背景
明朝奉行以文臣治國的政策，逐漸形成了重文輕武的體制，以文臣統領武將。以宦官來監控武將，對武將嚴加防範，使武將在國家政治生活中逐漸地被邊緣化，這就不可避免地引起武將的強烈不滿。 明朝末年，面臨著內憂外患的嚴峻局面，內有農民大起義，外有清朝的軍事威脅，軍事上的成敗直接關係著大明王朝的生死存亡，在這種情況下，武將的重要性空前突出，激烈的軍事鬥爭為武將勢力的崛起提供了舞台。
左良玉是崇禎朝崛起的軍閥。他自崇禎十二年瑪山戰役之後長期擁兵自重，朝廷無可奈何。陝西、河南、河北一帶的農民起義軍風起雲湧，左良玉被調往鎮壓農民運動的前線。左良玉奉命圍剿農民軍，積極作戰，屢次取得勝利，形成了一支著名的左家軍。在陝西、河北、河南三省交界處屢次交戰中各有勝負，督軍楊嗣昌薦左良玉有大將之才，遂拜“平賊”將軍。
明末文臣和武將多方掣肘，文武矛盾日益突出。在激烈的軍事鬥爭中，左良玉因不願受文臣節制，與文臣之間的矛盾日益尖銳，因而對朝廷的不滿傾向日增，開始積極擴充自己的軍隊，消極作戰，不聽指揮，不僅擺脫了文臣的控制，甚至使朝廷也無可奈何，最終形成了專制一方，不聽節制的軍事集團，而其它武將也紛紛效仿，朝廷逐漸失去了對武將的絕對控制權，使明軍在戰場上一再潰敗，直接加速了明朝滅亡的步伐。
南明弘光朝廷成立後，左良玉坐鎮武昌，位處南京上流，扼據戰略要地，部下實力又比較強大。弘光帝登極詔書頒發到武昌時，他開初不願承認，在湖廣巡撫何騰蛟、巡按黃澍等人的勸說下，才同意開讀，表示擁戴。馬士英、阮大鋮把持朝政，皇權衰落，政治腐敗，黨爭激烈，武將則獲得了空前的政治、軍事權力，甚至公然干預朝政。
然而，左良玉的跋扈自雄卻比在崇禎時期更加明顯了。由於弘光帝主要是依靠馬士英會同黃得功、高傑、劉良佐、劉澤清四鎮擁立的，左良玉沒有參預，算不上定策功臣 。朝廷對馬士英的信賴，視四鎮如驕子，都引起了他的反感。湖廣巡按御史黃澍本是個小人，在左良玉同弘光朝廷之間猜忌日深的情況下，不僅沒有居中調停，反而以左良玉的兵力為後盾，企圖在弘光朝廷中提高自己的地位。甲申六月十八日，黃澍在弘光朝廷上痛斥馬士英，不過是有恃無恐地借題發揮而已。
到1645年三月，李自成部在清阿濟格軍的追擊下經陝西商洛、河南西部鄧州一帶進入湖北襄陽地區時，左良玉不敢同大順軍主力作戰，又故伎重演，率部順江東竄。而左良玉在政治上傾向於東林黨，左良玉與弘光朝權臣馬士英的矛盾，其實也可以追索到“黨爭”的源頭。 而他也受到馬士英、阮大鋮集團的打壓，再加上“太子案” 的影響，給左良玉東下稱兵造成口實，左良玉以奉太子密昭以“清君側”、解救太子為旗號率兵向南京進攻，率領軍隊東下討伐馬、阮集團。
過程
起兵東下
1645年三月二十三日，左良玉偽稱奉先帝太子密諭前往南京救護，以討伐馬士英為名，全軍乘船順江東下。 臨行之時，下令把武昌居民屠戮一空，表示“不留一物與賊”。
