真菌分類表，本列表使用NCBI所公告之真菌分類表為準。
以前的分類學家將真菌和細菌都列為植物，稱為菌類植物，但他們和植物相當不同，都是異養生物，現在的分類法傾向將它們獨立在動物和植物之外，各自單獨分為一個界。
子囊菌門 （Ascomycota）
外囊菌亞門 （Taphrinomycotina）
粒毛盤菌綱 （Neolectomycetes）
肺孢子菌綱 (Pneumocystidomycetes)
裂殖酵母綱 (Schizosaccharomycetes)
外囊菌綱 (Taphrinomycetes)
- 原囊菌目 (Protomycetales)
外囊菌目 (Taphrinales)
棒囊菌目 (Coryneliales)
梭絨盤菌目 (Medeolariales)
菌粉衣目 (Mycocaliciales)
小核衣目 (Pyrenulales)
盤菌亞門 (Pezizomycotina)
星裂菌綱 (Arthoniomycetes)
- 星裂菌目 (Arthoniales)
刺盾炱綱 (Chaetothyriomycetes)
座囊菌綱 (Dothideomycetes)
- 煤炱目 (Capnodiales)
座囊菌目 (Dothideales)
縱裂菌目 (Hysteriales)科 (Mytilinidiaceae)假黑粉霉屬 (Sirodesmium)
目 (Jahnulales)
多腔菌目 (Myriangiales)
膠皿菌目 (Patellariales)
格孢菌目 (Pleosporales)
散囊菌綱 (Eurotiomycetes)
蟲囊菌綱 (Laboulbeniomycetes)
- 蟲囊菌目 (Laboulbeniales)
茶漬綱 (Lecanoromycetes)
微孢衣亞綱 (Acarosporomycetidae)
- 微孢衣目 (Acarosporales)
茶漬亞綱 (Lecanoromycetidae)
厚頂盤菌亞綱 (Ostropomycetidae)
錘舌菌綱 (Leotiomycetes)
李基那地衣綱 (Lichinomycetes)
- 李基那地衣目 (Lichinales)
圓盤菌綱 (Orbiliomycetes)
- 圓盤菌目 (Orbiliales)
盤菌綱 (Pezizomycetes)
- 盤菌目 (Pezizales)馬鞍菌科 (Helvellaceae)
羊肚菌科 (Morchellaceae) - 羊肚菌
肉盤菌科 (Sarcosomataceae)
肉杯菌科 (Sarcoscyphaceae)
塊菌科 (Tuberaceae)
側盤菌科 (Otideaceae)
盤菌科 (Pezizaceae)
糞盤菌科 (Ascobolaceae)
平盤菌科 (Discinaceae)
火絲菌科 (Pyronemataceae)
地菇科 (Terfeziaceae)
糞殼菌綱 (Sordariomycetes)
- 美球菌目 (Calosphaeriales)
路霉目 (Lulworthiales)
小煤炭菌目 (Meliolales)
黑痣菌目 (Phyllachorales)
假毛球殼目 (Trichosphaeriales)
肉座菌亞綱 (Hypocreomycetidae)
- 冠囊菌目 (Coronophorales)
海殼菌目 (Halosphaeriales)
肉座菌目 (Hypocreales)麥角菌科(Clavicipitaceae)- 冬蟲夏草
小囊菌目 (Microascales)
糞殼菌亞綱 (Sordariomycetidae)
- 團殼菌目 (Boliniales)
目 (Chaetosphaeriales)
目 (Coniochaetales)
間座殼菌目 (Diaporthales)
長喙殼菌目 (Ophiostomatales)
糞殼菌目 (Sordariales)
目 (Spathulosporales)
炭角菌亞綱 (Xylariomycetidae)
酵母菌亞門 (Saccharomycotina)
酵母綱 (Saccharomycetes)
擔子菌門 (Basidiomycota)
異擔子菌綱 (Heterobasidiomycetes)
異擔子菌亞綱 (Heterobasidiomycetidae)
- 木耳目 (Auriculariales)木耳科(Auriculariaceae)木耳屬(Auricularia)木耳(Auricularia auricula-judae)
皺木耳(Auricularia delicata)
褐黃木耳(Auricularia fuscosuccinea)
氈蓋木耳(Auricularia mesenterica)
毛木耳(Auricularia polytricha)
象牙白木耳(Auricularia eburnea)
黑耳科(Exidiaceae)
明目耳科(Hyaloriaceae)
花耳目 (Dacrymycetales)科(Cerinomycetaceae)
花耳科(Dacrymycetaceae)
蠟殼耳目 (Sebacinales)蠟殼耳科(Sebacinaceae)
銀耳亞綱 (Tremellomycetidae)
- 目 (Christianseniales)科 (Christianseniaceae)
目 (Cystofilobasidiales)科 (Cystofilobasidiaceae)
線黑粉菌目 (Filobasidiales)線黑粉菌科(Filobasidiaceae)
銀耳目 (Tremellales)科(Aporpiaceae)
鏈擔耳科(Sirobasidiaceae)
銀耳科(Tremellaceae)
絲孢酵母目 (Trichosporonales)
同擔子菌綱 (Homobasidiomycetes)
- 傘菌目 (Agaricales)蘑菇科（Agaricaceae ）
鵝膏菌科（Amanitaceae）
糞銹傘科（Bolbitiaceae）
牛肝菌科（Boletaceae）
鬼傘科（Coprinaceae）
絲膜菌科（Cortinariaceae）
靴耳科（Crepidotaceae）
