1998年.超夢的逆襲
超夢的逆襲立志成為第一流的神奇寶貝大師，小智他們依然繼續踏上旅程。這天，當小智與訓練家的戰鬥結束之後，他們收到一封由快龍送來的神秘招待券。招待券裡面寫著：‘你們是最被看好、最有前途的神奇寶貝訓練家，我以最強的神奇寶貝訓練家的身份，邀請你們來參加我的宴會。’“最強的神奇寶貝訓練家？”好奇的小智他們毫不考慮地朝向新島的神奇寶貝城出發！當一行人到達港口時，卻因為天候不佳，前往新島的船隻暫停行駛。港口管理員波佳為了不讓神奇寶貝和他們遭到任何的意外，堅決不讓眾人出航，女警君莎也贊同波佳的看法。
“沒問題！我們有神奇寶貝！”出聲的是一位名叫海男的男孩，他打算搭乘神奇寶貝渡海，而另外兩位訓練家空男和小甜也附和海男的作法，搭乘神奇寶貝渡海。正當小智煩惱無法前往新島之際，港口出現了一艘小船，船上維京人打扮的船家答應在小智他們渡海。正當眾人在海中央之時，突然一個大浪打來，讓操縱小船的船家露出了真面目。什麼？竟然是火箭隊那三個搗蛋鬼！！正當火箭隊要說出那套可愛又迷人的台詞之時，小船竟然被大浪打翻了！小智和小霞趕緊叫出傑尼龜和寶石海星讓眾人緊捉，才不至於被大浪捲走。至於火箭隊嘛……就和從前一樣，“好討厭的感覺啊～”
在到達新島之後，一名長的很像神奇寶貝中心護士喬伊的女子帶領小智一行人前往神奇寶貝城。海男、空男和小甜果然已經到了。當領路的女子介紹最強的神奇寶貝訓家出場時，沒想到出現在眾人面前的竟然是……超夢？
到底誰是最強的神奇寶貝訓練家？最強的神奇寶貝又是誰呢？
主題歌：《與HP在一起》演唱：小林幸子
你持續行走 要走到哪裡為止呢？
被風這么一問 便停下了腳步
第一個太鼓 咚咚地響起
唯有這么一個的生命開始了
不久之後為了求尋什麼
而展開小小的手掌
你很快就找到了吧
並非是你而是某人
慶祝生日 蠟燭雖然變多了
只是開始另一個 從故鄉出發的旅程
如今也為了求尋什麼
而閃著大大的瞳孔
你的口袋中
有並非是你而是和某人的…
多少的相遇
多少的別離
如夢幻般的回憶 也留有一些些
你持續行走 要走到哪裡為止呢？
被風這么一問 便望著天空
你持續行走 要走到何處為止呀
與風一起 再度走向前
踏穩大地 走遍天涯海角吧
直到抓緊 那當作目標的夢想為止
踏穩大地 走遍天涯海角吧
直到抓緊 那當作目標的夢想為止
啦啦啦啦啦啦啦…
1999年.路基亞的爆誕
洛奇亞的爆誕之後3神鳥和洛奇亞大打出手，被洛奇亞的空中爆破一掃而盡！
2000年.結晶塔的帝王
結晶塔的帝王2001年.雪拉比穿越時空的遭遇
雪拉比穿越時空的遭遇與此同時，火箭隊的三幹部之一比夏斯也在尋找著並打算捕獵雪比拉。他
比夏斯擁有能將一切神奇寶貝變得兇惡的黑暗球，將雪拉比自小智他們的身邊奪走。為了拯救被比夏斯捕捉的雪拉比，小智與小羽拚命奮戰。可是，溫柔的雪拉比已經發生了很大的變化……
激烈的對戰中，傳說中的神奇寶貝水君出現了！小智他們能否拯救雪拉比和森林呢！？
2002年.水都的守護神
水都的守護神水都，小精靈水上衝浪比賽，拉提亞斯想幫小智，結果小鋸鱷卻走錯方向。小霞以微弱差距獲得冠軍。
亞軍載小智等人遊覽水都，並講述這個城市的美麗傳說。
