申報 申報城市經認真自查，認為各項指標均已達到《國家衛生城市標準》的要求，由該市愛衛會向省、自治區愛衛會提出書面申請。省、自治區愛衛會本著實事求是的原則，在調研的基礎上，對其進行嚴格考核認可後，向全國愛衛會推薦。直轄市根據《標準》要求自查達標後，由市愛衛會直接向全國愛衛會提出書面申請。推薦或申請材料包括創建工作總結和技術資料（如垃圾、糞便、污水處理廠等衛生基礎設施的規劃、設計、運行情況及有關照片），以及省、自治區愛衛會考核的有關資料。
全國愛衛會接到省、自治區、直轄市愛衛會的推薦或申請報告後，由全國愛衛會辦公室組織有關專家對申報材料進行審核，並根據審核結果適時組織調研和暗訪。調研和暗訪的目的是掌握情況，覆核申報材料，並幫助申報城市做好改進、提高工作。因此，調研和暗訪次數可能是一次或是若干次。
全國愛衛辦對於切實具備考核條件的申報城市，將在調研和暗訪的三個月後進行考核鑑定。考核鑑定包括資料考核（聽取全市創建工作匯報，查閱各種有關檔案、技術資料等）和現場考核。現場考核在所有城區範圍內進行，採取明查與暗訪相結合的方式，隨機抽查，所查場所、單位、居民區的數量應足以反映整體情況。
稱號 經考核鑑定已達到《國家衛生城市標準》的城市，全國愛衛會將予以命名表彰。命名前將繼續聽取社會各方面的意見，對發現有弄虛作假現象的城市視其情節輕重，推遲或取消命名。
國家衛生城市不是終身制。全國愛衛辦將不定期組織複查，複查形式以暗訪為主。經第一次複查不合格者，將給予通報批評並限期改進。第二次複查仍不合格者，撤銷其榮譽稱號。
城市名單
城市名單
國家衛生城市名單（按命名時間順序）
| ​ | 城市名稱 | 命名時間 | 命名檔案號 |
| 1 | 山東省威海市 | 1990.06.17 | 全愛衛發（1990）30號 |
| 2 | 福建省三明市 | 1992.12.29 | 全愛衛發（1992）31號 |
| 3 | 山東省煙臺市 | 1992.12.29 | 全愛衛發（1992）31號 |
| 4 | 山東省萊州市 | 1992.12.29 | 全愛衛發（1992）31號 |
| 5 | 山東省濱州市 | 1992.12.29 | 全愛衛發（1992）31號 |
| 6 | 廣東省深圳市 | 1992.12.29 | 全愛衛發（1992）31號 |
| 7 | 廣東省珠海市 | 1992.12.29 | 全愛衛發（1992）31號 |
| 8 | 廣東省佛山市 | 1992.12.29 | 全愛衛發（1992）31號 |
| 9 | 遼寧省大連市 | 1993.05.21 | 全愛衛發（1993）12號 |
| 10 | 安徽省馬鞍山市 | 1993.05.21 | 全愛衛發（1993）12號 |
| 11 | 四川省成都市 | 1993.10.05 | 全愛衛發（1993）18號 |
| 12 | 江蘇省江陰市 | 1994.07.07 | 全愛衛發（1994）12號 |
| 13 | 江蘇省張家港市 | 1994.07.07 | 全愛衛發（1994）12號 |
| 14 | 山東省膠州市 | 1995.11.06 | 全愛衛發（1995）18號 |
| 15 | 山東省泰安市 | 1995.11.06 | 全愛衛發（1995）18號 |
| 16 | 河南省濮陽市 | 1995.11.06 | 全愛衛發（1995）18號 |
| 17 | 四川省瀘州市 | 1995.11.06 | 全愛衛發（1995）18號 |
| 18 | 內蒙古自治區赤峰市 | 1995.12.25 | 全愛衛發（1995）21號 |
| 19 | 浙江省杭州市 | 1995.12.25 | 全愛衛發（1995）21號 |
| 20 | 山東省淄博市 | 1995.12.25 | 全愛衛發（1995）21號 |
| 21 | 山東省萊蕪市 | 1995.12.25 | 全愛衛發（1995）21號 |
