全世界的菌類(fungi)有六萬多種，大部分為陸生，所有的菌類皆為真核生物。菌類從前被歸在植物界，但今日的生物學家卻不如此認為，因為他們與植物和其他真核生物差異非常大。菌類像植物一樣具有細胞壁，但與植物細胞壁的成分不同，它不含纖維素，而含有如節肢動物外骨骼的幾丁質。菌類也像植物一樣固著在某處，不產生可動的細胞，但菌類的營養方式為異營，與植物的自營方式迥異。故今日的生物學家將菌類獨立歸為菌物界。
菌類是最佳分解者，他們可分解任何有機物質，如自然界的垃圾(包括動、植物的屍體，排泄物，廢棄物)，食品雜貨，衣物和皮革等，這些菌類為腐生性生物(saprobes)，他們由無生命的有機物獲得養分。另有許多菌類為寄生性生物(parasites)，他們由活的寄主直接獲得養分。所有的菌類細胞皆會分泌酵素，將環境中大的有機分子分解為小的有機分子，再行吸收，是為一種異營的體外消化作用。
大部分的菌類是多細胞的，只有少數如酵母菌為單細胞。多細胞的菌類，其身體吸收養分的部分稱為菌絲體(mycellum)，他是由許多分枝形成網狀的微小纖維一菌絲(hypha)組成的，這些菌絲即為俗稱的黴(mold)。有些菌類的菌絲沒有隔間(nonseptate)，細胞質可互相流通;另有些菌類的菌絲有隔間septate)，隔間上有孔洞，細胞質仍可在細胞間流動，因此菌絲由外界吸收進來的物質，可傳至其他不吸收的部分，如生殖的構造。吸收進來的物質以肝醣的方式儲藏，而不似植物以澱粉的方式儲藏。
菌類突出於空中的菌絲頂端會產生孢子囊孢子(sporangialspore)(如麵包黴)或分生孢子(conidiosore)(如青黴菌)，這些孢子經由風或動物傳播，落到適宜的物體上，孢子萌發又產生新的菌絲，但是所產生的孢子具有纖維素。此外尚有二分分裂法(binaryfission)、出芽生殖(budding)(如酵母菌)和斷裂生殖法(fragmentation)，這些皆為無性生殖。
菌類細胞通常含有單套的核，當兩條外形相似而遺傳上不同的菌絲結合時，他們的核會融合，產生雙套的合子(zygospore)，合子經由減數分裂，產生單套的孢子，如麵包黴。但囊子菌類和擔子菌類的菌絲結合時，先有細胞質融合，但核不立即融合，此時期稱為雙核的(dikaryuotic)，以n+n表示之，而不寫為2n。這些菌絲糾結形成子實體(fruitingbody)，特稱囊子果(ascocarp)或擔子果(basidiocarp)，我們食用的蕈即為擔子果。雙核的菌絲末端的雙核會再融合，產生雙套的合子，合子經由減數分裂，產生單套的孢子，稱囊孢子(ascospore)或擔抱子(basidiospore)。這些有性生殖孢子亦會隨風飄散，落到適宜的地點，再萌發長出菌絲。
菌類依有性生殖孢子和子實體可分為接合菌門(Zygomycota)、囊子菌門comyco)和擔子菌門(Basidiomycota)，另有些菌類的有性生殖尚未被發現，而被歸在不完全菌門(Deuteromycota)。許多的接合菌類為腐生菌，生活於土壤、腐敗的植物體或是儲存的食物中。常見的如麵包黴(Rhizopusstolonifer)、米根黴(Rhizopusoryzae)和放射毛黴(Actinomucorelegans)等。麵包黴常見於不新的烘製品如麵包上，米根黴可利用來製造醬油，放射毛黴則可利用來製造豆腐乳。在草食動物的糞便上常易發現水玉黴(pilobolus)，他能幫助分解糞便。
