水軍，“水軍”自古以來被分別稱警固眾，海賊眾，船手眾。
“警固眾”最早發源於海邊土豪的僱傭勢力，當時的土豪為了讓自己的船舶不被海賊襲擊，就僱傭擁有武裝的船隻作為護衛。雖然警固眾和海賊眾是對立存在的，但是同屬於海上武裝勢力的他們的出身也許完全一樣，有不少警固眾其實就是被豪族、大名僱傭的海賊。
而“船手眾”則相對正式一些，他們完全從屬於某一大名，或就是大名的家臣，作為其水上勢力而存在。是日本近代海軍的前身。
“三十日，風雨交加的夜晚。聽說有海賊的出現，船隻連夜起程，向阿波行駛。在夜色中，大家慌張地向西面張望，男男女女都向神佛祈求一路能夠平安……。”紀貫之的《土佐日記》這樣記載道。
平安時代的歌人紀貫之在文中描述的讓旅人們大為恐慌的“海賊”和陸地上的山賊一樣，都是武裝掠奪者集團。他們多數是生活在海島上的居民，平時從事的是漁業和貿易活動，但是在暗中進行著海盜襲擊的行為。
然而 “海賊”這個名稱在後世逐漸改變了它原來的含義。從室町前期到戰國時代，“海賊”不再是一種蔑稱，不少海上軍事勢力首領紛紛自稱為“海賊大將”。甚至出現了象九鬼嘉隆這樣的“海賊大名”。
水軍陣型
水軍作戰的主要陣型有：
•平常時船隊編成
通常，船隊前進時，以大將船為中心，編有前衛船隊，左右中衛船隊、左右後衛船為戰鬥時 展開隊形作準備。
通常稱為大三角形陣。
•“鶴翼之備”
顧名思義，這是個象鶴翼一樣張開的陣形，屬於攻擊型陣形。避開敵人的先段中央精銳部隊，而從兩側包抄，向敵人後方迂迴。如果必要的話，還會在左右兩翼配置若干游擊軍船。
通常稱為四角形陣。
•“方圓之備”
“水乃方圓之器”，可以根據不同的容器改變自己的形狀。所謂方圓之備就是大小艦船混雜的無形陣。說其無形，實卻有型，指揮官可以根據敵人攻擊形態來隨機應變，調整自己的陣型。
通常稱為輪形陣。
•“雁行之備”
以少數精銳部隊首先突擊進入敵人的船陣，然後梯次攻擊，這個陣形就象大雁飛行時的隊伍，是最常用的隊形之一，變化多樣，可以根據敵人的攻擊隊型而迅速轉為其他隊形。
根據旗艦的位置又被稱為梯形陣。
•“魚鱗之備”
準備突破敵人中央隊型的陣形。這個隊形攻擊時左右張開，從正面、左右三個方向同時發動攻擊。根據旗艦的位置又被稱為矛鋒形陣。
水軍船隻
日本水軍船首和船尾設有總矢倉，以厚板為裝甲的大型艦船。在木板裝甲間，開有矢或鐵炮的射擊口。為指揮官所乘坐的船。
安宅船的船首和船尾皆以盾板為裝甲，設定有弓和鐵炮射擊的狹間（銃眼），前後左右都沒有死角。在靠近敵船以後，還可以以盾板外側接舷，放下船橋登上敵人的船隻，開展接舷戰。船底也設立很多單獨的防水隔倉，船體的一部破損浸水後，不會殃及其他部分，船隻仍可以繼續作戰。
當時主要以人力劃漿為船隻的首要動力，大型的安宅船最多有百名劃漿手。在船上還可以配置大筒（界於鐵炮和大炮之間的大型火藥武器）。這種攻擊力、防禦力均很優秀的艦船又被美稱為“海上之城”。
戰國時代是安宅船發展到頂峰的時期。當時最小的安宅船排水量一般有五百石左右，而通常的排水量在一千石到二千石之間。槳數根據船的大小不同，從50到160不等。在船體內的部分占大槳的六分之一左右。船首裝備箱形龜甲型裝甲，大筒安置與正面，便於炮擊。織田信長在元龜四年（1573）於琵琶湖畔建造大安宅船。根據《信長公記》記載，船長三十間，寬七間，100隻槳。當時，因為進攻本願寺而慘敗給毛利水軍，於1578年信長命令九鬼嘉隆建造六艘安宅船史上最有名的鐵甲船，這算是當時最大的重裝備巨艦，裝備有大炮３門，除了以鐵甲包裹水面部分來防止火攻以外，還設計有防止攀艦的鐵齒。可是信長統一天下的後繼者，無論是秀吉還是家康對水軍都不夠重視，安宅船發展緩慢。文祿，慶長之役時，日本侵略軍的水軍顯然在裝備上遜於朝鮮水軍。
•關船
又被成為“早船”（快船）。是一種相對快速的艦船。整體的裝甲輕量化，行動輕快，機動靈活。
中古時期海賊眾常常在海上的要所設立關所，向通行過往的船收取通行稅，關船總是從事這種攔截船隻的海盜任務，因此得名。
為了要求過往船隻支付通行稅，就要追擊船舶，這樣關船就被設計為重視速度。在戰國時代，關船被用來作為主要的作戰船隻。
關船通常有40～50支槳，船首尖銳，船體細長。關船周圍的盾板不象安宅船的裝甲那樣厚，常常以竹子為盾板。如果把安宅船比作戰列艦的話，關船擔任的就是巡洋艦的角色，機動力優秀。
•小早
小型化的早船（關船），基本沒有裝甲。比關船更加輕快機動。
小早船的槳一般在14～30支左右，在船隊中擔當驅逐艦的任務。防禦力相對較弱，裝備簡易。以武士搭乘接展開接舷戰為主，在海上機動。也從事偵察、連絡等工作。全長約11米。
•荷船
運輸兵員或者兵糧的船隻。
•井樓船
關船或者荷船的船樓較高者，除了瞭望還有種用途是用來狙擊安宅船上的指揮官。
這些船隻，以安宅船為中心組成船隊。船隊的行動以太鼓或軍配、炮音、燈火等作為信號，決定陣形，統一行動。
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