發現桑蘭與莉奧的火箭隊，決定先她們一步，成為新的小偷NO.1。
桑蘭與莉奧追捕變成人形卡儂的拉提亞斯，小智英雄救美，拉提亞斯跑得無影無蹤。
小智等人參觀博物館，看到真正卡儂，小智上前搭話，被罵。小智一路追趕卡儂，又遇到了變成人形卡儂的拉提亞斯，被帶入神秘花園。
小智與卡儂和博物館的爺爺化解誤會，了解心靈水珠的美麗傳說，回去與小霞、小剛匯合。
桑蘭與莉奧行動開始！拉提奧斯為了救拉提亞斯被抓住，心靈水珠也被搶走。拉提亞斯變成人形跑去找小智求援，在小霞、小剛面前現出真實面目。
武藏小次郎依然肩負起跑龍套的重任……
莉奧利用拉提奧斯與心靈水珠的力量開始發飆。
小霞、小剛被突然出現的鐵柵欄困住，小智與拉提亞斯勇往直前，擺脫復活的化石神奇寶貝的追殺，終於救出拉迪奧斯，但此時心靈水珠藉由古代機器發動的巨大潮水即將摧毀城市……
已是奄奄一息的拉提奧斯為了保護水都和妹妹而犧牲。
小智等人將心靈水珠放回原位。
最後，碼頭邊，卡儂(拉提亞斯，有爭議）送給小智一幅畫，並與小智一吻告別……
當然還有，桑蘭與莉奧在牢中繼續研究著她們未來的小偷事業，武藏小次郎則繼續著他們未來的跑龍套事業……
2003年.七夜的許願星
七夜的許願星立志成為出色的神奇寶貝訓練師的小智、小遙和小勝，帶著皮卡丘展開了新的旅程。為了觀看千年彗星出現的剎那，來到恩斯遊樂場，並認識魔術師巴特勒與戴安。在魔術表演中，小勝聽到一陣細微的呼喚聲…
那是在〝沉眠之繭″中沉睡了千年，可幫助人類達成願望的神奇寶貝－－吉拉奇。在千年彗星出現的夜晚，如果遇到擁有純真心靈的夥伴便會甦醒。為了讓吉拉奇醒來，巴特勒請小勝當基拉祈的夥伴，果然，基拉祈從萬花鏡般的光芒中甦醒過來。
雖然吉拉奇只能停留短暫的七日就會再消失，但是頭一次擁有屬於自己的神奇寶貝的小勝，對吉拉奇卻非常寵愛。充滿野心的魔術師巴特勒，因為知道吉拉奇具有神奇的力量，便把吉拉奇給搶走，並且想利用他來完成願望。
不懷好意的巴特勒，他的願望是什麼呢？小智與小勝要如何克服困難，成功救出同伴呢？小勝與吉拉奇又會面臨怎樣的生離死別呢？
主題曲:林明日香 《小さきもの》
2004年.裂空的訪問者 代歐奇希斯
裂空的訪問者 代歐奇希斯
[Destiny Deoxys]
台灣電視上映日：2006年4月15日
日本上映日：2004年7月17日
美國發片日：2005年2月15日
片長1時39分）
裂空的訪問者正當他們努力想讓托伊克服恐懼時，忽然，消失四年的迪歐西斯又再度出現！小智一行人和托伊也再次體會到迥然不同的驚異體驗和驚心動魄的冒險。在這極光般的舞台中，烈空坐和迪歐西斯再度卯足全勁地互相激戰，可說是魄力百分百！究竟烈空坐和迪歐西斯的戰鬥會如何？而迪歐西斯這次回來究竟要的是什麼？最後又會發生什麼令人意想不到的意外危機呢？
2005年.夢幻和波導的勇者
夢幻和波導的勇者2006年.滄海的王子
滄海的王子廣美是水之民的後裔，可以體會水系神奇寶貝的內心。小智等人便聽廣美訴說著水之民流傳已久的傳說。原來在海洋某處，水之民一族建造了“海之神殿-亞庫夏”，裡面供奉隱藏著珍寶“海之王冠”。
