概念解析
《稅法原理》綜上，可以看出，不論文字表述有何不同，學者們的觀點基本可以概括為：實質課稅原則是運用在當“形式”（外觀）與“實質”（事實）不一致的時候，根據“實質”，而非“形式”，判斷一行為是否符合課稅要素，進而適用稅法進行課稅。但是，關於什麼是“實質”這個關乎此原則的適用範圍的重要問題上，卻並沒有一個定論。日本學者金子宏就認為，“實質”應當是指“法的實質”。亦即若一行為的事實關係和法律關係不一致時，不應僅就其外觀形式進行判斷，而是應當通過外觀形式，對其實質進行本質上的分析和評判，從而進行課稅。這就好比一個個體經營戶，把自己的經營實體冠以公司之名，而實際上也只就其經營所得繳納所得稅，而不涉及法人的雙重徵稅問題。而事實上，這種“法的本質”說，在其他部門法中也有體現。比如民法中“名為聯營，實為借貸”的情況，以及公司法中“刺破公司面紗”制度等等，均是針對事實關係與法律關係發生不一致時的評判標準。也就是說，這是很多部門法的通則，並非稅法獨有。如果按照此種意義上的“實質”來理解實質課稅原則，實際上是否認了其存在的特殊意義。故我認為採用“經濟實質”來定義“實質”的內涵更為妥當。
理論瓶頸
納稅稅收法定原則是伴隨著近代稅法的產生而產生的，發展至今已成為稅法最基本的原則。稅收法定原則指：稅法主體的權利義務必須由法律加以規定，稅法的各類構成要素皆必須且只能由法律予以明確規定；征納主體的權利義務只以法律規定為依據，沒有法律依據，任何主體不得徵稅或減免稅收。它具體包括以下三個原則：課稅要素法定原則、課稅要素明確原則和依法稽徵原則。其中，課稅要素法定原則要求課稅要素必須且只能由議會在法律中加以規定，即只能由狹義上的法律來規定稅收的構成要件，並以此確定主體納稅義務的有無及大小。也就是通常所說的“議會保留原則”或“法律保留原則”。而課稅要素明確原則是指由議會在法律中加以規定的課稅要素必須做到儘量明確，以避免行政機關在稅收要素的確定方面擁有自由裁量權。依法稽徵原則則是在前面兩個原則的前提下，稅收行政機關必須嚴格按照法律規定稽核徵收，而不得隨意變動法定的課稅要素和徵收程式。
(二)從已開發國家（地區）實踐看實質課稅原則與稅收法定原則的協調並存
在實踐中，上述利益集團的博弈結果往往是在不同的歷史階段形成不同形式的妥協。表現在不同的法律和規則的制定過程中，從而體現對不同利益的協調和平衡。由於大多數國家都將稅收法定原則作為一個憲法原則或者精神規定在憲法或基本法中，在各個時期都是穩定不變的。故這種協調和平衡多體現在實質課稅原則的地位變遷上。
實踐障礙
稅收相關法律（一）稅法與私法的關聯
稅法隸屬於公法範疇，調整的是與國家公權力運作相關領域的問題。其與調整平等主體間人身、財產關係的私法有著本質的區別。但是，與刑法、行政法這些傳統的公法不同，由於稅收問題是以私人的經濟生活關係的產生和存在為前提或契機而產生和存在的，因此，課稅原因事實，原為私法上的經濟行為或事實，當事人首先須受民法及其特別法規範。稅法所賦予的納稅義務及協力義務，是第二次規範。在稅法的發展歷史上，就作為第二次規範的稅法是否應受作為第一次規範的私法（主要是民法）的約束而不容逾越，學術界有著不同的見解。一般而言，有著“民法優先說”、“稅法獨立說”和“價值權衡說”三種。
（二）實質課稅原則與私法行為效力
從上文的分析可以看出，稅法和私法在對同一行為進行規制的時候，難免會出現適用上的衝突。而這種衝突則集中體現在實質課稅原則的運用上。如前所述，對廣義的對實質課稅原則運用的理解中包含的五項內容，幾乎都涉及與私法效力的衝突。總體說來可以分為兩類：一是根據私法上的意思自治原則所為的行為不具有稅法效力的情形。代表情形為避稅行為在稅法上的效力問題。另一類是不具有私法效力的行為具有稅法上效力的情形。比如無效法律行為、違法或違反善良風俗行為等滿足課稅要件的情形。這一類又可以總稱為不合法行為滿足課稅要件的情形。正是與私法行為效力的衝突問題，在成為實質課稅原則作用發揮的最大舞台的同時，也成為了其遭受反對的另一個原因。
1、具有私法效力的行為在稅法上的否定——以避稅行為為例
避稅，即稅收規避的簡稱。對此概念的界定，迄今在各國的稅法上尚無明文規定。不論是理論界和實務界還是各國的立法評判，均存在較大的分歧。一般認為，避稅概念有廣義和狹義之分。廣義上認為避稅分為正當避稅（合理節稅、稅收籌劃）和不正當避稅。其中不正當避稅即為狹義上的避稅。國際財政文獻局1988年出版的《國際稅收辭彙》中對其作出了如下解釋：“避稅一詞，指以合法手段減少其納稅義務，通常含有貶義。例如，該詞常用以描述個人或企業，通過精心安排，利用稅法的漏洞、特點或其他不足之處來鑽營取巧，以達到避稅的目的。”避稅行為的特點在於納稅人利用私法自治、契約自由原則對於法律形式的形成可能性，在欠缺合理理由的情況下，而選擇與經濟交易的常規形式相異的法律形式，達成與通常交易形式同一的經濟結果，同時因規避了對應於通常使用的法律形式的課稅要件，以達到實現減輕或排除稅收負擔的目的。
