故事梗概
五島健助（吉岡秀隆飾演）原本是眾所公認、前途無量的優秀醫師，因為發生某個事件，而毅然決然告別女友（石田百合子飾演），志願千里迢迢從東京來到沒有醫師、缺乏醫療環境的南海孤島－志木那島。
由於離島醫師一向流動性很大，因此居民們多半對他採取懷疑而不友善的態度。即使如此，五島醫師仍本著以生命為尊的信念，與同樣充滿正義感的護士彩佳（柴崎幸飾演），在有限的資源下灌注熱情，兩人三腳共同面對一切病魔！
“小孤島大醫生”改編自第49回國小館漫畫賞作品，在日本播出時平均收視率高達18.9％，最終回更一路飆升到22.3％，輕鬆榮登2003年日劇暑假檔冠軍寶座！而劇中虛構的志木那島外景部分，則選擇在日本最西邊、距台灣僅111公里遠的沖繩與那國島拍攝。美麗未受污染的海洋與珊瑚礁、島上純樸濃厚的人情味，均完整呈現在“小孤島大醫生”當中。
至於全劇靈魂人物，則分別請到“來自北國”的吉岡秀隆，以及“從天而降億萬顆星星”“鬼來電”新生代女星柴崎幸詮釋男女主角；同時搭配大冢寧寧、石田百合子、筧利夫、小林薰…等實力派演員，讓表演層次更加豐富。而中島美雪深具畫龍點睛效果的主題曲，也增添了“小孤島大醫生”平實中散發溫暖光芒的感動，值得仔細傾聽。
角色介紹
五島健助（33歲）（吉岡秀隆飾演）
國小3年級的時候因為讀了史懷哲的傳記，開始嚮往醫師這個職業。其實少年時期的五島十分平凡，高3的時候因為鄰居老醫師救了他一命，而立志就讀醫學系，屬於大器晚成型。經過2年重考生活，終於考取國立大學醫學系。以優異成績畢業後，在大學醫院外科行醫，是眾所期待的明日之星，但他卻以離島醫師為目標…
星野彩佳（25歲）（柴崎幸飾演）
出生於志木那島，父親是志木那島村公所的民生課課長。有強烈的正義感，個性決不服輸。國一時最愛的祖母因島上醫療不足，腦溢血去世，觸發她當護士的決心，而前往本土的護校就讀。護校畢業後先在大學醫院工作3年，然後回到家鄉。剛開始雖然衝勁十足，但離島醫療的殘酷面，讓她不禁彷徨在現實與理想之間…
西山茉莉子（33歲）（大冢寧寧飾演）
在島上經營小小的居酒屋，曾經離過婚，雙親也已經過世，目前過著單身生活。從小就長得很漂亮，會打扮又懂事，但其實比誰都害怕寂寞，纖細又容易受傷害。不在乎男友外表如何，只想尋找真心愛自己的人。
星野正一（55歲）（小林薰飾演）
志木那島村公所的民生課課長。關西某大學畢業，過去曾被稱為神童。一直在找願意到診療所上班的醫師，但畢竟離島條件差，只有一個老醫生待了3年。當他聽說有年輕外科醫師對離島醫療有興趣，便立刻趕往東京…
和田一范（38歲）（筧利夫飾演）
負責診療所各種事務，大家都稱他為事務長。好好先生一個，但是有點懦弱。本土商職畢業後，換了幾個工作，結果還是回到島上來。夢想是娶個可愛老婆，在公民會館舉行婚禮。
原澤（30歲）（石田百合子飾演）
大學醫院婦產科的優秀女醫師，知性美人。五島的學妹，也是前女友。對五島卓越的醫術一見傾心，之後更被他的人品所吸引，兩人開始交往。對五島想到離島行醫十分反對，認為將會造成他與最新醫療技術脫節。
分集劇情
第1集
