高手可以通過設定“CustomKeys.txt”這個檔案來自定義鍵盤的捷徑來提高自己對遊戲的更好操作。在這個檔案裡面定義的捷徑會覆蓋掉原有默認的捷徑。另外，這個檔案也可以被用來覆蓋掉原有的技巧提示。修改這個檔案的工具你可以用記事本之類的文本編輯軟體。一旦在安裝目錄中創建了這樣的一個自定義檔案。那么遊戲選項中的"自定義鍵"就應該被設定成開啟的狀態，這樣《魔獸爭霸3》才會自動讀取這個捷徑自定義檔案。
自定義的快捷鍵必須是大寫的。
如果在同個單位上，相同的快捷鍵被分配在了多個動作上，那么《魔獸爭霸3》還是可以正常運行的。但是，只有一個和相應快捷鍵相關的動作會被執行。也要注意，很多動作會被很多單位都使用到，這樣也就意味著在不同的單位之間可能還會發生快捷鍵的衝突。
