殉教說法
1195年（伊斯蘭曆），處於成長期的伊斯蘭教哲赫忍耶派，教主馬明心的學生蘇四十三和在中國已傳教數百年的的伊斯蘭華寺門宦在循化因傳教首次發生矛盾。之前由於哲赫忍耶派發展迅速，引起清廷注意，被定為“邪教”，故而清廷下級官吏執行中偏袒華寺門宦，引起兩派械鬥。因處理不公，蘇四十三率眾反清，殺死前來鎮壓的知府楊士璣和副將新柱，繼而攻克河州城（今臨夏），圍攻蘭州。因哲派民眾造反，清廷將教主馬明心捕殺於蘭州城。
家屬受累
將其季子充發雲南，未至其地，病歿於抱母井，年8歲。長子馬順清被發配雲南墨江縣的朗寨充軍，為馬明心的學生營救，3個女兒和妻子張氏充發伊犁為奴，長女行至吐魯番頭道河子，跳河自殺，二女和三女流落他鄉，張氏在某旗官邸為奴，因過年殺死旗官全家，自首後被處死。
後續影響
馬明心傳教35年，教眾遍及西北，門下弟子散居各地。其繼承人本著“保護教門”的精神，繼承和發展了哲赫林耶的宗教教旨，以至延續至今。馬明心的被害是歷代哲派信徒的悲苦紀念，也是歷代哲派發展壯大的重要原因。馬明心之死在當時激起蘇四十三更加擴大暴動、持續數月，直至被清庭調集多省兵力鎮壓（死傷一萬，其中清庭鎮壓八千，其仇恨面愈加擴大。這些鎮壓中還有老教回民兵馬的協助，因此回民中新老對抗也進一步加劇），隨即又激發出乾隆四十九年哲派的田五暴動及清政府的鎮壓。
這些廣泛仇恨後來還引發清代同治時期哲合忍耶派第五代教主馬化龍的起事（史稱“陝甘回變，是“同治回亂”的重要組成部分，西方學者有稱之為東乾戰爭。“同治回亂”是1862年陝西任武、白彥虎、甘肅馬化龍等幾地回民領袖共同發動的反政府運動。1862年基於"秦不留回"的滅族謠言，殺死前來談判的高級官員，裹挾大量回民參與其中，發展到三十萬，有"陝回十八營"之說，部分起事者有建立純粹的伊斯蘭國家的目的，以白彥虎為首的部分起事者對陝甘漢民極盡殺戮，造成回漢民族的嚴重對立，陝甘漢民多有滅村慘劇，而陝回亦急劇下降，這場戰爭死亡數百萬人，幾占當時陝甘總人口的三分之一，是人類史上最慘烈的悲劇，最後由左宗棠率軍鎮壓平息，馬化龍為保部屬性命，在金積堡餘部投降，鏇被殺害，部屬安置於張川、平涼等地。白彥虎部作惡多端，是陝回十八營中唯一不準向政府軍投降的，該部參與了阿古柏分裂行為，其後人現居中亞，其語言也為陝西方言。
對哲合忍耶道祖馬明心的死，民間有不同看法和說法，一些人稱之為殉教，一些人稱之為天譴，稱呼不同，所指相同。
文獻記載
《寧夏文史》第一輯所刊哲合忍耶概述《寧夏文史》第一輯刊《寧夏滿族變遷》《金積堡之戰》《伊斯蘭教哲合忍耶派概述》《董福祥戎馬生涯述略》，其中何兆國著《伊斯蘭教哲合忍耶派概述》 ，所述史實記載如下：
馬明心離開撒拉族地區後，該教派仍在撒拉族中繼續傳播。到乾隆三十四年（1769年），清廷又以高壓手段封閉了新教（哲合忍耶）3座寺院，並將馬明心的學生、循化地區新教首領賀麻路乎刑杖後，披枷發往新疆烏魯木齊為奴（說明：該事的原因需要更多資料才能了解）。
乾隆四十六年（1781年）三月初，新老兩個教派終於爆發大規模的械鬥。先是馬明心在撒拉族地區的得力弟子蘇四十三（尕蘇阿訇）和韓二哥（循化人，其家有資財，有權勢，幫助教門）率其信徒千餘人與挑撥是非的老教人員發生械鬥，死傷教徒百餘人，部分分辨是非的老教人隨教，迫使許多心懷不軌的人外出逃亡。隨後他們這些老教告到陝甘總督衙門。
陝甘總督勒爾謹委派蘭州知府楊士璣，會同河州協副將新柱、皋司福菘等，帶兵丁40餘名赴撒拉族地區查辦。新教民眾聽說，假裝成老教信徒，出迎探聽官府旨意。楊士璣等以為他們是老教，便表態說，官府要為老教作主，如新教不守法令，將盡洗之。蘇四十三、韓二哥等聽了清政府官員的這些言論後，大為氣憤，遂決心率部起義。是日晚殺死新柱，次日晨趕往旗台堡斬了楊士璣，乘勝攻占河州（即今甘肅臨夏）城，殺死知州、都司等官吏。哲合忍耶和這些挑撥是非的部分老教之間的教派鬥爭，很快便轉變成了以哲合忍耶教徒為主並包括若干其他教派的撒拉族和回族、東鄉族等一些人的聯合反清暴動。