但目前據說誰也沒看過這頂王冠的實體模樣。這時，追尋著傳說之謎的神奇寶貝援助員“傑克·渥克”(暱稱傑奇)出現了。原來傑奇正執行一項機密任務，那就是要把蒼海的王子──瑪納霏的蛋給安然送進神殿里。於是廣美和小智等人也協助這項任務。忽然這時！出現了有“魅影”之稱的海盜船長開來的大型潛水艦。原來魅影想要奪取王冠，借住王冠的神力來策劃征服世界。但是要解開王冠隱藏的謎團，似乎還需要靠瑪納霏的蛋。這時連火箭隊都想過來分一杯羹，造成了大混亂！
為了抵制魅影的陰謀，傑奇開始用捕獲器借住許多神奇寶貝的力量，小智他們也拿出自己的神奇寶貝準備應戰。但畢竟對方的高科技潛水艦威力太強，頓時陷入危機！神秘的蛋此時發出燦爛的光芒，瑪納霏終於誕生了！隱藏於王冠珍寶里的秘密是？而瑪納霏的神秘力量又是？最後傑奇和小智等人的任務究竟能不能圓滿成功呢？！現在，準備朝向海之神殿-亞庫夏，目睹這精采的冒險吧！
2007年.迪亞路加VS帕魯奇亞VS噩夢神
別名：決戰時空之塔
迪亞路加VS帕魯奇亞VS噩夢神未知的小精靈，達庫萊伊，它到底從何而來？正當那時，迪亞路加和帕魯奇亞在時空夾縫中的戰鬥蔓延開來。
強大的力量相互衝撞，將空間撕裂。並且，從裂口正好能看見阿拉莫斯鎮的所在位置。在和迪亞路加的戰鬥負傷的帕魯奇亞逃到了這個小鎮。但是，感覺到帕魯奇亞存在的達庫萊依立刻對它展開了攻擊。這時，追趕帕魯奇亞而來的迪亞路加也出現在阿拉莫斯鎮。被稱為神的兩隻小精靈與達克萊依相遇之時，震撼時空的史上最強戰鬥開始了。
即時強烈的衝擊讓阿拉莫斯鎮岌岌可危，不久便面臨崩潰的危機。“古狄的日記”中記載的預言即將成為現實。
小智等人能否解除這個危機呢！？結果達庫萊伊是敵人還是盟友呢？！“奧拉希翁”究竟是什麼呢？！
2008年.冥王龍與冰空的花束-雪米
冥王龍與冰空的花束另一方面，在繼續旅行的小智和皮卡丘一行的面前出現了一個小小的，幾乎看不見的精靈。那是有[花媚]之稱的感謝神奇寶貝雪米。被捲入迪亞魯加和冥王龍的戰鬥的雪米在千鈞一髮之際從反轉世界逃出。小智一行帶著精疲力竭的shaymin前往神奇寶貝中心。
雪米用心電感應將小智一行帶到了它的格拉西玳亞(グラシデア)花園，並告訴他們在這[格拉西玳亞之花]中隱藏著巨大的秘密。正準備離開神奇寶貝中心的小智等人遇到了前來捕捉雪米的火箭隊。而與此同時，神奇寶貝中心外的裝飾品的鏡面上出現了[次元鏇渦]，將火箭隊、雪米連同小智一行人一起全部帶往了反轉世界。
從次元鏇渦中脫出的小智一行人環顧四周，這裡是倒立著一排排建築物，空中處處漂浮著烏雲的，廣大而不可思議的反轉世界。
就在這時，冥王龍突然出現，向雪米連續使出爆裂燃燒。就到冥王龍快要使出大絕技時，小智等人正要與冥王龍對抗，卻傳來制止之聲。說話者是名叫無限的學者，他告訴小智等人不可以讓冥王龍生氣。
正在小智一行在無限的幫助下向現實世界回返之時，企圖利用冥王龍的力量支配世界的，駕駛著高科技母艦[百萬力霸]的謎之青年－－ZERO出現了。和雪米一起繼續著探索格拉西玳亞(グラシデア)花園之旅的小智一行沒能逃過ZERO的追蹤。
...前所未有的冒險之旅的高潮，等待著你的是超越想像的“美麗奇蹟”!
