海報劇情簡介
被河流環繞的城鎮「米其納」擁有傲人的神殿遺蹟，當小智一行人踏上了遺蹟所坐落的山頂，神殿旁的湖突然颳起了水龍捲！此時一位女性指揮帝牙盧卡制服了龍捲風，而後這位名為「希娜」的遺蹟守護人向小智他們說起了一段神、寶藏、人們與背叛的故事…
相關資訊
＊本作是神奧三部曲的完結作，相當於前兩部電影的最後一塊拼圖
鋸齒耳皮丘＊本作的參考舞台是希臘的雅典，其中神殿的靈感來自雅典的巴特農神殿
＊本作中的賣點神奇寶貝是有著鋸齒狀耳朵的皮丘，她活潑並有些早熟，喜歡的樹果是金葡果（ウブのみ）
人物介紹
達摩斯：在古時曾救了アルセウス，並向其借了「命之寶玉」以使米其納豐饒，到了約定之時卻未歸還寶玉。
紀辛：達摩斯的部下，使用魔獸裝備來控制神奇寶貝。與達摩斯背叛アルセウス一事有極大關連。
希娜：達摩斯的後代，具有與神奇寶貝心靈相通的能力。守護著遺蹟的她一心想歸還寶玉以平息神怒。
凱文：與希娜一起守護遺蹟，並將米其納的傳說告訴小智等人。
取景地簡介
今年的取景地是希臘的雅典衛城，其中的神殿的靈感來自帕特農神廟，煥然一新的風格相信也會讓你有煥然一新的感覺。
雅典衛城在希臘古代遺址中，最為有名的當屬均建造於雅典黃金時期的雅典衛城。作為古希臘建築的的代表作，雅典衛城達到了古希臘聖地建築群、廟宇、柱式和雕刻的最高水平。這些古建築無可非議的堪稱人類遺產和建築精品，在建築學史上具有重要地位。迄今保存下來的大量的珍貴遺蹟，集中展示了希臘的古代文明。 1987年根據文化遺產遴選標準C（I）（II）（III）（IV）（VI）被列入《世界遺產目錄》 ，編號為545-003，世界遺產委員會評價為：“文明、神話、宗教在希臘興盛了一千多年。阿克羅波利斯包含四個古希臘藝術最大的傑作——巴特農神廟、通廊、厄瑞克修姆廟和雅典娜勝利神廟——被認為是世界傳統觀念的象徵。”
主題歌
是由著名日本女歌手中川翔子演唱的歌曲。又譯《心的天線》。
也是神奇寶貝劇場版2009--【超克的時空】的主題曲。
歌：中川翔子
作詞：松本隆
作曲＆編曲：細野晴臣
中文歌詞
發條停住而靜止的未來
在屋頂上我們兩人 看著夕陽西下的城市
瞬間看得出神 與空氣起舞
要一起搭乘橫渡草原的船嗎？
你打破沈默 輕聲的說
可以看到橫渡草原的船呢
載著我們鼓起來的白色船帆
我的內心 是複雜的迴路
在灰色的日常中 茫然走失
心的天線 現在正共振著
這就是所謂的愛嗎
好想坐進橫渡草原的船呢
捨棄科學和數學之類的束縛
用橫渡草原的帆柱
頂著風前進吧 活著的象徵們
一起搭乘橫渡草原的船吧
看著威風凜凜的側面 出神地點頭
可以看到橫渡草原的船呢
載著我們鼓起來的白色船帆
劇情詳解
影片正式開始前，喵喵拿著動畫形態的DSi出現，解說下載亞爾修斯的步驟，然後走開。
一隻烈咬陸鯊和一條美納斯在一座競技場中戰鬥，用各種招式相互攻擊。對陣的訓練家不是別人，正是希羅娜和DP戰鬥塔大君山棕！