2、不合法行為的課稅問題
由於稅法對私法效力進行稅法上的否定性評價引發的衝突。實踐中，還有一種情況，就是私法上認為沒有法律效力的行為，稅法上卻對其課稅的情形。即對不合法行為的課稅問題。嚴格說來，“不合法”行為包括違法行為和法律未予規定的行為兩類。其中，違法行為又可分為以下兩類，一是此行為在法律性質上即為違法，例如偷盜、貪污、索賄等行為，這些行為一旦查實，其產生的全部經濟後果應返還給國家、集體及相關受害者所有；另一種情況是行為在法律性質上是合法的，但在行為發生中因目的、程式、方法等非法而導致該項具體經濟行為違法，例如出售假冒偽劣產品、不辦理工商執照登記即進行生產經營等行為，這些行為所產生的經濟後果可能要求全部返還，也可能允許當事人保留一部分[25]。而法律未予規定的行為是指此行為未在法律上予以確定定性，即我們常說的法律的“灰色地帶”。這些行為產生的經濟後果同樣未在法律上予以規定。如前段時間引起較大反響的對“三陪小姐”收入的認定問題，以及最近炒得沸沸揚揚的對擇校費進行徵稅的問題。
和諧與統一
實質課稅原則從其產生之初，似乎就與“衝突”二字如影隨形。但不論是與稅法最高原則的撞擊，還是與私法效力的博弈，都沒有影響其在實踐中旺盛的生命力，反而一次次確證了其存在的價值。這本身就說明，實質課稅原則的存在不僅僅是一種妥協的產物，在衝突的背後，其與現代稅法以及私法理念，有著內在的契合與統一，它們的交點，就在於對公平正義的法律價值的追求。
正義作為社會的道德價值，對法律具有評價作用。亞里士多德把正義分為分配正義和校正正義。在分配正義領域，對不同的人給予不同的對待，對相同的人給予相同的對待，就是正義。而作為調整社會財富分配重要手段的稅法中，也規定了一項基本原則，與亞里士多德“分配正義”的觀點不謀而合。這就是稅收公平原則。在現代各國的稅收法律關係中，所有納稅人的地位都是平等的，因此，稅收負擔在國民之間的分配也必須公平合理。體現為橫向公平與縱向公平。其中，橫向公平是指處於同等經濟狀況的人應納同等的稅收；縱向公平是指具有不同經濟能力的人，則負擔不同的稅收。
如果說稅收法定原則是用法律的明文規定保證了處於同等經濟情況的人，不會因為行政機關的自由裁量權泛濫而受到不平等的待遇，那么，實質課稅原則則是從強調按照經濟實質進行課稅的角度出發，保證了給予不同經濟能力的人差異性的待遇。從這樣就在橫向層面和縱向層面對稅收公平作了比較全面的保障。
追根溯源，實質課稅原則和稅收法定原則之所以表現出表面上的衝突，正是因為它們體現的是公平正義的不同側面。稅收法定原則體現的是社會整體的公平在法律保留原則的保護下，免受國家公權力的恣意侵犯。而實質課稅原則就及時補正了在關注權利普遍性的同時，對特殊情況的忽略；稅收法定原則體現的是形式正義的要求，也就是保證在相同的情況下相同的行為得到相同的對待。而實質課稅原則則及時彌補了對形式正義僵化適用的不足，強調了根據實際多變的情況，在相同情況下對有特殊性的行為予以差別處理。這種“整體——個體”；“形式——實質”的區別，實際上就是“原則——例外”的表現，雖然看似南轅北轍，但實際卻殊途同歸到“公平正義”這一個統一的命題上。同樣，在公平原則的語境下探討實質課稅原則和私法效力的衝突問題，我們也不難發現，運用實質課稅原則，判定依私法上的意思自治原則所為的行為不具有稅法效力，以及判定不具有私法效力的行為具有稅法上效力的情形，實際上就是一種稅法的解釋方法。而這種解釋方法，與民法規範中“著重目的論”的解釋方法有著異曲同工之妙。當然，二者的最終目的，也是達到法律的終極價值追求——公平正義。
在現代社會經濟關係變得日益複雜的現實面前，稅法的責任不再是單純的一味強調限制國家權利，以保護納稅人權益。而是應當在保障國家稅源和維護納稅人利益之間綜合考慮，注重達到良好的社會效果，從而符合現代法治國家追求實質正義的精神與稅法本身的立法宗旨。這也是實質課稅原則得到越來越多地承認的現實原因。但同時也應當看到，在運用實質課稅原則對稅收法定原則的欠缺進行填補的時候，必須對其進行必要的限制。比如在運用其進行法律解釋時，必須探究立法精神，且不得超越法律文本字面可能的含義；運用其進行事實認定時，必須要求行政機關負更高的舉證責任等等。
惟有如此，實質課稅原則才能在稅收公平原則的理論平台上健康發展，在稅收法定主義的基本框架下靈活運用，為經濟的良好運行和社會的和諧發展做出應有的貢獻。
