順治
七年(1650)十一月，多爾袞出獵塞外，於十二月初九日(1650年12月31日)病死於喀喇城(今河北灤平)，年僅三十九歲。靈柩回京時，順治皇帝親率諸王大臣出城跪迎。順治發布哀詔，追懷其功德："昔太宗文皇帝升遐之時，諸王群臣擁戴皇父攝政王。我皇父攝政王堅持推讓，扶立朕躬。又平定中原，混一天下，至德豐功，千古無兩。不幸於順治七年十二月初九日戌時以疾上賓，朕心摧痛，率土銜哀，中外喪儀，合依帝禮。"接著，又追尊多爾袞為"懋德修道廣業定功安民立政誠敬義皇帝"，廟號成宗。追封其元妃為"義皇后"，夫婦一同升祔太廟祭享，即視同一位真正的皇帝，極具容光。
但是沒過多久，當年帝位之爭造成的矛盾就在壓抑多年後終於爆發了。多爾袞當政時，威信自專，尤其是對待自己的政敵豪格極為不公，於順治五年(1648)將其迫害致死，對當初反對過自己的兩黃旗大臣也打擊壓制，致使一些人對多爾袞極為憤恨，但在當時卻只能忍氣吞聲。現在多爾袞一死，他們認為翻身的機會來了。
順治八年(1651)二月，有人揭發多爾袞生前曾制有八補黃袍等物，於是諸王大臣群起攻擊，稱多爾袞專擅，有謀逆之心。剛剛親政的順治馬上下詔，將多爾袞削爵，撤出宗廟，開除宗室，追奪所有封典，籍沒家產人口入官，其養子多爾博歸宗(多爾袞無子，撫其弟多鐸子多爾博為嗣)，更有甚者，還將多爾袞陵墓平毀，鞭屍示眾，並砍掉腦袋。短短兩個多月內，多爾袞的名譽有了天壤之別。直到乾隆四十三年(1778)，在沉冤一百多年以後，多爾袞才得到徹底平反昭雪。
乾隆
皇帝專門發布詔諭，肯定多爾袞首先統兵入關，"撫定疆陲，一切創製規模皆所經畫。尋即迎世祖車駕入都，定國開基，成一統之業，厥功最著"，並稱每覽《實錄》中所載其言行，"未嘗不為之墜淚，則王之立心行事，實能篤忠藎、感厚恩，深明君臣大義，尤為史冊所罕覯"，否定了多爾袞有謀逆之心，"實為宵小奸謀，構成冤獄"。因此，下令將多爾袞復還睿親王封號，並追謚為"忠"，補入玉牒，仍令多爾博一支承嗣。多爾袞作為非常時期的一位非常人物，其生前身後的非常際遇終告了結。
既然多爾袞如此下場，那么太后下嫁之說顯然難以成立了。如果孝莊下嫁多爾袞確有其事，無論是與多爾袞兩情相悅而自願下嫁，或者是出於籠絡多爾袞以保護順治而勉強委身，都不可能出現多爾袞屍骨未寒即遭陷害清算的結局，因為批倒批臭多爾袞，對於孝莊和順治母子的名譽尊嚴都會造成極大損害，相反，繼續維護多爾袞的名譽，才是孝莊和順治有利的選擇。
幾十年來，不少歷史學者對這一問題進行了嚴肅的研究和考證。著名清史學家孟森先生首先駁難，在其《太后下嫁考實》一文中對下嫁之據辯駁甚力，指出不僅下嫁為虛，甚至兩人連同居關係都不存在。繼其後者，仍不斷有人撰文，否定者有之，肯定者有之，或認為雖無下嫁之名，至少有同居之實，觀點仍難以統一。推原其故，在於現有證據之不足，以及各人解讀之不同。
野史中的大婚恩詔寫得有聲有色，但明眼人一看就知道是好事者的杜撰，根本不足為信。也有人聲稱，清末宣統之際在內閣大庫檢得過太后下嫁詔書，但卻無人能證明確有其事，現存清代檔案早已經過整理，迄未發現這一詔書，所言亦難以為據。
明末清初的張煌言曾寫了一首《建夷宮詞》，但不能奉為信史。張煌言本為抗清名將，後來兵敗被俘，誓不降清，慘遭殺害，他的許多詩文都是表明反清復明志向的。或許順治七年正月，多爾袞娶了其侄婦肅親王豪格之妻也姓博爾濟吉特氏，與兩宮皇太后同姓，而且是孝莊的妹妹，以訛傳訛，張煌言聽說後，就信手寫入詩中，甚至有意加以歪曲，藉以譏諷貶斥清官沒有倫理道德，也未可知。