1645年四月初一日，左良玉兵至九江，邀江督袁繼鹹到舟中相見。 左良玉從衣袖中取出“皇太子”密諭，“設壇刑牲，與諸將歃盟。武人不知春秋大義，一時欣然附和”，逼勒袁繼鹹一同前往南京“清君側，救太子”。袁繼鹹認為“皇太子”真偽未定，密諭“不知何人傳來”，正言厲色道：“先帝之舊德不可忘，今上之新恩不可負”，並且向諸將下拜，請求他們“愛惜百姓”。左良玉回答道：“謀陷太子，臣下所為，與今上無乾。若愛惜百姓，大家本心，先生何必過慮？”隨即拿出“誓文、檄文”給袁繼鹹看了一遍。袁繼鹹回城後，命部將堅守九江，不準左兵進城。不料部將張世勛已經同左部將領私下勾結，夜間縱火焚燒全城，頓時大亂起來，袁部諸將不能存身，劈門而出，同左軍合營；左良玉部兵乘勢入城殺擄淫掠。
袁繼鹹於絕望當中準備一死了之。左良玉派部將張應元把他擄入舟中，袁繼鹹一再投水自盡，都被救起。左良玉竭力向他表達自己並沒有推翻弘光帝的意思，要袁繼鹹一道東下“調護兵將”；監軍李猶龍也再三勸說徒死無益，不如見機行事。袁繼鹹無可奈何，只好同左良玉及其麾下諸將約定嚴禁燒殺搶掠。 正當左軍由九江準備東下時，四月初四日左良玉“以久病之軀，慟潯變之慘，一時殞命” ，距九江之變只有三天。關於左良玉的統兵東下直到病死九江舟中，南明人士記載常有恕詞。如李清記：“繼鹹正冠裳帶將就死。黃澍入署拜泣曰：‘寧南無異圖，公以死激之，大事去矣。’副將李士春密曰：‘隱忍之，至前途，王陽明之事可圖也。’繼鹹以為然，出城面責良玉。良玉疾方劇，望城中火光，大哭曰：‘予負袁公！’嘔血數升，是夜死。” 談遷記：“左良玉兵至九江。袁繼鹹過見於舟中，俄見岸上火起，報曰：‘袁兵燒營，自破其城。’良玉浩嘆曰：‘此我兵耳，我負袁臨侯也。’嘔血數升，病遂革。”
左良玉死後，部下諸將推其子左夢庚為留後，把袁繼鹹拘禁在船中，繼續引兵東下，先後占領彭澤、東流、建德、安慶，兵鋒直通太平府。
弘光政權的反應
弘光朝廷接到上游督、撫、鎮臣關於左良玉叛變率師東下的報告，大為恐慌，馬士英決定由兵部尚書阮大鋮會同靖南侯黃得功、廣昌伯劉良佐以及池口總兵方國安等人組織堵剿。黃得功的軍隊被調到長江以南的太平府（府治在當塗，轄蕪湖、繁昌三縣），劉良佐軍部署於對岸江北。在清軍南侵，左良玉又順江內犯的形勢下，弘光帝曾經召對群臣，商討對策。刑部侍郎姚思孝、御史喬可聘、成友謙說：“左良玉稍緩，北尤急，乞無撤江北兵馬，固守淮、揚，控扼穎、壽。”弘光帝也認為江北兵馬不宜調離汛地太多，回答道：“劉良佐兵還宜留江北防守。”馬士英惟恐左兵至京，自己身家性命難保，氣急敗壞地指著姚思孝等人大罵：“爾輩東林，猶藉口防江，欲縱左逆入犯耶？北兵至，猶可議款，若左逆至，則若輩高官，我君臣獨死耳！臣已調良佐兵過江南矣。寧死北，無死逆。” 馬士英明知這時清軍重兵已經進入江蘇北部，卻慫恿弘光帝手詔命督師大學士史可法抽調兵馬過江拱衛南京 。史可法於四月初二日領兵過江，行至草鞋峽時得到報告黃得功等部已擊敗左兵。史可法請求入朝召對，面見弘光帝說明對社稷的主要威脅來自清方而不是左良玉部，因此在兵力部署上他不贊成從江北抽調大批主力去對付左軍。馬士英卻耽心史可法名位居前，入朝以後自己的首輔將保不住，加上清軍南下的訊息日益緊迫，又建議朝廷下旨：“北兵南向，卿速回料理，不必入朝。”史可法接到詔書後大失所望，登上南京城郊的燕子磯，“南面八拜，慟哭而返” 。
