概況
淺海灘涂廣闊，沿海港灣島嶼眾多，有大小港灣125個，面積超過500m2的島嶼有1546個。森林覆蓋率達62.96%，位居全國第一。地勢西北高，東南低，橫亘兩列山脈，西部是武夷山脈，中部是鷲峰山脈-戴雲山脈和博平嶺。由於地跨中亞熱帶和南亞熱帶兩個自然地理帶，屬亞熱帶海洋性氣候。良好的自然地理環境，為眾多生物提供了理想的棲息、繁衍場所，造就了福建豐富的生物多樣性。調查統計，全省有野生脊椎動物1654種，約占全國的30%，（其中鳥類550多種（含亞種）、獸類120種、兩棲類46種、爬行類123種、魚類815種），已定名昆蟲5000多種。有159種列入國家重點保護野生動物名錄中，其中國家Ⅰ級22種，國家Ⅱ級137種。高等植物4703種，約占全國的14.3%，其中蕨類382種、裸子植物70種、被子植物4251種；國家重點保護的野生植物有52種，其中國家Ⅰ級7種，國家Ⅱ級45種；此外，蘭科植物有60屬119種6變種。列入福建省第一批地方重點保護珍貴樹木的有25種。
由於地理上處於東亞——澳大利西亞候鳥遷徙路線上，使福建成為眾多鳥類尤其是遷徙的候鳥的重要繁殖棲息地、越冬場所和中途停歇地，尤其是沿海成為眾多水鳥中的冬候鳥的重要越冬場所和中途停歇地。沿海濕地分布有水鳥12目28科189種，約為全國水鳥種數的69.7%。
福建省的生態系統較為豐富，主要有森林、農田、濕地和海洋。福建省森林類型多樣，共94類，包括闊葉林、針葉林、竹林、灌叢四大類，其中闊葉林有分為常綠闊葉林、落葉闊葉林、常綠和落葉闊葉混交林、紅樹林四類，常綠闊葉林又可細化為季風常綠闊葉林、典型常綠闊葉林和山地矮林，常綠和落葉闊葉混交林又可細化為山地常綠落葉闊葉混交林和山地落葉闊葉混交林。我國森林有241類，福建有62類；竹林全國有36類，而福建有19類，灌叢和灌草叢全國有112類，福建有13類。而根據《關於特別是作為水禽棲息地的國際重要濕地公約》（以下簡稱《濕地公約》）對濕地的定義及分類標準和中國濕地類型及標準，又可將福建的濕地分為近海和海岸濕地、河流濕地、湖泊濕地、沼澤與沼澤化草甸濕地等4類18種類型。
歷史
福建省自然保護區建設始於上世紀50年代，根據原林業部1956年擬定的《關於天然森林禁伐區劃定草案》和福建省森林植被特點，為保護森林植被資源，以及考慮到科學研究提供基地，於1957年經省人大批准首先將從元末明初開始封禁保護、發育良好的建甌萬木林中亞熱帶常綠闊葉林劃為禁伐區，隨後又根據鄭萬鈞教授提出“要保護三明市附近一片以格氏栲、米櫧林為主的特殊罕見的森林群落類型的建議，於1960年建立了三明莘口天然林管理站，即現在的三明格氏栲自然保護區前身。1963年省人委頒布南靖和溪樂土六斗山為永久禁封保護區，即南靖樂土南亞熱帶雨林自然保護區。50年代初，福建省南平地區行政公署下文，將武夷山脈偏北段遠無人煙的深山老林地帶列為禁伐區加以保護。由於當時對建設自然保護區的認識尚處於萌芽狀態，建設速度不快。至上世紀六十年代初，全省共建立4處禁伐區（自然保護區前身）。
十年動亂期間，我省自然保護區事業基本處於停滯狀態，除已劃定的4個自然保護區外，自然保護區數量沒有增加。1978年後，我省自然保護區呈現出恢復發展階段。1979年4月，經福建省革命委員會批准，正式建立了第一個自然保護區即武夷山國家級自然保護區，並設立福建省武夷山自然保護區管理處，為縣團一級事業單位。從1980年9月起，在省農業區劃委員會的領導下，成立了自然保護區專業組，由省林業廳、水產廳、環保局、廈門大學、福建師範大學、福建農學院、福建林學院等有關部門、院校的領導、專家、教授組成領導小組，開展了自然保護區區劃工作，於1986年完成。自然保護區區劃工作，為自然保護區的建設和發展提高了重要的指導，至1990年，全省經各級政府正式批准成立了17處自然保護區，其中武夷山、梅花山2處經國務院批准為國家級自然保護區，將樂龍棲山、南靖樂土、閩清黃楮林、三明格氏栲、三明羅卜岩、永安天寶岩、永春牛姆林、德化戴雲山、龍海紅樹林、建甌萬木林、邵武將石、南平茫盪山、屏南鴛鴦獼猴13處經省政府批准為省級自然保護區，另有清流蓮花山和福安富春溪2處經縣（市）政府批准為縣級自然保護區。保護區總面積達10.2萬公頃，占全省土地總面積0.83%。
