“一音演說，各隨類解。蠕動眾生，皆有佛性。然則佛陀之與大覺，語從俗異；智慧之與般若，義本玄同。習智覺若非勝因，念佛慧豈登妙果?”這裡的“大覺”、“智慧”言道教。根據辛請的看法，聖人以一音演說教法，道佛二家各隨類解，究其根本理趣是相同的，只不過說法各從俗而異，如果一定要在道佛二家之間強生分別，那就流於“空談”，不達妙理，所以又說：“必彼此名言，遂可分別，一音各解，乃玩空談。”從更高的境界上說：“諸行無常，觸類緣起，後心有待，資氣涉求，然則我淨受於熏修，慧定成於繕克。”佛教般若以“諸行無常”、“觸類緣起”等理論，誘導修持者入於淨慧，是資借氣力勤求慧覺，所以“有待”於後天心色之用，則於莊生齊物逍遙之旨有所未盡。辛諝的這篇論文保存未全，但僅從慧淨所引錄的片段看，《齊物論》在唐初代表了較高的理論水平。他著眼於莊子“絕其有封”、逍遙無待的人生境界，責難般若止觀諸說的滯相，認為莊子的理趣境界較般若高妙，這可以說是以莊子的理趣詰難般若，而指佛教熏修之“我淨”、繕克而得之“慧定”為“資氣涉求”的“有待”，辛諝的道家之說已開慧能南宗禪之風，從慧悟境界上突破般若空宗由觀入定的修持方法，是唐初走出般若煩瑣哲學的正路，對後世般若學有著重大的啟迪與影響。辛諝亦以其理趣“誕傲自矜”，有釋子與之對論者，“必碎之於地，謂僧中之無人也”。針對辛諝之說之行，慧淨著論抗爭。認為佛法“萬善所以兼修”、“一音所以齊應”，不止於《老子》的“絕聖棄智”、“抱一守慈”，老子之道只是“冷然獨善，義無兼濟”，所以佛道二教優劣無可倫比。至於說到道釋齊一玄同，強生分別則為“頑空”，慧淨聲稱：“竊以逍遙一也，鵬躊不可齊乎九萬；榮枯同也，椿茵不可齊乎八千。”以道教擬同於佛教，猶以爝火侔於日月。說到莊子無待逍遙的境界，慧淨強調：“莊生所以絕其有封，非謂未始無物。”所以道釋優劣深淺不可不分，分而後知其是非，則舍道從佛便齊一玄同了。若言修持之法，則新故相傳，“假熏修以成淨，美惡更代，非繕克而難功。是則生滅破於斷常，因果顯乎中觀。斯實莊釋玄同，東西理會，而吾子去彼取此，得無謬乎?”①從慧淨這些言論看他對《莊子》深旨的理解，似反不及支遁的《逍遙論》。明代發展
明代儒、佛、道三教合流，是以儒家學者為中心，並由眾多名僧、方士參與其間，互相交遊，互為影響，最終導致佛、道的世俗化以及儒學的通俗化。本文與前人研究的不同之處，則在於將思想史或宗教史的課題，以社會史的角度加以考察，亦即通過綜合剖析明儒三教合一之論，或者來自佛、道人士的對此論的回響，以闡明這種觀念對晚明思想、文化的深遠影響，以及在明代士人和民間生活層面所烙下的種種印記。明代儒、佛、道三教的合流，可以從以下三個方面加以綜合的考察，即三教合一思想在明代的濫觴及其流衍，三教堂(或閣)的出現，以及士大夫與佛、道人士相交成風。
明初期