一些草系神奇寶貝坐在一片草地上，一隻夜黑魔人出現，用鬼火攻擊皮卡丘。皮卡丘和波加曼對夜黑魔人展開還擊，引起了爆炸。
帝牙盧卡和帕路奇牙的戰鬥在一段關於《決戰時空之塔》的回憶中出現。在它們交戰之時，一架用來顯示帝牙盧卡、帕路奇牙、騎拉帝納、亞爾修斯各自所在時空以及真實世界的儀器——時空儀劇烈震動起來。帝牙盧卡和帕路奇牙的時空相互碰撞，顯示出它們的交鋒。另一段回憶中出現了日食，亞爾修斯的石板環繞在太陽周圍，它的1000隻觸手伸向太空。鏡頭回到地面，神奇寶貝的標題從大地中升起。背景音是經改編過的《裂空的訪問者》開場音樂。
接下來他們來到一座湖邊。天空突然裂開，水流湧起形成一股龍捲風似的渦流，將除小剛以外的所有人卷了進去。小剛把小智和小光拉了出來，然而皮卡丘和波加曼卻被渦流卷到高空，向天空的裂縫而去。西娜和凱文出現，看到了這一目。西娜開始祈禱，帝牙盧卡從自己的空間出現，將皮卡丘和波加曼從渦流中撞出來。小剛對西娜一見鍾情，衝上去抓住西娜的手⋯⋯不對，那個其實是不良蛙的爪子，於是不良蛙又把他毒倒掉了。
騎拉帝納突然出現，用鬼火向帝牙盧卡發動襲擊。兩隻神奇寶貝戰鬥了一段時間。西娜試圖用她的心電感應力量與騎拉帝納溝通，但騎拉帝納在感應世界裡回絕了西娜的調停並將她撞開，導致連線中斷。小智走到騎拉帝納面前，問它是否還記得自己。騎拉帝納盯著小智看了一會兒，然後想起來自己在冰空的花束里載著小智飛的場面，於是暫停了對帝牙盧卡的攻擊。西娜與兩隻神奇寶貝進行交流，消除了它們之間的矛盾。帝牙盧卡在空中轉圈圈飛了一會兒，西娜說它對小智慧型阻擋住騎拉帝納的攻擊非常驚訝。
小智一行人跟著西娜和凱文來到一個房間裡。西娜向他們展示了時空儀，並解釋哪一個球體代表著哪一個時空。她說自己和凱文在調查亞爾修斯的傳說以及這個鎮子的歷史。帕路奇牙將阿拉莫斯鎮恢復原狀時，他們就在鎮外。小零的飛船墜毀後，他們二人也曾來到那座冰山前。西娜還把命之寶玉拿出來給大家看，而站在門外的火箭隊也一如既往地開始覬覦這塊寶物。
突然，時空儀震動起來。代表亞爾修斯所在時空的球體產生了劇烈的反應。太空中，亞爾修斯正在開始甦醒，它衝破了包裹著自己的泡泡。11塊石板環繞在它的身邊，另外5塊不知去向。亞爾修斯將它們全部吸收進自己的身體裡。
回到屋子裡，西娜和凱文給小智他們看亞爾修斯的傳說，按照一定格式印在玻璃上的傳說情節如幻燈片般出現在瀑布一樣的展示屏上。傳說講述了達莫斯如何從亞爾修斯處偷走命之寶玉、命之寶玉由亞爾修斯的五塊石板構成、達莫斯從亞爾修斯處借得寶玉並使米琪那鎮變得美麗起來等事情。
時空儀的震動變得更加激烈。外面的天空中，黑雲聚集起來，一道金色的縫隙打開。亞爾修斯很快從縫隙里出現，隨即立刻發動了制裁攻擊。制裁攻擊的能量像煙花一樣射向空中，又如雨點一般降落在米琪那。這堪稱神奇寶貝歷史上最暴力的一幕中，數以百計的光團轟炸了整個城市的每一個角落，處處都是崩塌瓦解的景象，場面相當壯烈。
