985工程
985工程高校中，除了中國海洋大學、中央民族大學、華南理工大學、電子科技大學、東北大學、湖南大學 、華東師範大學這7所高校外，其餘高校的校長、書記由中共中央、中央人民政府（國務院）聯合任命，中央組織部傳達。其餘的中央部屬高校由教育部任命校長、書記。
國防科學技術大學為副大軍區級，屬中國人民解放軍中央軍委直屬院校，對應地方行政級別為副部級。
排名分類
按時間排名
| 1992年中央指定的書記、校長職務由中央管理的副部級大學（13所） | ||
| 北京大學 | 清華大學 | 中國農業大學 |
| 中國人民大學 | 北京師範大學 | 北京理工大學 |
| 北京航空航天大學 | 哈爾濱工業大學 | 中國科學技術大學 |
| 北京醫科大學（2000年4月3日，取消北京醫科大學，與北京大學正式合併，故以下按地域區分時無） | ||
| 復旦大學 | 上海交通大學 | 西安交通大學 |
| 西北工業大學 | / | / |
| 2000年增列的副部級大學（7所） | ||
| 浙江大學 | 南京大學 | 中山大學 |
| 南開大學 | 武漢大學 | 四川大學 |
| 天津大學 | / | / |
| 2003年12月增列的副部級大學（11所） | ||
| 中南大學 | 華中科技大學 | 山東大學 |
| 廈門大學 | 同濟大學 | 西北農林科技大學 |
| 大連理工大學 | 吉林大學 | 重慶大學 |
| 東南大學 | 蘭州大學 | / |
按地域分類
| 地 區 | 學 校 名 稱 |
| 北 京 | 清華大學、北京大學、北京師範大學、中國人民大學、 北京理工大學、北京航空航天大學、中國農業大學 |
| 上 海 | 復旦大學、上海交通大學、同濟大學 |
| 天 津 | 南開大學、天津大學 |
| 重 慶 | 重慶大學 |
| 遼 寧 | 大連理工大學 |
| 吉 林 | 吉林大學 |
| 山 東 | 山東大學 |
| 黑龍江 | 哈爾濱工業大學 |
| 陝 西 | 西安交通大學、 西北工業大學、西北農林科技大學 |
| 江 蘇 | 南京大學、東南大學 |
| 湖 北 | 武漢大學、華中科技大學 |
| 湖 南 | 中南大學 |
| 安 徽 | 中國科學技術大學 |
| 福 建 | 廈門大學 |
| 廣 東 | 中山大學 |
| 浙 江 | 浙江大學 |
| 四 川 | 四川大學 |
| 甘 肅 | 蘭州大學 |