明太祖朱元璋首開明代三教合一風氣之先。太祖曾經入寺為僧的經歷，使他洞悉佛、道二教陰翊王化的玄機，深知佛、道二教內部的弊端，並力行整頓。在此基礎上，明太祖進而提出了三教並用之說："若絕棄之而杳然，則世無神鬼，人無畏矣。王綱力用焉。於斯三教，除仲尼之道，祖堯舜，率三王，刪詩制典，萬世永賴。其佛仙之幽靈，暗助王綱，益世無窮。"朱元璋曾自製僧律二十六條，頒於皇覺寺。內一款云："凡有明經儒士，及雲水高僧，及能文道士若欲留寺，聽從其便，諸僧得以詢問道理，曉解文辭。"明經儒士、能文道士留居僧寺，其實就是鼓勵僧流參儒、道二氏法度，所透露的基本信息則是三教合流。上有所好，下必應之。朱元璋提倡三教並用，其臣下隨之極力鼓吹。宋濂號稱明初文人之首，侍奉太祖左右，明太祖旨意，故對禪學也深信不疑，並對佛教的作用也稱頌有加。他說："大雄氏之道，不即世間，不離世間，烏可岐而二之?我心空邪?則凡世間諸相，高下、洪纖、動靜、浮沉，無非自妙性光中發現。苟為不然，雖法王所說經教，與夫諸祖印心密旨，皆為障礙矣。"明代學者羅欽順稱宋濂學問，"一生受用，無非禪學而已"，可謂一語中的。除宋濂外，明初學者中，主張三教合一，肯定佛、道功能者，頗有人在，諸如烏斯道稱："佛亦贊天子之教化"；張孟兼則將道家世俗化，從而達到佛、道相融的目的；而陳璉則更將道、俗合而為一，認為道教雖以清淨為本，"而未嘗以捐絕世務為高"。如此等等，不勝贅舉。
明成祖朱棣起兵靖難，奪取寶座，得佛教名僧道衍(即姚廣孝)之力不小。於是即位以後，對佛教多有佑護。成祖朝時大量善書的編撰，說明三教合一的觀念已得到朝廷的普遍提倡。如朱棣在《孝順事實》一書中，顯然已將儒家之孝道與道教的感應思想結合在一起。除《孝順事實》外，明成祖還敕撰《為善陰騭》一書。通過"陰騭"觀念，教化民眾行善積德，從而使儒、佛、道在"陰騭"觀念上趨於融合。而仁孝徐皇后所撰之《勸善書》，無疑是對成祖《為善陰騭》一書的回應，從而將儒、佛、道三教勸善之言熔於一爐。所有上述御製書或敕撰書，均以儒家的五倫甚或孝道為中心，別采佛、道勸善之言，以為佑護、佐證，儒、佛、道融而為一。綜所周知，這些書籍陸續被頒發於天下學宮，為天下士子所必讀。由此可見，它們對儒、佛、道的合流起了推波助瀾的作用。
明中期
王陽明在明代學術、思想史上具有舉足輕重的地位，而在儒、佛、道三教合一觀念的流衍或變遷中，王陽明更是起到了至關重要的作用。在他以前，固然明太祖、成祖倡導三教合一，亦有學者宣揚三教合流。然究其本質，不過是藉佛、道的威懾作用，暗助王綱。所注意的是佛、道的善化功能，所採用的方法亦不過是流於表面的援佛、道助儒。而王陽明則不同，他是援佛、道入儒，創製心學，其影響及於整個晚明思想界。儘管陽明集子中也不乏闢佛之言，而其根本則由王門後學陶望齡一語道破天機，即"陽抑而陰扶也。使陽明不借言闢佛，則儒生輩斷斷無佛種矣。今之學佛者，皆因良知二字誘之也"。陽明學術得益於佛、道二氏之處頗多，尤其與禪宗的關係更深。他的心學，即由禪宗"即心即佛"發展而來，而禪宗關於"定"與"慧"的關係問題，更為王陽明"寂"與"照"的關係所取代。此中關係，明末清初學者張履祥已洞察秋毫："三教合一之說，莫盛於陽明之門。察其立言之意，蓋欲使墨盡歸儒，浸淫至於今日，此道日晦，彼說日昌，未有逃禪以入儒，只見逃儒以入釋，波流風煽，何所底極!"明晚期