1990年後，全省自然保護區建設進入加快發展階段。1995年前，全省各地先後建設了496個自然保護小區（點），面積達12.62萬公頃，使全省自然保護面積達22.82萬公頃，占全省土地面積的1.96%。1995年1月，在全省林業局長（林委主任）會議上，時任林業廳廳長的劉德章同志做了《深化改革、加快發展，努力建立比較完備的林業生態體系和比較發達的林業產業體系》主題報告，正式提出“九五”期間我省將規劃建設“造福子孫的生物多樣性工程”的戰略目標，作為福建省林業生態體系建設的重要組成部分，提出“抓好森林和野生動物類型的自然保護區、保護小區和點的建設，爭取到2000年，其面積要占全省土地總面積的2.5%，2010年達3.0%”的目標。自此，自然保護區建設進入了快速發展階段。特別是國家實施野生動植物保護及自然保護區建設工程以來，自然保護區建設在數量上擴展的同時，基礎設施和管理能力也不斷提高。截止目前，全省各地已批建林業自然保護區達85處，其中國家級10處、省級22處，市、縣級自然保護區53處，此外建有自然保護小區（點）3300多處，總保護面積達80.86萬公頃，約占全省土地總面積的6.6%。已建自然保護區保護了全省90%以上的珍稀、瀕危野生動植物種，70%以上的典型生態系統，70%以上的主要江河源頭森林植被,25%的天然濕地，初步建成布局較為合理、類型較為齊全、功能較為完善的自然保護區網路，為野生動植物提供了良好的棲息環境 。
名錄
福建省自然保護區一覽表
| 序號 | 保護區名稱 | 行政區域 | 面積 | 主要保護對象 | 類型 | 級別 | 始建時間 | 主管部門 |
| 閩01 | 日溪鳥毛巢 | 福州市晉安區 | 1044 | 闊葉林 | 森林生態 | 縣級 | 19990514 | 林業 |
| 閩02 | 日溪山仔 | 福州市晉安區 | 1624 | 闊葉林、三尖杉 | 森林生態 | 縣級 | 19990515 | 林業 |
| 閩03 | 連江山仔 | 連江縣 | 5308.6 | 闊葉林及鳥類 | 森林生態 | 縣級 | 19990922 | 林業 |
| 閩04 | 雄江黃楮林 | 閩清縣 | 12513.3 | 福建青岡、中亞熱帶南緣常綠闊葉林及兩棲爬行動物 | 森林生態 | 國家級 | 19850802 | 林業 |
| 閩05 | 東湖尖 | 永泰縣 | 8600 | 常綠闊葉林 | 森林生態 | 縣級 | 19991228 | 環保 |
| 閩06 | 藤山 | 永泰縣 | 17617.6 | 南亞熱帶季雨林 | 森林生態 | 省級 | 19971101 | 林業 |
| 閩07 | 平潭中國鱟 | 平潭縣 | 960 | 中國鱟及其生境 | 海洋海岸 | 市級 | 20000114 | 海洋 |
| 閩08 | 三十六腳湖 | 平潭縣 | 1340 | 淡水湖泊及海蝕地貌 | 內陸濕地 | 省級 | 19970703 | 水利 |
| 閩09 | 長樂海蚌 | 長樂市 | 12999 | 海蚌及其生境 | 海洋海岸 | 省級 | 19850212 | 海洋 |
| 閩10 | 閩江河口濕地 | 長樂市、福州市馬尾區 | 3129 | 河口濕地及水禽 | 內陸濕地 | 省級 | 20030820 | 林業 |