亞爾修斯俯瞰著一座神殿，看到達莫斯向它跑來。那並不是真正的達莫斯，但亞爾修斯感覺到有一個類似於達莫斯的人正向它靠近。西娜跑出來，向亞爾修斯跑去，將命之寶玉呈到它面前。亞爾修斯平靜了一些，走近來檢查寶玉，而西娜則為終能將其物歸原主而激動不已。火箭隊在一旁爭論應該讓誰去偷命之寶玉。但在亞爾修斯的面前，他們最終決定要是不想被打得很慘的話，還是不要偷它為妙。
亞爾修斯看到歸還的寶玉很感謝，但仔細檢查之後，它卻用自己的蹄子將寶玉踩得粉碎，並說這是假的。西娜驚呆了。亞爾修斯發動了一些類似火系的攻擊，凱文叫大家快逃，自己站在攻擊前面保護大家，騎拉帝納從自己的時空及時出現並擋下了這一擊。亞爾修斯繼續發動攻擊，遺蹟被打開了一個口子，處處塵土飛揚。火箭隊從山頂掉進了山中間的水裡，又順著瀑布被衝到了山腳下。
騎拉帝納對亞爾修斯發動了攻擊，但亞爾修斯切換了屬性並完全防禦了這一擊。帝牙盧卡和帕路奇牙出現，同樣用各自的招式攻擊亞爾修斯，但也因亞爾修斯的屬性切換而落得徒勞無功。亞爾修斯想再次對人類們展開襲擊，但皮卡丘的電流卻對它產生了效果。凱文解釋說這是由於亞爾修斯缺少了閃電石板所致，電系攻擊可以對它造成傷害。帕路奇牙使用了水系的招式，也成功地削弱了亞爾修斯。在之前的戰鬥中被打落在地的帝牙盧卡身側的藍色條紋開始發光，除凱文以外的大家瞬間被傳送到了過去的時光之中。
他們所到達的過去是一個夜晚，日食正在進行。亞爾修斯從空中出現，降落在一座由火光照亮的神殿前，與應在這一天交還命之寶玉的達莫斯會面。鏡頭裡沒有出現達莫斯的臉，大致是由於他是被控制著的。達莫斯拿著命之寶玉，讓亞爾修斯跟他來，於是它跟著他來到了神殿的中心。西娜和大家從頂上觀察著一切。突然，幾十隻穿著紀辛使用的裝具的神奇寶貝開始用電系招式襲擊亞爾修斯。亞爾修斯不明白這是怎么一回事，它質問達莫斯這是在乾什麼。達莫斯的眼睛裡沒有任何光彩，他被操縱著走到紀辛、席多藍恩以及青銅鐘所在的高處，並放開了廟頂掛著的吊燈燭台，砸向了亞爾修斯。接著，達莫斯又引動巨石，殘忍地將亞爾修斯埋在了石礫之下。與此同時，那些神奇寶貝們也並未停止對亞爾修斯的電氣攻擊。但身受重傷的亞爾修斯仍然轟開了石塊，達莫斯與紀辛也因此昏死過去。命之寶玉與二人一起被埋在了碎石之下。西娜等人也掉了下去，但西娜向仍在現在世界的帝牙盧卡祈禱，讓它將他們送到更遠一點的過去，於是帝牙盧卡又一次傳送了眾人。
現在的世界中，戰鬥仍在繼續。帝牙盧卡最終不支倒下，無力再為小智等人進行時間傳送。火箭隊不停地被水流衝來衝去，而神殿和城市也在轟炸中變得越來越殘破不堪。
