1982年 獲北京協和醫科大學碩士
1991年 獲美國EMORY大學博士
1996年 美國紐約愛因斯坦學院博士後
1997年 美國國立衛生研究院高級訪問科學家
現為四川大學華西基礎醫學院教授、博士導師
2005年12月31日,新語絲揭發丘小慶發表在《Nature Biotechnology》上的“An engineered multidomain bactericidal peptide as a model for targeted antibiotics against specific bacteria”一文造假。並被稱為“中國的黃禹錫”，一時間網路傳媒沸沸揚揚。丘小慶教授對指控予以否認，並對誹謗其造假的新語絲（方舟子創辦的網站）作者提起訴訟並勝訴。
2007年，丘小慶再次在《nature biotechnology》上發表《Small antibody mimetics comprising two complementarity-determining regions and a framework region for tumor targeting》一文。
方舟子學術打假記錄
| 時間 | 涉及人員 | 事件 | 時間 | 涉及人員 | 事件 |
| 2000年9月 | 楊池明 | 楊池明事件 | 2004年7月 | 薛涌 | 薛涌事件 |
| 2000年8-9月 | 陳曉寧 | 基因皇后事件 | 2004年10月 | 丁祖詒 | 西安翻譯學院美國排名事件 |
| 2000年11月 | 斯德誼 | 北航抄襲事件 | 2005年 | 夏建統 | 夏建統事件 |
| 2001年11月 | 吳征 | 吳征假文憑事件 | 2005年12月 | 潘知常 | 潘知常事件 |
| 2002年1月 | 王銘銘 | 王銘銘剽竊事件 | 2005年12月 | 丘小慶 | 丘小慶事件 |
| 2003年 | 陳進 | 漢芯造假門 | 2006年1月 | 朱蘇力 | 朱蘇力招生事件 |
| 2003年1月 | 顧冠群 | 顧冠群事件 | 2006年3月 | 魏於全 | 魏於全事件 |
| 2003年5月 | 汪丁丁 | 汪丁丁事件 | 2006年8月 | 肖傳國 | 肖傳國事件 |
| 2003年8月 | 董關鵬 | 董關鵬事件 | 2010年7月 | 唐駿 | 唐駿學位門 |
| 2004年3月 | 朱涵 | 朱涵事件 |