| 閩11 | 南陽 | 長樂市 | 2000 | 森林 | 森林生態 | 縣級 | 20001215 | 林業 |
| 閩12 | 廈門珍稀海洋物種 | 廈門市 | 33088 | 中華白海豚、白鷺、文昌魚等珍稀動物 | 海洋海岸 | 國家級 | 19910101 | 海洋 |
| 閩13 | 老鷹尖 | 莆田市涵江區 | 2827.5 | 南亞熱帶北緣森林生態系統 | 森林生態 | 省級 | 20020226 | 林業 |
| 閩14 | 平海海灘岩、沙丘岩 | 莆田市秀嶼區 | 20 | 海灘岩、沙丘岩 | 地質遺蹟 | 市級 | 19950331 | 國土 |
| 閩15 | 木蘭溪源 | 仙遊縣 | 18025 | 中、南亞熱帶過渡區山地森林生態系統、豐富的物種及其珍稀瀕危野生動植物資源、木蘭溪源頭的水源涵養林 | 森林生態 | 省級 | 20121224 | 林業 |
| 閩16 | 三明格氏栲 | 三明市 | 1105.7 | 格氏栲、米櫧等野生植物 | 野生植物 | 省級 | 19640801 | 林業 |
| 閩17 | 君子峰 | 明溪縣 | 18060.5 | 中亞熱帶原生性常綠闊葉林、南方紅豆杉 | 森林生態 | 國家級 | 19951220 | 林業 |
| 閩18 | 清流蓮花山 | 清流縣 | 1721.9 | 野大豆、南方紅豆杉古樹群、與黑錐林等瀕危野生動植物，中亞熱帶常綠闊葉林，水源涵養林 | 森林生態 | 省級 | 20051230 | 林業 |
| 閩19 | 寧化湖村化石 | 寧化縣 | 200 | 第四紀脊椎動物化石 | 古生物遺蹟 | 市級 | 19970703 | 其他 |
| 閩20 | 牙梳山 | 寧化縣 | 5249.7 | 中亞熱帶常綠闊葉林生態系統 | 森林生態 | 省級 | 19960501 | 林業 |
| 閩21 | 大仙峰 | 大田縣 | 6886.1 | 中亞熱帶常綠闊葉林生態系統 | 森林生態 | 省級 | 20010301 | 林業 |
| 閩22 | 九阜山 | 尤溪縣 | 2308.3 | 中亞熱帶常綠闊葉林 | 森林生態 | 省級 | 19960101 | 林業 |
| 閩23 | 羅卜岩楠木 | 沙縣 | 340.93 | 閩楠林 | 野生植物 | 省級 | 19830328 | 林業 |
| 閩24 | 龍棲山 | 將樂縣 | 15693 | 中亞熱帶森林生態系統，金錢豹、雲豹、黃腹角雉、白頸長尾雉、南方紅豆杉等珍稀物種 | 森林生態 | 國家級 | 19840911 | 林業 |
| 閩25 | 泰寧長葉榧 | 泰寧縣 | 3386.5 | 長葉榧等珍稀植物 | 野生植物 | 縣級 | 20011109 | 林業 |
| 閩26 | 峨嵋峰 | 泰寧縣 | 5418.16 | 中亞熱帶山地森林生態系統及中山沼澤濕地 | 森林生態 | 省級 | 19951101 | 林業 |
| 閩27 | 閩江源 | 建寧縣 | 13022 | 大面積的鐘萼木和南方紅豆杉原生種群、福建閩江源頭森林 | 森林生態 | 國家級 | 20011008 | 林業 |
| 閩28 | 天寶岩 | 永安市 | 11015 | 長苞鐵杉林、猴頭杜鵑林、南方山間盆地泥炭蘚沼澤、野生蘭科植物及中亞熱帶常綠闊葉林生態系統 | 森林生態 | 國家級 | 19881226 | 林業 |
| 閩29 | 泉州灣河口濕地 | 惠安縣、洛江區、豐澤區、晉江市、石獅市 | 7008.84 | 濕地、紅樹林、珍稀鳥類、中華白海豚和中華鱘等 | 海洋海岸 | 省級 | 20020226 | 林業 |
