淨化
由於溴化乙錠具有一定的毒性，實驗結束後，應對含EB的溶液進行淨化處理再行棄置，以避免污染環境和危害人體健康。
(1) 對於EB含量大於0.5mg/ml的溶液，可如下處理：
①將EB溶液用水稀釋至濃度低於0.5mg/ml；
②加入一倍體積的0.5mol/L KMnO4，混勻，再加入等量的25mol/L鹽酸，混勻，置室溫數小時；
③加入一倍體積的2.5mol/L NaOH，混勻並廢棄。
(2) EB含量小於0.5mg/ml的溶液可如下處理：
① 按1mg/ml的量加入活性炭，不時輕搖混勻，室溫放置1小時；
② 用濾紙過濾並將活性碳與濾紙密封后丟棄。
*EB=溴化乙錠
套用
溴化乙錠觀察瓊脂糖凝膠中DNA最常用的方法是利用螢光染料溴化乙錠進行染色，溴化乙錠含有一個可以嵌入DNA堆積鹼基之間的一個三環平面基團，它與DNA的結合幾乎沒有鹼基序列特異性。在高離子強度的飽和溶液中，大約每2.5個鹼基插入一個溴化乙錠分子。當染料分子插入後，其平面基團與螺鏇的軸線垂直並通過范德華力與上下鹼基相互作用。這個基團的固定位置及其與鹼基的密切接近，導致與DNA結合的染料呈現螢光，其螢光產率比游離溶液中染料有所增加。DNA吸收254nm處的紫外輻射並傳遞給染料，而被結合的染料本身吸收302nm和366nm的光輻射。這兩種情況下，被吸收的能量在可見光譜紅橙區的590nm處重新發射出來。由於溴化乙錠-DNA複合物的螢光產率比沒有結合DNA的染料高出20-30倍，所以當凝膠中含有游離的溴化乙錠（0.5ug/ml）時，可以檢測到少至10ng的DNA條帶。
由於在該染料存在的情況下，線狀DNA的電泳遷移率約降低15%，因此，當需要知道DNA片段的準確大小（如DNA限制酶酶切圖譜的鑑定）時，凝膠應該在無EB情況下電泳，電泳結束後用EB染色。染色完畢後，通常不需要脫色。但是在檢測小量DNA（小於10ng）片段時，通常要將染色後的凝膠進行脫色。
溴化乙錠可以用來檢測單鏈或雙鏈核酸（DNA或RNA）。但是染料對單鏈核酸的親和力相對較小，所以其螢光產率也相對較低。事實上，大多數對單鏈DNA或RNA染色的螢光時通過染料結合到分子內形成較短的鏈內螺鏇產生的。
副作用
溴化乙錠可以嵌入鹼基分子中,導致錯配。許多人認為溴化乙錠是強誘變劑,具有高致癌性。
實際上到2013年6月6日前還不能證明溴化乙錠是基因致癌物。
還沒有任何證據能證明直接接觸EB（溴化乙錠）能對任何動物有毒害性。人們認為EB有致癌性僅僅是因為試管培養細胞時，EB能夠抑制細胞生長，但是多年前有研究者將EB直接經皮下或肌肉注射到家畜上，該實驗並沒有說明EB能夠提高家畜的致癌率。所以說，EB並沒有人們想像的那么可怕。
雖然溴化乙錠可以嵌入鹼基分子中，導致錯配。但是溴化乙錠並不能通過皮膚進入細胞內。所以說溴化乙錠相對其他的致癌物質還是比較安全的。
注意事項
切勿吸入粉塵。
不慎與眼睛接觸後，請立即用大量清水沖洗並徵求醫生意見。
穿戴適當的防護服、手套和護目鏡或面具。
若發生事故或感不適，立即就醫(可能的話，出示其標籤)。
皮膚接觸及吞食有害。
吸入有極高毒性。
刺激眼睛、呼吸系統和皮膚。
可能有不可逆後果的危險。
