歷史沿革
憩讀軒1940年3月，更名為山西大學醫學專修科。
1946年8月，升格為國立山西大學醫學院。新中國成立後，學校步入了一個嶄新的發展時期。
1953年9月，獨立建校，更名為山西醫學院。1955年全國高校院系調整時，山西、江蘇、山東、浙江四所醫學院的衛生系合併組建了山西醫學院衛生系，成為全國保留有衛生系的六所高等醫學院校之一，並由全國著名衛生學專家、國家一級教授、原江蘇醫學院院長邵象伊擔任院長。
1996年4月，更名為山西醫科大學。
2012年7月21-22日山西醫科大學第二附屬醫院成功地承辦了全國腫瘤分子標誌學術大會與國際腫瘤轉化醫學論壇
暨第七屆中國中青年腫瘤專家論壇，邀請了國內外腫瘤方面的權威專家，與全國各地五百餘名學術同仁分享、探討腫瘤分子標誌及套用於腫瘤領域生物治療方面的最
新進展與研究成果。
設施建設
學校校本部占地面積1740畝，建築面積67萬平方米，固定資產總值46240萬元，其中教學科研儀器設備總值15970萬元；紙質圖書127萬冊，電子圖書96450GB。
圖書館
山西醫科大學圖書館成立於1919年。圖書館擁有館舍面積8766.46平方米，設各類閱覽室11個，中外文書庫6個，電子閱覽室2個，閱覽座位1014個。 截至到2006年8月，圖書館藏書量達140餘萬冊，其中包括印刷型圖書84餘萬冊，期刊合訂本12餘萬冊，電子圖書38餘萬冊，光碟及網路資料庫30餘種。
教學理念
校訓
醫理博精德能高邃
校訓反映了對醫學科學、醫學教育的理山西醫科大學解和認識，對醫學人才培養的目標和要求，體現了學校的辦學方向、明確育人理念和目標定位。激勵師生員工勵學篤行，在不斷的學習和實踐中掌握堅實本領，發展完善自我，更好地服務於祖國和人民。
學科建設
院系設定
截至2013年底，學校有第一臨床醫學院、第二臨床醫學院、汾陽學院、基礎醫學院、公共衛生學院、藥學院、法醫學院、護理學院、研究生學院、人文社會科學學院、繼續教育學院、職業技術學院等12個二級學院，晉祠學院1所獨立學院，口腔醫學系、兒科醫學系、麻醉學系、醫學影像學系、外語系、信息管理系、體育教學部、計算機教學部8個直屬系部，22所附屬醫院（其中非隸屬附屬醫院18所），26個教學醫院，86個其他教學基地，9個研究生培養基地。
教學單位
| 第一臨床醫學院 | 第二臨床醫學院 | 汾陽學院 | 基礎醫學院 |
| 公共衛生學院 | 藥學院 | 法醫學院 | 護理學院 |
| 研究生學院 | 人文社會科學學院 | 繼續教育學院（職業技術學院） | 口腔醫學系 |
| 兒科醫學系 | 麻醉學系 | 醫學影像學系 | 外語系 |
| 體育教學部 | 計算機教學部 | 信息管理系（圖書館) | 臨床技能教學模擬醫院 |
| 晉祠學院 | |||
附屬單位
| 第一醫院 | 第二醫院 |
| 第三醫院 | 口腔醫院 |
| 製藥廠 | |
專業設定
截至2013年底，學校設有臨床醫學（五年制、七年制）、預防醫學、法醫學、口腔醫學、醫學影像學、麻醉學、護理學、藥學、中藥學、藥物製劑、醫學檢驗技
術、生物製藥、眼視光學、衛生檢驗與檢疫、康復治療、社會工作、信息管理與信息系統（醫藥方向）、公共事業管理（衛生事業管理方向）、勞動與社會保障、英
語（醫學方向）20個本科專業。其中，七年制臨床醫學專業是山西省唯一的長學制專業。
| 七年制 | 臨床醫學 | |||||||||
| 五年制 | 臨床醫學 | |||||||||
| 法醫學 | ||||||||||
| 麻醉學 | ||||||||||
| 口腔醫學 | ||||||||||
| 醫學影像學 | ||||||||||
| 預防醫學 | ||||||||||
| 四年制 | 護理學 | |||||||||
| 眼視光學 | ||||||||||