| 22 | 廣東省中山市 | 1995.12.25 | 全愛衛發（1995）21號 |
| 23 | 江蘇省崑山市 | 1996.05.18 | 全愛衛發（1996）15號 |
| 24 | 福建省廈門市 | 1996.05.18 | 全愛衛發（1996）15號 |
| 25 | 山東省青島市 | 1996.05.18 | 全愛衛發（1996）20號 |
| 26 | 江蘇省吳江市 | 1997.05.04 | 全愛衛發（1997）14號 |
| 27 | 江蘇省蘇州市 | 1998.05.26 | 全愛衛發（1998）11號 |
| 28 | 廣東省汕頭市 | 1998.05.26 | 全愛衛發（1998）12號 |
| 29 | 新疆自治區庫爾勒市 | 1999.06.24 | 全愛衛發（1999）11號 |
| 30 | 山東省招遠市 | 1999.08.25 | 全愛衛發（1999）13號 |
| 31 | 山東省青州市 | 1999.08.25 | 全愛衛發（1999）13號 |
| 32 | 江蘇省無錫市 | 1999.09.03 | 全愛衛發（1999）14號 |
| 33 | 江蘇省常熟市 | 1999.09.21 | 全愛衛發（1999）15號 |
| 34 | 福建省福州市 | 2000.04.03 | 全愛衛發（2000）5號 |
| 35 | 江蘇省太倉市 | 2000.09.28 | 全愛衛發（2000）11號 |
| 36 | 江蘇省海門市 | 2000.12.15 | 全愛衛發（2000）15號 |
| 37 | 河南省登封市 | 2000.12.15 | 全愛衛發（2000）16號 |
| 38 | 河南省新鄭市 | 2000.12.15 | 全愛衛發（2000）17號 |
| 39 | 廣東省惠州市 | 2001.10.23 | 全愛衛發（2001）3號 |
| 40 | 新疆阿克蘇市 | 2001.10.23 | 全愛衛發（2001）2號 |
| 41 | 江西省井岡山市 | 2002.11.21 | 全愛衛發（2002）11號 |
| 42 | 廣東省肇慶市 | 2002.11.21 | 全愛衛發（2002）11號 |
| 43 | 浙江省紹興市 | 2002.11.21 | 全愛衛發（2002）11號 |
| 44 | 四川省綿陽市 | 2002.11.21 | 全愛衛發（2002）11號 |
| 45 | 江蘇省揚州市 | 2002.11.21 | 全愛衛發（2002）11號 |
| 46 | 湖南省常德市 | 2002.11.21 | 全愛衛發（2002）11號 |
| 47 | 遼寧省鞍山市 | 2002.11.21 | 全愛衛發（2002）11號 |
| 48 | 浙江省湖州市 | 2003.8.8 | 全愛衛發（2003）5號 |
| 49 | 江蘇省通州市 | 2003.10.17 | 全愛衛發（2003）6號 |
| 50 | 江蘇省南京市 | 2003.12.15 | 全愛衛發（2003）7號 |
| 51 | 山東省東營市 | 2003.12.24 | 全愛衛發（2003）10號 |
| 52 | 吉林省四平市 | 2003.12.24 | 全愛衛發（2003）11號 |
| 53 | 新疆克拉瑪依市 | 2003.12.24 | 全愛衛發（2003）12號 |
| 54 | 江蘇省鎮江市 | 2003.12.24 | 全愛衛發（2003）13號 |
| 55 | 江蘇省常州市 | 2003.12.24 | 全愛衛發（2003）13號 |
| 56 | 江蘇省金壇市 | 2003.12.24 | 全愛衛發（2003）13號 |
| 57 | 江蘇省溧陽市 | 2003.12.24 | 全愛衛發（2003）13號 |
| 58 | 廣東省江門市 | 2003.12.24 | 全愛衛發（2003）14號 |