事實確乎如此。王門後學，大多逃於禪釋，主張三教合一。在晚明，以王門後學為中心，再有其他一大批學者與之呼應，三教合一之說一時甚囂塵上，甚至其影響及於科舉考試的八股文字。為敘述方便，下舉羅汝芳、王畿、袁黃、李贄、屠隆、陶望齡、陶睪齡、公安三袁(袁宗道、袁宏道、袁中道)、竟陵派鍾惺、李元陽、管志道、焦竑、林兆恩等人為例，以考察晚明三教合一之風在學術界的流行。據明人記載，羅汝芳深嗜禪學，家中方僧常常滿座，以致"兩子皆為所誘，一旦棄父母妻孥去，莫知所終"。王畿雖曾區分儒、佛之異，更深究王學與養生家言的差別，然無論從其為學過程抑或部分宗旨來看，也不得不借重佛、道。他曾說："吾儒極辟禪，然禪家亦有不可及者。"
在明末，袁黃與李贄均是婦孺皆知的人物，他們的學說已深入人心。究他們兩人的學術特點，事實上也是"混佛老於學術"，儒、佛、道三教熔於一爐。正如明末學者張履祥所言："近世袁黃、李贄混佛老於學術，其原本於聖人之道不明，洪水猛獸，蓋在於人之心術也。"袁黃的出名，其實就是他所作的《功過格》一類善書，而此類善書的中心思想，仍是報應、陰騭，其根本則是儒、佛、道三教合一。而李贄更是斷言："儒釋道之學一也，以其初皆期於聞道也。"屠隆自稱好談二氏，對佛、道均持肯定的態度。他認為佛"宣教淑人，亦輔儒者之不逮"；他專寫《十賢贊》一篇，首列老莊，稱老子為"吹萬布德，真人是儲"。
陶望齡、陶睪齡兄弟對佛、道二教揄揚甚力。陶望齡在參禪方面追求的是"真參默識"，並對當時京城官場中以"攻禪逐僧"為風力名行很不以為然："吾輩雖不掛名彈章，實在逐中矣。一二同志皆相約攜手而去。"陶望齡在學術上受其乃兄影響頗深。他在三教思想上最著名的論斷就是對儒、佛、道三教不作優劣判斷，斷定同為日月。
在公安三袁中，長兄袁宗道嗜佛、道二氏最深。宗道認為，三教主人，門庭各異，本領是同，這就是學禪而後知儒。他的目的當然是"借禪以注儒"。袁宏道關於儒與老莊同異之論，實具儒、道合一因子："問：儒與老莊同異。答：儒家之學，順人情；老莊之學，逆人情。然逆人情，正是順處，故老莊嘗曰因，曰自然。如不尚賢，使民不爭。此語似逆而實因，思之可見。儒者順人情，然有是非，有進退，卻似革。夫革者，革其不同以歸大同也。是亦因也。但俗儒不知，以因為革，故所之必務張皇。"而袁中道同樣也是三教合一的信奉者。他認為："道不通於三教，非道也。學不通於三世，非學也。"
竟陵派文人也主張三教合一。鍾惺至年四十九時，始念人生不常，認為讀書不讀內典，如乞丐乞食一般，終非自己心得。而譚元春之論佛，也取其治化作用，肯定"佛所以輔帝王治天下之書也"。
在晚明倡導儒、佛、道合流的思潮中，李元陽與管志道是兩位頗引人注目的人物。據載，李元陽頗究心釋典，以參儒理。其學以佛入，以儒出。他主張儒、佛、道合一，認為："天地之間，惟此一道，初無儒、釋、老莊之分也。"（註：李元陽：《中溪家傳匯稿》卷5《重刻法華要解序》。）管志道的學術特點，就是希望以佛教西來之意，密證六經東魯之矩，並收攝二氏。當然，他的思想仍以儒學為正宗，佛、道只是為儒所用，正如他自己所說："愚嘗謂儒者不透孔子一貫之心宗，不見乾元用九之天則，不可與護持如來正法。"（註：管志道：《從先維俗議》卷5《金湯外護名義》。）焦竑堪稱王門後學中最樸實的學者。他對各種學術兼收包容的胸懷，以及所獨具的大文化觀，無不證明其在明代學術史上的地位，顯然與明初的宋濂有一脈相承之處。一方面，他不闢佛、道，斷言釋氏諸經，"即孔孟之義疏也"；而對道家，也不是採取簡單的排斥，而是分門別類，以恢復道家的本來面目。另一方面，他又將儒、佛、道三教統一於"性命之理"。這顯然說明，一至焦竑之說，明代三教合流已趨於總結。
