路徑
颱風百合本段時間以協調世界時（UTC）為準；強度分級以世界氣象組織分級敘述，故以下百合“數度增強為颱風”的說法僅在該分級之標準有效，依台灣中央氣象局的標準，百合增強為輕度颱風後即始終維持颱風的等級。
百合於9月6日清晨在台北以東約220公里處發展為一熱帶低氣壓，初時向東北移動，該日下午增強為一熱帶風暴（已相當於台灣的輕度颱風），並於翌日早上掠過沖繩島。百合於9月7日下午增強為一強烈熱帶風暴。當晚，百合急轉彎並折返橫過沖繩島。橫過沖繩島後，百合於9月8日向西北移動。
9月9日，百合受到東北偏東方的颱風丹娜絲影響，轉向東南移動並增強為颱風，直趨沖繩島。翌日早上迅速減弱為一強烈熱帶風暴。9月11日，百合再次增強為颱風，同時丹娜絲減弱，因此於9月11日及12日百合在沖繩島以西附近幾乎停留不動。
9月13日，百合向西北移動，並於翌日減弱為一強烈熱帶風暴及轉向西南移動。9月15日，百合第三次增強為颱風。
9月16日，百合登入台灣東北角（21時40分UTC+8），並以極為緩慢的速度向西南移動，翌日早上減弱為強烈熱帶風暴並於下午減弱為熱帶風暴，在台灣上空滯留49小時後，9月18日晚從台南安平進入台灣海峽，隨即並進入南海北部。
9月19日，百合轉向西北偏西移動。翌日早上百合第四次增強，增強為強烈熱帶風暴。其後中午百合在汕頭西南面約60公里登入，並減弱為熱帶風暴。百合於黃昏時份在香港北面約100公里掠過並進一步減弱為熱帶低氣壓。
百合在9月20日晚，也就是在太平洋上形成後的第15天，在陸上消散。
影響
颱風百合由於百合颱風停留時間過久及其貫穿的特殊路徑所致，故在台灣降下豐沛雨量，造成台灣北部嚴重水患，多處地方單日降雨量皆刷新歷史紀錄。災情約略述之：台北市的基隆河多處堤防缺口未補（防洪整治工程，包商因工程棄土問題，延宕遲未完工。），造成颱風時爆滿的基隆河水在突破警戒水位後，由堤防缺口灌入台北市，使大台北地區嚴重水患，台北捷運板南線、台北車站及忠孝東路淹水，並被戲稱為“忠孝大河”，更造成台鐵及捷運停駛，台北交通陷入混亂，監察院在事後對台北市政府提糾正案。
此外，部分台鐵山線、海線及花東線中斷；多處地區引發土石流災害；近165萬戶停電；逾175萬戶停水；全台有408所學校遭到重創，損失近新台幣8億元；工商部分損失超過新台幣40億元；農林漁牧損失約42億元；總計產業損失超過新台幣80億元。
百合從登入到出海一共花了49個小時，創了台灣氣象史上滯留陸地時間最久的紀錄，並改寫了台北、嘉義、新竹的單日最多雨量紀錄。
多項紀錄
颱風百合基隆五堵地區曾出現一小時120公厘的雨量；嘉義則出現144公厘的雨量，打破單小時最高雨量的紀錄。
台北、桃園、基隆、新竹、苗栗等地區的累積降雨量都超過1,000公厘。
台北、新竹、嘉義三個觀測站測得的單日降雨量，均突破三站建站以來的最高紀錄。
宜蘭縣大同鄉土場山區，降下高達1,323公厘的雨量，是百合颱風登入台灣期間，雨量最高的地區。
颱風中心停留在台灣陸地將近50個小時，時間最長。
颱風路徑十分詭譎多變：是首個“東北進、西南出”的颱風，因此被中央氣象局與颱風韋恩、納德並稱為“侵台三大怪台”。
氣象局發布警報資料總共64次，次數最多，大幅超越了1999年颱風丹恩43次及1986年颱風韋恩42次的舊紀錄。
災情速報發布次數最多：台電發出36次災情速報，水利處也發出14次水情通報，均創下單一災害發布通報次數最多的紀錄。
石門水庫持續泄洪15天，創下水庫啟用以來的紀錄。
基隆河水位最高紀錄。
汕頭
在汕頭，超過15人受傷，離岸有兩艘漁船翻沉，共3名漁民失蹤。
香港
香港天文台於9月19日16時15分懸掛一號戒備信號，當時百合位於香港以東約500公里。受到百合及東北季風的共同影響，該晚本地風力開始增強。
隨著百合逐漸逼近，翌日香港變得多雲有雨。西北風增強，天文台於9月20日14時45分改掛三號強風信號。
天文台於9月20日14時16分錄得最低瞬時海平面氣壓1003.4百帕斯卡。百合在20時左右最接近香港，當時它位於香港以北約90公里。
隨著香港風勢亦減弱，天文台於22時40分除下所有熱帶氣鏇警告信號。
台灣歷年遭遇的颱風
颱風百合1960年的颱風伊蘭從太平洋以西南的途徑越過台灣並影響香港的熱帶氣鏇。
1979年的強烈熱帶風暴蘭茜，因與東方的強烈熱帶風暴麥克發生藤原效應在香港西南面突然增強及轉向東北移動，並出現不規則路徑。
1986年的颱風韋恩，兩次登入台灣，台灣中央氣象局三度發布颱風警報，被稱為“侵台三大怪台”之一。另導致香港天文台三度懸掛熱帶氣鏇警告信號。
1991年的颱風納德，在台灣南部海面行蹤飄忽，台灣中央氣象局二度發布颱風警報，被稱為“侵台三大怪台”之一。另導致香港天文台兩度懸掛熱帶氣鏇警告信號。
1999年的颱風瑪姬，在上川島打圈，導致香港天文台兩度懸掛熱帶氣鏇警告信號。
2000年的颱風啟德，受到鄰近的颱風鴻雁影響，在南海逆時針打圈。
2000年的強烈熱帶風暴瑪莉亞，受到鄰近的颱風派比安影響，在南海打了一個“８”字形的圈。
2000年的強烈熱帶風暴寶霞，受到鄰近的颱風桑美影響，由北向南橫過菲律賓。
2006年的颱風珍珠，60年來紀錄的五月颱風中絕無僅有的L型奇特路徑，亦是有紀錄以來5月在南海出現的最強熱帶氣鏇。
2006年的強烈熱帶風暴寶霞，受到鄰近的颱風桑美影響，一度在南海北部徘徊。
2007年的颱風帕布，受到鄰近的熱帶風暴蝴蝶影響，在上川島打圈，導致香港天文台兩度發出熱帶氣鏇警告信號，並三度正面吹襲香港。
2007年的颱風海貝思，受到鄰近的颱風米娜影響，一度在南海中部徘徊，並兩度登入菲律賓。
藤原效應