囊子菌類的種類超過30,000種，他們會在一種稱為子囊(ascus)的囊狀細胞中產生單套的囊孢子。構造最簡單者為單細胞的酵母菌，他在有氧的情況下，可快速行出芽生殖，並將糖分解，產生水和二氧化碳;但在缺氧時他也可以分解糖而產生二氧化碳和酒精。有一種商業上很重要的酵母菌(Saccharomycescerevisiae)，利用發酵作用所產生的二氧化碳可以使焙製的麵包糕餅鬆軟，酒精則在焙製時送出。人們所飲用的葡萄酒、各種水果酒、啤酒等，便是將果汁、稻米或麥拉等，經酵母菌的發酵作用產生酒精釀造而成。常見的多細胞的子囊菌如紅麴菌(Monascuspurpureus)和中華冬蟲夏草(Cordycepssinensis)等，紅麴菌可釀造紅糟、甜腐乳和紅露酒。昆蟲如螞蟻、娥的幼蟲或蝶蛹等被蟲草屬(Cordyceps)的孢子沾上，孢子在蟲體內或蟲體外萌芽成長，菌絲體吸取營養生長，漸漸占據整個蟲體，使蟲僵死，越冬至初夏，即從蟲體內冒出一根根黃色、棕色或黑色的子實體，所以冬天看他是一隻僵死的蟲，到夏天卻變成像植物的真菌，這就是冬蟲夏草名稱的由來。中華冬蟲夏草常被用作中藥，據說有補肺益腎的功效，他原產於中國大陸的西藏高原、四川和青海，現在雲南地區亦有人工栽培。有些囊子菌是寄生性的，如粉紅黴(Neurospore)，其中的N.crass為遺傳學研究上的一種重要生物。
擔子菌類如蕈類(mushroom)、籃子菌(bracketfungi)、馬勃菌(puffball)、銹病菌(rust)和黑穗病菌(smut)等，他們的子實體稱為擔子果，其上有擔子柄，擔子柄內有擔孢子。孢子落到適宜的地方，便萌發長成單套的菌絲體，兩種相鄰生長且能相交配，菌絲體之間會發生細胞質融合，形成雙核的菌絲，在適宜的情況下會形成子實體，子實體的菌絲末端的細胞會發生核融合，形成合子後，經減數分裂，產生單套的孢子，接著便隨風飄散。此外，日常食用的子菌類尚有草菇(Volvariellavolvacea)、金針菇(Flammulinavelutupes)、鮑魚菇(PLeurotuscystidiosus)和茯苓(WolfiporiaCocos)等。水生的禾本科植物一菰草(Zizanialatifolia)的莖基部受到菰黑穗菌(Ustilagoesculenta)感染，而使受害部位的細胞增生腫脹，形成筊白筍。
鵝膏蕈屬(Amanita)的成員大都有毒，如毒蠅傘(A.mUSCARIA)具有鮮紅的蕈傘和白色的蕈柄，食用後雖不會置人於死，但會使人昏眩，產生幻象;由於他豔麗的外表，因此常是畫家和童話家喜愛的對象。
大約有15,000種菌類的有性生殖尚未被發現，因此被歸在不完全菌門，例如麴菌屬(Aspergillus)和青黴菌屬(Penicillium)。米麴菌(A.oryzae)可用來使黃豆和大麥發酵，製造醬油和味增，黃麴菌(A.flavus)則生長在儲存的玉米、花生或黃豆上，並分泌黃麴毒素，人或畜食用後，會使肝臟中毒。人類的香港腳、灰指甲和皮膚癬都是由不完全菌感染的，如表皮癬菌(Epidermophyton)、髮癬菌(Trichophyton)和小孢黴菌(Microsporum)。
黴菌雖然可造成一些疾病，但其對於醫療上也有一些助益。腐爛的橘子皮上常發現灰綠色黴斑，即是一種青黴菌感染，他有綠色細胞壁的分生孢子。1928年，英人佛萊明(AlexanderFleming)無意間發現細菌培養皿內被黴菌汙染了，黴菌周圍沒有細菌生長，佛萊明因此認為此黴菌分泌了某種物質，抑制細菌的生長。十年之內，佛萊明純化了Penicilliumnotatum所產生的物質，稱為青黴素(Penicillin)，他可用來治療被細菌感染的疾病。今日則是利用P.chrysogenum淬取青黴素，他是被使用最廣泛的抗生素。灰黃黴素(griseofulvin)也是由菌類淬取的抗生素，用來治療香港腳和癬。