在三教合流之風中，有一人值得引起注意。他通過向民間進行活動，將儒、佛、道合而為一，創立了獨特的"三一教"。他就是林兆恩。在晚明，凡主張儒、佛、道合一者，都對他推崇備至。如管志道弟子顧大韶，就認為兆恩之學，"以儒為表，以道為里，以釋為歸，故稱三教也"。
儒家文人、學者主張三教合一，很快得到釋、道二教人士的回應。如釋清上人就曾找到了很多儒、佛相同之處，諸如：儒曰"無極"、"太極"，即佛所謂"萬法歸一"、"一歸於何處"；儒曰"讀書不如靜坐"，即佛所謂"不立文字，直指明心見性成佛"；儒曰"毋意毋必，毋固毋我"，即佛所謂"真空絕相，事事無礙"。顯然，這是儒、佛合流之論。這種認識的取得，與其閱讀儒書有關。而在晚明，佛僧喜讀儒書者亦不乏其例。如釋戒征，"喜讀儒書，而詞翰俱妙，有前人風"。
太倉海寧寺僧善定能講四書，里中子弟從之游。如此等等，餘不贅舉。而道教人士在對待儒、道關係方面，也有合流的趨勢。如沖陽子宋王獻曾有一段說道新論，反映了道士在動、靜關係上，已與儒家有相同之處。
相交成風
士大夫從小接受的是一套良好的傳統儒家教育，理應是儒學的維護者。可是明代的士大夫，無論是閣部大臣，抑或州縣小吏，無論是在職，抑或鄉居，均是佛、道的倡導者，甚至成為佛教寺院的"護法"。當時的風氣，就是士人以與釋、道二教人士相交為雅。所以，對佛教的貢獻，正如明人瞿汝稷所言："夫近時之士大夫，皆誦法孔子者也。所望創僧廬，市僧田，以招致撥草瞻風諸龍像者，惟誦法孔子諸賢是頓，則儒之有庇釋也，不信然哉!"明人蔣德王景也說，晚明的士大夫，"無不禮《楞嚴》，諷《法華》，皈依淨土"。早在明初，就有一些僧人善於詞翰，與士人交往密切，但只是僅見的例子，不成氣候。中期以後，以至明季，由於儒、佛、道三教合流漸成氣候，士人與僧、道相交更是不爭的事實。這種風氣主要反映在以下兩個方面：一是僧、道不守清規，不在僧寺、道觀清戒受持，而是到處遊蕩，遊方僧道遍地皆是，尤以京師為甚。如明人言："京師，僧海也。名藍精剎甲宇內，三民居而一之，而香火之盛，贍養之腆，則又十邊儲而三之，故十方緇流鹹輻輳於是。"二是士大夫師事沙門，大族中婦女、子弟甚至拜高僧為師。如張履祥揭示道："近世士大夫多師事沙門，江南為甚。至帥其妻子婦女以稱弟子於和尚之門。"這種風氣僅僅是儒、佛、道合流的綜合反映，而其具體的表現，則為士人與僧道相交，恬不為怪，甚至引為風雅。
三教堂
孔子、釋迦、老子並祀於一堂之類的三教堂，至遲在元代已見其例。一至明代，則蔚然成風。照例說來，孔子祀於學，佛氏祀於寺，老氏祀於觀，原本俱有定製，各不相混。可是，在明代，卻流行將孔子、老氏、佛氏並祀於一堂。鑒於此，朝廷只好下令禁止。明永樂三年(1405)，朝廷頒布禁令，"禁祀孔子於釋老宮"。然三教合流畢竟已是大勢所趨，儘管朝廷一再申禁，但禁令往往是徒具虛文。在明代，世人多以儒、釋、道合為一圖，或者塑像於寺觀。釋以佛居中，道以老子居中。甚至出現了穿戴為道冠、儒履、釋袈裟之傅大士。