座落在青浦區崧澤廣場的青浦博物館建築面積約8800平方米，由著名建築設計大師邢同和設計。建築主體為五個相交的橢圓體，並採用了先進的建築裝飾材料，玲瓏通透，熠熠生輝，其外形猶如一隻展翅欲飛的蝴蝶，寓意整個青浦的地形風貌。 整座大樓因五個橢圓而分為五個主要區域。中間部分為大堂，以8米高的大型石材淺浮雕《青龍賦》為主題背景，莊重而典雅，是為觀眾提供服務和休息的公共場地。
東、南兩翼是陳列區域，陳列面積達3100平方米，陳列展出了1200餘件青浦文物精品。新館打破了傳統的文物陳列模式，以現代博物館傳播學的新理念為宗旨，採用聲、光、電等高科技手段，將文物陳列與場景復原、精美資料圖片、多媒體輔助等手段相結合，使觀眾能夠輕鬆、明了、愉快地認知青浦歷史，解讀古代上海。
“上海遠古文明之源”是南翼展示主題。這裡從上海成陸開始，通過介紹青浦崧澤和福泉山等古文化遺址出土的精美文物，講述了古代上海從馬家浜、崧澤、良渚、馬橋文化到春秋兩漢那悠遠而多彩的歷史，告訴觀眾青浦是上海古文明的發源地。
“申城水文化之魅”為東翼的展示主題。觀眾通過“滄海桑田”來了解歷史上青浦的水系變遷、建置沿革。青龍鎮港灣實景復原區啟示恢弘，再現了宋代海外貿易港口青龍鎮的市井風情和繁華景象。“橋文化”、“水鄉風情”等板塊則通過介紹明清時期青浦的民風、民俗，展示了水鄉動人的風情、旖旎的風光。“人傑地靈”讓觀眾領略到青浦自古鐘靈毓秀，人才輩出。
西、北兩翼共3600平方米，分別為辦公、接待及臨時展覽區域。