| 閩30 | 安溪雲中山 | 安溪縣 | 4095 | 晉江源頭、九龍江支流源頭森林及黃腹角雉、南方紅豆杉 | 森林生態 | 省級 | 20011008 | 林業 |
| 閩31 | 牛姆林 | 永春縣 | 249.6 | 森林及候鳥 | 森林生態 | 省級 | 19840729 | 林業 |
| 閩32 | 戴雲山 | 德化縣 | 13472.4 | 南方紅豆杉、長苞鐵杉及東南沿海典型的山地森林生態系統 | 森林生態 | 國家級 | 19850516 | 林業 |
| 閩33 | 深滬灣海底古森林遺蹟 | 晉江市 | 3100 | 海底古森林遺蹟和古牡蠣海灘岩及地質地貌 | 古生物遺蹟 | 國家級 | 19911009 | 海洋 |
| 閩34 | 漳江口紅樹林 | 雲霄縣 | 2360 | 紅樹林生態系統和東南沿海水產種質資源 | 海洋海岸 | 國家級 | 19920701 | 林業 |
| 閩35 | 眉力鳥類 | 漳浦縣 | 1400 | 珍稀鳥類、闊葉林 | 野生動物 | 縣級 | 19970401 | 林業 |
| 閩36 | 萊嶼列島 | 漳浦縣 | 3200 | 天然紫菜、鮑魚 | 海洋海岸 | 縣級 | 20001201 | 海洋 |
| 閩37 | 坪水 | 漳浦縣 | 2000 | 亞熱帶常綠闊葉林 | 森林生態 | 縣級 | 19970401 | 林業 |
| 閩38 | 長泰天柱山 | 長泰縣 | 3121 | 常綠闊葉林 | 森林生態 | 縣級 | 19991001 | 林業 |
| 閩39 | 東山珊瑚礁 | 東山縣 | 3630 | 珊瑚礁生態系統 | 海洋海岸 | 省級 | 19970703 | 海洋 |
| 閩40 | 虎伯寮 | 南靖縣 | 2650 | 南亞熱帶雨林森林生態系統 | 森林生態 | 國家級 | 19990209 | 林業 |
| 閩41 | 歐寮太極峰 | 平和縣 | 800 | 鴛鴦及常綠針闊混交林 | 森林生態 | 縣級 | 20010601 | 林業 |
| 閩42 | 大溪赤坑刺桫欏 | 平和縣 | 46.6 | 刺桫欏、眼鏡王蛇及常綠針闊混交林 | 森林生態 | 縣級 | 20010601 | 林業 |
| 閩43 | 大芹山 | 平和縣 | 708.3 | 蟒蛇、虎紋娃以及常綠針闊混交林 | 森林生態 | 縣級 | 19990801 | 林業 |
| 閩44 | 三坪 | 平和縣 | 1321.3 | 蟒蛇、虎紋娃等珍稀動物及紅錐、米錐、木荷等常綠針闊混交林 | 森林生態 | 縣級 | 19990801 | 林業 |
| 閩45 | 靈通 | 平和縣 | 1521.3 | 蟒蛇、常綠針闊混交林、火山峰叢地貌、各類火山構造、典型地質地層剖面、溫泉 | 森林生態 | 縣級 | 19990801 | 林業 |
| 閩46 | 貢鴨山 | 華安縣 | 400 | 森林生態系統 | 森林生態 | 縣級 | 19951201 | 林業 |
| 閩47 | 龍海九龍江河口濕地 | 龍海市 | 4360 | 紅樹林等濕地生態系統及鳥類 | 海洋海岸 | 縣級 | 20041125 | 林業 |
| 閩48 | 龍海九龍江口紅樹林 | 龍海市 | 420.2 | 紅樹林生態系統 | 海洋海岸 | 省級 | 19880212 | 林業 |
| 閩49 | 茫盪山 | 南平市延平區 | 9442.3 | 杉木原生種群和典型的中亞熱帶溝谷森林生態系統 | 森林生態 | 省級 | 19880205 | 林業 |
| 閩50 | 華陽山 | 順昌縣 | 726 | 閩楠、含笑及常綠闊葉林 | 森林生態 | 縣級 | 19980401 | 林業 |
