路線
東日本旅客鐵道的營運範圍神奈川縣（御殿場線除外）、山梨縣（身延線除外）、長野縣（飯田線、中央本線塩尻以西與大糸線南小谷以北除外）、新潟縣（北陸本線與大糸線除外）以北、靜岡縣（東海道本線熱海以東與伊東線）本州舊國鐵在來線的大部分、東北新幹線、上越新幹線、長野新幹線（北陸新幹線現行通車範圍的通稱）這些新幹線、及具有山形新幹線、秋田新幹線之通稱的新幹線直行特急。
東日本旅客鐵道營運路線包括：
新幹線
東北新幹線（包含支線山形新幹線（福島 - 新莊）和秋田新幹線（盛岡 - 秋田））- 上越新幹線 - 北陸新幹線（長野新幹線）
在來線
關東地方
山手線 -（京濱東北線）- 橫濱線 - 根岸線 - 南武線 - 武蔵野線 - 赤羽線（埼京線）- 川越線 - 中央本線（中央快速線、中央、總武緩行線）- 青梅線 - 五日市線 - 總武本線（總武快速線、中央、總武緩行線）- 京葉線 - 東海道本線 - 橫須賀線 -（湘南新宿線）- 鶴見線 - 相模線- 八高線 - 高崎線 - 上越線 - 吾妻線 - 兩毛線 - 日光線 - 烏山線 - 東北本線（宇都宮線）- 水戶線 - 常磐線（常磐快速線、常磐緩行線）- 水郡線 - 內房線 - 外房線 - 成田線 - 鹿島線 - 久留里線 - 東金線
東海、甲信越地方
中央本線 - 信越本線 - 小海線 - 飯山線 - 筱之井線 - 大糸線 - 上越線 - 羽越本線 - 越後線 - 彌彥線 - 白線 - 磐越西線 - 米坂線 - 東海道本線 - 伊東線
東北地方
東北本線 - 磐越西線 - 只見線 - 磐越東線 - 常磐線 - 水郡線 - 仙山線 - 仙石線 - 石卷線 - 氣仙沼線 - 大船渡線 - 陸羽東線 - 陸羽西線 - 北上線 - 釜石線 - 山田線 - 岩泉線 - 花輪線 - 八戶線 - 大湊線 - 津輕線（津輕海峽線）- 奧羽本線 - 米坂線 - 左澤線 - 田澤湖線 - 羽越本線 - 男鹿線 - 五能線
廢止路線
舊特定地方交通線
會津線（1987年7月16日廢止）- 木原線（1988年3月24日廢止）- 真岡線（1988年4月11日廢止）- 長井線（1988年10月25日廢止）- 足尾線（1989年3月29日廢止）
因整備新幹線通車後而廢止的在來線
信越本線（橫川～筱之井，1997年10月1日廢止）- 東北本線（盛岡～目時、目時～八戶，2002年12月1日廢止）
JR線與其他會社分界站
東日本旅客鐵道總部大廈JR北海道
中小國站（津輕線）- 海峽線
JR東海
東京站（東海道本線他）- 東海道新幹線
品川站（東海道本線他）- 東海道新幹線
新橫濱站（橫濱線）- 東海道新幹線
國府津站（東海道本線）- 御殿場線
小田原站（東海道本線）- 東海道新幹線
熱海站（東海道本線、伊東線）- 東海道本線、東海道新幹線
甲府站（中央本線）- 身延線
辰野站（中央本線）- 飯田線
鹽尻站（中央本線（中央東線））- 中央本線（中央西線）
JR西日本
直江津站（信越本線）- 北陸本線
南小谷站（大糸線）- 大糸線
車輛
JR東日本機車
蒸汽機車
C57 - C58（秩父鐵道所有）- D51
電力機車
EF55 - EF58（僅餘日皇御用指定電力機車）- EF60 - EF62（已全部退役）- EF63（橫川鐵道公園動態保存中）- EF64 - EF65 - ED75（部份曾賣給JR貨物）- ED77（已全部退役） - ED78（已全部退役）- EF71（已全部退役）- EF81（部份曾賣給JR貨物）
柴油機車
DD14（除雪用，1輛曾讓渡給台灣高速鐵路）- DD15（除雪用）- DD16（1輛曾讓渡給台灣高速鐵路）- DD17（除雪用，已停用）- DD18（除雪用，標準軌）- DD19（除雪用，標準軌）- DD51 - DD53（除雪用）- DE10 - DE11 - DE15（除雪用）
動車組（包括電力及柴油推動）
新幹線
200系 - 400系 - E1系 - E2系 - E3系 - E4系 - E926形 - 952形 - 953形 - E954形 - E955形
特急型
157系（日皇專用車卡）- 183系 - 185系 - 189系 - 251系 - 253系 - 255系 - E257系 - E351系 - 483系（已全部退役）- 485系 - 489系（只餘2輛VIP中間卡）- 583系 - 651系 - E653系 - E655系（含日皇新專用車卡）- E751系
急行型
165系（已全部退役，部份曾讓渡給富士急行鐵道及秩父鐵道）- 167系（已全部退役）- 169系（已全部退役，部份曾讓渡給信濃鐵道）- 455系（已全部退役）- 457系（已全部退役）- Kiha 58系（部份曾讓渡給菲律賓國鐵及俄羅斯庫頁島）
近郊型
105系（無車藉，訓練用）-107系 - 113系（部份曾讓渡給JR四國及伊豆急行）- 115系（部份曾讓渡給伊豆急行及信濃鐵道） - 123系 - E127系 - 211系 - 215系 - E217系 - E231系1000番台 - E233系3000番台-
401系（已全部退役）- 403系（已全部退役）- 415系 - 417系（已全部退役，1編成轉讓給私鐵阿武隈急行）- E531系 -
701系（部份車輛隨線路第三部門化而轉讓給新鐵道會社）- 715系（已全部退役）- 717系 - 719系 - E721系500番台 -
Kiha 20系（已全部退役，部份隨線路第三化而曾轉讓給新鐵道會社）- Kiha 22系（已全部退役，部份除線路第三化而曾轉讓給新鐵道會社）- Kiha 23/45系（已全部退役）- Kiha 40系 - Kiha 47系 - Kiha 48系（部份曾讓渡給會津鐵道）- Kiha 52系（部份曾讓渡給菲律賓國鐵）- Kiha 100系 - Kiha 110系 - Kiha E120系 Kiha E130系 - Kiha E200系
通勤型
國鐵12系（展示用）- 國鐵40系（展示用）- 101系（已全部退役，部份曾讓渡給秩父鐵道）- 103系（部份曾讓渡給JR西日本及印尼雅加達近郊鐵道）- 201系 - 203系 - 205系 - 207系900番台 - 209系 - E217系 - E231系（0/500/800番台）- E233系（0/1000/2000番台）- 301系（已全部退役）- E331系 - E501系 - Kiha 30/35系（部份曾讓渡給關東鐵道及會津鐵道）- Kiha 37系 - Kiha 38系
專業／測試型
143系 - 145系 - 193系 - 441系（已退役）- 443系（已退役）- 491系 - 743系 -E991系（已退役）- E993系 - Kiha E193系
客車
寢台型
14系 - 20系（已全部退役）- 24/25系 - E26系
特急／急行型
12系（部份曾讓渡給菲律賓國鐵）- 14系 - 44系（已全部退役）
普通型
42系（部份曾讓渡給JR北海道）- 50系（僅餘荷物／專業用型）
