隠岐水軍是活躍在西日本海沿岸的水軍。因為大都以隠岐島為中心活動而得名。西日本海域的海賊活動，尤其以因幡，但馬、丹後附近海域最為眾多。
文明四年（1472），在尼子清貞和出雲守護京極氏遞交上京都的書狀等處記載，在“但馬網懸津”，海賊襲擊掠奪了若狹國山根彥右衛門的船隻。（根據《佐々木文書》佐々木寅介蔵本）。
弘治元年（1555），得到山名氏支持的因幡、但馬國海賊的數百艘船襲擊了出雲海岸線的數處，被當時尼子家的美保關守衛湯原春綱擊退。（根據《萩藩閥閱錄》）。
大永六年（1526），丹後的海賊襲擊了若狹國的數處海岸，搶奪資材，並且四處放火（根據《羽賀寺文書》）。在十年間，若狹的小浜、田浦等地都曾經遭受過襲擊。這些記錄，至少反映了當時西日本海沿岸海賊活動的一個側面。
這些發源於丹後的海賊又稱做隠岐水軍。其代表人物中，最有名要數奈佐日本之助（????~1581）。奈佐氏是鎌倉時代初期的朝倉高清後嗣。因為定居在但馬國奈佐鄉擴張自己的勢力而得名。奈佐日本之助，就是此奈佐一族的後裔。先是，丹後、但馬的漁民因為長期受到海賊的騷擾，便自發的武裝村落，抵抗海賊。然而後來這些武裝漁民的界限也漸漸和海賊模糊了。
永祿十二年（1569），尼子復興軍乘毛利氏在山陰地區軍事的空白，準備重新奪回舊有的領地。復興軍的棟樑山中鹿之介便請求奈佐日本之助的水軍幫助，得到了他的答應。六月十三日，日本之助帶領船數百艘，從但馬出發，經隠岐島，把尼子軍團向出雲忠山輸送。這支輸送船隊，主要就由丹後、但馬的漁民構成，日本之助擔當了輸送的指揮官。1570年又率領水軍攻擊滿願寺城。但是尼子再興軍終於還是失敗了。1573年，山中鹿之介退出因幡，奈佐日本之助降伏了吉川元春。之後，隠岐水軍構成毛利軍山陰海上軍事力量的重要一角。
天正九年（1581）在羽柴秀吉軍的乾殺戰術下，鳥取開城。秀吉為了消除毛利家在西日本海上對他的軍事存在隱患，找了個理由，說“奈佐日本助是海賊魁首，年年襲擊往來船隻，惱亂萬人、惡逆無道。”要追究其海賊行為，最終逼迫日本之助在丸山城自刃（根據《陰徳太平記》）。隠岐水軍從此不復存在。
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