| 閩51 | 寶山 | 順昌縣 | 1093 | 常綠闊葉林及三尖杉、金斑喙鳳蝶等野生動植物 | 森林生態 | 縣級 | 19980401 | 林業 |
| 閩52 | 郭岩山 | 順昌縣 | 3034 | 南方紅豆杉、獼猴、白鷳等動植物 | 森林生態 | 縣級 | 19980401 | 林業 |
| 閩53 | 浮蓋山 | 浦城縣 | 619 | 黑麂、娃娃魚、穿山甲、天然灌木林 | 森林生態 | 縣級 | 19971201 | 林業 |
| 閩54 | 松溪白馬山 | 松谿縣 | 3250.2 | 中亞熱帶森林植被及珍稀瀕危動植物 | 森林生態 | 省級 | 20030211 | 林業 |
| 閩55 | 將石 | 邵武市 | 1222.1 | 長葉榧、喜樹、典型的硬葉櫟常綠闊葉林、丹霞地貌 | 森林生態 | 省級 | 19860327 | 林業 |
| 閩56 | 福建武夷山 | 武夷山市、建陽市、光澤縣、邵武市 | 56527 | 中亞熱帶森林生態系統 | 森林生態 | 國家級 | 19790703 | 林業 |
| 閩57 | 萬木林 | 建甌市 | 189 | 中亞熱帶常綠闊葉林和珍貴樹種 | 森林生態 | 省級 | 19570607 | 林業 |
| 閩58 | 圭龍山 | 長汀縣 | 5768 | 中亞熱帶森林生態系統 | 森林生態 | 省級 | 20010609 | 林業 |
| 閩59 | 梅花山 | 上杭縣、連城縣、新羅區 | 22168 | 以華南虎為代表的珍稀動植物和典型森林生態系統 | 森林生態 | 國家級 | 19850402 | 林業 |
| 閩60 | 梁野山 | 武平縣 | 14365 | 南方紅豆杉林和鉤栲林、觀光木林生態系統及珍稀動植物 | 森林生態 | 國家級 | 19950101 | 林業 |
| 閩61 | 官井洋大黃魚 | 寧德市 | 19000 | 大黃魚及其生境 | 海洋海岸 | 省級 | 19851026 | 海洋 |
| 閩62 | 環三都澳紅樹林 | 寧德市蕉城區 | 1205.6 | 紅樹林、水禽、濕地 | 海洋海岸 | 市級 | 19970325 | 林業 |
| 閩63 | 杯溪 | 霞浦縣 | 1043 | 森林及野生動植物 | 森林生態 | 縣級 | 19970101 | 林業 |
| 閩64 | 古田人工湖 | 古田縣 | 4930 | 濕地、水禽、防護林 | 內陸濕地 | 市級 | 19970325 | 林業 |
| 閩65 | 仙山 | 屏南縣 | 2000 | 闊葉林、穿山甲 | 森林生態 | 市級 | 19970325 | 林業 |
| 閩66 | 屏南鴛鴦獼猴 | 屏南縣 | 1457.3 | 鴛鴦、獼猴及其生境 | 野生動物 | 省級 | 19840807 | 林業 |
| 閩67 | 西山頂 | 壽寧縣 | 397 | 森林及穿山甲、蘇門羚、水禽等珍稀物種 | 森林生態 | 縣級 | 20010629 | 林業 |
| 閩68 | 楊梅州大鯢 | 壽寧縣 | 19610 | 大鯢及其棲息地 | 野生動物 | 縣級 | 20070411 | 農業 |
| 閩69 | 橫山後門山 | 壽寧縣 | 2.73 | 穿山甲、香樟等珍稀物種 | 森林生態 | 縣級 | 20010629 | 林業 |
| 閩70 | 坑底樓 | 壽寧縣 | 3.4 | 木荷、穿山甲及其生境 | 森林生態 | 縣級 | 20010629 | 林業 |
| 閩71 | 石井 | 壽寧縣 | 8.4 | 穿山甲、白鷳、猴面鷹、福建青岡 | 森林生態 | 縣級 | 20010629 | 林業 |
| 閩72 | 應加山後門山 | 壽寧縣 | 8.47 | 穿山甲、南方紅豆杉、木荷等野生動植物 | 森林生態 | 縣級 | 20010629 | 林業 |
