自體吞噬作用和自體吞噬基因在HCC的發展過程中具有某些重要的作用，但是這一機制一直沒被研究透徹。
吞噬作用(phagocytosis)
細胞吞噬感染的病毒、細菌或其它一些顆粒等稱為異體吞噬。溶酶體的吞噬作用是指外來的有害物質被吞入細胞後,即形成由膜包裹的吞噬小體(phagosome),初級溶酶體很快同吞噬體融合形成次級溶酶體,此時溶酶體中的底物是從細胞外攝取的,故為異噬性的溶酶體,在異噬性的溶酶體中吞噬物被酶水解；水解後,那些可溶性小分子可通過溶酶體膜進入胞質溶膠,為細胞再利用或成為廢物被排出。所以溶酶體的吞噬作用可保護細胞免受細菌與病毒等的侵染,是細胞的防禦功能所必需的。
多細胞的動物具有專門的吞噬細胞，即巨噬細胞(macrophages)和中性粒細胞(neutrophils)擔任機體中的保護防禦任務。
在細胞的吞噬過程中，如果吞進來的是液體則稱為吞飲作用，這種作用形成的內吞泡也是通過與溶酶體融合將液體中的物質水解。吞噬作用也是細胞獲取營養的一種方式,細胞通過內吞作用將一些營養物質包進內吞體,最後與溶酶體融合,在溶酶體酶的作用下,將吞進的營養物質消化形成可直接利用的小分子用於合成代謝。一些單細胞的生物更是靠吞噬作用來獲取營養。
吞噬作用也包括對衰老的、進入編程死亡的細胞的吞噬。如占成人細胞總數1/4的紅細胞僅能成活120天,因此人體每天必須清除大量衰老的紅細胞，這主要是靠吞噬作用即溶酶體酶的消化作用來完成。
自噬作用(autophagy)
自噬作用是普遍存在於大部分真核細胞中的一種現象,是溶酶體對自身結構的吞噬降解,它是細胞內的再循環系統(recyclingsystem)。
自噬作用主要是清除降解細胞內受損傷的細胞結構、衰老的細胞器、以及不再需要的生物大分子等。自噬作用在消化的同時，也為細胞內細胞器的構建提供原料，即細胞結構的再循環。因此,溶酶體相當於細胞內清道夫。