志木那島上缺乏醫生，村公所的課長星野正一20年來不斷到日本本土尋找願意到離島駐診的醫生。這次星野找到了東京某大學醫院的醫生五島健助到島上來，健助在航程6小時的船上吐得七葷八素的事，早已傳遍全村，再加上大家對以往醫生的不信任，讓健助在島上備受質疑及冷淡。星野的女兒彩佳是島上唯一的護士，連她也對健助十分冷淡，讓健助有些沮喪。一日，健助在海邊遇見開酒店的茉莉子，也撞見要藏石頭的邦夫等小孩，原來邦夫等人正要藏測試勇氣用的螢光石，第二天由漁夫原剛利的兒子剛洋去尋找。但剛洋早已腹痛，為了怕大家笑他，只好強忍疼痛去尋找石頭。邦夫因不放心前去探視剛洋，才發現剛洋已經倒臥在地。邦夫慌張求救，健助飛奔而來，發現剛洋得急性闌尾炎，而且可能並發腹膜炎，必須緊急開刀，但剛利卻因不信任健助，執意帶剛洋搭船去本土醫院就醫，不得已的健助，只好找彩佳和診療所事務長和田一范帶著醫療器材一同上船，力勸剛利讓他為剛洋在海上動緊急手術。
第2集
東京某大學醫院的醫生五島健助雖然來到志木那島上，但在船上緊急幫剛洋開刀的事卻傳為惡談，依舊沒人敢來就診。一日，健助發現島上著名的產婆內婆婆眼角有黃腫現象，甚為擔心，但內婆婆不願意做檢查。健助不得已只好偕護士彩佳不請自來到內婆婆家出診，正好撞見內婆婆與從本土回來探視的兒子阿誠吵架，激動的內婆婆病痛發作，緊急送到診療所診斷，健助判斷內婆婆得的是大動脈瘤，最好趕快開刀，但內婆婆堅持不肯離開島上。就在僵持不下時，內婆婆的大動脈瘤有破裂的危險，若不儘快開刀，將有生命危險。然而島上並沒有足夠的血漿可以動手術，健助去求漁會的人幫忙，卻遭漁會會長阿重阻止大家去捐血。剛洋的爸爸原剛利也不肯相信健助，逕自離去，讓健助不知如何是好。就在危急之時，茉莉子帶著小孩們和媽媽們來幫忙，眾人堅持要捐血幫內婆婆度過險境，於是健助開始了超級困難的手術。
第3集
五島健助到志木那島來當醫生以後，先後救了剛洋和內婆婆，開始得到村民的信賴，診療所也出現了求診人潮。一日，村公所的職員土反野的太太由佳里，懷孕29周，發生浮腫現象，後來發生子癲症而陷入昏迷，健助立刻打電話給東京的原澤徵詢意見，原澤認為應該立即開刀取出胎兒，否則母親性命將不保。希望母子均獲救的健助，到處打電話請醫院收容，但礙於搬運的風險，讓許多醫院都拒絕收容，而由佳里的情況越來越危險，四處求援不成的健助只好打算開刀，犧牲小孩以營救由佳里。就在這緊要關頭，原剛利(時任三郎飾)前來責問健助為何對小寶寶見死不救，這一記當頭棒喝讓健助在開刀前最後一刻決定喊停，再向本土的醫院求援一次。
第4集
國會議員戶田雄一郎帶著志木那島出身的秘書安部純一來到島上，希望說服島民同意在島上蓋大型垃圾處理場。但純一是個孝子，因為母親廣子腳痛無法來向議員問候，於是特地帶議員回家探視母親，但議員催促純一快走，心慌的純一不慎撞倒舊木板，讓廣子的腳被舊鐵釘戳傷，廣子為了不耽誤純一，故意隱瞞傷勢叫純一快走，不知情的純一隻好載著議員離去。由紀是原澤的學妹，也是戶田議員之女。她在美國學醫返回日本，聽說孤島醫生的事，特地來島上造訪五島健助，但由紀熱情的舉動讓彩佳相當不悅。廣子的傷勢惡化，不放心的純一回家探望時，廣子的腳已經因感染細菌而壞死。純一趕緊將母親送到診療所，健助卻因為感冒在昏睡，於是由紀代替健助幫廣子診斷出必須截肢才能得救，讓純一非常自責。所幸後來健助診斷後，認為不必截肢，和由紀一同幫廣子開刀救治。當議員正在鼓吹島民同意建造垃圾處理場時，原剛利前來阻止，議員卻在此時突然倒地不起。
