然而，魚頭雖健腦、好吃，但食用應有講究，以免危害健康。據資料記載，深圳市一家酒樓的雅間內，曾有4位津津有味吃著魚頭的食客突然相繼昏迷，被急送醫院搶救才脫離危險。據主治醫師講述，引起這4人昏迷的罪魁禍首就是酒樓的特色菜——魚頭宴。經當地衛生部門檢測，他們所吃的魚頭內含有很強的有機毒素及其他有害化學成分。
據專家說，魚的頭部富集血管，有些在污染環境中生長的魚，其頭部會聚集超量的有害物質。人食用這類魚頭後，魚頭中的鉛等有害物質就會經人的消化道吸收並通過血液分布至全身。其中90%～95%的鉛會積聚在骨骼中，少量存在於肝、腎、脾、肺、腦中。鉛等有害物質會損傷人的神經、消化及造血等系統。所以人們吃魚頭時若不注意，就有可能造成鉛中毒，其表現為：肌肉關節酸痛或引發神經衰弱綜合症等。急性鉛中毒者還可出現中毒性腦病，表現為嚴重頭痛，甚至昏迷。另外，有的魚頭除含鉛外，亦含有藥物成分，經常食用或過量進食可導致多種疾病，甚至會引起肝、腎等臟器功能障礙。
因此，食魚頭時一定要對所食魚頭的來源有所了解，不吃環境受到嚴重污染地區的魚頭，同時注意不吃頭大、身瘦、尾小的畸形魚的魚頭，不吃眼睛渾濁、向外鼓起的魚頭，不吃變質魚的魚頭以及不吃死了太久的魚的魚頭等。烹調或食用時若發現魚頭有煤油味、火藥味、杏仁味以及類似氨水味、農藥味等不正常的氣味時，一定要將其丟棄，不要捨不得而食用。此外，烹製魚頭時，一定要將其煮熟、煮透方可食用，以確保健康。
