《鹿鼎記2神龍教》故事承接上集（鹿鼎記）假太后潛入宮中謀奪皇位計畫失敗後，逃脫返回神龍教壇向教主請罪。及後教主道出自己已時日無多，下令假太后現身變回龍皇接掌神龍教之位及輔助平西王吳三桂登上皇位。宮庭內康熙皇帝設宴款待平西王世子，怎料韋小寶被發現是麗春院的小子。及後皇上宣布賜婚其妹建寧公主給吳應熊，下令小寶與眾臣護送出嫁。驛館中，多隆哭訴小寶被奸人所害死。怎知小寶出現，嚇至多隆面容失色，逼他出街大叫“反清復明”找出反賊陳近南......
劇情簡介
第二部，神龍教老教主羅蘭安排林青霞繼續顛覆大清政權的陰謀，獨臂神尼的弟子李嘉欣女扮男裝也頗清秀，吳三桂的兒子吳應熊由湯鎮業飾演，秦沛飾平西王吳三桂。
韋小寶（周星馳飾）與神龍教聖女龍兒結仇，龍兒回到聖壇易容（變成了林青霞），並接任了教主之職、韋小寶奉皇上旨意，到雲南安撫即將造反的吳三桂父子，路上被獨臂神尼、神龍教、天地會、雲南王等多方勢力挾持終得化險為夷、還贏得了包括龍兒在內的眾多姑娘的芳心。韋小寶到達雲南並順利地打擊了吳三桂父子，回到京城受到皇帝賞識，但由於此時韋小寶身份過於複雜，韋小寶得到了《四十二章經》的啟示，找到了滿清寶藏，為皇上除掉了壞人，榮歸故里。