清總督勒爾謹聞訊後，一面調西寧鎮副將貢楚克連爾由循化截住歸路，並派循化文武官吏率兵赴河州鎮壓；一面將馬明心逮捕，由官川解押蘭州。蘇四十三和馬明心的義女賽利麥（撒拉族人）等聞馬明心被捕，遂率男女教徒2000餘人攻陷河州城後，由小路經唐汪川，夜渡洮河，兼程進逼蘭州，要求釋放馬明心，揚言如不釋放，即攻打蘭州城，士氣正盛。蘭州只有清標兵800名，城中空虛。布政使王廷瓚大為驚恐，無奈之下，便迫令要挾馬明心登城，勸諭蘇四十三等退兵。蘇四十三等見馬明心後，跪地泣不成聲，口稱“太爺”不止，馬明心見此情況，乃勸其退兵。由於蘇四十三等知道馬明心的意思，於是馬明心將傳教手杖扔下城去，眾人得此，如獲至寶，搶著撫摩，互相傳遞。王廷瓚等見此十分恐慌，害怕放了馬明心回去，必將釀成更大變亂，隨即殺害了馬明心，同時散布謠言說十日後釋放馬明心，並將馬明心的隨從先行釋放從而麻痹義軍，等待援兵（如在城上殺害即無有後話）。馬明心殉教日期為清乾隆四十六年（1781年）三月二十七日，終年63歲。
有關質疑
第一，所謂屠殺老教事件：
馬明心教派（哲派）與老教（的華寺派）之間的衝突里，老教中部分人怕失去權利和地盤，誣告哲合忍耶，挑撥並製造新老教矛盾，蘇四十三（尕蘇阿訇）等率馬明心的千餘信徒和這些圖謀不軌的老教人作戰，同時部分人隨教，這些挑撥是非的老教人外出逃亡。這種危難的環境還有這么多人追隨，是不是顯示哲合忍耶的真切？傳教的領導者用生命為宗教的付出，誰能做到？蘇四十三一直被奉為哲派英雄，是真正的名副其實、受之無愧！這些部分心懷鬼胎的老教回民屠殺馬明心教派的回民，對方是不是罪人？若新教殺老教，為何要等清政府協調呢？顯然清政府已到昏庸和大失民心的地步了。
第二，殺害官府高級調解人事件：
清政府調解者楊士璣等表態說“如新教不守法令，將盡洗之”：官府有沒有維護國民生命安全的基本責任？是單純威脅還是威脅性調解？威脅性調解主要是防止雙方慘劇升級。很明顯，他不是來調解的，雖沒帶來大軍，但他仍然害怕手無寸鐵的百姓，帶了裝備精良的四十餘衛兵保駕。
殺官府高級調解人馬（《寧夏文史》第一輯資料，可知頭天、次日，都殺了人，至於官府四十餘人被殺了多少、是否統統殺了，還需要了解更多資料），是不是瘋狂行為？作為百姓，殺調解者，這種連續亂殺，原因出在哪？是不是錯上加錯、罪上加罪？不是，那是自衛！
第三，這些事件里，馬明心教主宗教展現的是偉大和包容？
馬教主是連續被冤屈的事件里，蘇四十三等現場指揮人的領導，體現教門的團結，說明清廷的殘暴。
第四，面對馬明心派的連續被害，官府抓馬明心以殺害威脅，是否應該？
官府抓馬明心，當時沒有殺他，是為了處死他，不是為了調解衝突，為的是斬草除根。換個位置，如果是其他人或團體，面對手下之間彼此鎮壓和迫害，誰能看慣？難道讓他的學生、家人和教眾置之不理嗎？
只準清廷濫殺無辜，不準哲合忍耶教眾和馬明心道祖的親人有絲毫的反抗，是這個世界的正理嗎？
第五，哲派暴亂，攻破河州城、圍攻蘭州，都是清廷殘暴的體現，官府殺馬明心，應該如何看待？
第六，同情者說清朝官府壓迫回民，但問一問，馬明心的民間宗教威脅到回民社會的普通秩序和官府的權利了嗎？那為什麼清廷會聽信讒言呢？退一步說，即便你清廷搞專政、搞世襲，中央政府有壓制的權利，即便是各有一半理，也不能說新教與清政府之間是回民百姓錯了，那么，最初的衝突最多只能說是悲劇，哪能說哲合忍耶是邪教？
馬明心教派的傳布之快、實力日益壯大，使得乾隆皇帝將這個新教明確地定為“邪教” 並在回民里採用鄉約協防，實施防範。
後世反省
《何兆國：伊斯蘭教哲合忍耶派概述》說：
同治回亂後，馬明心四世孫、哲派第七代教主馬元章在教派內部改革了歷史上強調‘舍西德’(為教犧牲)的作法，極力主張愛惜民力。其實，這是一種適應現當前改良，意在說明哲派歷史上犧牲的值得、發展之強大，之所以有今天美好生活，離不開前輩的犧牲和用生命的付出。
盤點回族名人
| 回族是中國分布最廣的少數民族，全民主要的生活方式為伊斯蘭，在居住較集中的地方建有清真寺，又稱禮拜寺。 |
