總體目標
秦嶺植物園是陝西省人民政府批准成立的生物多樣性保護機構，是貫徹國家西部大開發戰略環境保護優先方針和落實國家批准的秦嶺生態功能保護區建設的重點優先項目。總體目標定位在生物多樣性保護、科研、教育和可持續發展，並採取就地保護和遷地保護相結合的方式,符合《聯合國生物多樣性保護公約》和大型植物園建設的先進潮流，符合《全國生態環境保護綱要》精神。
規劃方案
秦嶺植物園已經實現了陝西省政府、國家環境保護總局、中國科學院聯合共建體制，分別掛陝西省秦嶺植物園、國家環境保護總局秦嶺生態示範園、中國科學院秦嶺植物園的牌子。
秦嶺植物園的 規劃建設方案，堅持了高起點、高標準及與國際接軌的原則，其範圍適度，便於操作管理，建成後具有典型性、示範性及穩定性，社會效益、生態效益和經濟效益顯示度高，人們極易感知和共享。它將把生物多樣性保護和科學研究放在首位，注重生物知識和生態知識的創新及向民眾的普及，注重可持續發展，並適度開展回歸自然的生態旅遊，為提高中國人和地球人的生活品質及促進社會經濟 持續發展服務。
採取模式
秦嶺植物園採取遷地保護和就地保護相結合的模式，以植物保護為主，兼顧動物及微生物保護，注重建立生態流域的系統性和完整性，並推廣擴大到整個秦嶺巴山地區，為中國和世界的生態環境恢復與建設提供理論和實踐經驗，為實現最大全球生態環境效益做出貢獻。
建園目標
秦嶺植物園的建園目標是創建國際一流，因此本著展示與科研並重的宗旨，努力發展對外學術交流，與國內外大型植物園建立信息和經驗交流渠道，開拓合作研究關係。吸引國內外專家對該園的建設和管理獻計獻策，真正把秦嶺植物園建設成為開放性的國際一流水平的植物園和世界生物多樣性保護基地。