| 勞動與社會保障 | ||||||||||
| 藥學 | ||||||||||
| 生物製藥 | ||||||||||
| 公共事業管理（衛生事業管理方向） | ||||||||||
| 藥物製劑 | ||||||||||
| 信息管理與信息系統（醫藥方向） | ||||||||||
| 社會工作 | ||||||||||
| 英語（醫學方向） | ||||||||||
一級學科博士後流動站（3個）：生物學、公共衛生與預防醫學、臨床醫學
重點學科
校園山西省優勢重點學科：生物學
山西省特色重點學科：公共衛生與預防醫學、臨床醫學、護理學
省級重點學科：內科學、外科學、生物化學與分子生物學、流行病與衛生統計學、勞動衛生與環境衛生學、法醫學、耳鼻咽喉科學、少兒衛生與婦幼保健學、影像醫學與核醫學、藥理學
國家重點學科：生理學
師資力量
校園科研學術
學校共有省部共建教育部重點實驗室1個，省級重點實驗室5個。
| 實驗室 | 細胞生理學省部共建重點實驗室 | 細胞生理學山西省重點實驗室 |
| 血液病分子診療山西省重點實驗室 | 耳鼻咽喉頭頸腫瘤山西省重點實驗室 | |
| 法醫學山西省重點實驗室 | 骨及軟組織損傷修復山西省重點實驗室 | |
| 研究所 | 營養與食品科學研究所 | 醫學寄生蟲學研究所 |
| 山西醫科大學血液病學研究所 | 心血管病學研究所 | |
| 山西醫科大學生理研究所 | 煤炭衛生研究所老年醫學研究所 | |
| 山西醫科大學口腔醫學研究所 | ||
| 基礎醫學院 | 基礎醫學研究所 | 骨科研究所 |
| 肝病研究所 | 耳鼻咽喉研究所 | |
| 第一臨床醫學研究所 | 第二臨床醫學院 | |
| 營養與食品科學研究所 | 醫學寄生蟲學研究所 | |
| 山西醫科大學血液病學研究所 | 心血管病學研究所 | |
| 山西醫科大學生理研究所 | 煤炭衛生研究所 | |
| 老年醫學研究所 | 山西醫科大學口腔醫學研究所 | |
| 耳鼻咽喉研究所 | 肝病研究所 | |
| 骨科研究所 | 基礎醫學研究所 | |
| 工程中心 | 山西省新藥工程技術研究中心 | 山西省中醫藥現代工程技術研究中心 |
2012年，學校在“十五”期間承擔國家自然科學基金項目19項，獲資助經費326萬元；承擔省部級及以上科研項目706項，總經費4907.56萬元；獲各種科技獎勵245項，其中，省科技進步獎145項（一等獎13項）、省高校科技進步獎36項（一等獎18項）。在研項目776項，其中，國家級項目29項，省部級項目504項，其他項目243項。截至2012年，共發表科研論文5726篇，其中，《Nature》雜誌發表1篇、國家級期刊2958篇，被SCI、ISTP收錄227篇；出版教材及專著528部。
合作交流
截至到2013年，學校與美國、日本、德國、義大利、澳大利亞、香港、台灣等國家和地區多所院校建立了教育、科技、醫療合作關係。許多教師應邀到國外參加國際學術會議、講學或進行合作研究。同時，學校也邀請大批國外專家和學者來校講學訪問，有106名國外專家和學者被聘為山西醫科大學名譽教授或客座教授。
現任領導
| 黨委書記 | 李鳳岐 |
| 黨委副書記、校長 | 段志光 |
| 黨委副書記 | 董 峰 |
| 黨委委員、紀委書記 | 顧昭明 |
| 黨委委員、副校長 | 閆肖卿 |
| 副校長 | 孫安樂 |
| 副校長 | 王宏偉 |
| 副校長 | 賀培鳳 |
| 副校長 | 鄭建中 |
| 副校長 | 李思進 |
| 正校級調研員 | 郭政 |
| 正校級調研員 | 郭巍偉 |
2009中國大學醫學50強
| 醫學包括基礎醫學、預防醫學、臨床醫學與醫學技術、口腔醫學、中醫學、法醫學、護理學、藥學等8個學科類，共有16個本科專業。 |