2009年.阿爾宙斯前往超克的時空
超克的時空故事情節（第一回）
繼續旅行的小智一行來到了四周環繞著豐富自然景觀的河畔之城米琪那。這座城中有幾千年前的神殿遺址，小智一行向位於巨大岩山上的遺蹟前進。岩山山頂有一片巨大的湖，遺蹟就建在湖邊。小智一行陶醉在美麗的湖光之中。然而，湖面波瀾驟起，水上形成了龍捲風，向小智一行迫近。眼看就要被龍捲風捲起來的時候，忽有一位女子伴著[迪亞魯加，拜託你了！]的聲音出現。下一個瞬間，空間被割裂開，迪亞魯加的身影出現…
女子名叫西娜，是遺蹟的守護者。據說她有和神奇寶貝心意相通的能力。西娜將小智一行引入遺蹟，用時空儀逐一介紹了迪亞魯加、帕魯奇亞和騎拉帝納的空間，然後又開始將米琪那鎮的古老傳說娓娓道來…
一切要從上古時代，相傳創造了萬物的幻之神奇寶貝亞爾修斯為救許多神奇寶貝而撞向隕石的事情說起。
故事情節（第二回）
由於和隕石相撞，亞爾修斯陷入瀕死。原因是衝擊波使亞爾修斯失去了它持有的16個命之源。
一名叫達莫斯的男子找到了丟失的命之源並交給了亞爾修斯。為了感謝達莫斯的幫助，對米琪那的土地荒蕪感到同情的亞爾修斯用自己命之源中的水、草、地面、雷電和龍的力量取出做成‘生命寶玉’，並借給了達莫斯。達莫斯用生命寶玉帶來的亞爾修斯的力量使米琪那的土地變得富饒起來。
然而，達莫斯與亞爾修斯間就借給生命寶玉立下約定，‘到下次太陽消失的哪一天－－’意味著在下次日食出現的時候，達莫斯就要把生命寶玉交還給亞爾修斯。
相信了達莫斯的亞爾修斯借給了他生命寶玉，之後米琪那的土地逐漸變得濕潤，並豐收起來。然後，該把生命寶玉交還給亞爾修斯的約定的日子到來了……
耳尖分叉的皮丘和皮卡丘色的皮丘
劇中出現的左耳耳尖分岔的皮丘。喜歡吃金葡果。不過為什麼左耳耳尖分岔呢？據說是“天生的髮型”，不過是否藏有其他的秘密呢？
皮卡丘色的皮丘，其實就是閃光的皮丘，以耳尖分岔的皮丘的勁敵的身份登場，而且他也是在超克的時空中的禮物中代替耳尖分岔的皮丘的，因為在遊戲中在皮丘的耳朵上加上個分叉並不是個簡單的工程。
2010年.幻影的霸者佐羅亞庫
幻影的霸者佐羅亞庫出現的炎帝、水君、雷公分別對城市的襲擊，雪拉比被一群鐵面忍者追逐，反派人物登場，ゾロア的出現。另外，ゾロアーク亦可分別變成炎帝、水君、雷公以及小智的樣子。
旁白台詞說到：包圍世界的「時間波紋」的能量，那時雪拉比看到的未來是…！？
王冠市是個水與綠茵、古街道與近代建築完美調合的城市。為了觀看正在這裡舉辦的『神奇寶貝足籃世界盃』，小智一行人向王冠市前進。 在旅途中，小智們與正在尋找同伴的神奇寶貝『索羅亞』相遇，並一起結伴同行。 就在此時，被稱為『佐羅亞庫』的神奇寶貝竟然化身成為雷公、炎帝、水君的模樣，在王冠市的街道上大搞破壞。
就連相隔了20年再度回到這座城市的雪拉比，也面臨了危險……王冠市到底面臨著什麼樣的危機？幻影的霸者『佐羅亞庫』的身份究竟是？雪拉比的命運又會如何？小智和皮卡丘是否能夠解救城裡遭遇危險的神奇寶貝們？
