鎮壓太平
太平軍攻占南京1851年（鹹豐元年）4月，樹旗反清的廣東天地會領袖劉八率部眾萬餘人進攻博白，馮子材趁機投奔這支隊伍。5月，劉八進攻博白失敗，馮子材拉出部眾千人，投降知縣游長齡，並被改編為“常勝”勇營，積極參加鎮壓粵桂邊界的農民起義軍，積軍功擢升至千總。後隨廣西提督向榮鎮壓太平軍起義，一路尾追到江南。1853年4月，身為都司的馮子材統帶廣勇，隸向榮在南京城外孝陵衛建立“江南大營”，不時向城內太平軍進攻。1856年6月，江南大營被太平軍摧毀，馮子材敗逃丹陽。
1858年1月，欽差大臣和春復立大營於滄波門、高橋之間，挖掘長濠，堅築高壘，圍困天京太平軍。馮子材身負守御之責，屢次擊退太平軍的衝鋒，並攻毀太平軍在城北修築的柵欄營壘。由於馮子材真心替清廷賣命，深得上司的器重，幾年之內由都司一步步升為總兵。清軍悍將張國梁曾撫其背，稱讚說：“子勇，余愧弗如。”
同年9月，太平軍主將陳玉成，李秀成分別領軍進至滁州（今安徽滁縣）烏衣，準備會攻清欽差大臣德興阿的“江北大營”。和春派馮子材領兵5000渡江相援。27日小店一戰，馮部幾乎全軍覆沒，僅剩三四百親兵逃回江南。
1860年5月，太平軍第二次攻破清軍“江南大營”。馮子材隨江南大營次帥張國梁逃到丹陽，又被太平軍擊敗，張國梁在丹陽南門外落水溺死，事後，馮子材收聚殘軍，退往鎮江固守。
1862年（同治元年）初，太平軍屢次攻打鎮江，消滅了馮部的一些軍隊，但都沒有產生很大威脅。2月，負責揚州軍務的江寧將軍都興阿與馮子材不和，請求將他外調。後未果，仍留鎮江歸曾國藩轄制。
以後，馮子材以孤軍3000人守御鎮江，不時與太平軍小部隊接仗，但由於太平軍沒有在鎮江一帶投入多少兵力，曾國藩也沒有重用他的打算，馮子材實際上主要處於觀戰的地位。1864年7月，天京陷落，清廷大封“功臣”，馮子材也被賞穿黃馬褂，封騎都尉世職。
鎮壓起義
馮子材塑像越南政府對起義軍的到來大為恐慌，一再向清朝清兵援“剿”。旁廷又派提督馮子材率30營共1.2萬餘人於1869年7月出關。
馮子材入越以後，扎大軍於北寧，太原等地，配合越南軍隊，“圍剿”太原、山西、宣光各省義軍，8月，吳亞終在北寧城被火銃打傷，飲孔雀血身死，部將陸續請降。到1870年4月，馮子材領兵攻克了吳亞終部將梁天錫的根據地河陽，宣告“得勝班師”。
吳亞終的失敗並不意味著天地會反清力量的最後消失。不久，吳亞終餘部又聚集到他的舊部黃崇英周圍，達三四萬人之眾，號稱“黃旗軍”。1871年，馮子材二次出關，進攻黃旗軍根據地河陽。馮子材探聽到劉永襠與黃崇英為爭奪保勝發生衝突，就派楊瑞山，馮月亮去見劉永福，送去五品藍翎和功牌，請黑旗軍助戰。劉永福立刻答應了他的要求。一個月以後，清軍、黑旗軍和越南軍隊聯合攻破河陽，黃崇英兵敗遠走。馮子材因為部下水土不服，非戰鬥減員嚴重，將河陽交給越南三圻地方長官，部隊陸續退回龍州。
1878年（光緒四年）9月，馮子材舊部、卸任廣西潯州副將，記名總兵李揚才在廣東炅山造反，糾眾萬餘嘯聚越南。越王派軍隊聯合劉永福黑旗軍向李揚才部進攻，同時請求清軍協助“會剿”。12月，馮予材三度出關，以清、越軍20餘營的優厚兵力，加上黑旗軍三面夾擊，在龍登山擊敗李部，並將其俘獲。
越南作戰
1881年，馮子材回到廣西提督任上。但這時境遇已非昔日可比。當政權要劉坤一對他排擠打擊，廣西巡撫徐延旭也因為他曾經彈劾過自己，上任伊始，就把馮的侄子馮兆金撤職斥退，向他示威。這位65歲的老將，終於懷著“為有老羆臥當道，肯教牧馬渡臨洮”的憤戚心情解甲歸鄉。但是，他的家鄉欽州毗鄰越南，法國侵略軍步步進逼，窺視祖國南疆的訊息不斷傳入他的耳中，也容不得這位“御外性至強。的沙場老將。騎驢長嘯返江鄉，閒看時賢補時局”。他憂心國事，多次派人深入越境，探聽法人虛實。