粉褶菌科（Entolomataceae）
鉚釘菇科（Gomphidiaceae）
蠟傘科（Hygrophoraceae）
環柄菇科(Lepiotaceae)
網褶菌科（Paxillaceae）
側耳科（Pleurotaceae）
光柄菇科（Pluteaceae）
紅菇科（Russulaceae）
裂褶菌科（Schizophyllaceae）
球蓋菇科（Strophariaceae）
口蘑科（Tricholomataceae）- 香菇 (Lentinus Edodes)
- 多孔菌目 (Aphyllophorales)地花菌科(Albatrellaceae)
科(Atheliaceae)
耳匙菌科(Auriscalpiaceae)
刺孢多孔菌科(Bondarzewiaceae)
絨柄革菌科(Boreostereaceae)
革菌科(Coriolaceae)
伏革菌科(Corticiaceae)
科(Cystostereaceae)
雲片衣科(Dictyonemataceae)
科(Epitheliaceae)
牛舌菌科(Fistulinaceae)
白肉迷孔菌科(Fomitopsidaceae)
靈芝科(Ganodermataceae)
褐褶菌科(Gloeophyllaceae)
科(Grammotheleaceae)
彩孔菌科(Hapalopilaceae)
絲毛伏革菌科(Hyphodermataceae)
茸瑚菌科(Lachnocladiaceae)
柔韌菇科(Lentinaceae)
薄孔菌科(Meripilaceae)
皺皮菌科(Meruliaceae)
科(Phanerochaetaceae)
柄杯菌科(Podoscyphaceae)
多孔菌科（Polyporaceae）
科(Pterulaceae)
裂褶菌科(Schizophyllaceae)
科(Sistotremataceae)
齒耳菌科(Steccherinaceae)
科(Tubulicrinaceae)
科(Xenasmataceae)
- 牛肝菌目 (Boletales)牛肝菌科(Boletaceae)
硬馬勃科(Sclerodermataceae)
須腹菌科(Rhizopogonaceae)
粉孢革菌科(Coniophoraceae)
科(Diplocystaceae)
腹孢菌科(Gastrosporiaceae)
擬蠟傘科(Hygrophoropsidaceae)
科(Leucogastraceae)
乾腐菌科(Serpulaceae)
- 鳥巢菌目 (Nidulariales)鳥巢菌科(Nidulariaceae)
彈球菌科(Sphaerobolaceae)
鬼筆目 (Phallales)籠頭菌科(Clathraceae)
鬼筆科(Phallaceae)
韌革菌目 (Stereales)
革菌目 (Thelephorales)革菌科(Thelephoraceae)
鏽菌綱 (Urediniomycetes)
亞綱 (Agaricostilbomycetidae)
- 目 (Agaricostilbales)
微球黑粉菌亞綱 (Microbotryomycetidae)
- 目 (Cryptomycocolacales)
目 (Heterogastridiales)
白冬孢酵母目 (Leucosporidiales)
微球黑粉菌目 (Microbotryales)
鎖擲酵母目 (Sporidiobolales)
鏽菌亞綱 (Urediniomycetidae)
黑粉菌綱 (Ustilaginomycetes)
亞綱 (Entorrhizomycetidae)
- 目 (Entorrhizales)
外擔子菌亞綱 (Exobasidiomycetidae)
- 實球黑粉菌目 (Doassansiales)
葉黑粉菌目 (Entylomatales)
外擔子菌目 (Exobasidiales)
目 (Georgefischeriales)
目 (Malasseziales)
目 (Microstromatales)
腥黑粉菌目 (Tilletiales)
黑粉菌亞綱 (Ustilaginomycetidae)
壺菌門 (Chytridiomycota)
- 芽枝菌目 (Blastocladiales)
壺菌目 (Chytridiales)
單毛菌目 (Monoblepharidales)
目 (Neocallimastigales)
小壺菌目 (Spizellomycetales)
球囊菌門 (Glomeromycota)
球囊菌綱 (Glomeromycetes)
接合菌門 (Zygomycota)
毛菌綱 (Trichomycetes)
接合菌綱 (Zygomycetes)
- 雙珠霉目 (Dimargaritales)雙珠霉科(Dimargaritaceae)
內囊霉目 (Endogonales)內囊霉科(Endogonaceae)
蟲霉目 (Entomophthorales)新月霉科(Ancylistaceae)
擔子霉科(Basidiobolaceae)
蟲霉科(Entomophthoraceae)
科(Neozygitaceae)
梳霉目 (Kickxellales)梳霉科(Kickxellaceae)
被孢霉目 (Mortierellales)被孢霉科(Mortierellaceae)
毛霉目 (Mucorales)刺枝霉科(Chaetocladiaceae)
笄霉科(Choanephoraceae)
小克銀漢霉科(Cunninghamellaceae)
吉爾霉科(Gilbertellaceae)
毛霉科(Mucoraceae)
科(Mycotyphaceae)
水玉霉科(Pilobolaceae)
輻枝霉科(Radiomycetaceae)
瓶霉科(Saksenaeaceae)
共頭霉科(Syncephalastraceae)
枝霉科(Thamnidiaceae)
捕蟲霉目 (Zoopagales)卷頭霉科(Helicocephalidaceae)
頭珠霉科(Piptocephalidaceae)
科(Sigmoideomycetaceae)
捕蟲霉科(Zoopagaceae)