這種行為並非只是盛行於佛、道，同樣為一些儒家人士所恪守。如陳白我，"建三教堂，奉孔子暨二氏"。又賓州有一座三教閣，居人楊鳳雲所建，"閣有孔子、釋迦、老子三像"。一旦儒、佛、道三教聖人共聚一堂、一閣甚至一圖，那么三教之間的界限已是混淆不清，這在民間的祠廟中反映尤為明顯。這可以析為以下三種情況：一是儒家人士的祠廟，卻由僧、道管理。如徐州祭祀漢高祖劉邦的祠廟，其香火由僧人管理。二是原本為道教系統的神祠，卻也有僧人住持。如太倉劉家河天妃宮，永樂初建，"以僧守奉香火"。三是儒家的祭祀人物附設於道觀中。如蘇州廣陵王祠，祀吳越中軍節度使錢元及其子文舉，即設於城內三茅觀。
上述種種，固然與當時思想界儒、佛、道合流的趨勢桴鼓相應，但也與朝廷祀典、禮儀的含混不清乃至失察有關。明帝國以儒教立國，這勿庸置疑。然而堂堂帝國，每遇大朝會時，百官習儀卻不在國子監孔廟，而是在佛寺或道觀，先在慶壽寺、靈濟宮，後定於朝天宮。朝廷如此，地方官員也只好照章辦事，不必去追究是否符合儒家信條。如杭州錢塘縣，每歲造土牛，均在靈芝崇福寺迎春。這就是最好的例子。
密宗
密宗密宗的內容極為龐雜，漢傳佛教分為三部，雜密、胎藏界、金剛界。雜密部多為儀軌、咒語，講究神通與法術是密宗最早的雛形保留了密宗所有法術和奧義。雜密，意思為不純或不系統的密法。開元年間，開元三大士譯出胎藏界與金剛界密續之後，這兩部密續被稱為純密。相對於純密，在它們之前譯出的密教經典與咒語，法術，都被稱為雜密。雜秘保留一些，早期法術，如幻術，式神術，召喚術，傀儡術，祈福、祈雨、治病、安家、息災，乃至於驅使鬼神、包羅萬象。
到了佛陀入滅後三百年間，上座部所隸屬的犢子部，除經、律、論三藏外，諸多真言密咒亦被結集，彙編成為"明咒藏"。其後，在南傳《巴利藏》中，有說護身等偈頌的經典，名為《防護藏》，至今仍盛行於錫蘭、緬甸等南傳佛教國家。到了四世紀左右，出現了專說咒法的獨立經典《孔雀明王經》，認為口念真言，內心統一，建立方圓之土壇供養諸尊，嚴修儀軌，即可產生不可思議的功德。
公元14、15世紀時薩迦派與噶舉派高層相信雜密長生方法分為兩部咒語，薩迦派有一半咒語噶舉派有一半咒語，這是因為宗喀巴大師向香巴噶舉僧人求教一些雜密修行方法時香巴噶舉僧人將包括長生等秘法分開傳給宗喀巴大師，薩迦派與噶舉派高層相信取的長生方法就可以展現佛法偉大獲得藏區統治權力，因此兩方為奪權力，戰火不熄，時局極為紊亂。因此，什麼宗教，什麼佛學，無人關心過問，寺廟組織渙散，戒律鬆弛，僧人無人約束，不念經，不修法，反娶妻生子，放蕩自恣。上層僧因為知道有永生方法，不許在辛苦修佛。仗其特權，藉口修密向民間索取婦女供其姦淫。宗喀巴意識到雜密咒語雖然種類眾多，法力強大，但是對於沒有超脫欲望的人，輕易掌握雜密會帶來災難。宗喀巴提出了2個改革方法第一個是去除雜密永生，不老，不死，復生，召喚鬼神等咒語，只保留簡單修行和基礎治病的咒語，這個也稱作純密改革，意思是將雜密選擇性傳給弟子選擇後的成為純密。第二項改革是整頓紀錄，嚴格紀律改教以後，其他教派也有回響者對歪風邪氣略加整頓。依據《土觀宗派源流》說，直至公元16世紀時，寧瑪派中還有僧人曾經意圖得到雜密永生之法，最終無果。
