發展歷史
1984年11月-1987年3月，由中國科學院水生生物研究所的原淡水生態學研究室、魚類育種研究室、環境生物學研究室的部分研究人員和技術室的技術人員，整合部分科研儀器設備等資源配置籌建“淡水生態與生物技術實驗室”，編制25人。1987年4月-1989年10月，由原國家計畫委員會投資基本建設經費550萬元，建設“淡水生態與生物技術開放研究實驗室”，1987年8月建成並通過中國科學院組織的專家論證。1989年10月正式向國內外開放運行。
1993年經原國家計委組織的專家評審，授予良好實驗室，同年更名為“淡水生態與生物技術國家重點實驗室”。劉建康院士任第一屆實驗室主任，黎尚豪院士任第一屆實驗室學術委員會主任。聶品研究員現任實驗室主任（2011年 ）
隊伍建設
先後有5位中國科學院院士在本實驗室工作過，國家傑出青年基金獲得者5人，973計畫首席科學家4人。現有固定人員35人（其中研究人員27人，管理人員2人、技術支撐人員6人）。流動人員約230餘人（其中包括碩士生、博士生、博士後、客座研究人員10餘人。每年新註冊的碩士生和博士生110多人）。學科計畫
科技目標
根據國家科技發展方針和國家需求，在不同層次和尺度上揭示地球上三大生態系統之一的淡水生態系統中的生命活動規律，探討資源可持續利用的生態學原理，發展與漁業和環境生物技術相關的遺傳學、發育生物學和生物信息學研究，不斷發展和深化本領域的前沿研究，建立具有中國特色的、在國際學術界具有重要影響的淡水生態和生物技術的基礎理論和實驗方法。主要學術方向
探討環境因子，特別是人類活動對淡水生態系統的結構與功能的影響，揭示水體污染的機制、危害並提出防治對策，為淡水資源的保護和持續利用提出理論基礎；開發生物技術，致力於漁業和環境生物技術相關的遺傳學、發育生物學和生物信息學研究，探討建立新型、高效、健康和持續發展的漁業模式，為水環境和水資源保護提供理論和技術支撐。主要研究領域
湖泊生態學：淡水生態系統的結構與功能，藍藻水華的發生機制和控制技術漁業生態學：水生經濟動物營養及健康養殖，低等脊椎動物的比較免疫和水產動物病害控制
水質管理與生態毒理：受損水生態系統恢復與重建，持久性有毒有機污染物的生態環境效應
魚類基因工程：基因克隆與轉基因魚生物安全，魚類功能基因組及其功能解析
魚類細胞工程：魚類生殖和發育的分子遺傳基礎，魚類性別控制、種群遺傳和資源利用
藻類生物學與生物技術：藻類基因組和蛋白組的功能解析，藻類遺傳及資源利用