第5集
國會議員戶田雄一郎帶著志木那島出身的秘書安部純一來到島上，希望說服島民同意在島上蓋大型垃圾處理場。議員在演講時，原剛利前來阻止，議員卻在此時突然倒地不起，眾人於是將他送往島上的診療所急救。議員被診斷出得的是尿道結石，但議員的女兒由紀阻止健助在眾人面前說出父親的病名，希望藉此讓利慾薰心的父親在診療所住院,重新審視自己的所作所為。純一的母親廣子誤以為議員離罹患癌症，甚至不顧自己的腳傷，前去幫議員求平安符，彩佳對由紀故意誤導大家的做法相當不以為然，與由紀發生口角。而議員也以為自己得了絕症，整整2天不吃不喝，讓由紀對自己的作法開始動搖。結果議員終於反省了自己的行徑，對廣子等人道歉，也決定放棄在島上建設垃圾處理場的計畫，讓由紀和健助等人非常欣慰。
第6集
茉莉子的兒子小龍因為想念母親，隻身從東京到志木那島來，但茉莉子害怕自己到時候會捨不得離開小龍，而故意對小龍非常冷淡。小龍不得已只好到五島健助的診療所借住。翌日，原剛利好意要剛洋帶小龍去玩，但小龍卻悶不吭聲，讓因考試心情不好的剛洋也不太想理他，獨自離去的小龍不慎摔落山谷，肋骨骨折。剛洋回家挨剛利罵，負氣去找小龍。健助受剛洋之託，一起去找小龍，但就在發現小龍受傷之際，剛洋也不慎跌落山谷，而為了救剛洋的健助也因此右肩脫臼，腳也骨折。眼看已天黑，3人卻受困山谷，剛洋決定獨自去求救，而剛利正好也帶著漁會的人前來找人，終於找到剛洋，救出了健助和小龍。好不容易回到診療所的健助，卻因自己的傷勢無法開刀，彩佳只好挑起大梁執刀。
第7集
志木那島的漁會長安藤重雄召集眾人去港口迎接在東京當美容師，暌違一年才回到島上的心愛女兒梨香，沒想到梨香卻大著肚子回來，讓阿重氣得拉著梨香去診療所，找五島健助幫梨香做檢查，父女間也發生嚴重衝突。從小一起長大的好友彩佳向梨香詢問懷孕的原委，但梨香不領情，兩人也發生口角。一日，孤島發現梨香在海邊，以為梨香想不開急著去勸阻，卻摔個四腳朝天，孤島還鼓勵梨香要生個健康的寶寶，讓梨香非常感動。茉莉子等眾人前來勸阿重接受事實，不料父女再度發生衝突，阿重忿而離去，此時梨香突然陣痛，送往診療所。內婆婆擔心梨香會早產，結果因颱風來襲，診療所停電，在黑暗中，梨香的羊水破了，孩子出生在即卻找不到阿重，原來阿重冒著風雨出海失去聯絡。為了不讓梨香擔心，孤島騙梨香阿重已在來的途中。後來梨香順利產下一男嬰，而出海為孕婦抓魚的阿重也平安歸來，眾人才鬆了一口氣。此時先前棄梨香於不顧的男友阿徹突然出現，要求和梨香複合，但梨香卻拒絕阿徹，決定留在島上。
第8集
