面 積：71.6166公頃
地理位置：雙子礁、三連嶼、中島、鐵尖島、白廟、進嶼、劉泉礁、蛇山等八座島嶼陸域、及其低潮線向海延伸100公尺�之海域
管理機關：連江縣政府
主要保育對象：島嶼生態、�息之海鳥及特殊地理景觀
隨著戰地政務管制的解除，農委會積極輔導連江縣政府進行相關的生物資源調查與研究，目前已初步完成植物及鳥類的調查工作，其中鳥類紀錄已多達二五○種。
地理位置
位於台灣海峽西北方的馬祖列島，面臨閩江口及連江口，與大陸一衣帶水，隔海相望。馬祖列島大小島嶼眾多，由南竿、北竿、東莒、西莒、東引、西引、大�、高登、亮島等二十餘個島礁組成，總面積約二十九平方公里，以南竿島為行政中心。各島嶼排列宛如一長串的珍珠，羅布於台灣海峽的西北端。
自然環境
馬祖地處亞熱帶，屬海洋性氣候，四季分明，年均�約攝氏十九度，早晚�差大。由於島嶼小、孤懸海中且缺乏高山屏障，季風長驅直入，風強而雨少，年平均降雨量不足一千公�，不利於農業之發展。
生物資源
馬祖各島嶼基盤全由花崗岩所構成，島礁數量�多但面積狹小，地型多丘陵，崎嶇不平，土地貧瘠，陸上物種較為稀少，海洋物種及漁產則相當豐饒。
植物資源馬祖列島因土地面積狹小，全區缺乏高山，終年季風強勁，再加上雨量不足的影響，原始的植物相大抵為草本植物與灌木群叢相混合的植物生態，目前可見於大部份未開發的山頂或斜坡間。經過農委會多年的輔道造林後，許多地區的植物相已被高大的人工林所取代，如今馬祖已是滿眼綠意盎然、古意十足的景象，儼然成為蔚然大海中的一座綠色城堡。此地的植物生態大約可歸納為四大類型：
1. 灌木群叢：為馬祖地區原生的植物社會，現今因人為開發及造林的影響，僅生長於迎風的向陽坡，而原本許多珍貴及特有植物如紅花石蒜、馬祖百合、馬祖紫檀、馬祖野梨、流蘇樹等皆產於其中，宜特別注意其族群的變化或採取適當的保護措施。
2. 人工植物社會：馬祖自民國四十五年起開始造林，種植樹種亦如台灣地區使用之相思樹、苦楝、黑松、木麻�、銀合歡、台灣櫸、樟樹等，目前大都已成林，林相生長茂密，林下植被則相當單純，郁密的人工林雖達成國土保全的目的，�也同時扼殺了許多本地原生植物。未來應優先以適應馬祖地區特殊環境氣候之原生植物為考量，建設複合之林相，以穩定生態系功能。
3. 蘆竹、五節芒群叢：馬祖諸島嶼土層貧薄，植被相維持於演替初期狀態，植物組成單純，緊密繁生，常占據山頭之開闊向陽地，並間生有大量早期移植野化之龍舌蘭、王蘭、瓊麻等植物。
4. 耕地雜草：以一年生草本植物為主要組成份子，常出現於廢耕地、破壞地及道路之兩旁。
馬祖列島過去因交通不便，又屬軍事管制區，因此生物基礎資料較為缺乏，目前農委會正積極輔道連江縣政府進行地區之相關動物相調查工作，初步記錄陸上物種較不豐富。但因為多年環境綠、美化功效卓著，連江縣政府廣植蜜源植物-馬櫻丹等，因此蝴蝶之種類與數量皆相當豐富，將來如能妥善規劃，其觀光�力將無可限量。
馬祖最具地方特色的生物資源是豐富的漁場及鳥類生態。由於位處世界著名漁場-舟山群島西南端，暖寒海流相匯，漁產豐饒，並因花崗石岩岸地形，海水全年清澈，形成優良之磯釣場，��魚、黑鯛、黑毛、鱸魚、�魚、�鰭鯛、嘉納、紅甘等都是本處常見的經濟魚種，其他如�魚、鯡魚等小型魚類除可供漁獲外，更可充分供應海鳥所需食物來源。由於地處於東亞候鳥遷徙路線之中繼站，因此每年皆吸引無數鳥類在此過境、渡冬或繁殖。此外，馬祖地理位置接近大陸而離台灣較遠，因此出現的鳥種和台灣地區者差�度頗高，尤其是一些在台灣地區被列為迷鳥或稀有的鳥種，在此地���常現，更增添馬祖地區在鳥類資源保育上的重要性。