| 閩73 | 槽坑山坑 | 壽寧縣 | 10.93 | 森林及穿山甲、甜櫧等動植物 | 森林生態 | 縣級 | 20010629 | 林業 |
| 閩74 | 官田後門山 | 壽寧縣 | 13.3 | 森林及穿山甲、木荷、米櫧等野生動植物 | 森林生態 | 縣級 | 20010629 | 林業 |
| 閩75 | 上大洋 | 壽寧縣 | 13.4 | 穿山甲、米櫧、木荷 | 森林生態 | 縣級 | 20010629 | 林業 |
| 閩76 | 大皇崗 | 壽寧縣 | 35.8 | 穿山甲、蟒蛇等珍稀動物及其生境 | 野生動物 | 縣級 | 20010629 | 林業 |
| 閩77 | 新村蘇門羚 | 壽寧縣 | 44.73 | 蘇門羚、河麂及森林植被 | 野生動物 | 縣級 | 20010629 | 林業 |
| 閩78 | 炭山穿山甲 | 壽寧縣 | 74.47 | 穿山甲、蘇門羚、米櫧、木荷 | 野生動物 | 縣級 | 20010629 | 林業 |
| 閩79 | 龜嶺 | 壽寧縣 | 86.47 | 穿山甲、米櫧、石楠等珍稀物種 | 森林生態 | 縣級 | 20010629 | 林業 |
| 閩80 | 下崗後 | 壽寧縣 | 98.07 | 穿山甲、蘇門羚、蟒蛇、木荷 | 森林生態 | 縣級 | 20010629 | 林業 |
| 閩81 | 碑坑頭 | 壽寧縣 | 121.8 | 穿山甲、蘇門羚、蟒蛇、木荷 | 森林生態 | 縣級 | 20010629 | 林業 |
| 閩82 | 甲坑雲豹 | 壽寧縣 | 157.53 | 雲豹及棲息地 | 野生動物 | 縣級 | 20010629 | 林業 |
| 閩83 | 楊溪頭 | 壽寧縣 | 176.4 | 森林植被及穿山甲、甜櫧 | 森林生態 | 縣級 | 20010629 | 林業 |
| 閩84 | 村尾 | 壽寧縣 | 217.13 | 穿山甲、絲栗栲、米櫧、香樟等野生動植物 | 森林生態 | 縣級 | 20010629 | 林業 |
| 閩85 | 小托水庫 | 壽寧縣 | 288.87 | 蘇門羚、穿山甲、鴛鴦及水源涵養林 | 森林生態 | 縣級 | 20010629 | 林業 |
| 閩86 | 山羊尖 | 壽寧縣 | 546.2 | 森林及蘇門羚、鍾萼木、紅皮糙果茶 | 森林生態 | 縣級 | 20010629 | 林業 |
| 閩87 | 六六溪流域 | 壽寧縣 | 1070.8 | 白鷳、鴛鴦、穿山甲、蘇門羚等瀕危動物及羅浮栲、青風櫟等闊葉林 | 森林生態 | 縣級 | 20010629 | 林業 |
| 閩88 | 南山頂 | 壽寧縣 | 1336.8 | 河麂、赤麂、穿山甲等動物 | 森林生態 | 縣級 | 20010629 | 林業 |
| 閩89 | 東獅山 | 柘榮縣 | 2360 | 闊葉林、蘇門羚、貓頭鷹、白鷳 | 森林生態 | 市級 | 19970325 | 林業 |
| 閩90 | 福安白雲山 | 福安市 | 1030 | 闊葉林、蘇門羚、貓頭鷹、白鷳 | 森林生態 | 市級 | 19970325 | 林業 |
| 閩91 | 福安桫欏 | 福安市 | 1438 | 刺桫欏及其生境 | 野生植物 | 省級 | 19970325 | 林業 |
| 閩92 | 台山列島 | 福鼎市 | 7300 | 海岸濕地、水禽 | 海洋海岸 | 市級 | 19970325 | 林業 |
| 閩93 | 太姥山楊家溪 | 福鼎市 | 17753 | 闊葉林、穿山甲、獼猴、雲豹、白頸長尾雉及自然景觀 | 森林生態 | 市級 | 19970325 | 林業 |
