在構造上不完全相同,但5′末端必定有7-甲基鳥嘌呤核苷,其5′碳原子與下一個核苷的5′碳原子以三磷酸相連。作為其典型的結構,cap1的7MeG(5′)PPP(5′)
以下三類。(1)cap 0 :7MeGppp Pu(Pu為嘌呤核苷),只是7-甲基鳥嘌呤核苷有甲基,在酵母或粘菌中較多:(2)cap1:7MeGppp XMe。
第二個核苷也甲基化,是最普通的帽狀結構。第二個核苷(x)多為腺嘌呤核苷,也有鳥嘌呤核苷或嘧啶核苷。這些核苷的甲基化一定是在2′-核酸的位置上,腺嘌呤核苷的腺嘌呤的6位也可被甲基化,形成二甲基(2′-O,N6)腺嘌呤核苷:(3)Cap2:7MeGppp XMe p YMe,為7-甲基鳥嘌呤核苷加上第二個核苷(x)的甲基化,第三個核苷(Y)的核糖(2′-C)也甲基化。這種結構在動物細胞中均有微量存在。帽狀結構,由RNA的5′末端與GTP在鳥嘌呤核苷酸轉移酶的作用下,形成焦磷酸鍵,再在7-甲基轉移酶等的作用下合成。這些反應在動物細胞是在核內進行的。帽狀結構被認為在保護mRNA免於從5′末端分解,以及在mRNA起始翻譯上起重要作用。