形態特徵
地理分布
在淡水和海水中，潮濕和乾旱的土壤或岩石上、樹幹和樹葉上，溫泉中、冰雪上，甚至在鹽滷池、岩石縫中都可以發現藍菌；有些還可穿入鈣質岩石或介殼中（如穿鈣藻類）或土壤深層中（如土壤藍藻）。作用
藍菌在地球上已存在約30億年，是最早的光合放氧生物，對地球表面從無氧的大氣環境變為有氧環境起了巨大的作用。已知藍菌約2000種。種屬分類
目前藍菌的系統發育分類仍未確定，根據色素種類可單分出類似植物的葉綠體，含有葉綠素a和葉綠素b的原綠藻類，根據形態可分為色球藻目（Chroococcales）、寬球藻目（Pleurocapsales）、顫藻目（Oscillatoriales）、念珠藻目（Nostocales）和真枝藻目（Stigonematales）。但以上分類可能除真枝藻目以外均非單系群，有待進一步研究。形態分類可參見細菌分類表。 是發現年代最早的化石。危害
毒素
國際間對食用藍菌門生物開始關注，因為不論土生和水生的藍菌生物皆含有神經毒素BMAA（β-N-methylamino-L-alanine），並可能透過食物鏈不斷累積產生生物放大作用，對人類的損害將逐漸增加。BMAA已證實會對動物產生強烈的毒性，加速動物腦神經退化、四肢肌肉萎縮等等，小量BMAA積累已能選擇性殺死從老鼠的神經元。香港中文大學呼籲大眾停止食用同屬藍菌門的髮菜，減輕患上肌萎性側索硬化症、柏金遜症和老人痴呆症的風險。藍菌的次生代謝產物微囊藻毒素（Microcystin）有非常強的毒性，可能會嚴重損害肝臟，引致肝癌。1996至1999年間，美國俄勒岡健康部門（Oregon Health Division）曾對市面上87種藍菌及螺鏇藻保健食品進行測試，發現其中竟然有85種保健食品均含有微囊藻毒素。
不同種類的藍菌含有不同類型的毒素，當中包括神經毒素（Neurotoxin）、肝毒素（Hepatotoxicity）、細胞毒素（Cytotoxicity）及內毒素等，使他們對人體及動物構成生命危險。已有紀錄證明飲用或於被藍菌污染的水源接觸會引致中毒現象，但實際多少的攝取量會致命則未有定論。
