孫雨亭建國後,1950年至1955年任西南軍政委員會民政部副部長、黨組書記,西南民委副主任、黨組書記,中共西南局民族工委副書記。1955年至1966年任雲南省委常委、中共雲南省委邊疆工委書記、省委組織部部長、省委書記處書記、省政協副主席。“文化大革命”中遭受林彪、“四人幫”迫害。1975年後任雲南省民族邊疆工作委員會主任、省政協副主席、省委常委,雲南省委副書記兼省委民族工作部部長、省人大常委會黨組書記、副主任,國家民委特邀顧問。正省級離休幹部。是雲南省第三、四屆政協副主席和第五、六屆人大常委會副主任。中共十三大代表,第五、六屆全國人大代表。2001年3月17日在北京逝世,享年91歲。子孫小虹。

