事業單位編制匯總會計報表時，只應將本單位會計報表與所屬的事業單位會計報表進行匯總，不得將其附屬企業的會計報表納入匯總報表的匯總範圍。另外，在會計年度中某些事業單位的隸屬關係可能發生調整，在編制匯總會計報表時，應將本年度內新划進的事業單位會計報表納入匯總範圍，而對本年度劃出的單位會計報表不予匯總。
編制過程
在匯總會計報來的編制過程申，上下級單位報表項目的相互沖銷關係。事業單位編制匯總會計報表時，對一般的報表項目，直接將上下級單位相同報表的相同項目金額相加後按合計數填列即可，但對於“附屬單位繳款”、“撥出經費”、“撥出專款”、“對附屬單位補助”等項目就不得將上下級單位報表項目金額相加，而應將本級報表中的以上四個項目分別與下級單位報表中的“上繳上級支出”、“財政補助收入”、“撥入專款”、“上級補助收入”四個項目在審核的基礎上進行相互沖銷。但根據現行的事業單位會計制度規定，本級單位的“附屬單位繳款”等四個項目金額分別與下級單位的“上繳上級支出”等四個項目金額未必完全相等，甚至有時會有較大差額。因此，在對上下級單位報表項目進行相互沖銷時，就不可能像以前那樣，將其對應項目金額全部沖銷，應根據上下級單位資金的繳撥款關係進行沖銷。
本級報表中的“撥出經費”與下級單位報表中的“財政補助收入”
根據國家預算管理制度規定，事業單位必須根據預算級次和財務隸屬關係辦理預算資金的領撥業務，在會計報表上則體現為本級報表的“撥出經費”項目金額與所屬各事業單位報表中的“財政補助收入”金額合計數相等。在編制匯總會計報表時，將本單位的“撥出經費”金額與所屬各單位的“財政補助收入”項目金額全部沖銷。匯總會計報表中的“財政補助收入”數隻反映本單位收到的財政補助資金數。
本級報表中的“撥出專款”與下級單位報表中的“撥入專款”
現行事業單位會計制度規定，“撥出專款”反映撥給所屬單位的需要單獨報賬的專項資金數而“撥入專款”則反映單位收到財政部門、上級單位或其他單位撥入的有指定用途，並需要單獨報賬的專項資金數。可見事業單位專項資金的來源不僅僅限於財政部門或上級單位撥入，其來源渠道較多。在會計報表上則體現為本級報表的“撥出專款”項目金額小於或等於所屬各事業單位報表中的“撥人專款”金額的合計數。在編制匯總會計報表時，應先按本單位報表中“撥出專款”的項目金額，將本單位的“撥出專款”項目與接受本單位撥款的所屬各事業單位的“撥人專款”項目相互沖銷，然後將沖銷後的所屬各單位“撥入專款”的餘額合計數與本單位收到的撥入專項資金數再合計，將會計數旗列在匯總會計報表的“批入專款”項目。
本級報表中的“對附屬單位補助”與下級單位報表中的“上級補助收入”
現行事業單位會計制度規定，“對附屬單位補助”反映單位用非財政預算資金補助附屬單位所發生的部分支出。這裡的附屬單位既包括事業單位所屬的下一級事業單位，也包括其附屬的獨立核算企業；而“上級補助收入”則反映事業單位收到上級單位撥人的非財政補助資金數。在會計報表上則體現為本級報表的“對附屬單位補助”項目金額大於或等於所屬各事業單位報表中的“上級補助收入”金額合計數。在編制匯總會計報表時，應先按所屬各單位報表中“上級補助收入”金額的合計數，將本單位的“對附屬單位補助”項目與所屬各單位的“上級補助收入”項目沖銷，然後將沖銷後的“對附屬單位補助”項目餘額填列在匯總會計報表的“對附屬單位補助”項目。
本級報表中的“附屬單位繳款”與下級單位報表中的“上繳上級支出”
現行事業單位會計制度規定，“附屬單位繳款”反映單位收到的附屬單位按規定繳來的款項數，既包括收到的所屬事業單位按規定上繳的各種分成調劑款，也包括收到的附屬企業按規定繳來的利潤、承包費、管理費等款項而“上繳上級支出”反映事業單位按規定的標準和比例上繳上級單位的支出數。在會計報表上則體現為本級報表的“附屬單位繳款”項目金額經常大於或等於各所屬事業單位報表的“上繳上級支出”金額合計數。在編制匯總會計報表時，應先合計所屬各單位報表中的“上繳上級支出”項目金額數，再將本單位報表中的“附屬單位繳款”項目金額與所屬各單位報表中的“上繳上級支出”項目合計金額相互沖銷，然後將沖銷後的“附屬單位繳款”餘額填列在匯總會計報表的“附屬單位繳款”項目。