過去的世界中，西娜等人一落地便被席多藍恩、青銅鐘以及一群守衛包圍了。帝牙盧卡把他們送到了同一天的下午。青銅鐘對西娜以外的所有人使用了某種招式，讓他們全部陷入了昏睡之中。鋸齒耳皮丘遠遠地看著這一切，然後跑進了一座建築里。下一個鏡頭中，皮卡丘和波加曼被裝在一個袋子裡扔進了牢房裡，周圍全是強大的、睡著的神奇寶貝。它們就是當晚會去襲擊亞爾修斯的神奇寶貝。一隻雷電獸醒來，威脅新來的這兩隻傢伙保持安靜，然後又睡著了。皮丘從一個洞裡出現，叫皮卡丘和波加曼跟它走。皮卡丘和皮丘互相蹭蹭尾巴打招呼，波加曼也有樣學樣，結果被電到。
小智等人被關進了牢房，與此同時他們漸漸甦醒過來。過了一會兒，他們發現達莫斯也在這間牢房裡。小智沖達莫斯嚷起來，指責他的所作所為，但達莫斯根本不知道小智在說什麼，因為那些事情當時還沒有發生（再說達莫斯當時是被紀辛的青銅鐘操縱著的）。小智把寶貝球拿給達莫斯看，還放出了猛火猴，告訴達莫斯這是叫做神奇寶貝的生物。但達莫斯卻只知道它們是“怪獸”。
西娜和紀辛以及他的兩隻神奇寶貝一起享用著一頓相當豐盛的晚餐。紀辛對西娜說的關於亞爾修斯的事情很感興趣，因為之前她曾試圖告訴守衛們未來將要發生的事情。西娜向紀辛解釋達莫斯必須把命之寶玉歸還給亞爾修斯，否則亞爾修斯將會受傷，而未來世界將遭受毀滅之災。
與此同時，皮丘、皮卡丘和波加曼穿過幾條通道，逃進了一間廚房裡。那裡有個廚子正在命令一隻菊草葉切麵團，並叫一隻火球鼠保持爐火旺盛。兩隻神奇寶貝的樣子都很疲倦，它們顯然不喜歡那個使喚它們的傢伙。波加曼不小心從通道里掉了下去，弄得一堆陶器飛得到處都是。其中一件陶器卡在了波加曼的腦袋上，它向那名廚子走去，看似怪獸的樣子嚇得那人尖叫起來，撒腿就跑。沒跑幾步他的頭就撞在了一個鍋上，很有喜感地昏了過去。皮丘和皮卡丘用鋼鐵尾巴打壞了菊草葉和火球鼠身上的裝具，眼見那廚子快要醒了，大家趕緊從廚房裡逃了出去。
現在的世界中，火箭隊又一次從山上掉下去，他們發現了一座古老的廚房裡被泥土包裹的陶器。喵喵拿起一個陶器扣在頭上。帕路奇牙又一次成功地削弱了亞爾修斯。
牢房裡，達莫斯聽完小智他們的話之後非常惱火，並說自己在很久以前幫助過亞爾修斯。回憶中，達莫斯走在一片荒涼的大地上，漫天的雪花落在每一個角落，似乎已經有許多龐大的隕星襲擊過這片土地。然後達莫斯抬起頭來，看到天空中最為巨大的一顆隕星正向地球襲來。亞爾修斯從它自己的時空出現，向那顆隕星飛去。它的石板從身體裡分離出來，環繞著它形成一面強大的屏障。亞爾修斯撞向了隕星，儘管與隕星的比起來它的體型小得簡直與螻蟻無異。撞擊引起了史無前例的巨大爆炸，隕星在與亞爾修斯的撞擊中被徹底地粉碎，然後在遙遠的大氣層中紛紛瓦解。
地面上，亞爾修斯已是奄奄一息。神奇寶貝們圍著它，保護著它，牽掛著它的安危。有隻隆隆石自己在雪天裡也很難過，卻毫不介意。達莫斯使用和西娜一樣的精神力試圖與亞爾修斯交談，然而卻沒有光從它的身上發出來。達莫斯更加努力地嘗試，終於發現有一點點光指向很遠的地方。達莫斯沿著光所指的方向走去，發現了亞爾修斯的一塊石板。把那石板帶回給亞爾修斯的時候，它依然一動不動，但其他的石板們從地上浮起，飛回到亞爾修斯身邊，並融進它的身體裡。重新得到生命力之源的亞爾修斯復活過來，它從大地上浮起，而太陽也隨之冉冉上升，場面非常美麗。