南京城中的情況也頗為微妙。在左部叛軍進逼池州，清兵大舉南下的危急關頭，弘光帝發出了“上游急，則赴上游；敵急，則禦敵”的旨意 ，完全處於被動局面。馬士英、阮大鋮也明白無論集中兵力對付任何一方，南京都有陷落的危險。因此，他們暗中已作了擁兵出逃的準備，馬士英事先任命其次子馬鑾為京營總兵，以貴州兵為主掌握了一部分親信部隊；兵部尚書阮大鋮也“晝夜以兵環衛其私室，控弦被鎧，廂房書室中暗為衷甲” 。四月十四日，弘光帝召見大臣時，武英殿大學士王鐸竟然認為馬、阮組織抵禦左兵不力，請求讓他自己“領兵視師上江以遏左兵重敵”。由於“士英不肯謝此兵柄，遲之又二日矣”，王鐸急不可耐，又在十六日上疏說：“臣察得金山一帶西至龍潭，兵不滿七百，樞臣飾以為數十萬，此何時尚以此固寵誑君歟？”接著說：“時不能持久，使左之眾兵得乘勝順流而下，吾無類矣。今皇上以本兵（即兵部尚書）印纛授臣，臣勉竭死力西上，以當其勢，以報朝廷。” 然而，一貫擁兵自重的馬士英和自詡知兵的阮大鋮豈肯把兵權拱手讓人。王鐸的自告奮勇也就不了了之。
後續
到1645年五月，清軍多鐸部占領南京、蕪湖等地，阿濟格部擊敗大順軍，一直追到江西九江和江北的湖北州縣。左夢庚部下有總兵十員、兵卒數萬，既不敢迎擊西來的阿濟格軍，又不敢東下與多鐸部交鋒，甚至不願南下江西暫時避開清軍主力，竟於五月十三日在九江至東流的長江中率領部下兵馬向清軍阿濟格部投降 。同左夢庚一道降清的有湖廣巡按御史黃澍。明朝江督袁繼鹹在左夢庚武力裹脅下變成清方俘虜。他在五月二十日絕筆中寫道：“臣不即死江州，原欲從中挽救，以紓京師之急，幸已還師（指左軍西退），更欲再為聯結，以收桑榆之效。不意囗（虜）追闖至潯，諸鎮甘負國恩，遣使投降，京師之危若累卵矣。臣在坎困中，不能申包生之義，惟有矢文山之節，以一死報二祖列宗，且不敢負所學也。” 六月初三日，袁繼鹹被脅迫往見清英親王阿濟格，長揖不拜，阿濟格極力勸他降清，“仍做九江總督”，遭到斷然拒絕，最後被押解到北京被殺。
影響
左良玉清君側導致弘光政權內部同室操戈，使清兵順利地攻占南京，弘光政權滅亡。左良玉死後，其子率部投降了清軍，左良玉軍事集團也最終不復存在。
評價
在明朝的歷史上，不乏藩王起兵“清君側”之例，如燕王朱棣以“清君側”為名奪取了建文帝的皇位，其後又有諸多藩王效仿朱棣起兵叛亂，如宣德時期的漢王高煦、正德時期的寧王朱宸濠等;而武將左良玉起兵“清君側”的背景、原因之複雜，為明代所罕見，成為影響弘光王朝生死存亡的重大事件。
然而，左良玉起兵“清君側”作為明清易代之際一個重大的歷史事件，長久以來，在學術界卻沒有受到足夠的重視，目前來看，相關的專題學術論文在學術界還是空白；有關明史、南明史等專著雖涉及左良玉起兵“清君側”事件，但或論述簡略，或失之片面。
從當時實際情況來看，左良玉早已成為一個擁兵割據的軍閥，勇於虐民，怯於大戰。他的統兵東下主要是避免同李自成率領南下的大順軍作戰，假借偽太子“密詔”赴南京“救駕”顯然是謊言，離開武昌時就大肆屠戮，對弘光朝廷任命的巡撫、總督等方面大員任意拘留，心目中既無朝廷，也無百姓。其直接後果是導致弘光朝廷加速瓦解。
左良玉起兵雖不失一定的正當性，但卻是在錯誤的歷史條件、時機下，進行了一場錯誤的戰爭，從而導致身死國滅的悲劇局面。
