第二次段祺瑞內閣因為府院之爭暫時失利而辭職之後,王士珍繼任成為國務總理,他雖然標榜自己擁護主和政策,但是由於北洋系的多名督軍都在段祺瑞的操控下攻擊王士珍內閣,要求政府繼續對南方作戰,王士珍和馮國璋大總統不得不讓步,任命段祺瑞為參戰督辦;西南軍閥以恢復國會、停止進兵作為條件取消兩廣獨立後,政府相應,公布對男停戰布告,但是卻造成北洋系更大的牴觸,皖奉聯合,威脅馮國璋,馮被迫請段祺瑞再次出任總理。
王士珍見自己無用武之地,在1918年2月20日長期告病假,由內務總長錢能訓兼任代總理,至3月23日正式辭職。
王士珍內閣執政時還頒布了對洪憲帝制罪魁的特赦令。
| 職位 | 姓名 |
|---|---|
| 國務總理 | 王士珍 |
| 外交總長 | 陸征祥 |
| 內務總長 | 錢能訓 |
| 陸軍總長 | 王士珍(兼任) |
| 海軍總長 | 劉冠雄 |
| 財政總長 | 王克敏 |
| 交通總長 | 曹汝霖 |
| 教育總長 | 傅增湘 |
| 司法總長 | 江庸 |
| 農商總長 | 田文烈 |