亞爾修斯詢問了達莫斯的名字，並向他表示感謝。它向達莫斯展現了他們腳下的這片土地可以變成什麼樣子。那片荒蕪的土地在亞爾修斯的圖景里變成了遍滿植物，樹木和水流的美麗之土。它將石板召喚出來，從環繞在身邊的石板中取出五枚，製成命之寶玉交給達莫斯。達莫斯將命之寶玉舉到空中，腳下的土地立刻變得繁榮起來。達莫斯感動得流出了熱淚，再一次向亞爾修斯致謝。接下來，人們來到了這片土地上。達莫斯向一位和肯泰羅一起犁地的人打招呼。亞爾修斯告訴達莫斯，它現在要走了，讓他在下一次日食它甦醒的時刻交還命之寶玉。如西娜他們之前所見，寶玉並未被如約歸還。牢房裡面，大家現在都明白了達莫斯不是壞人。
晚餐桌上，西娜仍在談著未來的事情。紀辛告訴西娜自己明白目前的狀況，並會努力阻止達莫斯。席多藍恩站在牆上，而青銅鐘則就在紀辛身後。紀辛走到一個角落裡，原來命之寶玉其實在他手上。他將寶玉取下放進自己的衣服里，然後將空手杖交給西娜，讓她今晚把寶玉交還給亞爾修斯。
波加曼、皮丘和皮卡丘仍在跑來跑去。它們跑過了一堆盛著熱鐵水的桶，終於來到了掛著牢房鑰匙的房間，然而房間裡有人把守。波加曼、皮卡丘和皮丘掛成一串卻仍夠不到鑰匙。這時，一隻小鋸鱷走進門來，笑了笑，將鑰匙噴給了它們。終於拿到鑰匙了！
現在的世界裡，亞爾修斯已經嚴重毀壞了當地的一切東西。火箭隊看著亞爾修斯與鬼龍交戰，忽然亞爾修斯的一記攻擊打偏，將山側面打開了一道裂縫。武藏發現命之寶玉卡在一面牆裡，並將它弄了出來。亞爾修斯又一次使用了制裁，給已經破敗不堪的世界再度雪上加霜，火箭隊也又被打到了山下。
牢房裡，一盞燭光輕輕搖了搖，達莫斯感覺到有誰向他們走來。是他的皮丘帶著鑰匙來了！鋸齒耳皮丘將鑰匙交給達莫斯，達莫斯謝過他的神奇寶貝出色的表現。一行人逃出了監獄。
入夜，亞爾修斯來到了真實的世界中，降落在神殿前來從達莫斯處取回命之寶玉。西娜請它進入神殿中，告訴亞爾修斯她將代替達莫斯奉還命之寶玉。她打開了手杖，裡面自然空無一物，寶玉早已被紀辛取走。此時，紀辛的神奇寶貝們開始用電系招式對亞爾修斯發動攻擊。悲劇再次重演，而這次更是有成桶的鐵水澆在亞爾修斯身上，使它所受的傷害更為嚴重。亞爾修斯無法擺脫鐵水的襲擊，它掙扎著發動攻擊。西娜險些掉下去，卻被達莫斯接住。她仍以為達莫斯是壞人，努力想掙脫，但達莫斯用心電感應向她解釋了一切，兩人相視而笑。
達莫斯與西娜想跑到神殿頂上去阻止紀辛，卻有一股鐵水向他們湧來。小剛及時出現，讓胡說束使用大木棰打壞地面，使鐵水轉向下方流去。與此同時，小智也跑上來阻止紀辛，卻被席多藍恩和青銅鐘阻撓。皮卡丘攻擊席多藍恩卻不見效果，於是波加曼上前使用泡泡助陣，將席多藍恩從牆上打了下來。席多藍恩和青銅鐘都使用過保護。
