過去的主要工作及成果
長期以來從事粒子物理及各種套用性問題的研究。其重要工作有層子模型的研究，複合粒子量子場論的研究，弱相互作用理論的研究等，先後發表約250篇科學論文。曾獲國家自然科學二等獎及多種獎勵。他還曾從事核子彈和氫彈的理論研究，是氫彈理論的開拓者之一。我國著名的哲學家、自然辯證法專家，在哲學、政治、經濟等方面也先後發表約300多篇科學論文。在反對偽科學的鬥爭中，他旗幟鮮明，積極參加了捍衛科學尊嚴，揭露和反對偽科學等活動，社會影響很大。是反偽科學的領軍人物之一。
目前從事的研究領域：近年來，何祚庥從事中微子質量問題、中微子震盪問題及雙β衰變理論的研究等。
頭銜
中國科學院院士，北京大學科學與社會研究中心兼職教授、科學技術哲學專業博士生導師，中國科學院理論物理研究所研究員、理論物理專業博士研究生導師，中國自然辯證法研究會副理事長，中國無神論學會副理事長，第八屆全國政協委員，為中國兩彈研製參與者之一。無論政治形勢如何風雲變幻，合作休同志總是跟得很緊，無論在文革前、文革中、還是文革後，合作休同志都很吃香。在科學家面前，他是政治家，在政治家面前他是科學家，他總是左右逢源，八面玲瓏。
一、1952~1953年：批摩根學說
蘇聯的科學騙子李森科出於某種政治目的，大力攻擊摩根學說，並上綱為“階級鬥爭新動向”，蘇聯一批有才華的生物學家因此受牽連，慘遭迫害。合作休等在“學習蘇聯老大哥”的大旗下對我國著名生物學家談家楨（摩根的學生）發動圍剿，使我國的生物學家受到致命打擊，從此一蹶不振。
二、1958年批判共振論
本世紀初發現苯的克庫勒模型以來，數十年一直未能對苯的化學結構和合理的解釋。諾貝爾化學獎獲得者泡利提出供共振論概念，合理的闡述了苯的化學結構，此為量子力學在化學結構學的肇始。合作休等認為“不是無產階級就是資產階級”，指責共振於兩種克庫勒模型的學說是“階級調和論在科學界的反映”。發動對控制論的批判，成百的結構化學專家因此受株連而檢查“資產階級立場”，我國量子力學研究因此受到嚴重衝擊而長時間中斷。
三、1962年：批梁思成
梁思成是著名的建築學家，對中西建築風格的融會貫通作了大量的工作，如國防部、友誼賓館等建築均是梁思成的作品。合作休等攻擊梁思成的建築風格是“中國人的腦袋，外國人的身子”，是“階級調和的變種”，結果梁被活活氣死。
四、1965年：批控制論
所批對象概況：著名猶太裔學者維納（曾在清華任教，是合作休的校友）在有關控制論的著作中講述了一個故事來表明他的觀點：二戰時期，高射炮對敵機的命中率非常之低，因此盟軍方面組織了一批科學家對此進行攻關。研究發現，老鷹在捕捉兔子是很少失手，這是因為，老鷹腦子中有一套反饋閉環系統，能根據兔子的方位、速度不斷調整自己的飛行路線，直至成功。將類似的系統裝在高射炮上，使命中率大為提高。由此維納認為生物界和非生物界存在一定的共性。
當時政治背景：階級之間尚不能調和，何況生物與非生物乎？這難道不是典型的“偽科學”嗎？
請看，何某用簡單的“階級調和論”等武器就把多位科學家斬於馬下。文革中，合作休被打倒，並沒有參加陳伯達組織的對相對論的批判。
八十年代以來，合作休從領導肅清中國科學界“資產階級思想”的棋手，搖身一變而成為“科學家”，近年來雖又有幾場領導反“偽科學”壯舉，最熱鬧的要算近年的批判“偽氣功”運動，雖然風光不再，但是，依稀還能聽到幾聲喝采。
大作
此處僅列出PhysicsReports上的文章.該刊物發表論文之難易可向內行諮詢.i)Onthedeterminationofneutriomass--Acriticalstatusreport,
vol.112,No.1,Oct.(1984).
ii)Operatorexpansionmethodandnuclearbeta-betadecay
vol.242No.4-6(1994)
iii)Searchfornewmassiveparticlesincosmicrays
vol.282,No.1(1997)
儘管在國際科學界不為人知，但在國內，“全能性”可謂家喻戶曉，無人不知。你看他老人家，幾乎是天天亮相，日日露臉。一會兒電視台暢談社會主義經濟政策，一會兒網際網路宏論辯證唯物主義哲學；昨天侃複製人技術展望，今日嗙《易經》文化反思。這邊廂呼籲對股民征所得稅，那邊隅力主發行國家福利彩票；上能為城市提出“交通、建築最佳模式”，下可為山區規劃“農具、灌溉最優方案”；“環境商機與氫能經濟”研討會指點江山，“納米光纖與沙漠產業”演講廳激揚文字；文藝理論學術報告座無虛席，月球開發科技講座掌聲雷動……