1883年12月，法國侵略軍悍然向駐紮在北圻的中國軍隊發起進攻，中法戰爭正式開始。1884年3月，北寧失守，前線指揮官、廣西提督黃桂蘭畏罪自殺。清政府手忙腳亂，匆匆調兵遣將之餘，才想起這位熟悉邊情的老將。最初李鴻章認為他年老血衰，不是法軍對手，只給了他一個督辦高、雷，廉，瓊4府25州縣團練的名義。馮子材在一無實權，二無餉源的情況下，幾個月間，成立了9個州縣的團練，其中他親自挑選和訓練的500名欽州練勇成為日後“萃軍”的骨幹。
同年5月，張之洞署理兩廣總督。馮子材主動上書，要求統率1.5萬軍隊，從欽州進入越南東北的廣安，海陽，開闢陸路第三戰場。張之洞很欣賞這個建議，同意他編成18營軍隊，準備開赴越南作戰。
法軍決戰
馮子材整裝出發之際，抗法前線的形勢陡然惡化。1885年1月底，法軍主力7000餘人在船頭一帶向廣西邊境大舉進軍。2月13日，法軍占領戰略要地諒山。23日，守衛文淵的清軍將領楊玉科中炮犧牲，部下潰散。法軍乘勢侵占鎮南關，前鋒深入我國境內10公里。25日，法軍由於兵力不足，補給困難，炸毀鎮南關城牆及附近工事，退回文淵，還在關址廢墟上立一木牌，上書：“廣西的門戶已不再存在了”。
中法戰爭2月25日，馮軍進駐憑祥，預備與法軍決一勝負。儘管法國侵略軍勢焰正張，但不難看出他們面臨許多困難：遠離後方補給基地，失去了游弋於江河中的炮艇火力的支援，兵辦也很薄弱，能戰之兵只有四五千人。而清軍這時已集結了包括大批生力軍在內的部隊2萬餘人，背靠後方補給基地——龍州，士氣日漸高昂。馮子材分析了敵我雙方情況，又親臨前線，遍勘從板山到幕府的各處山隘，最後確定以鎮南關北8里的關前隘作為預設戰場。關前隘是一個兩面有高山屏障，地勢、地形由北向南傾斜、收縮的山谷。馮子材命令部隊在東西兩嶺之間構築一道3里多長的土石長牆，高約7尺，寬約4尺，牆外挖掘4尺寬的深塹，並在東西嶺上修築堡壘多座，構成一個較完整的山地防禦體系。在兵力配置上，馮子材把士氣高、戰鬥力強的“萃軍”和“勤軍”放在主陣地上，又在左、右兩翼派了較強的兵力防止法軍迂迴龍州，最後以強大的預備隊駐幕府、憑祥，隨時準備投入反攻。到這時，馮子材才放心地說，“我可以立於不敗之地了！”
3月9日，法軍一部企圖繞過鎮南關，經扣波進占艽封，牧馬，威脅龍州。馮子材根據越南民眾提供的情報，派“萃軍”5營前往扣波，派蘇元春和魏綱部前往牧馬，阻住法軍通道。
3月21日，馮子材為了打亂正在集結的法軍部隊進攻部署，決定誘敵入瓮，率王孝祺部出關夜襲法軍前哨據點文淵，一度沖入街心，斃傷不少敵人，擊毀炮台兩座。清軍的主動出擊，使法軍指揮官尼格里感到丟臉，為了撈回面子，他不待援軍到齊，倉促決定提前發起攻擊。
3月23日晨，法軍1000餘人趁大霧偷偷進入鎮南關，上午10時30分，主力沿東嶺前進，另一路順關前隘谷地前進，企圖在主力奪取大青山頂峰堡壘後，前後夾擊關前隘清軍陣地。馮子材立即商請駐於幕府的蘇元春部應援，又適知王德榜部從側後截擊敵人。他自率所部與王孝祺部堅守長牆，拚死頂住法軍進攻。幾小時後，法軍在炮隊的猛烈炮火掩護下，奪占了小青山的3座尚未完工的堡壘，威脅清軍正面陣地側翼安全。馮子材激昂高呼：“法軍再入關，有何面目見粵民?”堅持不退。至下午4時許，蘇元春、陳嘉、蔣宗漢、方友升部相繼趕來，穩住了陣腳。入夜，馮子材趁法軍停止進攻，迅速調整了作戰部置，充實了前沿陣地的兵力，還飛檄調遣駐扣波的5營“萃軍”襲法軍左翼。
