概況
遊戲劇情
擊敗四天王后，N的城堡從地下升起，附著在口袋妖怪聯盟的建築上。根據等離子團隊員的描述，這個城堡在多年前就開始暗中建設了，而且是奴役那些從其他訓練家手中搶來的口袋妖怪。
主人公進入第一層的時候，會被七賢人中的六人擋住前進的道路，這時道館訓練家突然出現（天桐、伯特和寇恩並未出現，因為白露通知到他們的時候，事件已經結束了），主人公得以繼續前進。
在二層，黑暗三人組出現，把主人公帶到了一間屋子裡。那裡有兩個女人在等著主人公，她們自稱是平和與愛之女神，愛的女神恢復了主人公的隊伍，平和女神向主人公講述了N小時候的故事。三樓有一台個人電腦，可以讓主人公調整隊伍，在同一間屋子裡，一個科學家提到等離子隊現在甚至可以通過口袋妖怪暫存系統進入別的訓練家的個人電腦。其它房間裡分布著等離子隊隊員，但是不會與之對戰，他們在慶祝勝利或者考慮與它們的口袋妖怪道別。N兒時的房間在4樓。
在與N的最終戰鬥之前，主人公持有的明石或暗石會變成另外一隻龍，玩家必須要在此捕獲它。
擊敗N後，計畫受挫的傀奇士露出了幕後黑手的本來面目，為了打倒主人公而發起戰鬥。
N的房間
N的城堡內的要素之一，N自己的世界，由於有著與宏偉的最終戰役格格不入的微妙氣氛而有著相當大的衝擊力。許多玩家進入這個房間時內心都會湧上一股複雜的情感。
N的房間包括：
沒有書與電視，甚至沒有窗。 有著與N的年齡不相符的玩具。 有著口袋妖怪的抓痕。 畫著幾何學圖形的畫。 插在藝術畫上的飛鏢。 放在地上的籃球有使用過的痕跡，但籃筐上卻擺著火車。 放在輪胎上的滑板。 滿是新玩具的玩具箱。 因為障礙而只得來回運動的玩具火車。 圍繞著一根軸旋轉的飛機。 可以撿到神奇糖果。
其他重要房間
愛之女神與和平之女神出現在二樓右數第二間房間，她們可以為主人公回復體力，並告訴主人公N小時候的事情。 三樓右數第一間房間中可以使用箱子系統 三樓右數第三間房間中的等離子隊成員可以利用瞬間移動使主人公在N的城堡與口袋妖怪聯盟間自由移動。