| 59 | 湖南省岳陽市 | 2003.12.24 | 全愛衛發（2003）15號 |
| 60 | 浙江省寧波市 | 2004.4.16 | 全愛衛發（2004）2號 |
| 61 | 浙江省富陽市 | 2004.6.7 | 全愛衛發（2004）3號 |
| 62 | 浙江省義烏市 | 2004.6.7 | 全愛衛發（2004）3號 |
| 63 | 福建省泉州市 | 2004.12.15 | 全愛衛發（2004）7號 |
| 64 | 陝西省寶雞市 | 2005.4.6 | 全愛衛發（2005）3號 |
| 65 | 廣東省東莞市 | 2005.4.6 | 全愛衛發（2005）3號 |
| 66 | 廣西自治區桂林市 | 2005.9.6 | 全愛衛發（2005）7號 |
| 67 | 河南省鄭州市 | 2006.4.19 | 全愛衛發（2006）1號 |
| 68 | 浙江省諸暨市 | 2006.5.29 | 全愛衛發（2006）3號 |
| 69 | 山東省日照市 | 2006.7.13 | 全愛衛發（2006）5號 |
| 70 | 山東省壽光市 | 2006.7.13 | 全愛衛發（2006）5號 |
| 71 | 山西省長治市 | 2006.7.13 | 全愛衛發（2006）5號 |
| 72 | 甘肅省嘉峪關市 | 2006.7.13 | 全愛衛發（2006）5號 |
| 73 | 雲南省箇舊市 | 2006.7.13 | 全愛衛發（2006）5號 |
| 74 | 河北省遷安市 | 2006.7.13 | 全愛衛發（2006）5號 |
| 75 | 江蘇省宜興市 | 2006.7.13 | 全愛衛發（2006）5號 |
| 76 | 浙江省臨安市 | 2006.8.2 | 全愛衛發（2006）7號 |
| 77 | 河南省濟源市 | 2006.10.24 | 全愛衛發（2006）8號 |
| 78 | 江蘇省句容市 | 2006.11.1 | 全愛衛發（2006）9號 |
| 79 | 江西省南昌市 | 2006.11.21 | 全愛衛發（2006）11號 |
| 80 | 遼寧省瓦房店市 | 2007.1. 15 | 全愛衛發（2007）1號 |
| 81 | 浙江省桐鄉市 | 2007.3. 6 | 全愛衛發（2007）4號 |
| 82 | 江蘇省泰州市 | 2007.5. 17 | 全愛衛發（2007）6號 |
| 83 | 江蘇省淮安市 | 2007.5. 17 | 全愛衛發（2007）6號 |
| 84 | 新疆自治區昌吉市 | 2007.7. 16 | 全愛衛發（2007）8號 |
| 85 | 貴州省遵義市 | 2007.7. 18 | 全愛衛發（2007）9號 |
| 86 | 河南省滎陽市 | 2007.8. 27 | 全愛衛發（2007）11號 |
| 87 | 青海省格爾木市 | 2007.9. 4 | 全愛衛發（2007）13號 |
| 88 | 江蘇省南通市 | 2007.9. 5 | 全愛衛發（2007）14號 |
| 89 | 寧夏自治區銀川市 | 2007.9. 5 | 全愛衛發（2007）14號 |
| 90 | 河南省洛陽市 | 2007.12. 3 | 全愛衛發（2007）15號 |
| 91 | 山東省聊城市 | 2007.12.29 | 全愛衛發（2007）19號 |
| 92 | 山東省蓬萊市 | 2007.12.29 | 全愛衛發（2007）19號 |
| 93 | 江西省宜春市 | 2008.2.2 | 全愛衛發（2008）2號 |
| 94 | 廣東省廣州市 | 2008.3.20 | 全愛衛發（2008）5號 |
| 95 | 山東省濰坊市 | 2008.4.10 | 全愛衛發（2008）6號 |
| 96 | 黑龍江省大慶市 | 2008.4.29 | 全愛衛發（2008）7號 |