亞爾修斯仍被電系招式攻擊著，而逐漸凝固的鐵水幾乎要將它整個掩埋起來。西娜和達莫斯一同使用了他們的精神力量，讓所有神奇寶貝不要再傷害亞爾修斯。席多藍恩與青銅鐘也停止了進攻，皮卡丘破壞了它們身上的裝具，兩隻神奇寶貝掉轉矛頭向紀辛攻去。
小智與紀辛展開了搏鬥，卻無法拿到命之寶玉。城都三主角和小拉達此時出現，向紀辛發動攻擊，將命之寶玉打落。命之寶玉在地上滾起來，菊草葉試著去抓卻沒抓到，小智跳下去用腿接住寶玉，玉卻還是滑落了，最後是皮卡丘趕到下面抓住了它。他們將命之寶玉帶到亞爾修斯面前，亞爾修斯卻已經完全凝固了，如一具封在柏油里的標本一般。它還活著，卻完全動彈不得。它的眼睛張著，卻做不出任何反應。
達莫斯與西娜試著與亞爾修斯交流，然而怒火已經在它周圍形成了一道精神的屏障，兩人都無法突破。西娜被打飛了，但達莫斯仍在繼續努力。他在努力讓凝固在金屬中的亞爾修斯冷靜下來，而與此同時小智、小光、皮卡丘、波加曼和西娜卻開始消失了。這樣看來，只有亞爾修斯活著他們才能活下去，而如果亞爾修斯死去，他們也會在未來中死去。皮卡丘徹底地消失了，小智也消失了一半。這樣的情形下，每個人和神奇寶貝都充滿了悲傷。
好在達莫斯終於讓亞爾修斯冷靜了下來，與此同時，命之寶玉重新變回了五片石板，融入亞爾修斯的身體中。一道美麗的金色光芒籠罩了亞爾修斯，然後射向空中，亞爾修斯得以重獲自由。它已經徹底冷靜了下來。小智和其他人都回到了正常的狀態，皮卡丘也重新出現了。亞爾修斯小智和皮卡丘的名字是什麼，隨後將過去世界裡的米琪那鎮恢復到原貌。亞爾修斯將所有人傳回現在的世界，並回到自己的時空之中。
現在的世界裡，帝牙盧卡、帕路奇牙和騎拉帝納都被擊倒了。小智他們返回的時候，一切看似已經平靜下來。既然過去的世界中亞爾修斯已經平靜下來，是不是現在它平靜下來了呢？事實並非如此。亞爾修斯向空中發射了一大束制裁的能量，攻擊眼看就要向地上的萬物落去。小智大叫起來，叫亞爾修斯回想一下他是誰。鏡頭向上移到亞爾修斯的眼睛處——“小智⋯⋯皮卡丘⋯⋯”被小智等人改變的過去，以及期間發生的種種事件提醒了亞爾修斯現在已經一切都好了。它中止了制裁的攻擊，復活了帝牙盧卡、帕路奇牙和騎拉帝納，三龍皆飛到亞爾修斯身邊。然後亞爾修斯又還原了米琪那鎮。大家都安然無恙了，三條龍也向各自的時空飛去。
電影開始時出現的一塊石板上的傳說，如今已被完全改寫。
片尾曲中，此後紀辛在達莫斯的手下工作。阿拉莫斯鎮上，愛麗斯與托尼歐乘著愛麗斯的熱氣球，而男爵則乘著他自己的熱氣球經過。達克萊伊在遠處看著他們，然後潛回地面之中。小零進了監獄，無限帶著一張全息圖（類似於《逆襲》中出現喬伊的卡片）來探望他。茵菲從全息圖上出現，讓小零非常驚喜。無限成功地從飛船里恢復了茵菲的數據。潔咪依然呆在樹洞裡，在日出時分鑽出來。火箭隊偷了一個西瓜，卻不幸發現那是個雷電球，然後被雷電球的爆炸轟飛。
