溫室氣體
對石油柴油來說，N2O的排放對溫室氣體排放總量影響不大，而對生物柴油來說，N2O排放的影響是很大的。國外兩組研究人員的結果表明，如果不包括N2O，則生物柴油的溫室氣體排放較少，分別是1603和1484gCO2當量/kg石油柴油，而且不同研究者的結果差異也很小；但如果把N2O排放計算在內，溫室氣體排放增加了將近一倍，分別是3416和2381gCO2當量/kg石油柴油，而且不同研究者結果差異較大。這是由於在生物柴油的全生命周期研究過程中，包括了化肥的生產和農作物的收割等，這些過程都有大量N2O排放。
溫室氣體排放以上的結果主要是針對菜籽油為原料生產的生物柴油，其他原料生產的生物柴油溫室氣體排放與其並不一樣。右圖中列出了以餐飲業廢油、葵花油和菜籽油生產的生物柴油與石油柴油在全生命周期中溫室氣體的排放。由於在生產過程中，葵花油要比菜籽油少使用氮肥，它生產的生物柴油溫室氣體排放要明顯降低；而對餐飲業廢油來說，它本身是使用過的廢品，不需考慮生產、種植、收割、榨油等過程的排放，因此N2O排放很少，也就顯著降低了生物柴油的溫室氣體的排放。最近，菲律賓研究了椰子油生產的生物柴油的全生命周期，表明對減少溫室氣體排放方面，它與以餐飲業廢油為原料時接近。這主要是由於菲律賓的機械化程度低，大都手工勞動，使用化石能源要相對低於歐洲、美洲，因此會有少的溫室氣體排放，當然能量輸入也會相對較少。我國的情況與菲律賓近似，因此可以借鑑他們的研究以及結果。
酸性氣體
影響這一效應的主要是一些酸性氣體，包括SO2，NOx，NH3和HCl等。
酸性氣體排放右圖是四組研究人員的研究結果。所有研究都表明，菜籽油生物柴油的酸化效應比石油柴油略強。由於生物柴油中基本不含硫，它燃燒時的SO2排放要比石油柴油低很多；另外，從生物柴油的全生命周期看，生產過程中會有副產品甘油生成，把它用等價物代替並分析計算，會降低SO2的排放。不管是生物柴油還是石油柴油，他們的NOx的排放接近；HCl的排放量也很少，可以忽略不計。對生物柴油最不利的因素是它會有大量的NH3產生，這主要是在農業生產過程中產生的。大量NH3的排放會增加生物柴油的酸化效應。另外，如果用餐飲業廢油作原料，生產的生物柴油酸化效應會大大降低。
影響
在一般土壤其污染物質主要集中於表層（0-5cm）、耕作土壤則集中於耕層（0-20cm）。土壤被酸化後，氮便不能在土壤中被轉化為可供植物吸收的硝酸鹽或銨鹽，磷酸鹽也會變成難溶性的沉澱。被酸化的土壤由於缺少可供植物吸收的氮、磷等，從而影響植物的生長，湖泊被酸化後則危害水生生物的生存。在石油化工聯合企業附近降落的雨水常常呈酸性、pH達3.7，對土壤起酸化作用，這是大氣污染對土壤性質的影響。
