簡介
真實遺傳分離現象
換句話說，真實遺傳產生與雙親表現型相同的子代的現象。通常就所研究的性狀而言，雙親均為表現型相同的純合子，於是雙親的性狀在後代就能穩定遺傳，即子代中不出現性狀分離現象。例如孟德爾做自花授粉植物豌豆花色的雜交試驗時，選用開白花豌豆品系，其開白花性狀能累代穩定遺傳，開紅花的純種豌豆品系也能累代穩定遺傳。這是因為開紅花的純種品系與開白花品系的基因型分別為CC與cc，均為純合子。對於小麥、水稻等自花授粉作物，某植株一旦表現出隱性性狀，就能真實遺傳，這是因為該植株的基因型必定為隱性基因的純合子。
遺傳標記
真實遺傳由於存在基因突變、送檢檢材降解、污染以及所用試劑的條件差異，可能引起的親代和子代的某個位點不符合孟德爾遺傳定律。這種情況下不能簡單的將其判斷為不具有，而應多方面去分析其產生的原因，通過分子遺傳學分析，在親權鑑定中，3個以上STR基因座不符合遺傳規律時，可排除親子關係；當1或2個STR基因座不符合遺傳規律時，增加檢測手段，仍未發現新的不符合遺傳規律的遺傳標記，且RCP值大於99.99%的，可以肯定親子關係。
分子遺傳學
根據孟德爾遺傳的分離和自由組合定律，親代基因型決定子代基因型，他們之間基因型關係如表1所示。在沒有基因突變、分型錯誤的前提下：①孩子的一對等位基因必定是一個來自父親，一個來自母親；②孩子不可能帶有雙親均沒有的等位基因。這兩點是親權鑑定的基本原理。也就是說，在肯定孩子的某個等位基因為生父基因，而假設父並不帶此等位基因時，不能排除他為孩子的生父。對於父系遺傳的Y染色體，子代的分型必定與父親的相同，而且同一父系的所有個體的分型一致；對於母系遺傳的線粒體DNA，子代的分型必定與母親的相同，而且同一母系的所有個體的分型一致。僅根據上述遺傳定律假設父與孩子之間在一個遺傳標記上不符合遺傳規律就可以排除其父子關係，但由於突變等多種原因的存在，一個基因座不符合遺傳規律，可能是由突變等原因造成的，而且有文獻已報導在真實的家系中存在兩個遺傳標記的突變，因此一個遺傳標記的不符不能否定其親緣關係。
錯誤
DNA複製中的錯誤在DNA合成過程中，如果形成了一個不配對的鹼基對（比如A-C）則引起鹼基替換，從而引起DNA複製中的錯誤。DNA中的每種鹼基可有幾種形式，稱為互變異構體，這些異構體中原子的位置之間的鍵有所不同。例如一般的腺嘌呤的氨基形成可以轉變成稀有的亞氨基形成。氨基態的腺嘌呤只和胸腺嘧啶配對，但變成亞氨基大放異彩事，在複製時可以和胞嘧啶配對，形成A-C。再複製形成的子代DNA分子中就可由G-C替換了原來的A-T。這種互變異構可以在DNA複製中自發發生。其具體包括轉換、顛換、移碼突變以及缺失和重複。