診療所的和田到本土出差研習，回程在船上巧遇原澤，原以為遇到了自己的真命天女，後來才知道她是孤島醫生五島健助的醫生女友，讓和田大失所望。原來原澤在東京被同醫院的柏木醫生追求，希望一起前往美國生活，希望孤島能給她一個答覆。而此時孤島診斷出平時健朗的明爺爺，竟然得了S狀結腸癌，於是希望明爺爺能在本土設備完善的醫院進行手術治療，但明爺爺卻希望留在島上，由孤島幫他開刀。原澤也認為診療所的設備及人員皆不足，反對在診療所開刀，但孤島為了幫明爺爺完成心愿，仍然請小?當助手，一起為明爺爺開刀。然而孤島切開明爺爺的腹腔後，才發現癌細胞已經轉移到肝臟，淋巴結等部位，並引發腹膜炎，已經回天乏術，孤島不得已只好將明爺爺的腹腔再度縫合。為了讓明爺爺能安詳度過晚年，孤島讓明爺爺回家靜養，結果明爺爺最終還是敵不過病魔，讓孤島非常傷心，而原澤在感佩孤島深獲島民的信賴之餘，也決定放棄說服孤島而獨自回東京去。
第9集
一日，島上來了一名雜誌社記者巽謙司，向島民打聽孤島醫生，人稱‘孤島’的五島健助的事，表示希望報導這位醫生，大家不疑有他，紛紛告訴他孤島的事跡。不料巽卻出示自己以前撰寫孤島在東京的大學醫院，曾因延誤醫治而讓一名17歲高中女生死亡的報導，讓島上村民人心惶惶。孤島請島民們到村公所集合，決定告訴大家真相。但剛洋、信一、邦夫及純平等孩子們為了袒護孤島，在半路攔截前往村公所的巽。因為下著豪雨，巽請孩子們到車裡面談，不久便土石坍方壓下車子，巽及信一都因而受傷。趕來營救的自衛隊及村民，合力將眾人救出車外，才發現雨傘穿過了信一的身體。孤島原本想馬上為他動手術，卻發現巽顱內受傷更為嚴重，必須馬上開刀才能救回一命，於是決定先幫巽開刀，但村民們不懂孤島的用意，與孤島發生嚴重衝突。
第10集
雜誌社記者巽謙司向島民揭發人稱“孤島”的五島健助，以前在東京的大學醫院，曾因延誤醫治，致使一名17歲高中女生死亡的事件。而就在孤島向村民坦承的當天，發生土石坍塌意外，巽及信一都身受重傷，但孤島決定先救危急的巽，讓信一的父母及其他島民相當不諒解。大家又開始不信任孤島，沒有人願意請他看病，漁會長阿重甚至要求孤島在一星期內離開志木那島。而此時東京的昭英大學附屬醫院，也要求孤島回去幫忙味胃癌病人開刀。無意間得知此事的和田，表示如果孤島離去，他也將離島去旅行。不久，彩佳一早到診療所上班時才發現孤島已留下辭呈不告而別。采佳的父親星野也為自己硬帶孤島來到島上，如今卻讓他獨自離去感到非常自責。
第11集
人稱孤島的五島醫生辭去志木那島診療所的工作，回到東京昭英大學附屬醫院，為罹患胃癌的自明黨熊谷幹事長動手術。此時星野為孤島離去的事感到自責，憂煩不已竟然吐血，讓女兒彩佳及阿重等人甚為擔心。彩佳擔心父親得了胃癌，打電話向孤島報告，孤島雖然擔心，卻也無能為力。孤島在醫院遇見當年的實習醫生三上，而三上正好擔任此次手術的助手，孤島要求三上再做一次腹水細胞檢查，以確保沒有感染才能開刀，沒想到三上故意隱瞞癌細胞已經感染的事實，讓孤島繼續進行手術。就在孤島開始動刀後才赫然發現癌細胞已經擴散，但還是當機立斷的以高明醫術，迅速幫病患切除患部，讓三上大為折服並感到慚愧。然而外科醫師奧村卻在手術大功告成時接手，並在記者會時宣稱是自己執刀，想將功勞占為己有。