人物介紹：
克林克斯‧寇泰（コーダィ）：大企業寇泰網路的社長。被稱為知道未來的男人，懷抱著野心。
莉歐卡（リオカ）：冷靜知性的女性。寇泰的秘書。
庫魯特（クルト）：王冠市出身的新聞記者，在追查寇泰的秘密。
普爾芙（プルーフ）：Pokemon足籃世界盃隊伍，天鋼戰鬥者的支持者。
古恩（グーン）：長相可怕的保鏢。寇泰的部下。
2011 維庫蒂尼與黑色英雄
2011年.維庫蒂尼與黑色英雄《口袋妖怪》系列最新一季的電視動畫《口袋妖怪：Best Wishes》以最
推出的口袋妖怪遊戲系列《口袋妖怪：黑/白》為故事舞台，而目前，這次動畫的2011年夏季電影動畫也正式公布了。這次劇場版電影動畫名為《劇場版口袋妖怪：Best Wishes 維庫蒂尼與黑色英雄》。 從標題上可以最初看到的，是編號000的新妖怪“ビクティニ”（維庫蒂尼 victory），與“黑色英雄”兩個名稱，從黑色英雄上看來，似乎就會第一聯想到黑色的神獸“ゼクロム”，那么這次劇場版會否就是以這兩隻妖怪作為主人公呢？ 口袋妖怪劇場版 中文暫譯名：維庫蒂尼與黑色英雄 日文官方名稱：ビクティニと黒き英雄 上映時間：2011年秋季（日） 劇場版海報神奇寶貝官方網站公開了2011年夏季公開的神奇寶貝電影版，也是第一彈劇場版『神奇寶貝：Best Wishes』 神奇寶貝黑白劇場版“ビクティニと黒き英雄”。12月2日終於更新了首隻預告動畫，000號神奇寶貝維庫蒂尼與口袋妖怪黑版神獸有望登場，不知道2012劇場會不會出“白色英雄”呢？ 黑色英雄最新海報
上映時間
2011年夏季預定播放的電影動畫《劇場版寵物小精靈：Best Wishes 維克提尼與黑色英雄》最新確認播放日期為2011年7月16日。
首映禮物
按照往常的口袋妖怪電影動畫習慣，系列都會贈送一些特殊的內容，而這次所贈送的，則是之前報導過的另外一隻編號000的新妖怪“ビクティニ”（維克提尼 victory）。但目前這隻維克提尼究竟有什麼新特點，暫時還沒有公開。
維克提尼與黑色英雄
《口袋妖怪》系列最新一季的電視動畫《口袋妖怪：Best Wishes》以最新推出的口袋妖怪遊戲系列《口袋妖怪：黑/白》為故事舞台，而目前，這次動畫的2011年夏季電影動畫也正式公布了。這次劇場版電影動畫名為《劇場版口袋妖怪：Best Wishes 維庫蒂尼與黑色英雄》。 從標題上可以最初看到的，是編號000的新妖怪“ビクティニ”（維庫蒂尼 victory），與“黑色英雄”兩個名稱，從黑色英雄上看來，似乎就會第一聯想到黑色的神獸“ゼクロム”，那么這次劇場版會否就是以這兩隻妖怪作為主人公呢？
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