3月24日晨，大霧迷茫。法軍指揮官尼格里首先派兵一部偷襲大青山頂的大堡，企圖控制東嶺制高點，因地形險峻難行，不得不原路退回。上午11時，尼格里見山頂久無動靜，以為偷襲成功，便以重炮猛轟長牆，掩護沿谷地推進的法軍猛攻關前隘陣地。馮子材號令全軍：有進無退！待敵人接近長牆時，他大喝一聲，持矛與兩個兒子躍出長牆，沖入敵陣，展開白刃搏鬥。全軍將土也一齊大開柵門，向敵人衝去。中午，從扣波趕來的5營“萃軍”由摩沙衝進龍門關，突然出現在法軍側後。法軍遭到意想不到的打擊，狼狽退回谷地。與此同時，陳嘉，蔣宗漢部反覆爭奪法軍占領的小青山3座堡壘。傍晚，王德榜部抄襲同登，牽製法軍預備隊及消滅其運輸隊後，從關外夾擊法軍右側後，配合東嶺守軍奪回全部堡壘。守衛西嶺的王孝棋部也在擊退法軍進攻後，包抄敵後。到這時，法軍三面受敵，傷亡慘重（亡74人傷213人），後援不繼，開始全線潰散，逃回文淵。
為了繼續擴大戰果，不給敵人以喘息之機，3月26日，馮子材率“萃軍”和“勤軍”出襲文淵，還通知王德榜部由小路抄襲其右翼。文淵之敵本是驚弓之鳥，與馮軍戰不多時，頭目中彈落馬，餘部潰散，馮子材乘勢克復文淵州。
尼格里為了等待援軍，挽回敗局，決定固守諒山。他以主力扼守驅驢北面的高地，以確保驅驢，禁止諒山，另以一部兵力配置在淇江（今奇窮河）南岸，分守通向谷松，屯梅的交通要道，留下老弱殘兵駐守諒山城垣堡壘。馮子材深知清軍攻擊能力不強，待法軍布置妥當，諒山便很難攻取，便與蘇元春、王孝祺密商，定下“正兵明攻驅驢，奇兵暗取諒山”之計。3月27日，他派楊瑞山部間道夜行，散伏於諒山城外。28日，馮於材率各部分3路逼攻驅驢。下午，尼格里在激戰中胸部負重傷，副手愛爾明加下令全軍退往淇江南岸，清軍乘勢衝進驅驢。諒山守敵在慌亂中砍斷浮橋，一部分法軍不得不泅水逃命，溺死很多，大批裝備物資也委棄不顧。29日拂曉，楊瑞山部乘亂沖入諒山，法軍殘部狼狽逃竄。清軍乘勝追擊，至31日，盡復船頭、郎甲以北的許多城鎮。
扶病強起
馮子材馮子材從越南撤兵回國後，“奉旨”督辦欽廉一帶防務，並會辦廣西一帶防務，重點對付法國對西南邊疆的侵略。1886年，他率軍赴海南島，鎮壓黎族人民起義。1894年，中日戰爭爆發，他又率軍北援，駐節鎮江，以備調遣。馮子材在中法戰爭中的赫赫戰功，受到朝野各派的矚目。1898年戊戌變法期間，維新派領袖康有為曾建議光緒皇帝調他入京統帶京營。次年，馮子材赴雲南提督任，統領全省防營。義和團運動爆發後，他一度上書，請率數營入京勤王。但當時中國政治變化迅速，無論是“帝黨”還是“後黨”，都沒有借用上這支力量。
1903年，馮子材已是86歲的老人了。為了鎮壓廣西人民風起雲湧的起義，經兩廣總督岑春煊奏準，清廷命他會辦廣西軍務。馮子材為報答“三朝知遇之恩”，扶病強起，兼程赴桂。9月18日，病發死於軍次。
馮子材戎馬一生，由於時代的局限，從參加反清農民起義轉而鎮壓農民起義，為清王朝的反動統治效犬馬之勞，這是很不光彩的。但是晚年在中法戰爭中所建立的赫赫戰功，是永垂史冊的。他所採取的積極防禦的戰略方針，至今仍有借鑑意義。
故居
馮子材故居故居建於光緒元年（公元1875年），占地面積64350平方米，是馮子材重組萃軍開赴抗法前線的總部。居所坐南向北，磚木結構建築，包括三個小山丘，周圍有牆坦。屋分三進，每進三棟，每棟三式，構成富有古風特色的“三排九”的建築模式。面通寬40.5米，通進深45米。主體建築面闊3間，合梁與穿斗式混合構架，硬山頂，灰沙筒瓦蓋。建築注重牢固實用，沒有豪華的裝飾，但質高藝精。還有宗廟、塔、宇、馬廄、魚塘、水井、花園、果園等附屬建築，外築圍牆，規模宏大，院內東頭新建有碑林，字跡精湛清秀，筆勢勁遒，自成一景。
陵墓
馮子材之墓，位於欽州市欽南區往合浦舊公路13公里沙埠鎮泥橋村東北100米的小山丘上。敘馮子材片平及南關大捷事，今無存。
該墓現保存完好。廣西壯族自治區人民政府於1981年公布該墓為廣西壯族自治區文物保護單位，並撥款修復。
藝術形象
2014年卡通片《英雄馮子材》，袁國慶配音馮子材。