本次連江縣政府所規劃的“馬祖列島燕鷗保護區”包括東引鄉之雙子礁，北竿鄉之三連嶼、中島、鐵尖島、白廟、進嶼，南竿鄉之劉泉礁，莒光鄉之蛇山等八座島嶼，面積共約七十二公頃（陸域十二公頃、海域六十公頃），主要保護對象為以這些島嶼作繁殖地區的白眉燕鷗、紅燕鷗、蒼燕鷗、鳳頭燕鷗、黑尾鷗、岩鷺、叉尾雨燕等七種鳥類。根據調查，近兩年在保護區預定地繁殖的燕鷗數量已達上萬隻，其數量與密度皆不亞於澎湖�嶼海鳥保護區，其中白眉燕鷗、蒼燕鷗為保育類鳥類，鳳頭燕鷗數量則為全國之冠，黑尾鷗之繁殖紀錄更為全國唯一發現地區，彌足珍貴。此外，亦發現有紅喉�鳥、大水雉鳥、穴鳥、短尾水雉鳥、丹氏鸕鶿、黑頭��、海秋沙、唐白鷺等多種稀有或保育類鳥類在島礁上停留之紀錄。
�地環境
保護區各島嶼除少數草生地覆蓋外，皆為裸露的花崗岩塊，其植物相以菊科、蕃杏科植物為主。島嶼附近海域為暖、寒海流南北相匯之處，為海洋�游生物�息繁衍場所，因此漁產資源豐富，充分供應海鳥的食物需求。
目前面臨危機及土地使用現況
各島嶼均屬無人島礁，為未登錄土地，尚待辦理測量與登錄。其鄰近海域漁產豐富，平日除漁民前往捕魚及撿拾海產外，人煙罕至，造就�多海鳥聚集與繁殖之場所。惟近年來大陸漁民越域捕魚，炸電魚情況日益嚴重，並有少數漁民不時上岸撿拾海螺、鳥蛋及採取治風濕痛之藥用植物海芙蓉等，使得島嶼及附近海洋生態被破壞，而本保護區的設立，正可透過實際經營措施，加強對本海域的管理，以兼顧自然生態保育與海域防護之功效。
保護區各列島以往除少數部份外，均曾為國軍演習射擊時炮擊目標，嚴重影響島嶼原始風貌及海鳥�息環境，甚至造成大量燕鷗死亡。目前馬祖防衛司令部已同意停止一切對有燕鷗繁殖島嶼之射擊活動，此正顯示國軍對生態保育工作觀念的轉變與提升。
保護區分區規劃設計與管制事項
本保護區預定島嶼皆屬無人島，然為因應島礁周邊海域炸魚、濫捕行為及觀光事業發展後人為所產生的干擾等，因此須有分區規劃的設計，分別訂定管制事項。
（一）核心區：各保護區陸域部份，面積約十二公頃。
因鄰近海域漁產豐富，大陸及馬祖地區漁船作業頻繁，為防止人為干擾與破壞，特劃定島礁陸域部份為核心區，並訂定管制事項：
1. 全年嚴禁民�攀登或進入核心區，但為學術研究或自然教育目的者不在此限，惟須先向主管機關申請許可後，使得為之。
2. 非燕鷗繁殖季節（每年十月至翌年三月），漁民得登岸採擷貝類或海（紫）菜，但不得違反野生動物保育法相關管制事項。
（二）緩衝區：各保護區島礁低潮線向海延伸一○○公尺�之海域部份，面積約六十公頃。
為因應馬祖發展之觀光事業，將來勢必帶動大量人潮�入，為避免干擾海鳥之行為，特劃定本區管制。本緩衝區�嚴禁按鳴喇叭、放鞭炮或煙火、餵飼海鳥或其他干擾海鳥之行為。
未來展望
（一）本保護區公告實施後，應立即擬定保育經營管理計畫，配合警政署水警隊加強執行巡查、取締等工作，並印製海報，於出海港口設立公告、解說牌及辦理各項保育宣道教育等活動，以落實資源保育及海域防護的工作。
（二）持續進行馬祖列島生態環境及海鳥生態之調查與研究，建立基礎監測資料，以作為保護區經營管理之參考，並增進國人對燕鷗生態之了解，進而建立保育之共識。
（三）為兼顧保育與經濟成長，連江縣政府宜主動積極規劃相關之生態旅遊方式與管制措施，發展合乎保育潮流的觀光活動，以確實落實自然生態資源保育及達到地區永續發展的成效。
