歷史顯示，此教義是從公元3至4世紀開始逐漸發展。經過一連串的辯論和大公會議後，最終得以確立為正統的教義。三位一體的核心思想，曾在公元325年的尼西亞大會（第一次大公會議）及公元381年的君士坦丁堡大會（第二次大公會議）里通過。這個詞語及其清晰的教義闡述從沒有在《聖經》出現。從《聖經》記載內，耶穌及使徒沒有反對申命記6：4的話：“以色列阿、你要聽。耶和華我們神是獨一的主”
關於三一神
聖經的教訓是說，神既清楚分三，卻又同時是獨一的；故此，基督徒稱他為三一的神，亦即父、子、聖靈，從永遠到永遠，父子靈皆並重，且同時共同存在，更是互相內住的共同存在。”這裡說到父子靈是“同時共同存在”，更是“互相內住的共同存在”。
神只有一位
聖經多次多方，說到神只有一位。在舊約，在新約，有許多地方，都說神只有一位。
選讀：
林前八章四節：“神只有一位，再沒有別的神。”
以賽亞四十五章五節：“我是耶和華。在我以外並沒有別神，除了我以外再沒有神。”還有六節，二十一、二節，四十六章九節，和四十四章六節，八節，都有同樣的話。
在這些經節中，神再三再四的說，“除了我以外，再沒有神。”他不是說，“除了我們以外，再沒有神，”乃是說，“除了我以外，再沒有神。”“我”是單數的，只是一位。神這多次的宣言，強有力的證明，神只有一位。
詩篇八十六篇十節：“惟獨你是神。”這裡不是說，“惟獨你們是神”，乃是說，“惟獨你是神。”這話也證明神只是一位─“你”，不是多位─“你們”。
神只有一位，這是聖經明確的啟示。
但是在基督教里，除了這照聖經明文的啟示，正統正宗的說法之外，有人說，神是三位，父是一位神，子是一位神，靈又是一位神，不過這三位神，成了一個團體的神，以單位來說是三，以團體來說是一。
還有人說，神是兩位，父是一位神，子也是一位神，靈卻不是，因為父有他的人位，子也有他的人位，靈卻沒有；靈不過是一個能力，一個憑藉，好像電力一樣，沒有人位。
父子靈的講究
主耶穌在馬太二十八章十九節說：“給他們施浸，歸入父子聖靈的名。”（原文。）在這裡清楚的說出父子聖靈三者來。但主在這裡說到父子聖靈的名，所用的名字，在原文是單數的。這是說，父子聖靈雖是三者，名卻是一個。實在奧秘，三者一個名。這就是三而一。
這就是說出神是三而一的，雖是一位神，卻有父子靈三者的講究。
主耶穌在約翰十四章二十三節說，“人若愛我，…我父也必愛他，並且我們要到他那裡去，與他同住。”又在十七章十一節說，“聖父阿，…叫他們合而為一，像我們一樣。”在這兩處，耶穌都稱他自己和父作“我們”。
父子靈的講究，約翰福音表明出來的最多：
（十三3，）是人從未見過的神，（一18，五37，）他的一切都在於子，（十六15，）他在子裡顯出，（十四7～11 ，）並在子裡作事。（十四10。）他是裡面隱藏的一位，子是外面顯出的一位；外面顯出的這位，就是裡面隱藏的那位；兩位就是一位。
（二）子是顯出（一18，）是從太初就有的神，與神同在，（一1～2，）與神平等，（五18，23，）與父原為一，（十30，）從父出來，（十三3，七29，）來將父顯出，（十四8～9，）而因父活著，（六57，）末了在肉身里，（一14，）作神的羔羊，（一29，）被釘受死，流血贖罪，（十九34。）從死里復活就成為靈，吹入門徒裡面，（二十22，）作他們的生命，（十10）且作他們生命的糧，供他們吃享，使他們因他活著。（六35，57。）
（三）靈是進入就是進入信子的人裡面，作子的實際，（十四16～20，）將從子領受的一切交通分賜給他們。（十六13～15。）父在子裡面，（十四10～11，）子成為靈，給相信子的人飲入作生命的活水。（七37～39，四10，14。）靈進入人裡面，與人同在，使人享受子。（十四17～18。）靈在人裡面，就是子在人裡面。（十四17，20，十七23，26。）我們在這靈里，與三而一的神聯合為一。（十七21～23。）
約翰福音給人看見，父是一切的源頭，子是父的顯出，靈是子的進入。神在人所不能看見的天上乃是父，顯在人中間乃是子，進到人裡面就是靈。父在子裡顯在人中間，子成為靈進入人裡面。父在子裡，子又成為靈，三者乃是一位神。
父子靈三者都是神
（一）父是神彼前一章二節說，“父神”。以弗所一章十七節也說，“神，榮耀的父”。這都是說出父是神。
（二）子是神希伯來一章八節說，“論到子卻說，神阿”。約翰一章一節也說，“道就是神。”這都是明言子是神。
（三）靈是神行傳五章三至四節說，“你欺哄聖靈，…是欺哄神了。”這話給人看見，靈也是神。
所以聖經清楚啟示，父子靈三者都是神。但這不是說，他們是三位神。因聖經確定的言明，神只有一位。雖然有父子靈三者，但這三者不是三位神，乃是一位神。
奧秘中的奧秘
按照聖經的明文揭示，神只有一位，但又有父神、子神、靈神三者的講究。這就讓人難以也無法領悟明白，基督徒稱父子靈三而一的神乃是一個奧秘，且是奧秘中的奧秘。認為微小有限的人，沒有辦法領悟得透，更不能用人的語言把它說的完全。也認為許多關於生命的事，都是人沒有辦法明白得透的，只能知道一個大概。譬如人的生命、人的靈、宇宙中的許多事物等等。