| 97 | 陝西省西安市 | 2008.5.6 | 全愛衛發（2008）8號 |
| 98 | 河南省鞏義市 | 2008.5.14 | 全愛衛發（2008）9號 |
| 99 | 四川省攀枝花市 | 2008.7.3 | 全愛衛發（2008）10號 |
| 100 | 浙江省嘉興市 | 2008.11.12 | 全愛衛發（2008）14號 |
| 101 | 湖北省宜昌市 | 2008.11.17 | 全愛衛發（2008）15號 |
| 102 | 吉林省長春市 | 2008.12.5 | 全愛衛發（2008）16號 |
| 103 | 河南省新鄉市 | 2008.12.15 | 全愛衛發（2008）19號 |
| 104 | 河南省許昌市 | 2008.12.15 | 全愛衛發（2008）19號 |
| 105 | 福建省漳州市 | 2008.12.29 | 全愛衛發（2008）20號 |
| 106 | 浙江省臨海市 | 2008.12.29 | 全愛衛發（2008）21號 |
| 107 | 浙江省建德市 | 2008.12.29 | 全愛衛發（2008）21號 |
| 108 | 江蘇省丹陽市 | 2009-1-19 | 全愛衛發（2009）2號 |
| 109 | 青海省西寧市 | 2009-9-29 | 全愛衛發（2009）5號 |
| 110 | 海南省三亞市 | 2009-10-9 | 全愛衛發 （2009）6號 |
| 111 | 吉林省敦化市 | 2009-10-27 | 全愛衛發 （2009）7號 |
| 112 | 四川省遂寧市 | 2009-11-10 | 全愛衛發 （2009）10號 |
| 113 | 浙江省金華市 | 2009-11-25 | 全愛衛發 （2009）11號 |
| 114 | 浙江省衢州市 | 2009-11-25 | 全愛衛發 （2009）11號 |
| 115 | 山東省龍口市 | 2009-12-9 | 全愛衛發 （2009）13號 |
| 116 | 江蘇省大豐市 | 2009-12-9 | 全愛衛發 （2009）14號 |
| 117 | 廣東省韶關市 | 2009-12-9 | 全愛衛發 （2009）15號 |
| 118 | 湖南省株洲市 | 2009-12-29 | 全愛衛發 （2009）16號 |
標準改革
衛生部疾控局愛衛辦組織專家2010年6月修訂了《國家衛生城市標準》和《國家衛生區標準》，提高了相關評選標準。
新版的《國家衛生城市標準》按照食品安全法的要求，對有關食品安全的內容進行了修訂，增加了建立健全食品安全全程監管、食品添加劑使用以及流動攤販的監管等方面的要求；鑒於新發傳染病的不可預知性，對有關傳染病防治內容進行了修訂，將原來“近兩年無甲、乙類傳染病暴發病情”等相關要求改為“近兩年沒有因防控措施不力導致甲、乙類傳染病暴發流行”等；考慮到我國經濟發展不平衡的情況，分二個檔次分別提高了市容環境衛生和環境保護中的垃圾、糞便和污水處理率的標準。
同時鑒於修訂後的《國家衛生城市標準》和《國家衛生區標準》中垃圾、糞便和污水處理率指標較原標準有一定提高，而處理設施建設投入較大，涉及規劃、設計、建設和投入等方方面面，周期較長，需要一定的調整區間。因此，修訂後的垃圾、糞便和污水處理率指標擬從2012年開始執行。
“新版標準參考了衛生防病形勢的變化和廣大民眾健康需求，使創建國家衛生城市活動更加與時俱進。”衛生部疾控局愛衛辦有關負責人說。
同時，愛衛辦還修訂了《國家衛生城市考核命名和監督管理辦法》，評審周期由兩年改為三年；赴考核城市現場工作由暗訪、技術評估、考核鑑定三個環節修改為暗訪、技術評估兩個環節，減少地方的負擔；由於命名周期延長，為保護地方“創建衛生城市”的積極性，命名程式由單數年申報、雙數年命名，改為第一、二年申報、第三年的第四季度集中命名。
